ヽ(´ー｀)ノ
2005-06-02 [長年日記]
2005-06-05 [長年日記]
♭ [P] 晴
(12:00) コーヒー豆を求めてクラナッハへ向かう。久しぶりに Frog でポタ。
(12:10) k 親子と遭遇。定休日であることを告げられる。
(12:15) 目視により定休日を確認。その後彷徨う。
♭ [Bio] COBRA - Collection of Biostatistics Research Archive
The Berkeley Electronic Press (bepress) による Biostatistics 研究論文のレポジトリ。 サブジェクトや著者の所属機関でブラウズ、論文の登録、レイティング機能を提供。 アカウントを取得すると表示のカスタマイズも出来そうである（試していない）。
♭ [Bio] GO アノテーションキャンプ2005の集合写真
GO の anonymous CVS レポジトリ を update -d していると
(前略) U www/photo_GO_Annotation_Camp_20050604.shtml (中略) U www/images/photo_GO_Annotation_Camp_20050604.jpg (後略)
というファイルが。
開いて見ると、すばらしいレポートを残している sesejun さんを含めて数名の知人がいた。
2005-06-08 [長年日記]
♭ [P] omd10
(09:30) 歯科。笑顔で選択を迫られる
(11:51) 下書きだった案件を申請
(12:30) http://www.nixie-tube.com/nixie/tubes.html／コンポ／ctags／バックスラッシュ／餃子
(22:30) 詰まる
♭ [CS] Viterbi アルゴリズムを数行でプログラミング出来る言語
動的計画法をつかったアルゴリズムを記述して、それを解くC++ のプログラムを出力する。
1| :- item(item,double,0).
2| alpha(State,0) max= initprob(State).
3| alpha(State,Time) max= alpha(Oldstate,=Time-1)*moveprob(Oldstate,State)
*emitprob(State,Symbol) if input(Symbol,Time).
4| goal max= alpha(State,Time)*stopprob(State) if input_length(Time).
Shortest path (Dijkstra's アルゴリズム)は４行
1| :- item(item, double, inf). 2| pathto(U) min= start_vertex(U). 3| pathto(V) min= pathto(U) + edge(U,V). 4| goal min= pathto(V) + end_vertex(V).
2005-06-09 [長年日記]
♭ [P] 段々と暑くなってきた
(09:18) ホームのベンチでうなだれている上司を見る。
(09:28) 千葉北部 M4.3 丁度エレベータに乗っていて気がつかなかった。
(19:10) 気がつくとデッキで生ビール
(23:53) アスパラが届いていた
♭ [Res] バイオインフォマティクス関係パッケージのソースコード検索サーバ
上司と相談の結果、仕事としてすすめられることになった。 更新マシンの設定を進める。 apt-get で gonzui や ruby1.9 がはいるようになっていたので、Ruby 対応と Perl 対応を設定。 近日中に公開サーバへ反映させることができる。はず。
♭ [Bio] E-Utils の ESpell
ESpell を教えて頂いたので、NCBI ESpell Utility を読んでみた。
<URL:http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/espell.fcgi?db=pubmed&term=brest+cancer> という問い合わせで、
1| <?xml version="1.0"?> 2| <!DOCTYPE eSpellResult PUBLIC "-//NLM//DTD eSpellResult, 23 November 2004//EN" "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/DTD/eSpell.dtd"> 3| <eSpellResult> 4| <Database>pubmed</Database> 5| <Query>brest cancer</Query> 6| <CorrectedQuery>breast cancer</CorrectedQuery> 7| <SpelledQuery><Replaced>breast</Replaced><Original> cancer</Original></SpelledQuery> 8| <ERROR/> 9| </eSpellResult>
というレスポンスが得られる。
タイトルで PubMed を検索したときに、結果が得られないときには使えそうです。
2005-06-11 [長年日記]
2005-06-12 [長年日記]
♭ [Bio] BioMed Central | Abstract | 1471-2105-6-142 | Which gene did you mean?
コミュニティーでタグ付けましょう、っていう提案。
2005-06-13 [長年日記]
♭ [Bio][OS] The Computer Language Shootout Benchmarks
さまざまな計算問題でプログラミング言語やコンパイラを比較。 CPUタイム、メモリー使用量、コード行数で比較可能。
ランダムDNA配列の生成 やオリゴマー頻度、 相補鎖生成 といった問題までも。
単なるパフォーマンスの比較だけではなく、同じ計算問題を他の言語ではどのように書いているのか、という視点でも楽しめる。
2005-06-15 [長年日記]
♭ [P] 雨
(00:33) 深夜会議。胡麻、ブルーチーズ、プリン
(08:40) PHS 置き忘れ
(09:04) anonimous さんから 70 ツッコミ
(14:22) 第二波
(22:10) 中略して第七波
♭ [Hoge] つっこみを消す
% egrep 'http://hoged' Mail/inbox/* |
ruby -ne 'a=$_.scan(/\/(2004)(\d{2})(\d{2}).html/)[0];
puts "<li>";
p a;
url="http://hoged.tdiary.net/update.rb?edit=true;year=2004;month="
+a[1].to_s.sub(/\A0/,"")+";day="+a[2].to_s.sub(/\A0/,"");
puts "<a href=\"#{url}\">#{url}</a>"' > /tmp/a.html
そして、ひとつづつクリッククリック。
♭ [Res] 203頁にわたる論文博士（を望むひと）とポスドクの明日
ご意見は 中央教育審議会「新時代の大学院教育−国際的に魅力ある大学院教育の構築に向けて−」（中間報告）に関する意見募集の実施について にて6/27まで。
2005-06-17 [長年日記]
♭ [Bio] BOSC2005 のプログラムが公開
ライントニングトークには BioRuby、G-language、BioKnoppix、Biopakcages.net などなど。
2005-06-18 [長年日記]
♭ [Bio] CiteULike に論文を追加するブックマークレット
PubMed や CiteSeer、arXiv.org などの論文アーカイブなどや Science や PLoS などのいくつかの出版社に対応。 OUP は未対応だった。 未対応の場合は PubMed にいって登録。
♭ [Res] 一時停止中
バイオインフォマティクス関係のソースコード検索（仮） は過負荷のため一旦停止しました。
メモリ使用量がとくに厳しいので、そのへんあたりを対策。
Google や Yahoo 検索からくるひとが増えつつあったので、潜在的な需要をちゃんと掴みたいところ。
2005-06-19 [長年日記]
♭ [Mac] kernel: hotfiles_evict: err 1celocating file
system.log に多数。以下抜粋。
Jun 19 10:23:55 meta kernel: hotfiles_evict: err 1celocating file Jun 19 10:25:55 meta last message repeated 4 times Jun 19 10:35:55 meta last message repeated 20 times Jun 19 10:45:54 meta last message repeated 20 times Jun 19 10:55:56 meta last message repeated 20 times Jun 19 11:05:54 meta last message repeated 20 times Jun 19 11:15:54 meta last message repeated 20 times Jun 19 11:25:54 meta last message repeated 20 times Jun 19 11:35:55 meta last message repeated 20 times Jun 19 11:45:55 meta last message repeated 20 times Jun 19 11:55:55 meta last message repeated 20 times Jun 19 12:05:55 meta last message repeated 20 times Jun 19 12:15:55 meta last message repeated 20 times Jun 19 12:24:25 meta last message repeated 17 times
こんなかんじ。meta はマシン名。
Google で The macosxhints Forums - kernel: hotfiles_evict: err 1celocating file 発見。
Nevertheless, the fact that you see the error message indicates that the call to 'hfs_relocate' is failing.
This may indicate a serious problem with your filesystem and/or hard disk.
Is your disk almost full?
[The macosxhints Forums - kernel: hotfiles_evict: err 1celocating fileより引用]
数ヶ月まえからディスクは溢れかけていた。
% df -h Filesystem Size Used Avail Capacity Mounted on /dev/disk0s9 75G 73G 1.0G 99% /
そういうことか。
2005-06-20 [長年日記]
♭ [P] 自転車、インシデント
(01:15) < な横揺れ。銚子。M5.1。50km。<URL:http://www.tenki.jp/data/quake/image/00900121.gif>
(16:50) orz
♭ [Bike] R455-R17-R4-R15-ゆりかもめ
実測走行時間 40 分。 行程のだいたい半分は車道走行。 R455とR17の一部の区間はバスレーン（7:30〜9:00）であるので走りやすい。 R15 あたりは左折車がむりやり抜こうとするので恐ろしい。 荷物の搬入で路駐も多め。 地下鉄の出口付近ではタクシーを止めるヒトも多め。 ゆりかもめの最後尾の二人掛けの座席を確保。 一人掛けのほうは先に取られた。 最適な位置を見つけるのが今後の課題。
- 総走行距離: 1432.0km
- 走行距離: 8.62km
- 走行時間: 31m21s
- 平均速度: 16.5km/h
- 最高速度: 25.4km/h
2005-06-24 [長年日記]
2005-06-26 [長年日記]
♭ [RRb] Subject: The Challenge of R
R のような行列の操作っていいね→→NArray があるよ、っていうスレッド。
2005-06-27 [長年日記]
♭ [Res][OS] Debian の apache 1.3 に gonzui をプロキシさせる
http://localhost:9000/ で http://localhost:46984/ をプロキシする場合。 /etc/apache/conf.d/gonzui.conf のような適当なファイルに
LoadModule proxy_module /usr/lib/apache/1.3/libproxy.so
ProxyRequest On
Listen *:9000
NameVirtualHost *:9000
<VirtualHost *:9000>
ServerName gonzui.webrick
ProxyPass / http://localhost:46984/
ProxyPassReverse / http://localhost:46984/
<Location />
Order allow, deny
Allow from all
</Location>
</VirtualHost>
♭ [Hoge] コミュニケーションを加速するのは、ストンと受け入れられるような定型化なんだなと
音楽だってそうだ。音階や（以下１００行ほど妄想しましたが省略）。
ichi さんに渡されたので、書いてみる。
Total volume of music files on my computer
- 9.96GB
Song playing right now
- HDD のドライブ音。さっきまでははっぴいえんどの「風街ろまん」の中の曲がきこえていた
The last CD I bought
- 音の瞬間 - ビセンテ・アミーゴ
Five songs(tunes) I listen to a lot, or that mean a lot to me
- 交響曲第八番 - ブルックナー - ヴァント
- ピアノコンチェルト第二番 - ラフマニノフ - グリモー／アシュケナージ
- 交響曲第一番 - ブラームス - ミュンシュ
- 明日 - 平原綾香
- ケルン・コンサート - キース・ジャレット
基本的に、アルバム単位、アーティスト単位で聞き流すので、曲名は覚えません。 XTC とか曲名はぜんぜん知らない。
頭から最後まで流すといいかんじなサウンドトラックがいくつかあるが、そのなかから一曲とりだすことはできないので紹介できず。
Five people to whom I'm passing the baton
- yn師
- Ogishima氏
- Itoshi氏
- kwg 氏
- 俺様
気がついたらたすきを拾ってやってください＞各位。
2005-06-28 [長年日記]
♭ [P] 36度超
(09:24) 山手線などの不通のあおりで地下鉄が混みすぎ。
(19:21) 最近 tb 送っても送れていないような気がする。
(22:50) 投函！しかし、だがしかし。
(23:30) 手打ち、前向き、はしりつづけないと、という話。
♭ [Bio] UBiC Bioinformatics Links Directory
NAR Web Server Issue 2005 のサマリーアーティクル The Bioinformatics Links Directory: a Compilation of Molecular Biology Web Servers のサイト。
リストにないサイトは <URL:http://bioinformatics.ubc.ca/resources/links_directory/add.php> から追加リクエストが可能。 さっそく <URL:http://BioRuby.org> の追加リクエストを送った。
<URL:http://bioinformatics.ubc.ca/resources/links_directory/link_to_us/> には、サーチボックスのHTMLコード片やリンクボタン、RSS feed が提供されている。
♭ [Mac] サイトサムネイルの作成
Tiger にしたときの Python のライブラリの更新のあおりで webkit2png がつかえなくなっていた。 それで coral を試してみた。
上のエントリの画像は、以下のコマンドラインで作成。
./coral http://bioinformatics.ubc.ca/resources/links_directory/ -o /tmp/a.png -s 800 700 -S 400 350
800x700 の大きさでレンダリングし、400x350 で /tmp/a.png に保存、という塩梅。
オプションが最低限の機能しか提供していないので、ユーザインターフェイスとしては webkit2png に一歩及ばずという印象。 大きさの指定オプションについてはレンダリングサイズの規定値 (800x600) があるなら、幅だけを指定すれば高さは自動的に指定されてもいいかと。
2005-06-29 [長年日記]
♭ [Res] 見積もりが来たけど
Debian GNU/Linux での動作確認はない、と。 SUSE Linux ってどうなんだろか。
OS のインストールとか管理とかできるだけ楽したいので、いままでつかっていないものは避けたい。 その線の果てに PowerMac G5 があるのに気がついた。
♭ [Bio] GIW 2005 cfp
12/19-21 開催。
論文は 09/01 締め切り。 ポスターは 10/10 締め切り。 昨年からポスターのアブストラクトがプロシーディングスに載らなくなったので、ある種の価値が損なわれたのだった。 もう、見開きで作文する価値はないのではないだろうか？
Call for BoFs はない。 問い合わせ中。
追記： 返事が来たよ。昨年と同様に開催できそうな感触。
Ω thecla [E-utils の中の Espell じゃだめ?]