ヽ(´ー｀)ノ
2005-08-06 [長年日記]
2005-08-07 [長年日記]
2005-08-08 [長年日記]
♭ [BioRuby] lib/bio/db/embl/sptr.rb 1.24
Luca 氏からの提案をいくつか実装。DE 行からタンパク質名を取り出す Bio::SPTR#protein_name とシノニムをとりだす Bio::SPTR#synonyms を追加。 どちらも ad hoc なもの。
e = Bio::SPTR.new(File.open('cd8a_human.entret'))
e.de #=> "T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain precursor (T-lymphocyte differentiation antigen T8/Leu-2)."
e.protein_name #=> "T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain precursor"
e.synonyms #=> ["T-lymphocyte differentiation antigen T8/Leu-2"]
GN 行が構造化された（<URL:http://ca.expasy.org/sprot/relnotes/sp_news.html> のUniProtKB release 2.0 of 05-Jul-2004）のでその対応。Bio::SPTR#gn は先読みして構造化されていればそれを処理、構造化されていなければいままでの処理。 返り値 Array の中身が構造化の有無によりかわるのはどうだろうか。 サブクラスを作ればいいのかもしれないが、それは採用せず。 今後は Hash のキーはシンボルにする方向。
e.fetch('GN') #=> GN Name=CD8A; Synonyms=MAL;
e.gn #=> [{:orfs=>[], :synonyms=>["MAL"], :name=>"CD8A", :loci=>[]}]
Bio::SPTR#gene_name と Bio::SPTR#gene_names を Bio::SPTR#gn に合わせて更新。
e.gene_name #=> "CD8A" e.gene_names #=> ["CD8A"]
2005-08-09 [長年日記]
♭ [BioRuby] bioruby-0.6.3 リリース
追加されたファイルは lib/bio/appl/bl2seq/report.rb、lib/bio/io/fastacmd.rb、lib/bio/io/higet.rb、lib/bio/util/sirna.rb。 あたらしく導入された lib/bio/util にはアルゴリズムの実装をおいていく。 わりと名前問題だった。 たとえば、iPSORT の実装は既につくられていたけど、置き場をどうするかで保留されていた。 次のバージョンでは導入するかもしれない。
機能追加や修正のあったファイルは lib/bio/appl/blast/format0.rb、lib/bio/appl/genscan/report.rb、lib/bio/appl/hmmer/report.rb、bin/br_pmfetch.rb、lib/bio/data/na.rb、lib/bio/data/aa.rb、lib/bio/db.rb、lib/bio/db/go.rb、lib/bio/db/kegg/compound.rb、lib/bio/db/embl/sptr.rb、lib/bio/db/medline.rb、lib/bio/io/flatfile.rb、lib/bio/sequence.rb。
2005-08-12 [長年日記]
♭ [P] ゆりかもめが意外と空いていた
(09:40) がつんと箱が品切れだった。もうだめだ
(10:27) 127G
(12:04) RES 2.7g SHR 2.7g TIME+ 1114:40 COMMAND ruby って
(17:50) なんか送ってみたテスト
(22:30) 雷雨
♭ [Ruby][BioRuby] Subject: [SCIRUBY] interview with world famous biologist pjotr prins!
pj へのSciRuby インタビュー。
2005-08-16 [長年日記]
♭ [P] 宮城県沖でM6.8
(10:54) 211G
(11:46) 宮城県沖 深さ20km、M6.8。長く細かい縦揺れのあとに長い横揺れ。船酔いするかとおもった。
(19:03) ポイント頂戴いたしました。
♭ [Bio] CL-GODB: A Common Lisp GO Database Manipulation Library
Common Lisp から GO Database へアクセスするためのライブラリ。 つまり go-db-perl のカウンターパート。 CL-GODB は GOALIE（マイクロアレイ実験の時系列データを Kripke構造で扱う解析ツール） と CL-GODB GUIで利用されている。
Google Summer of Code プログラムにサポートされてたもよう。 <URL:http://www.lispnyc.org/summerofcode.html>のGoDbですな。
♭ [Res] Searching 160 packages of 53,482 contents in b-src.cbrc.jp
<URL:http://b-src.cbrc.jp/markup> にパッケージを追加。
- b-Src ChangeLog: <URL:http://seq.cbrc.jp/b-src/?date=20050816>
2005-08-17 [長年日記]
♭ [Bio] PubNet
- PubNet: a flexible system for visualizing literature derived networks
- Douglas SM, Montelione GT, Gerstein M / 16 August 2005
著者名、PMID、PDB ID、SwissProt ID、GenBank ID を問い合わせにして、PubMed クエリの関連を可視化するツール。 ノード（著者名、PMID、PDB ID、SwissProt ID、GenBank ID ）とエッジ（共著関係、共有MeSHターム、Zipcode）でグラフ化。 作成したグラフは SVG、PDF、PNG、PS、GDL、ZIPで保存可。 ソースコード（http://pubnet.gersteinlab.org/pubnet.zip）を公開している。
ギャラリーにサンプルクエリがある。 たとえば、ある月の Nature に掲載された論文の著者の zipcode ネットワークとか Nature と Science の論文の共有 MeSH タームネットワークなど。
投げたクエリは 最近の問い合わせ に乗っちゃうのでその点は留意のこと。
2005-08-19 [長年日記]
♭ [P] nmi
(09:20) 本が二冊送られていた。
(16:24) t 氏がきていたので、<URL:http://b-Src.cbrc.jp> とか seqret(EMBOSS) を紹介してみた。b-Src （というかgonzui）の生成するHTML文章は Safari.app と相性がわるいような気がした。
2005-08-21 [長年日記]
♭ [Mac] Terminal.app にまけ
タイガーにしてから X11.app での kterm から Terminal.app へ以降しつつある。 正直なんでもいい、色と日本語がでるなら。
某プロジェクトでは Makefile をつかって管理しているので、わりと頻繁に make pdf などと入力するのだが、Terminal.app は日本語入力を受け付けるので、しばしば敗北してしまう。
♭ [R] CRAN:gtools
実はバイオ系（しかも分子生物学とか分子遺伝学）に便利そうなパッケージ。 デリクレ分布関数 rdirichlet(gtools) やデータへの摂動 permute(gtools) や組み合わせ combinations(gtools) など。
2005-08-22 [長年日記]
♭ [D] 1X 間近
75 ページ、図 13 個、表 12 個、参考文献 47 個。 Chapter 2 は 1X 到達。 Chapter 1 は風呂敷を広げすぎて遭難中。
最近〈〉を覚えた。＜＞とは違うんだよ。 気がつけば段落が消えていて、しばしば cvs から復旧。 OmniGraffle.app はなかなかいい。フォントのベースライン設定を除けばね。
2005-08-23 [長年日記]
♭ [P] 抜歯
(11:57) フリーズしたインデクス用マシンを開腹したら、hdb の IDB ケーブルが半分抜けてた。抜けてるよ！
(15:30) いきなりヒアリング
(17:00) 右下の oysrz を処置。針で痛み止め、浸潤麻酔三回追加、レーザーメスで頬の外から止血（どんな仕組みだ？）
(18:25) 終了
♭ [OS] ViewCVS をインストール
ローカルの CVS リポジトリを sf.net のようにブラウズしたいとおもっていたので、ViewCVS を入れてみた。
CGI としてインストールする場合、cgi/viewcvs.conf の cvs_root が httpd ユーザから読み込めるようなパーミッションじゃないといけない。
$ cd ~/Documents/src $ mkdir ViewCVS $ cd ViewCVS $ curl -O http://viewcvs.sourceforge.net/viewcvs-0.9.4.tar.gz $ tar ztvf viewcvs-0.9.4.tar.gz $ tar zxvf viewcvs-0.9.4.tar.gz $ cd viewcvs-0.9.4 $ ./viewcvs-install This is the ViewCVS 0.9.4 installer. It will allow you to choose the install path for ViewCVS. You will now be asked some installation questions. Defaults are given in square brackets. Just hit [Enter] if a default is okay. Installation Path [/usr/local/viewcvs-0.9.4]: /Users/hoge/Sites/viewcvs $ chmod 700 ~/Documents/* $ chmod 755 ~/Documents $ chmod 755 ~/Documents/cvsrep
/etc/httpd/users/hoge.conf への追加
ScriptAlias /viewcvs/ "/Users/hoge/Sites/viewcvs/cgi/"
<Directory "/Users/hoge/Sites/viewcvs/cgi/">
Options FollowSymLinks ExecCGI Includes SymLinksIfOwnerMatch
Order deny,allow
Deny from all
Allow from localhost 127.0.0.1
</Directory>
/Users/hoge/Sites/viewcvs/viewcvs.conf の変更
cvs_roots = Development : /Users/hoge/cvsrep rcs_path = /usr/bin
これで http://localhost/viewcvs/viewcvs.cgi/ でブラウズできるはず。
2005-08-24 [長年日記]
♭ [Bio] 今度のゲノム特定のサイトは XOOPS Powered
いいかんじ。
9/17-18 のイベント情報の詳しいのがまだのっていない。 某所にあるポスターをみたところ興味深い内容なのですが、内容についての情報がウェブにないので紹介しにくいね。
2005-08-25 [長年日記]
♭ [Res] 03:07 に b-Src が落ちてた
10 人ほどが 502 を眺めていたようで。
./gonzui/webapp/servlet.rb:294: [BUG] Segmentation fault ruby 1.9.0 (2005-04-12) [i386-linux]
access_log をトレースすると、"GET /markup/RNAscan/scripts?q=funcall:TracebackW HTTP/1.1" が最後のコード 200 。 "GET /markup/ensembl-server/htdocs?q=funcall:load HTTP/1.1" が最初のコード 502。 このながれで GET しても再現はしない。
2005-08-27 [長年日記]
♭ [P] &!4
(02:21) プロセスが 1440MB とかなりがち
(02:38) mds が絶賛実行中
(11:20) Sadaharu Aoki のケーキ。感動した。
(18:58)疑問文の口語をそのまま文字にされても
♭ [Mac] Powerbook G4 の内蔵HDD を 80G から 120G に交換した。
作業は基本的にねじを外すだけなので、シールを何枚も剥がす必要のある iBook Dual USB より 10 倍くらい簡単だった。 キートップは構造がわかれば簡単。 パンタグラフの左側からはずれる。 これじゃわからんか。
- 参考サイト： ＰＢＧ４ １２インチばらし手順
2005-08-28 [長年日記]
♭ [P] ぽち
(10:10) コーヒーうまい
(12:49) m o が効かなくなった。困った。o も効かない。
(14:28) ruby1.9 を apt-get upgrade したら暴走しなくなったような
♭ [Mac] 大文字小文字を区別する HFS+ だと SuperNipponica2003 X が起動しない
TIger をクリーンインストールするからには、Tiger になってから導入された大文字小文字を区別する HFS+ を試したいと思うのはありがちだと思う。 LWP の /usr/bin/HEAD 問題ももう問題ないって感じで。
SuperNipponica2003 X が起動しなかった。
フォントの読み込みに失敗しました。
というダイアログとともに終了。 これをインストールするために120Gにしたのに。
ProAtlasX.app が起動しない。 静かに、クリックしそこなったかと思うほどに静かに起動しない。 これをインストールするために120Gにしたのに。
2005-08-28 01:47:27.776 ProAtlasX[1029] AppKitJava: uncaught exception java/lang/NoClassDefFoundError (jp/co/alpsmap/util/LLPoint) 2005-08-28 01:47:27.796 ProAtlasX[1029] AppKitJava: exception = java/lang/NoClassDefFoundError: jp/co/alpsmap/util/LLPoint Stack Trace: java.lang.NoClassDefFoundError: jp/co/alpsmap/util/LLPoint at java.lang.Class.getDeclaredMethods0(Native Method) at java.lang.Class.privateGetDeclaredMethods(Class.java:1655) at java.lang.Class.getDeclaredMethods(Class.java:1139) 2005-08-28 01:47:27.796 ProAtlasX[1029] AppKitJava: terminating.
コンソールに痕跡があった。 Java か。
2005-08-29 [長年日記]
♭ [Bio] 今日のおもいつきは PubMed のプロクシです
Entrez PubMed サイトの検索結果をフックしてさまざまなリンクを埋め込むプロキシ
<URL:http://q--ple.bioruby.org/> とやることは同じ。でも埋め込むのは PMID 逆リンク。
機能
UniProt や OMIM、GO などの dbxref に PMID をもつデータベースのエントリを事前に PMID => db.entry にハッシュする。 検索結果の中に PMID をみつけたら、その PMID への dbxref をもつデータベースエントリへの逆リンクを埋め込む。
Entrez の出力は XHTML ではないので Javascript の DOM 操作で差し込めない。 そうすると、地道に HTML を解析して、置換することになる。
効能
人生のなかで数時間を節約。
インストール法
- 普段からつかっているテキストエディタを開いて。
- 好きな言語で実装してください。
- 来年のプログラミングコンテストにでます。
Ω hub [P2P]