ヽ(´ー`)ノ


2006-03-01 [長年日記]

[P] 投函

(05:20) Mac mini とか iPod Fi-Hi とかレザーケースとか

(10:30) 投函.明日には届くらしい.

[BioRuby] Bio::Ensembl とか

% ruby -r ensembl_client.rb -e 'puts Bio::Ensembl::Human.exportview(1, 1000, 1020)'        
>1 dna:chromosome chromosome:NCBI35:1:1000:1020:1
ACCTCAGTAATCCGAAAAGCC
% bioruby
bioruby> require '../ensembl_client.rb'
bioruby> head gff = Bio::Ensembl::Human.exportview(1, 1149206, 1149210, ['gene'])
chromosome:NCBI35:1:1149206:1149210:1   Vega    Gene    5463    5653    .       -       .       gene_id=OTTHUMG00000000850; transcript_id=OTTHUMT00000002419; exon_id=OTTHUME00000011041; gene_type=NOVEL_processed_transcript
chromosome:NCBI35:1:1149206:1149210:1   Vega    Gene    -846    2494    .       -       .       gene_id=OTTHUMG00000000850; transcript_id=OTTHUMT00000002419; exon_id=OTTHUME00000011040; gene_type=NOVEL_processed_transcript
chromosome:NCBI35:1:1149206:1149210:1   Vega    Gene    11134   11207   .       +       .       gene_id=OTTHUMG00000000851; transcript_id=OTTHUMT00000002422; exon_id=OTTHUME00000011045; gene_type=KNOWN_protein_coding
chromosome:NCBI35:1:1149206:1149210:1   Vega    Gene    22484   22586   .       +       .       gene_id=OTTHUMG00000000851; OTTHUMT00000002422; exon_id=OTTHUME00000011059; gene_type=KNOWN_protein_coding
chromosome:NCBI35:1:1149206:1149210:1   Vega    Gene    22698   22814   .       +       .       gene_id=OTTHUMG00000000851; transcript_id=OTTHUMT00000002422; exon_id=OTTHUME00000011055; gene_type=KNOWN_protein_coding
chromosome:NCBI35:1:1149206:1149210:1   Vega    Gene    23191   23284   .       +       .       gene_id=OTTHUMG00000000851; transcript_id=OTTHUMT00000002422; exon_id=OTTHUME00000011053; gene_type=KNOWN_protein_coding
chromosome:NCBI35:1:1149206:1149210:1   Vega    Gene    23536   23573   .       +       .       gene_id=OTTHUMG00000000851; 422; exon_id=OTTHUME00000011049; gene_type=KNOWN_protein_coding
chromosome:NCBI35:1:1149206:1149210:1   Vega    Gene    6582    6958    .       +       .       gene_id=OTTHUMG00000000851; transcript_id=OTTHUMT00000002423; exon_id=OTTHUME00000011062; gene_type=KNOWN_protein_coding
chromosome:NCBI35:1:1149206:1149210:1   Vega    Gene    7839    7913    .       +       .       gene_id=OTTHUMG00000000851; transcript_id=OTTHUMT00000002423; exon_id=OTTHUME00000011051; gene_type=KNOWN_protein_coding
chromosome:NCBI35:1:1149206:1149210:1   Vega    Gene    8459    8544    .       +       .       gene_id=OTTHUMG00000000851; transcript_id=OTTHUMT00000002423; exon_id=OTTHUME00000011048; gene_type=KNOWN_protein_coding
bioruby> p Bio::GFF.new(gff).class
Bio::GFF
[]

2006-03-02 [長年日記]

[P]

(02:11) EG3-1発注

(11:51) 特定の日へコメントスパムが多数.現在 #c42

(16:20) 二冊程某同人誌製本のち謹呈

(20:14) コメント返信.

(20:58) プレゼンを作り始める.

(22:27) "One last message before ..."

[]

2006-03-03 [長年日記]

[P]

(08:10) 失せた

(09:10) 社長に遭遇

(14:30) 12"発注

(15:48) 残り三日

(16:10) 雪のち停電,そして週末へ

(20:20) あり得るはずの無い単語が聞こえたであります.

(20:45) EG3-1 が来た

[Hoge] 最近見かけたメソッド

  1. 「アクション」 - 行動と書くより印象がよい.(とあるニュースレターの編集者より)
  2. 「〜の帽子」 - 立場の違いを表現する.例:「大学の先生の帽子から開発者の帽子にかぶりなおすと,」(未踏最終報告会にて)
  3. 「お知りおき下さい」- 忘れるな,ということ?(未踏最終報告会にて)
  4. 「〜つつある」- 断言しがたいことを醸し出す.(医学系雑誌の原稿執筆中に当時の指導教官から)
  5. 「天気予報をだすだけではだめでは?」- 軽めな予測法研究に釘を刺す.(某面接セミナー)
  6. 「そういう議論があってもいいです」- 話をすすめる.(ヒアリング)
本日のツッコミ(全2件) [ツッコミを入れる]

Ω kwg [GTDな影響じゃないかしらん? > @action]

Ω なかお [なるほど>GTDな影響]

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2006-03-04 [長年日記]

[P] 白金台

(02:40) 眠い

(03:58) マウス

(14:00) 居なかった

(15:30) 鎧塚のケーキをひとくち頂く.

(20:10) 餃子

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2006-03-05 [長年日記]

[P] 白金台

(03:49) あのアドレスは読まれているのだろうか

(14:46) カンズメられるらしい

(21:25) 荷造る

(23:28) 終わらない

[T] 湘南国際村センター

バス時刻表 によると,14:04, 15:02, 15:38 あたりのバスに乗れば良いかと.

品川 14:03発 − 新逗子 14:52着

乗り換え回数:1回
所要時間:49分
料金:620円

●品川
|  14:03発
|    京浜急行本線(快特)34分
| △14:37着
○金沢文庫
|  14:42発
|    京浜急行逗子線(普通)10分
| △14:52着
■新逗子
[]

2006-03-06 [長年日記]

[P] 葉山

(07:30) 始動

(10:45) 届いていたようだそうだ

(11:56) 変なウインドウがでて,消せない.

(14:13) 新橋

(14:20) 泉岳寺

(16:32) ロビーには無線ラン,部屋には情報コンセント

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2006-03-07 [長年日記]

[P] 葉山

(01:18) geisha とはとかきかれてもね〜

(01:43) がんがれ

(11:47) 光学マウスが効かない机だった

(17:00) 開始

(17:10) 「エート」といってしまつた

(17:20) おわた

本日のツッコミ(全2件) [ツッコミを入れる]

Ω ore [俺が行きたいわ。と英語で言えない俺ガイル。]

Ω dn ["artist" です。]

[]

2006-03-08 [長年日記]

[P] 葉山,鎌倉

(01:11) おわた

(01:37) 対処した

(17:00) 相談相談,連絡先確保

[]

2006-03-09 [長年日記]

[P] 葉山

(00:00) メールが配送されていないようだ

(01:23) 収束

(21:58) メールが...

[]

2006-03-10 [長年日記]

[P]

(04:16) TB spam がいっぱい

(18:06) 終了

本日のツッコミ(全1件) [ツッコミを入れる]

Ω chataro [04:16......]

[]

2006-03-11 [長年日記]

[P] 葉山

(02:55) ネタイ

(03:27) 来てよかったな,と

(11:09) 東京.一時間で到着.

[D] 学生部から速達

3/23の次第など.

[]

2006-03-12 [長年日記]

[P] 風が強い

(01:06) もりもり更新されつつ

(02:14) A社に発注

(21:18) メールが見つからないよ

本日のツッコミ(全2件) [ツッコミを入れる]

Ω chataro [早く寝なさい。]

Ω なかお [Zzz]

[]

2006-03-13 [長年日記]

[P] 3

(00:54) 時間少なめ

(01:40) もりもり?

(03:38) Zzz..2zz..

(03:49) 点と点がつながったわけですよ.

(11:07) 箱が有った.

(14:45) 書類が見つからない.あの書類はどこにいったのでせうか.

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2006-03-14 [長年日記]

[P] つくば?,πの日,確定申告

(00:03) *****が無い

(02:05) 春っぽい展開になってまいりましたよ

(02:37) クッキーが邪魔だな〜

(02:46) 一種の観測問題,ということで

(08:01) *****を発見,確保

(09:55) utdhkr は音場の作り込みが,すごい

(12:41) 完成?,そして印刷へ

(15:20) 提出,受理,そして納付へ

(16:20) スパークリングワインを贈る

(20:28) 確認事項決定事項などなど

[Ruby][Hoge] Array#和

class Array
  def 和
    self.inject(n = 0) {|n, x| n += x }
  end
end
係数 = 0.1
水道 = [1234 ,2345, ...]
...
水道光熱費 = 水道 + 電気 + ガス
p [:水道光熱費, 水道光熱費.和 * 係数]

[G5] メール

これから書き始めるわけですよ.

送った.

[]

2006-03-15 [長年日記]

[P] かずさ

(00:21) バッテリーは完全放電するとだめになる,の追試に成功した模様

(00:23) 管理者以外にも配信されている,ことを確認

(01:01) あの点とあの点をつなげてみる.それは少しだけ刺さった,けどそれが時代の流れか,と思った

(11:13) sgk が壊れた.

(14:32) 着いた.D2D で 2.5h

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2006-03-16 [長年日記]

[P] チケット,雨

(01:02) ネットのつっこみがはがきで来たよ

(03:33) sgk をネットで購入

(13:10) チケット獲得

(14:44) アカウントが増えたり,へったり

(15:50) 〜に関する手続きが積まれていく

(17:15) -1 する要請があったので,残り1

(19:27) 帰りたい

(21:10) 到着.瑞々しい.

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2006-03-17 [長年日記]

[P]

(02:53) チェーン

(13:00) ヒトとして,疲れた

(15:27) なんだかいろいろほころびはじめて壊れつつある

(16:16) 会議と依頼

(18:43) 本日解禁,状態ですよ

(20:30) 登場

[D] 20 - 1

tany

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2006-03-18 [長年日記]

[P] 雨

(00:39) 表面化していないのは,だれだろうか?

(01:20) 踏んでしまった ggbb

(05:17) うはー

(05:53) 白んでる

(11:00) 新型到着

(12:53) これが新型の威力か

(13:55) gmail に移ろうかな〜

(15:43) ネットが使える,使えるよ

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2006-03-19 [長年日記]

[P] かぜ

(02:30) かみをきった

(03:49) メディア論的に解釈すると納得できるのかも

(11:12) スリープ時バッテリー交換 再起動

(14:15) A4 15 枚印刷中...

(16:00) 案外快適に印刷が終わった.

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2006-03-20 [長年日記]

[P] 3->4, NRT -> FRA

(00:04) 荷造り

(02:17) 眠くなってきた

(03:02) 懸案を二件処理した

(08:43) 出発

(10.05) T-CAT

(11.01) ターミナル2 (11.50) 出国

(12.50) 搭乗

本日のツッコミ(全1件) [ツッコミを入れる]

Ω y2 [今話題の彼の地へ乗り込むのですか。 お気をつけて〜。]

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2006-03-21 [長年日記]

[P] Heidelberg

(13:12 CET) Operon ホール

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2006-03-22 [長年日記]

[P] Heidelberg

(09:45 CET) 二日目

(14:25 CET) 落選メールが来たわけで

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2006-03-23 [長年日記]

[P] Heidelberg,授与式

(09:37 CET) 三日目,最終日

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2006-03-24 [長年日記]

[P] FRA -> NRT

(16:50) 成田からバス

(18:34) 職場着.いまごろメールが配信されているとか救急車とかいろいろ

(19:20) JMCとHOと

(23:10) 忘れ物をしたことを思い出したわけですよ

本日のツッコミ(全1件) [ツッコミを入れる]

Ω chataro [成田から帰宅じゃないんですね。生物時計はhogedさんの場合どうなんだろうとか...そんなとこにも興味が。]

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2006-03-25 [長年日記]

[P] ->伊丹

(03:22) まだ眠くない

(07.52) 回収中

(10:30) 搭乗

[Ruby][Bi] vega_mart_37 を ActiveRecord からつかっている

こんなかんじにクラスを定義している. vega_mart_37 のターブルを全部つかうつもりは無いので,この程度に.

require 'active_record'
class Exons < ActiveRecord::Base
  set_table_name "hsapiens_gene_vega_structure__structure__main"
  set_primary_key "exon_id"
  set_inheritance_column do # Exon#type -> Exon#type_
    original_inheritance_column + "_"
  end
end

レールから外れた(例外的な)場合もちゃんと対応できるのがえらいよActiveRecordえらい.

ActiveRecord::Base.pluralize_table_names = false
ActiveRecord::Base.establish_connection(:adopter => 'mysql', :database => 'vega_mart_37')

# WHERE biotype = 'protein_coding' GROUP BY gene_id_key な検索
protein_codings = Exons.find(:all, :conditions => ['biotype = ?', 'protein_coding'], :group => 'gene_id_key')

という感じ.

本日のツッコミ(全1件) [ツッコミを入れる]

Ω kwg [よいアイデアですね > ensembl via ActiveRecord。ちなみに「ターブル」になってますよー (ち..]

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2006-03-26 [長年日記]

[P] 大阪,滋賀

(15:30) 彦根城

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2006-03-27 [長年日記]

[P] 滋賀,京都,宇治

(01:33) 32K

(13.30) 学位記

(16.41) 宇治線

(17.40) 面会

(18.20) 送別会

[D] 学位記

学位記を教室事務で受け取る. その際に,来年度から西海岸でポスドクをする k さんに遭遇. 「ご活躍を期待します」といいつつ別れる. 生協には霧箱が売られていた.3,150円. 工学部の G 研に顔をだしてから,黄檗へ移動.

年度末なので出て行くひとが何人も. ひとしきり報告をした後に記念撮影を. 上の階に行くと,k さんの送別会が繰り広げられていた. その後 G さんに報告した.

[]

2006-03-28 [長年日記]

[P] 滋賀→東京

(13.57) 丸ノ内線東京駅

(18:30) 送別会

(20:30) 手短にまとめると,メガネしなさいということだ.

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2006-03-29 [長年日記]

[P] 荷造り

(13:30) 段ボール確保

(14:10) 某NLに

(16:40) 予約

(19:30) 反省会

(19:40) エチゴビール

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2006-03-30 [長年日記]

[P] 荷造り

(02:26) 粗大ゴミは04/12になった

(11:53) 有楽町線-豊洲駅-ゆりかもめ

(14:54) 台車が無い 年度末風物詩

(20:09) 21 箱目

(22:35) 24 箱目

[Res] サーバ更新

Pen4 2.8GHz (2GB) から G5 Quad (4GB) に更新. レスポンスがよくなっていると思います.

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2006-03-31 [長年日記]

[P] 最終日,発送,発送,会食,退職

(09:27) アルベルトが始めたよ

(11:19) なにより整合性が第一だったのか

(19:45) 遅れた

(20:10) 読まれている

[Hoge] ゆうパック 24170

  1. 1010 * 22 (120)
  2. 1170 * 1 (140)
  3. 780 * 1 (80)

同一届け先への20〜39個の割引が適用された模様.

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2004|01|02|03|04|05|06|07|08|09|10|11|12|
2005|01|02|03|04|05|06|07|08|09|10|11|12|
2006|01|02|03|04|05|06|07|08|09|10|11|12|
2007|01|02|03|04|05|06|07|08|09|10|11|12|
2008|01|02|03|04|05|06|07|09|10|