ヽ(´ー｀)ノ
2006-01-01 謹賀 [長年日記]
2006-01-02 [長年日記]
♭ [BioRuby] 新年問題
bioruby> str = seq("gcatagcacgcacccccatactgaaacgagtggtgatacgaggctcga").translate
bioruby> ct = Bio::CodonTable[1]
bioruby> p str == seq(str.split('').map {|x| ct.revtrans(x) }.map {|y| y[rand(y.size)] }.join).translate
true
指定されたアミノ酸配列をコードする核酸配列を一つ取得する．
解説
- いまのところ private methods は rdoc に載せない設定になっています．将来載るとしたら <URL:http://bioruby.org/rdoc/classes/Bio/Shell.html> のページ．
追記：解説と ct を追加しました．
2006-01-04 [長年日記]
2006-01-09 成人の日 [長年日記]
♭ [P] そろそろ
(01:10) 周りではいろいろ決まっていく
(14:44) コーヒー
(16:20) 複雑な話
(19:40) トスカーナ
(21:00) コーヒー
(23:01) ここ数日どこぞの画像の配置が更新されていないね
♭ [Res] Faculty of 1000 にあった
でも，ログインできないので読めません．
Arcady Mushegian 氏の評価している論文のリストにあなたの論文もあったりなかったり．
Bioinformatics セクションにはこんなひとがいる．Genomics セクションに YO 氏がいたり Plant genomes & evolution には ST 氏がいたり．
2006-01-10 [長年日記]
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2006-01-11 [長年日記]
♭ [P] M.B.Pro
(00:45) 案外
(01:38) We'll be back soon.
(15:03) カードが無いと振り込め無いと
(15:12) 転送届けの延長
(19:30) もういいですよ，ってかんじ
2006-01-12 [長年日記]
2006-01-16 [長年日記]
2006-01-18 [長年日記]
2006-01-23 [長年日記]
♭ ［P］ G5Q，歯科
(10.01) まだ雪がのこっている．
(10:59) G5 来た．iLife 06付属．
(11.10) MEME の作者T.B.がきた．明日セミナー．
(17.30) 歯科，左下，耳たぶまで麻痺，今日はレーザー無し．
2006-01-24 [長年日記]
2006-01-26 [長年日記]
2006-01-30 [長年日記]
♭ [Mac][Res][Ruby] ruby-1.9.0 で bdb-0.5.8 を使う
make test 時に Trace/BPT trap がでた．
$ make test ruby tests/btree.rb dyld: NSLinkModule() error dyld: Symol not found: _GetWriteFile Referenced from: /Users/hoge/Documents/src/b-src/packages/bdb-0.5.8/src/bdb.boundle Expected in: flat namespace ...
何か足りないらしい．
GetWriteFile
GetWriteFile は rubyio.h にあった． 1.8 系の rubyio.h には，
#define GetReadFile(fptr) ((fptr)->f) #define GetWriteFile(fptr) ((fptr)->f2) ? (fptr)->f2 : (fptr)->f)
がある．1.9系の rubyio.h には無い．
bdb-0.5.8/src/common.c に
3803: io = GetWriteFile(fptr);
を発見．ここでこのマクロを参照しているけど，ruby-1.9.0 には無いのがエラーの原因．
ruby-1.9.0 では GetWriteFile と GetReadFile は rb_io_stdio_file に置き換わったので，bdb-0.5.8/src/common.c を書き換える．
3803: /* io = GetWriteFile(fptr); */ 3804: io = rb_io_stdio_file(fptr);
これでエラーが消えた．
あたらしいエラーが表れた．
$ make test ruby tests/btree.rb dyld: NSLinkModule() error dyld: Symbol not found: _rb_frame_last_func ...
似たような状況のようだ．
なんとかする[Y/n]:y
rb_frame_last_func
rb_frame_last_func は ruby/interm.h で宣言されている． 1.9系ではrb_frame_this_func に置き換えられていた．
bdb-0.5.8/src/common.c と bdb-0.5.8/src/recum.c で rb_frame_last_func が使われていた．
common.c の rb_frame_last_func を rb_frame_this_func に置き換える．
3112: /* rb_id2name(rb_frame_last_func())); */ 3113: rb_id2name(rb_frame_this_func()));
common.c の rb_frame_last_func を rb_frame_this_func に置き換える．
584: /* rb_id2name(rb_frame_last_func())); */ 585: rb_id2name(rb_frame_this_func()));
こうして，エラーは消えたとさ．
2006-01-31 [長年日記]
♭ [BioRuby] hmmpfam.out 2.2.1 と 2.3.1 の違い
2.3.1
hmmpfam - search one or more sequences against HMM database HMMER 2.3.1 (June 2003) Copyright (C) 1992-2003 HHMI/Washington University School of Medicine Freely distributed under the GNU General Public License (GPL) - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - HMM file: /export/lab1/msn/iprscan/data/Pfam Sequence file: /export/lab1/msn/iprscan/tmp/msn_18-Sep-2003_21781/cnk_1/seq.in - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Query sequence: RS16_ECOLI Accession: [none] Description: [none]
2.2.1
hmmpfam - search a single seq against HMM database HMMER 2.1.1 (Dec 1998) Copyright (C) 1992-1998 Washington University School of Medicine HMMER is freely distributed under the GNU General Public License (GPL). - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - HMM file: pfam Sequence file: /home/birney/src/wise2/example/road.pep - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Query: roa1_drome Scores for sequence family classification (score includes all domains): Model Description Score E-value N -------- ----------- ----- ------- --- SEED 146.1 6.3e-40 2
そして，2.3.3 も微妙に違う罠．
Ω hub [s/Fuc/Fac/]
Ω なかお [あわわわわわ]