ヽ(´ー｀)ノ

♭ [P] 歯科

(08:40) あれ？

(09:28) 水曜日だとおもっていた

(09:30) 抜糸

(18:10) 耳よりなオファーがあった

♭ [BioRuby] 0.6.4 リリース

• <URL:http://bioruby.org/archive/bioruby-0.6.4.tar.gz>
• <URL:http://bioruby.org>
• <URL:http://rubyforge.org/projects/bioruby/>

ChangLog

• doc/KEGG_API.rd の追加
• lib/dio/data/aa.rb のバグ修正と to_1 と to_3 メソッドのの追加
• lib/bio/command.rb の追加にともなう lib/bio/appl/factory.rb の削除。
• doc/Tutorial.rd の追加
• lib/bio/command.rb の追加。コマンドライン引数のサニタイズ用。
• lib/bio/appl/blast.rb, lib/bio/appl/fasta.rb, lib/bio/appl/hmmer.rb, lib/bio/io/fastacmd.rb のセキュリティ修正。
• lib/bio/appl/blast.rb, lib/bio/appl/fasta.rb, lib/bio/appl/hmmer.rb に #options メソッドと #options= メソッドの追加。
• lib/bio/appl/blast.rb, lib/bio/appl/fasta.rb の genomenet の URLを修正。
• Sequence#to_re に 0.6.2 への互換性。
• Bio::Fastacmd#fetch の修正。
• Bio::Fastacmd と Bio::Bl2seq を Bio::Blast::Fastacmd　と Bio::Blast::Bl2seq に変更。

♭ [BioRuby] doc/Tutrial.rd.ja の英語版

pj 氏の投稿に対して ngoto 氏がチュートリアルの英語版作成をすすめています。

• <URL:http://wiki.bioruby.org/English/?Tutorial.rd>

♭ [Hoge] ペペ・ロメロ＆トマティート

• 王子ホール　G-Lounge#3　ペペ・ロメロ＆トマティート　2005.09.01.20:00
• <URL:http://peperomero.com/>
• <URL:http://tomatito.com/>

♭ [Res] カケンヒ

• 科学研究費補助金−日本学術振興会 平成１８年度科学研究費補助金の公募について

応募受付期間は平成１８年１１月１４日（月）〜１１月１７日（木）の（午前９時３０分から正午まで及び午後１時から午後４時３０分まで）（期限厳守）。

♭ [Bio] PNAS は 1983 年の論文もフルテキストがダウンロードできました。

たとえば <URL:http://www.pubmedcentral.nih.gov/pagerender.fcgi?artid=345072&pageindex=1#page>。 感動した。PMC ですが。

♭ [Bio] チンパンジーゲノム（概要版）

• news@nature.com - Chimp Genome Special

♭ [P] 囲む会

(09:55) あれ？

(10:30) 20G と TriPort を確保

♭ [P] 晴、会議

(13:10) 池袋到着 IT

♭ [Ruby][BioRuby] Ocject.constants と Bio.constants

irb(main):001:0> Object.constants
=> ["TRUE", "Numeric", "RUBY_VERSION", "Interrupt", "STDOUT", "Float", "Process", "Dir", "Hash",
"SyntaxError",  "RegexpError", "SimpleDelegater", "Delegator", "Enumerable", "Object", "PLATFORM",
"RangeError", "NoMemoryError", "Data", "ZeroDivisionError", "Readline", "ARGV", "Struct", 
"LocalJumpError", "FileTest", "Math",  "IOError", "Marshal", "Kernel", "VERSION", "ArgumentError", 
"ARGF", "NilClass", "ThreadError", "Method",  "Comparable", "SLex", "RuntimeError",
"SystemStackError", "MatchData", "Continuation", "Class", "Precision", "Symbol", "FalseClass",
"ObjectSpace",  "RUBY_RELEASE_DATE", "IRB", "StandardError", "STDERR", "String", "Errno",
"LoadError", "RubyToken",  "Kconv", "Exception2MessageMapper", "NameError", "UnboundMethod",  
"TOPLEVEL_BINDING", "SignalException", "STDIN", "SystemCallError", "Integer", "TrueClass",
"FloatDomainError", "Fixnum", "EOFError", "ThreadGroup", "ScriptError", "File", "Delegater", "Thread",
"IndexError", "Signal", "RELEASE_DATE", "SecurityError", "MatchingData", "Proc", "GC", "RubyLex",
"ENV", "NoMethodError", "Exception", "Binding", "SimpleDelegator", "Tempfile", "FALSE", "Regexp",
"Array", "TypeError", "RUBY_PLATFORM", "NotImplementedError", "SystemExit", "Bignum", "IO",
"Range", "NIL", "Module", "Time"]
irb(main):002:0> require 'bio'
=> true
irb(main):003:0> Object.constants=> ["IPsocket", "ExceptionForMatrix",
"STDERR", "XMLParser", "ScanError", "Binding", "UNIXsocket", "RangeError", "DateTime", "Module",
"ColumnInfo", "FloatDomainError", "VERSION", "BasicSocket", "ENV", "Net", "RubyLex", "Zlib",
"String", "ARGV", "TRUE", "UNIXServer", "ParseDate", "SimpleDelegator", "LocalJumpError",
"Process", "File", "Fixnum", "RubyToken", "StandardError", "Enumerable", "RuntimeError",
"SystemStackError", "NameError", "Math", "RELEASE_DATE", "Errno", "Class", "Delegator",
"Numeric", "Array", "TCPServer", "FalseClass", "Struct", "CGI", "ScriptError", "UNIXserver",
"Timeout", "XML", "NIL", "TypeError", "UnboundMethod", "UDPSocket", "Vector", "REXML",
"Matrix", "Bignum", "SecurityError", "Signal", "RUBY_VERSION", "Proc", "URI", "ARGF", "Readline",
"SingleForwardable", "StringIO", "Marshal", "XMLParserError", "MatchData", "PLATFORM", "SOAP",
"TCPserver", "FALSE", "ObjectSpace", "Iconv", "NilClass", "IOError", "ThreadGroup", "Bio",
"SyntaxError", "Delegater", "STDIN", "TimeoutError", "UDPsocket", "Symbol", "Date",
"ArgumentError", "WSDL", "RUBY_RELEASE_DATE", "Socket", "NoMemoryError", "Object",
"Hash", "GC", "Integer", "Data", "Regexp", "Buffering", "Kconv", "BDB", "XMLEncoding",
"MatchingData", "TOPLEVEL_BINDING", "ThreadError", "Kernel", "Rational", "EOFError",
"SignalException", "IRB", "Comparable", "Method", "RegexpError", "Tempfile", "LoadError",
"STDOUT", "SimpleDelegater", "IPSocket", "Exception", "TCPsocket", "DBI", "Forwardable", "Dir",
"IndexError", "UNIXSocket", "ZeroDivisionError", "SystemCallError", "SocketError",
"RUBY_PLATFORM", "Time", "Float", "Exception2MessageMapper", "TCPSocket", "TrueClass",
"SystemExit", "Range", "Continuation", "NoMethodError", "XSD", "Precision", "Thread", "Interrupt",
"FileTest", "SLex", "StringScanner", "NotImplementedError", "IO",
"OpenSSL", "Open3"]
irb(main):004:0> Bio.constants
=> ["TFFACTOR", "Registry", "FlatFileIndex", "MAFFT", "Relation", "NBRF", "GFF2", "FlatFile",
"TMHMM", "TFMATRIX", "SOSUI", "Spidey", "Sequence", "DDBJ",  "Feature", "LITDB",
"NucleicAcid", "Seq", "PROSITE", "SPTR", "HMMER", "SwissProt", "DBGET", "PubMed",
"FastaNumericFormat", "FastaFormat", "Features", "AAindex1", "GenBank", "GenPept",
"Blast", "Alignment", "GFF3", "KEGGDB", "References", "TFCLASS", "NCBIDB", "Sim4",
"EMBL", "SQL", "Fasta", "ClustalW", "EMBOSS", "Genscan", "TFCELL", "GO", "KEGG",
"TFSITE", "Location", "PDB", "Blat", "BIORUBY_VERSION", "RefSeq", "CodonTable",
"AAindex2", "FANTOM", "TargetP", "SOAPWSDL", "AminoAcid", "Fetch", "DAS", "Reference",
"GFF", "MEDLINE", "TrEMBL", "Locations", "PSORT", "TFGENE", "FastaDefline", "Pathway",
"TRANSFAC", "EMBLDB", "AAindex", "DB"]

♭ [P] hkkmr

(13:39) 雨

(22:10) 雨

(23:32) 都内で床上浸水中，らしい

♭ [D] 遭難中

ブランチを切って，安全地帯までもどる． もしくは，大風呂敷を広げてみたけど，持ち上げられなかったの巻．

♭ [P] 雨

(00:16) 落雷

(13:10) disk full になっていた

♭ [P] ナビ

(01:39) 日報整理終了

(08:30) 鹿児島は水没したらしい

(19:07) これからは Domain Specific Blog だよねとかなんとか．

♭ [Hoge] 出荷準備

箱を発掘． さくらやの延長保証が今月まであるのを確認． ４年前か． 同根物で現存しているものを確認． あとは丁寧に初期化して，出荷するのみ．

メールを送ってみた．返事待ち．

♭ [Ruby] るびま 09 号

• Rubyist Magazine - Rubyist Magazine 0009 号 <URL:http://jp.rubyist.net/magazine/?0009>

一周年だそうです．GJ>編集の方々．

• プログラマーのための YAML 入門 (初級編) <URL:http://jp.rubyist.net/magazine/?0009-YAML>

など

♭ [P]台風は日本海へ

(00:13) 「まだ 9G も残ってるじゃないですか．」と言った

(16:03) 机の上を整理．本棚を床へ．

(18:20) この世の終わりのような夕焼け空

(21:10) 食い物にしないでほしいな

♭ [Bio] ECCB 2005 submitted poster abstracts

• <URL:http://www.eccb05.org/PostersView.php>

♭ [P] nano

(09:00) ブルーバックな空

(14:47) tb 飛ばず

(15:34) 12/6-10の宿を確保．〈政府指定〉で 「部屋種 1号館禁煙シングルルーム（インターネト接続ルーム）(net-sk)」

♭ [Bio] Human Protein Atlas

抗体をつかったヒトタンパク質の発現情報データベース．

発現している組織と細胞内局在化部位が組織切片画像付きで公開． 公開中のVersion: 1.0 には 718 抗体と 413,568 画像が含まれる．

• <URL:http://www.proteinatlas.org/>

染色体からブラウズとキーワード検索が可能． 正常組織とがん組織がもちいられている． 切片画像は拡大して詳細を見ることも可能． アノテーションにもちいられる局在化部位は nuclear, cytoplasmic, membraneous and/or extra-cellularの４カ所．

遺伝子のエントリには，UniProt, Entrez Gene, Ensembl の対応するエントリへのリンク付き．

• UniProt <URL:http://www.ebi.uniprot.org/>
• Entrez Gene <URL:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene>
• Ensembl Human <URL:http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/index.html>

♭ [P] 曇

(00:16) ヤマトの不在を徒歩５分にある営業所までとりにいったら，午前様には閉店だった，ただ立ち尽くすのみ

(13:28) 発送手配．月曜日の午前中につくはず

♭ [Bio] Google Scholar の "Cited by" が増えたり減ったり

定例確認をしたら，一つ目は増えてた． 二つ目は減ってた． へるものなんですか． 三つ目は増えていた． （以下省略）

♭ [Res] 契約書

契約書が三冊． それぞれ三カ所に押印． もうひとつ別の書類にも．

♭ [AQ] html 書類に（LaTeX の include のように）コンテンツを差し込むにはどうするのか？

JavaScript でできます．

document.write("hoge") 

というファイル hoge.js を html 書類から

<script type="text/javascript" src="hoge.js"></script>

として読み込むと，そこに "hoge" と差し込まれます．

♭ [P] コーヒー

(11:30) カボックの枝が一つ脱落

(14:26) 窓を閉めて，今年のテーマ曲であるブラームスの交響曲第一番を聴きながら

(16:00) マンデリン 100g

♭ [Bio] ECCB2005 のポスター

• <URL:http://www.eccb05.org/PostersView.php>

タイトルで興味を惹いたものを並べるよ． ECCB のサイトはタイトルやアブストラクトでキーワード検索やキーワードで分類されているといいのだけど．

Constrained Identification of Alternative Splice Products

The amino and carboxyl termini of proteins as a lead for functional classification

Novel Hybrid Hierarchical-K-means Clustering Method applying on Transmembrane Prediction Rules Clustering

Phylogenetic conservation of motif overrepresentation in human ? mouse 3’-utr regions leads to the detection of miRNA target gen

Bioinformatics for next-generation DNA sequencing

Variable selection from random forests: application to gene expression data

Visualization and navigation tool for high-dimensional bio/chemoinformatics data

Dynamics of intron and domain architecture evolution

A hybrid approach based on a combination of methods for operons prediction

MitoRes: a comprehensive resource of nuclear genes encoding for mitochondrial proteins in metazoa

LIFEdb: a Database for Localization, Interaction, Functional assays and Expression of Proteins

Graphical and mathematical representation of DNA strings

Subcellular Location Prediction: validation of the main available tools with new datasets from the Swiss-Prot database SIB の中の人

Hidden Markov Models Hierarchical Classification for ab-initio Prediction of Protein Subcellular Localization

Aligning intron-exon structures of alternatively spliced genes

In silico identification of nucleus-encoded mitochondrial proteins using ESTs

Human-Mouse Comparisons of Splice Structures in AltSplice Database.

R?nyi entropic profiles of DNA sequences and statistical significance of motifs

Cross-species Alignment of Alternative Transcripts of Splicing Regulatory Proteins

♭ [P] 天気は？

(11:01) 待ち合わせ場所を間違えた

♭ [P]

(09:50) 各所への作業

(10:00) 夏休みを確定

(10:10) 無事に届いたそうだ

♭ [Res] b-Src: 166 packages

166 パッケージに増えました．

• <URL:http://b-Src.cbrc.jp/markup>

あたらしく追加したパッケージと更新したパッケージは 2005-08-22 の ChangeLog に．

なぜ 2005-08-22 かというと，その日に作業したけど，ファイル転送するまえにインデクス用のマシンが壊れたからでした． インデクス用のマシンと公開サーバは分けています．

♭ [P] 夕日

(12:50) 有明までのってみたらいろいろ謎が解けた

(13:00) つぎは動画+GPSが来るね．まちがいない

♭ [P] 休暇

(00:44) 日報

(12:25) 信用社会なのに

(16:20) シビラ

(19:00) ラボエム

♭ [P] TM

(10:34) 席に着いても　ひとり　（注：すでにセミナーは別室ではじまっている）

(17:53) メールを書いて　日が暮れる　夕日はもうみえない

♭ [P]

(08:50) 電池が切れた

(09:30) 斜め向かえの ５０ 代男性が 　iPod nano を弄ってた

(09:50) 「やまぐちさんのおかやまさんのぶどう」

(20:10) iPod nano を手に持ってみた．マージャン牌を連想した．もしくはドミノ．

♭ [P] 丸ビル

(12:30) 到着

♭ [Bio] RefSeq Release 13

• <URL:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/pipermail/refseq-announce/2005q3/000024.html>

♭ [Bio] ゲノムフォーラム2005　「生命科学について語ろう」−若手研究者からみたゲノム研究−

• <URL:http://www.kuba.co.jp/sympo/0917.html>

丸ビル７階のホールまで行ってきた． 設備がすばらしい． ちなみに，丸ビル３周年で１階ではライブがおこなわれていた． 9/19には押尾コータローがやるとか．

会場にはリタイア後の方々ばかりにみえて，学生っぽいひとは皆無．その後満席に． 今年はゲノム広場がなくてこれがあるのではとは yy 氏の指摘．

有田さん

司会担当． 高橋メソッド（を意識したプレゼン）を仕込んでいた!． (おそらく PowerPoint の機能で)後ろから文字が拡大しながら一文字づつあらわれエフェクト付き．

ヒトゲノム研究史とJリーグ史をどちらも急速にすすんだと対比． 代謝マップと地下鉄路線図を対比． 図が豊富かつ饒舌なプレゼン．

望月さん

形態形成，進化，遺伝子制御←モデル化． 「人間の情報処理理解力を超えている」． 法則性の発見． 魚の縞模様． 縦と横． 「自立的な形態形成→形への制約」． Davidson によるウニ初期発生の遺伝子ネットワークは複雑． でもモデル化で理解する． 定常状態は，遺伝子の数や相互作用の数ではなくループ構造の数に関係している． これは興味部会．

高野さん

「生命とは何か？」．〈情報〉と〈物質〉．境界はタンパク質．自立性，ロバスト性，省エネ． MDでHowに迫る． 全原子モデル→Goモデル． MDでアクチンを歩かせていた．

竹内さん

100μm は髪の直径もしくはA4紙の厚さ． 卒論でロボローチ作成． MEMSの世界． MEMSで一分子生理，一細胞生理． 次は膜タンパク質． ミオシンでナノマシン．

上田さん

1426 ゲノムが配列決定進行中． 〈同定〉する． システムを〈ドラマ〉でアナロジー． 〈役者〉や〈シナリオ〉を考える． 〈予測〉する． 〈制御〉する． 〈設計〉する． 〈部分〉と〈全体〉． 〈ウエット〉と〈ドライ〉から〈ウエット〉と〈ソフト〉と〈ハード〉． リンネの花時計を転じて分子時刻表へ．

岩崎さん

生物時計研究はつねに学際的． 振動のおこるシステムをオオカミと野うさぎでアナロジー． 〈アポトーシス〉は文学的に作用．手． バイオリズムの受容． 多田井吉之助(1914-)

斉藤さん

LS には 40 人くらいとか． 日本の生命科学研究費の構造． 論文生産数では，欧米と比べて日本はパフォーマンスがわるい．

http://lifescience-mext.jp

パネル

パネルディスカッションは難しい． 困ったときには教育問題へ，みたいな． 若手も審議会も同じことを言う，らしい． Cell 論文は 10 万円くらいだった，とか． 「ゲノムはどこにきえた？」 評価について．インパクトファクターの是非． 工学系はバイオ系に比べるとはるかに低い． 工学だけのときはインパクトファクター不要だとおもっていた，境界領域でやると有りだと考えるようになった． （なぜだろうか？）． 目利きに予算を託して，目利きが人材を発掘できかを評価するとどうだろうか．

場外

パネラーが３グループに分かれて，会場内に分散し，そこで聴衆と対話をする企画． おもしろい． 盛り上がっていた．

理工学部のある大学関係者と思わしきひとと大学院教育，理恵井教育について雑談．

♭ [P] 中秋

(01:02) CSS に手をいれる．

(16:12) 神輿が通過

(21:35) 白山神社まで散歩．祭りの後．境内にネコ多数．

♭ [P] ケイロウ，漏水

(14:30) 第一第三月曜日は定休日，定休日，定休日

(19:45) 水曜日に水回り定期点検 月曜日に洗面所の床に水溜り　何曜日に直るのか

♭ [Mac] OmniGraffle 4 Professional にアップグレード

• <URL:http://www.omnigroup.com/applications/omnigraffle/pro/>

Powerbook G4 にバンドルされていた Omni Graffle 2 から $84.95-． Keynote に感動できたひとにおすすめ． EPS の読み込みと SVG の読み書きができるようになった． などなど新機能満載．

♭ [P] ポスター印刷その１

(11:10) 入金を確認

(17:36) A0 用紙の中心で ，A4 サイズを出力

(18:10) A0 で出力

♭ [P] 最後の平日

(00:42) 電子辞書，そして水曜定休日

(00:43) NHK で眞鍋かをりが「ゲノムの70%に」話をしている．「これはおおきな発見ですね」

(01:36) ロンブン! (http://www.tbs.co.jp/nariagari/)，か

(10:54) orz

(15:30) 　副詞と形容詞

♭ [P] シンポ

(13:10) 積年の謎が解明された．

(17:55) あわゎゎゎゎ

♭ [Mac] ProAtlas X.app がイメージディスクから起動できた

Powerbook G4 の起動ディスクをMac OS 拡張（大文字／小文字を区別，ジャーナリング）にしたら ProAtlas X.app と SuperNipponica2003 X.app が起動できなくなっていた(20050828p02)． たまたま，2005/05 にリリースされていたアップデータのイメージディスクの ProAtlas X.app をダブルクリックしてみたら，起動した． Java 関係のファイル名の大文字小文字に依存して起動できないようなので，そうなるのですね．

SuperNipponica2003 X も同様な理由かもと思い，ということで， /Applications/SuperNipponica2003 X をイメージ化． 3.87GBのイメージ． SuperNipponica2003 X.app は「フォントの読み込みに失敗しました．」

♭ [Bio] シンポ雑感

（後で書く予定） キーワードはレーダーチャート．

♭ [P] 合宿９の2

(10:53) あずさ

(17:10) ci

♭ [P] 合宿9.2

♭ [P] 合宿9.2

♭ [P]

(17:20) A0

(18:00) A4

♭ [P] 出発

(00:12) 荷造りはつづく

(09:07) BizPortal 経由． 500円／日

♭ [T] 成田行き

眠いので前倒しして出発． 日暮里駅までタクシーで 810 円． 谷中小学校の正面の細い路地に突入．日暮里駅の〈上〉にいくルートだから覚えとき，とか．

〈上〉から京成日暮里駅にいっても結局階段をおりないといけなかった． 05:45 の快速で成田空港駅へ． 座席はスカスカ． 途中でエアコンが寒すぎて目覚めたり，ポートライナーに抜かれたり． 成田空港に着いてもおりない乗客が数名も．

AF279 は JL5053 とのコードシェア便だった． 機材は AF．

♭ [P] 西班牙

(17:10) 会場についた．

♭ [P] 西班牙

(12:33 ATH) ネット事情があんまり．