ヽ(´ー｀)ノ

選択的スプライシングの影響をうけるコード領域やタンパク質配列について議論するときに、ASの影響による変化の単位についての適切な概念というか単語で流通しているものがなかったりする。<URL:http://www.nature.com/ng/journal/v37/n1/full/ng0105-15.html> で提案されていたもの。選択的スプライシングを計算機的なアプローチで研究しているひとは、きっと、みんなプログラムの変数として croe と同等なものをあつかっていると思う。

この分野はまだ言葉がたりないという雰囲気は感じている。適切な言葉で概念を切り取る余地があるということ。 Alternative Protein Isoforms について議論したとき (PMID:15860772) に強くそれを感じていた。

[ツッコミを入れる]

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2005-07-06 [長年日記]

♭ [P] 雨

(20:35) 一言でいうと悲しい

♭ [BioRuby] Bioinformatics Links Directory に載りました

UBiC Bioinformatics Links Directory に BioRubyが掲載されました。

♭ [Res] b-src 公開しました

5/30に試験公開したけどサーバ過負荷のより一旦公開中止へて、専用サーバを用意し再開したサービスを b-src という名前で公開しました。

<URL:http://b-src.cbrc.jp/markup>

b-src の名付けには hub 氏に協力していただきました。ありがとうございます。

♭ [Mac] TeXType

Keynote に数式を貼付けるツール。 TeX でかける。 TeXType から Keynote にレンダリングされた数式オブジェクトをコピペしたあとにも TeXType 側で編集すると、貼付けたオブジェクトに編集結果が反映される。デモムービーを参照されたい。

<URL:http://homepage.mac.com/yujit_achikawa/textype.html>

オブジェクト指向万歳なツール。

♭ [Hoge] 沖縄倶楽部源さん

イカスミのチャンプルーがよかった。

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2005-07-07 [長年日記]

♭ [P] 七夕

(10:00) メモリをインストールするも、カーネルが認識できず。

(10:30) カーネルのアップデートで失敗→めんどうなので再インストール。

(11:30) 更新体制は確保。X を動かそうとする。

(15:40) gdm からすすまない。

(16:50) kdm からすすまない。

(19:30) 解決。

♭ [Bio][eTOCs] Rickettsia felis のゲノム配列決定

Hiroyuki Ogata,Patricia Renesto,Stephane Audic,Catherine Robert,Guillaume Blanc,Pierre-Edouard Fournier,Hugues Parinello,Jean-Michel Claverie,Didier Raoult (2005) The Genome Sequence of Rickettsia felis Identifies the First Putative Conjugative Plasmid in an Obligate Intracellular Parasite, : http://dx.doi.org/10.1371/journal.pbio.0030248

♭ [Mac] M8943J/A を買ってきた

APPLE PORTABLE POWER ADAPTER 65W-JPN。 Apple Store ginza にて。 9,800円。

持ち歩いている AC アダプタの根元で断線が進行していて、つい二日前にショートしてスパークな事態となり買い替えることに。ジーニアスバーで切れない使い方について聞いてから購入。断線した AC アダプタと比較すると、根元の構造がかわっている。根元については、備え付けの可動式つめにぐるぐる巻にしてコードをまとめたほうが負担が少ないそうだ。ついでに、なくなっていた Powerbook のゴム足（バッテリー側）をつけて頂く。

Mac mini のメモリー増設について聞いてみると、持ち込みで受け付けているとのこと。最短 30 分くらいでできるそうだ。だだし、純正メモリーを購入必要があり、工賃も別途4000円ほどかかる。持ち込んだメモリーは不可ということ。 1GB に交換する見積もりをとってもらったらおよそ 4 万円とのこと。

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2005-07-08 [長年日記]

♭ [P] しししし

(00:01) リハビリしてみた。

(08:30) 警視庁の方がひとりメトロの改札の中にいた

♭ [Res] google にインデクスされた

上から 4 つ目に。

♭ [Bio] Pygr

A Python graph database framework for bioinformatics

[http://bioinfo.mbi.ucla.edu/pygr/より引用]

ISMB 2005 でのスライド <URL:http://bioinfo.mbi.ucla.edu/pygr/pygr2005.pdf> で概要が把握できる。

♭ [Hoge] print.google.com

書籍のグーグル検索。

「BioRuby」で検索すると二冊ヒット。「Support Vector Machines」で検索すると多数ヒット。「Tanimoto」で検索いろいろヒット。「LaTeX」で検索、これはつかえる。

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2005-07-09 [長年日記]

♭ [P]

♭ [SC] 5========+

♭ [Res] Nucleic Acids Research - Recent Hot Papers

Issue 毎のダウンロード数上位３つ。

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2005-07-10 [長年日記]

♭ [P] 納豆の日

(13:45) ダイナミックオーディオで 28k だった。

♭ [BioRuby][Ruby] Ruby勉強会＠関西-4クリップ

[Ruby] Ruby勉強会＠関西-4 <URL:http://kazuhiko.tdiary.net/20050709.html#p02>
[RubyKansai] Ruby勉強会＠関西 4 <URL:http://d.hatena.ne.jp/babie/20050709#p1>
[ruby] Ruby勉強会＠関西-4 <URL:http://znz.s1.xrea.com/t/?date=20050709#p01>
[Ruby] Ruby勉強会＠関西 4 <URL:http://moriq.tdiary.net/20050710.html#p02>
Chemruby日記 - Ruby勉強会@関西 <URL:http://d.hatena.ne.jp/nobyt/20050710> （修正しました、ご指摘ありがとうございます＞かずひこさん）

♭ [Hoge] ヒートアイランドはなぜ島なのか？

ヒートアイランドは直訳すると「熱の島」であるが、これは上空から撮影した都市部とその周辺のサーモグラフィー写真で、都市部が周辺から浮いた島のように見えることに由来する。

[http://ja.wikipedia.org/wiki/ヒートアイランドより引用]

やや意味不明。ああ、温度が低いところは青いから海なのか。青い海に赤い島が点々と。

google://ヒートアイランドをながめると、地図上にその地点の温度をz軸に描くと、温度の高いところが「島」になるからということらしい。

本日のツッコミ(全1件) [ツッコミを入れる]

Ω かずひこ [Chemruby日記のリンクは http://d.hatena.ne.jp/nobyt/20050710 じゃないで..]

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2005-07-11 [長年日記]

♭ [P] 校正をFAX

(01:33) AssistOn で 27k か。

♭ [Bio] 日本遺伝学会第７7回大会ミニシンポジウム・公開講演会

9/28-29 に代々木で開催される。いってみたいシンポジウムを抜粋してみる。

テーマ：遺伝子発現からみた神経系の機能と進化（英語）

企画責任者：池尾一穂・山本博章

講演者：大久保公策，山本博章，池尾一穂，峯田克彦

[http://iden77.genes.nig.ac.jp/minisymposium.htmlより引用]

テーマ： 100 ways to crack the genome（英語）

講演者：Pierre Gonczy，Ruth Lehmann，Mary Mullins，上田泰己，池村淑道

[http://iden77.genes.nig.ac.jp/minisymposium.htmlより引用]

なぜに crack?

テーマ：生命情報学によるゲノム進化の解析（日本語）

企画責任者：斎藤成也

講演者：藤山秋佐夫、三谷啓志、岡村康司，隅山健太

[http://iden77.genes.nig.ac.jp/minisymposium.htmlより引用]

テーマ：遺伝子からゲノム社会へ：構築の原理を求めて（日本語）

企画責任者：小林一三

講演者：小林一三，内山郁夫，中谷明弘，福田智行，望月敦史，中丸麻由子，半田直史

[http://iden77.genes.nig.ac.jp/minisymposium.htmlより引用]

テーマ：>・テーマ： DNA Barcode of Life （英語／日本語）

企画責任者：菅原秀明

講演者： James L. Edwards，伊藤元己，西田　睦・宮　正樹，斎藤成也

[http://iden77.genes.nig.ac.jp/minisymposium.htmlより引用]

バーコード

♭ [BioRuby][Ruby] Ruby勉強会＠関西-4 クリップ（２）

昨日のつづき。

Nov's daily? report(2005-07-09) Ruby勉強会＠関西-4 <URL:http://www.yo.rim.or.jp/~nov/d/?date=20050709#p01>

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2005-07-12 [長年日記]

♭ [P]

(00:22) 宿確保？

(09:30) 歯科（抜糸）

(11:00) 健康診断

(20:34) BICカメラで 31k だった。

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2005-07-13 [長年日記]

♭ [P] 梅雨らしい

(12:30) 分裂気味

(19:45) 直電

♭ [Mac] Mac mini のメモリーを 512MB に交換した

昨晩は有楽町周辺の販売店にたちよりある物を探したが、正規販売店では開ける道具はあつかっていないということだった。すでにオフィスデポやホームセンターは閉店している時間だったので、帰り道にあった100円ショップで使えそうなものを探し、お好み焼き返しを二つ確保した（一つで十分ですよ）。安いだけあって先端は切断面がそのままで尖っていない。

開腹の手順は把握できているが、力加減が分からず困る。数分の試行でわりと傷もつかずに成功。 iBook の開腹より断然簡単だった。記念撮影のち、DDR400 256MB メモリを余剰だった DDR333 512MB と交換。微妙。

開いたまま起動実験。問題なく成功。そのまま 10.4.2 にアップデート。それにしても静かなマシンだと再確認。

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2005-07-14 [長年日記]

♭ [P]

(09:09) 定期更新。6ヶ月。

♭ [Res] mod_rewrite

黒魔術を使いこなせない。

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2005-07-15 [長年日記]

♭ [P] 晴

(09:30) Linux の人がフリーズしていた。再起動してくれない。困った。メモリーか？

♭ [Res] mod_rewrite (2)

うまく使いこなせなかった RewriteRule が意図通りに動いた。

DocumentRoot を設定して解決。 <Location> の中で DocumentRoot を設定しないと先に設定された値が継承されていて、その副作用で意図しない URL の書き換えおこっていた。

♭ [Hoge] ゆりかもめが不通になっていた

芝浦埠頭からお台場海浜公園間で列車事故。それってレインボーブリッジのある区間ですね。

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2005-07-16 [長年日記]

♭ [P] 雷雨？、合宿７

♭ [Bio] EMBOSS 3.0.0 released

ChangeLog に各プログラムの振る舞いの変更の記載があります。

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2005-07-17 [長年日記]

♭ [P] 合宿７（２）

(08:45) 渋谷に移動

♭ [Hoge] 本文を拡大

今日の「CSS を追加」。

form.update textarea {
        width: 60em;
        height: 17em;
}

本日のツッコミ(全1件) [ツッコミを入れる]

Ω hub [合宿お疲れさまです。今度の機会にはぜひ襲撃したいなーと]

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2005-07-18 [長年日記]

♭ [P] 合宿７

♭ [Mac] cmd + opt + ctl + 8

ブームの予感。連打するのがイイ。

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2005-07-19 [長年日記]

♭ [P]

(08:50) 外気が温い

(11:10) ゆりかもめに PLoS T を着ているひとがいたよ

♭ [OS] Error 21

金曜日にフリーズした Debian のヒトをメンテ。

GRUB Loading stage1.5.



GRUB loading, plase wait...
Error 21

と表示されたまま止まる。

Error 21 は

21 : Selected disk does not exist

　　 This error is returned if the device part of a device- or full file name refers to a disk or BIOS device that is not present or not recognized by the BIOS in the system.

[Errors reported by the Stage 2より引用]

ということなので、HDD のデバイス名が BIOSのと矛盾するときのもの。 BIOS とんだ。

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2005-07-20 [長年日記]

♭ [P] やや涼しい

(11:00) デスクにFAXがきてた。3 秒で返信。

(12:17) rtf の申し込みをした。

(13:10) ensembl.org につながらない。www.ebi.ac.uk にはつながるが。

(23:30) 散髪

♭ [ofo] NMR

Neta-ni-Maji-Resu

使用例

A: NMR でネタにマジレスだってさ
B: NMR は核磁気共鳴法だろ。

♭ [Res] "Cited by " from http://scholar.google.com

自分の関わった論文をいくつか調べたところ、以前に調べたときより Cited 数が増えていた。引用数が増えると素直にうれしい。

<URL:http://scholor.google.com>

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2005-07-21 [長年日記]

♭ [P] 東銀座

(18:35) うなぎ。

♭ [Hoge] デジカメ修理

出勤途中に、ピントのズレた GX を銀座のカメラサービスセンターに持ち込む。生活圏にサービスセンターがあるところが東京に住んでいる利点。

電源投入時にレンズが正常な位置にならない点とAFでピントがズレている点、ボディーの隙間などの修理を依頼する。予想外にも、2004/07/14 からの保証書だけど、2004/07 扱いにしていただけることに。

♭ [Res] smtp

ここ一年ほどローカルの Postfix からメールを送っていることが多いけど、どうも届いていないメールがある予感。独自ドメインを名乗っているので、通してくれない場合があるのだろうか。そんなわけで、なんともかんともいかんともしがたい予断を許さない状況なわけだったり。

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2005-07-22 [長年日記]

♭ [P] 眠

(01:31) 入電

(03:11) 電池切れ

♭ [Mac] 最近のPowerbookの様子

キーボードの端にあるキー以外の入力を受け付けなくなる。cmd + tab は効くけど、a が入らない。
Emacs.app の設定が決まらない。
バッテリーが2時間くらいもつ。
Safari でタブを30個くらいひらくとが重くなりすぎるので、Shiira.app を併用。
Shiira.app は UserAgent を Safari にしないと Google maps が見えない。
CrashReporter が起動途中でハングする。
cmd + tab でアプリケーションローテートしたときに、X11.app のウインドウが手前にならない。でもフォーカスはいってる。
Aqua でログインしないと /Volumes 以下をマウントしない。
落下。
cmd + opt + ctl + 8 を連打。
Tiger は caps lock を ctl に Preference.app で設定できる。
ctl + F2

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2005-07-23 [長年日記]

♭ [P] 寒、地震

(11:56) 2.1.2 系になっている。

(16:35) 千葉県北西部 M5.7 <URL:http://www.tenki.jp/data/quake/image/00931643.gif>

♭ [Hoge] 電車走行中は地震の揺れを感じない

お茶の水駅と四ッ谷駅の間を走行中に地震があったようである。揺れは感じず。

四ッ谷駅ホームでは数分ごとにアナウンスが繰り返され。復旧に時間がどの程度かかるか、確認作業の進捗などについてはいっさい触れられず、印象としては、数十分程度で復旧しそうな雰囲気。そんなわけで、その後 40 分ほどホームで復旧を待つが、あきらめて駅を出た。

震度で運行停止しているときは復旧に数時間かかるわけで、今後は地震のときはすぐに駅を出る方向で。

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2005-07-24 [長年日記]

♭ [P] 凉

(15:01) iPod のアンプはかなりいけてないということに気がついてみた。

♭ [Mac] Emacs.app で cmd + ` のウインドウローテートがつかえるようになっていた

いつからか C-x 5 2 で複数のウインドウを開いているときに、Mew のバッファでは undefined といわれていた cmd + ` （Aqua のアプリケーション内ウインドウローテートのショートカット）が、EmacsCVS-Tiger-20050706.dmg で Mac-Style Key Bindings を有効にしているとつかえることが分かった。

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2005-07-25 [長年日記]

♭ [P] 雨？、台風7号接近中

♭ [Bio] in silico

in silico という表現は 1991 年にダンシャンらによって導入されたという記述が Wikipedia にあった。

Wikipedia://in_silico
Danchin A, Medigue C, Gascuel O, Soldano H, Henaut A. From data banks to data bases. Res Microbiol. 1991 Sep-Oct;142(7-8):913-6. PMID 1784830

♭ [Mac] 外付けHDDをマウント

GUI でログインしないと起動ディスク以外をマウントしてくれないので、そとから CUI でマウントするしか。

$ diskulit list          # 接続されているディスクを確認。
$ disktool -m /dev/disk1 # なぜか一般ユーザでマウントできる。

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2005-07-26 [長年日記]

♭ [P] 台風第7号 (バンヤン)

(08:10) 雨が降り出した。

(15:30) 帰宅勧告

(16:30) 帰宅へ。まだ風はつよくない。

♭ [Res] 引用の波及

論文で引用した論文のアブストラクトページをアンテナすると、引用元リンク集に追加されるのがわかるのだった（例：<URL:http://www.genome.org/cgi/content/abstract/8/5/524>）。

ここからいえることは、３月末に電子版が公開された論文が、７月末に引用している論文の「引用元」リストに追加された、ということ。

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2005-07-27 [長年日記]

♭ [P] 台風一過

(09:30) 空が青い

♭ [Res][OS] dvipdfmx が扱えない eps ファイル、もしくは BoundingBox のおかしな pdf ファイル

ここであつかわれていた問題とおなじ現象に昨晩から悩まされた。

これは ptex_package_05v2.1.pkg をインストールして解決。

<URL:http://www.r.dendai.ac.jp/~kiriki/ptex/modules/mydownloads/>

こんどは、dvipdfmx による pdf ファイルが Adobe Redaer 7.0.app で正常に開けなくなった。こちらも画像まわりの問題。一部の画像につかわれているフォントがみつからないようなエラー。一旦 Preview.app で開いてから「プリント」→「PDF」でpdf ファイルとして保存することで ad hoc に解決。

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2005-07-28 [長年日記]

♭ [P] 抹茶色の海

(00:10) DV 動作確認。

(10:33) キー入力が不安定。

(14:00) 都内某所。コンセント確保。

(19:15) 揺れた。

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2005-07-29 [長年日記]

♭ [P] きのうはもくようなのにどよう

(09:30) 一日で東京の空に戻っている。

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2005-07-30 [長年日記]

♭ [P] 寿

♭ [T] 台場→目黒駅

タクシーで3,440 円。

♭ [T] 目黒駅から

タクシーで5,150円。

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2005-07-31 [長年日記]

♭ [P] 漫画喫茶

(13:30) 帰宅

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2004|01|02|03|04|05|06|07|08|09|10|11|12|

2005|01|02|03|04|05|06|07|08|09|10|11|12|

2006|01|02|03|04|05|06|07|08|09|10|11|12|

2007|01|02|03|04|05|06|07|08|09|10|11|12|

2008|01|02|03|04|05|06|07|

ヽ(´ー｀)ノ

2005-07-01 [長年日記]

♭ [P]

♭ [Res] セミナー

2005-07-02 [長年日記]

♭ [P] セール

2005-07-03 [長年日記]

♭ [P] 選挙、脱皮

♭ [T] 合宿所候補地

♭ [Bio] wossname

2005-07-04 [長年日記]

♭ [P] 歯科

♭ [Res] gonzui であれを復活

2005-07-05 [長年日記]

♭ [P] 洗浄、腫れは今日明日がピーク

♭ [Bio][Res] croe (coding region in an exon)

2005-07-06 [長年日記]

♭ [P] 雨

♭ [BioRuby] Bioinformatics Links Directory に載りました

♭ [Res] b-src 公開しました

♭ [Mac] TeXType

♭ [Hoge] 沖縄倶楽部 源さん

2005-07-07 [長年日記]

♭ [P] 七夕

♭ [Bio][eTOCs] Rickettsia felis のゲノム配列決定

♭ [Mac] M8943J/A を買ってきた

2005-07-08 [長年日記]

♭ [P] しししし

♭ [Res] google にインデクスされた

♭ [Bio] Pygr

♭ [Hoge] print.google.com

2005-07-09 [長年日記]

♭ [P]

♭ [SC] 5========+

♭ [Res] Nucleic Acids Research - Recent Hot Papers

2005-07-10 [長年日記]

♭ [P] 納豆の日

♭ [BioRuby][Ruby] Ruby勉強会＠関西-4クリップ

♭ [Hoge] ヒートアイランドはなぜ島なのか？

2005-07-11 [長年日記]

♭ [P] 校正をFAX

♭ [Bio] 日本遺伝学会第７7回大会 ミニシンポジウム・公開講演会

♭ [BioRuby][Ruby] Ruby勉強会＠関西-4 クリップ（２）

2005-07-12 [長年日記]

♭ [P]

2005-07-13 [長年日記]

♭ [P] 梅雨らしい

♭ [Mac] Mac mini のメモリーを 512MB に交換した

2005-07-14 [長年日記]

♭ [P]

♭ [Res] mod_rewrite

2005-07-15 [長年日記]

♭ [P] 晴

♭ [Res] mod_rewrite (2)

♭ [Hoge] ゆりかもめが不通になっていた

2005-07-16 [長年日記]

♭ [P] 雷雨？、合宿７

♭ [Bio] EMBOSS 3.0.0 released

2005-07-17 [長年日記]

♭ [P] 合宿７（２）

♭ [Hoge] 本文を拡大

2005-07-18 [長年日記]

♭ [P] 合宿７

♭ [Mac] cmd + opt + ctl + 8

2005-07-19 [長年日記]

♭ [P]

♭ [OS] Error 21

2005-07-20 [長年日記]

♭ [P] やや涼しい

♭ [ofo] NMR

♭ [Res] "Cited by " from http://scholar.google.com

2005-07-21 [長年日記]

♭ [P] 東銀座

♭ [Hoge] デジカメ修理

♭ [Res] smtp

2005-07-22 [長年日記]

♭ [P] 眠

♭ [Mac] 最近のPowerbookの様子

2005-07-23 [長年日記]

♭ [P] 寒、地震

♭ [Hoge] 沖縄倶楽部源さん

♭ [Bio] 日本遺伝学会第７7回大会ミニシンポジウム・公開講演会