ヽ(´ー｀)ノ
2005-10-10 [長年日記]
2005-10-12 [長年日記]
♭ [BioRuby] sample/psortplot_html.rb
GIW2004 のソフトデモ用に作成したスクリプトを ci．
引数に KEGG/PATHWAY でつかわれる生物種ごとのマップ番号を与えると，そのマップの GENES のタンパク質配列に PSORT II 局在化部位をおこない，それで PATHWAY をマークアップ．その結果の HTML 書類を作成．
使い方
BioRuby CVS HEAD をインストールした後，
ruby psortplot_html.rb
で sce00010 の解析ができる．
ruby psortplot_html.rb path:eco00010
で eco の 00010 代謝マップの解析ができる． なお，PSORT II は真核生物向けなので，この例は不適切です．
2005-10-13 [長年日記]
♭ [P] iPod， Front Row
(09:10) ネすぎた
(10:30) 招待状が来ていた
(16:57) 再起動の旅に fsck が長いのはフツーじゃないと思う
(20:50) なぜか車でおくっていただいた
♭ [Res] プレゼンテーションに関する３つのチャレンジとその結果
- レーザーポインターを使わない視線誘導
- モンタメソッドを試す
- 35分で 79 枚のスライド＋アニメーション多数
ポインターをつかわない視線誘導は成功したと思う． アニメーションをつかって見るべき所を強調することができた． ただし，keynote.app の調子がわるくて，アニメーションを増やすと落ちることがあり，想定したようには作れなかったページがあった．
モンタメソッドを試してみた． これも視線誘導という観点からつかってみた． その効果は十分あったと思う． 今後も活用していく方向で．
視線誘導を考えると，おのずとアニメーションが増えたり，ページあたりの文字が減りがち． すると必然的にスライド数が増えていく． プレゼンの途中で動作が不安定になったので，すこしだけ飛ばしたような感じになったけど，まあまあ想定通りにすすめて枠に収まったのではないだろうか．
2005-10-18 [長年日記]
2005-10-19 [長年日記]
2005-10-23 [長年日記]
♭ [BioRuby] Bio::ColorScheme
Trevor Wennblom 氏の貢献によって，アミノ酸や核酸を表示するときの典型的な色づけスキームのクラスが BioRuby に導入された． CVS HEAD から入手可能．
require 'bio'
seq = Bio::Sequence::NA.new('gattaca' * 800).randomize
scheme = Bio::ColorScheme::Zappo
postfix = '</span>'
html = ''
def br(i, width = 140)
return "<br?n>" if i % width == 0
""
end
i = 0
seq.each_byte do |c|
color = scheme[c.chr]
prefix = %Q(<span style="background:?##{color};">)
html += prefix + c.chr + postfix
html += br(i += 1)
end
puts ['<html>', '<body>', '<div style="font-family: monospace">',
html,
'</div>', '</body>', '</html>']
2005-10-24 [長年日記]
♭ [BioRuby] Bio::ColorScheme その２
CVS HEAD をインストールして，以下のスクリプトの出力を保存する．
require 'bio'
def br(i, width = 80)
return "<br?n>" if i % width == 0
""
end
def display(seq, cs)
html = '<p style="font-family: monospace">'
postfix = '</span>'
i = 0
seq.each_byte do |c|
color = cs[c.chr]
prefix = %Q(<span style="background:?##{color};">)
html += prefix + c.chr + postfix
html += br(i += 1)
end
html + '</p>'
end
naseq = Bio::Sequence::NA.new('acgtu' * 48).randomize
aaseq = Bio::Sequence::NA.new('ACDEFGHIKLMNPQRSTUVWYBXZ' * 10).randomize
doc = ['<html>','<header>','</header>','<body>']
scores = ['Buried', 'Helix', 'Hydropathy', 'Strand', 'Turn']
schemes = ['Zappo', 'Taylor', 'Nucleotide'] + scores
schemes.each do |scheme|
html = ''
cs = eval("Bio::ColorScheme::#{scheme}")
[naseq, aaseq].each do |seq|
html += display(seq, cs)
end
doc << ['<div>', "<h2>#{cs}</h2>", html, '</div>']
end
puts doc + ['</body>','</html>']
出力をウェブブラウザでみるとこんな感じ． 核酸配列とアミノ酸配列を適当につくって組み込まれているスキーマで色づけ． 核酸用もアミノ酸用をごちゃまぜでぬっています．
2005-10-25 [長年日記]
♭ [Res] gonzui-import できなかったファイル
go/ontology/process.ontology は 54M のテキストファイルで，gonzui-import go 中に 916MB までメモリーを確保し，その後 メモリーがもう確保でき無いよ（NoMemoryError）といってお亡くなりになった． 仕方が無いので，
--exclude=ontology/process.ontology
でしのぐ．
ちなみに，
% ruby -e 'a=[1,2,"a","b","c"]*100*100*100*100*100'
では1.8g を超えてから NoMemoryError になる．
♭ [BioRuby] RDoc 化進行中
CVS HEAD ですこしづつ進められています． その成果は <URL:http://corevx.com/> が更新されると見えることでしょう．
すぐ見たいヒトは，CVS HEAD を取得して，
% cd bioruby % rdoc --op html --inline-source --webcvs 'http://cvs.open-bio.org/cgi-bin/viewcvs/viewcvs.cgi/bioruby/lib/?%s?cvsroot=bioruby' lib/bio/**/*.rb % ls html classes/ files/ fr_file_index.html index.html created.rid fr_class_index.html fr_method_index.html rdoc-style.css
と RDoc html ができるので，
% open html/index.html
とかしてください．Mac OS X のひとは．
2005-10-27 [長年日記]
♭ [P] シンポ
(01:10) Wembley すげい
(13:10) さむい
(14:40) ほんとにいた
(15:13) No. 015, ACCEPT
(16:40) 仕事がすすむすすむ
(22:18) Amazon の洋書の値段か為替に連動しているのですか．そうですか？
(23:22) cvs が流れ始めた．
♭ [Bio] GO Survey やってるよ
[Go-database] Please take the GO survey で呼びかけられた長くて 10 分で終わるアンケートを開催中．
2005-10-28 [長年日記]
♭ [CS] Interval Arithmetic
丸め誤差をさけるために実数を挟む区間 [a, b] (ただし a < b)で値を表現して計算をする算術．
[a, b] + [c, d] = [a + c, b + d]
というように四則演算が定義されている．
C++ ライブラリ Boost に実装あったりする． RAA には無かった． MathWorld はあまり内容が無かった が <URL:http://csr.uvic.ca/~vanemden/research/ia.html> や <URL:http://www.cs.utep.edu/interval-comp/main.html> にリンクが多数あり． <URL:http://liinwww.ira.uka.de/bibliography/Math/intarith.html> に文献集．
Ω ogishima [本文と関係なくて申し訳ないのですが、お使いの外部バッテリーの型番とかって教えていただけませんか？]