ヽ(´ー｀)ノ
2005-05-02 [長年日記]
♭ [Mac] ご不在連絡票
福山通運のご不在連絡票があったので再配達依頼のために「自動受信電話」に電話した。 音声ガイダンスに従って「配達日時」を４桁の数字でダイアル、「店所コード」を３桁の数字でダイアル、そして「伝票ナンバー」をダイアルすると、記載されている「伝票ナンバー」は12桁なのですが、その時の復唱は11桁で、「伝票に誤りがあるのでオペレータにご連絡ください」というようなメッセージが。
♭ [Mac] Mac mini に Tiger をインストール
Illustrator 10 が起動できなくなりました。 全体的に動作が軽くなりました。 Preference.app/Displayに「回転」メニューができました。 いわゆるピボットなLCDでは90度回転させるとすてきな表示に。 でもアクセラレーションかからないようなので、表示がカクカクです。 スクリンセイバーのRSS Visualizer はステキですが、Quartz Extreame 対応でないとインストールされないようです。 Activity Monoter.app の項目が細かくなりました。 rsync -e ssh でリモートから接続するときのパスワードのプロンプトからホスト名がきえていました。 ruby が 1.8.2 になっていましたが、readline にリンクされていないという。
2005-05-03 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] Genome Res.
W.J. Kent, Fan Hsu, Donna Karolchik, Robert M. Kuhn, Hiram Clawson, Heather Trumbower, and David Haussler (2005) Exploring relationships and mining data with the UCSC Gene Sorter Genome Res. 2005;15 737-741
Randall H. Brown, Samuel S. Gross, and Michael R. Brent (2005) Begin at the beginning: Predicting genes with 5' UTRs Genome Res. 2005;15 742-747
Alexei A. Sharov, Dawood B. Dudekula, and Minoru S.H. Ko (2005) Genome-wide assembly and analysis of alternative transcripts in mouse Genome Res. 2005;15 748-754
2005-05-04 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] Hum. Mol. Genet.
Kol G, Lev-Maor G, Ast G. (2005) Human-Mouse Comparative Analysis reveals that Branch-site plasticity contributes to splicing regulation. Hum Mol Genet. 2005 Apr 27
♭ [Bio][eTOCs] BIOINFORMATICS
Pei Hao, Wei-Zhong He, Yin Huang, Liang-Xiao Ma, Ying Xu, Hong Xi, Chuan Wang, Bo-Shu Liu, Jin-Miao Wang, Yi-Xue Li, and Yang Zhong (2005) MPSS: an integrated database system for surveying a set of proteins Bioinformatics 2005 21: 2142-2143.
Noriyuki Kitagawa, Takanori Washio, Shunichi Kosugi, Tomoya Yamashita, Kenji Higashi, Hiroshi Yanagawa, Kenichi Higo, Koji Satoh, Yasuhiro Ohtomo, Tomomi Sunako, Kazuo Murakami, Kenichi Matsubara, Jun Kawai, Piero Carninci, Yoshihide Hayashizaki, Shoshi Kikuchi, and Masaru Tomita (2005) Computational analysis suggests that alternative first exons are involved in tissue-specific transcription in rice (Oryza sativa) Bioinformatics 2005 21: 1758-1763.
ライスの選択的第一エクソンの解析。
Darrell Conklin, Betty Haldeman, and Zeren Gao (2005) Gene finding for the helical cytokines Bioinformatics 2005 21: 1776-1781.
サイトカイン遺伝子発見
W. H. Majoros, M. Pertea, and S. L. Salzberg (2005) Efficient implementation of a generalized pair hidden Markov model for comparative gene finding Bioinformatics 2005 21: 1782-1788.
遺伝子発見
Maria Stepanova, Tatiana Tiazhelova, Mikle Skoblov, and Ancha Baranova (2005) A comparative analysis of relative occurrence of transcription factor binding sites in vertebrate genomes and gene promoter areas Bioinformatics 2005 21: 1789-1796.
転写因子結合サイト
Per Garden, Rikard Alm, and Jari Hakkinen (2005) PROTEIOS: an open source proteomics initiative Bioinformatics 2005 21: 2085-2087.
Kuljeet S. Sandhu and Kshitish K. Acharya (2005) ExPrimer: to design primers from exon--exon junctions Bioinformatics 2005 21: 2091-2092.
エクソンジャンクション検出のためのプライマー設計。 選択的スプライシングの解析向け。
J. M. Cameron, T. Hurd, and B. H. Robinson (2005) Computational identification of human mitochondrial proteins based on homology to yeast mitochondrially targeted proteins Bioinformatics 2005 21: 1825-1830.
ヒトミトコンドリア遺伝子を酵母のホモログからみつけるつもりです。
Zheng Rong Yang (2005) Prediction of caspase cleavage sites using Bayesian bio-basis function neural networks Bioinformatics 2005 21: 1831-1837.
カスパーゼ切断サイトを予測します。
Han-Lin Li and Chang-Jui Fu (2005) A linear programming approach for identifying a consensus sequence on DNA sequences Bioinformatics 2005 21: 1838-1845.
線形計画法
Niklaus Fankhauser and Pascal Maser (2005) Identification of GPI anchor attachment signals by a Kohonen self-organizing map Bioinformatics 2005 21: 1846-1852.
GPI アンカー
Robel Y. Kahsay, Guang Gao, and Li Liao (2005) An improved hidden Markov model for transmembrane protein detection and topology prediction and its applications to complete genomes Bioinformatics 2005 21: 1853-1858.
膜タンパク質のトポロジー
Thomas D. Wu and Colin K. Watanabe (2005) GMAP: a genomic mapping and alignment program for mRNA and EST sequences Bioinformatics 2005 21: 1859-1875.
マッピング
F. Chalmel, A. Lardenois, J.D. Thompson, J. Muller, J.-A. Sahel, T. Leveillard, and O. Poch (2005) GOAnno: GO annotation based on multiple alignment Bioinformatics 2005 21: 2095-2096.
多重配列整列にもとづく GO アノテーション。
F. Azuaje (2005) Integrative data analysis for functional prediction: a multi-objective optimization approach Bioinformatics 2005 21: 2099-2100.
Joachim Friedrich, Thomas Dandekar, Matthias Wolf, and Tobias Muller (2005) ProfDist: a tool for the construction of large phylogenetic trees based on profile distances Bioinformatics 2005 21: 2108-2109.
Weijiang Li and Hiroyuki Kurata (2005) A grid layout algorithm for automatic drawing of biochemical networks Bioinformatics 2005 21: 2036-2042.
ネットワーク自動描画系。
Kinya Okada, Shigehiko Kanaya, and Kiyoshi Asai (2005) Accurate extraction of functional associations between proteins based on common interaction partners and common domains Bioinformatics 2005 21: 2043-2048.
Oliver Hofmann and Dietmar Schomburg (2005) Concept-based annotation of enzyme classes Bioinformatics 2005 21: 2059-2066.
酵素のクラス
♭ [Bio][eTOCs] Genome Biol.
Karen Eilbeck, Suzanna E Lewis, Christopher J Mungall, Mark Yandell, Lincoln Stein, Richard Durbin, Michael Ashburner (2005) The Sequence Ontology: a tool for the unification of genome annotations Genome Biology
SO。オーサーは ML で発言していた方々ですな。
Barry Smith, Werner Ceusters, Bert Klagges, Jacob Kohler, Anand Kumar, Jane Lomax, Chris Mungall, Fabian Neuhaus, Alan L Rector, Cornelius Rosse (2005) Relations in biomedical ontologies Genome Biology
オントロジー。
Ilya G Goldberg, Chris Allan, Jean-Marie Burel, Doug Creager, Andrea Falconi, Harry Hochheiser, Josiah Johnston, Jeff Mellen, Peter K Sorger. Jason R Swedlow (2005) The Open Microscopy Environment (OME) Data Model and XML file: open tools for informatics and quantitative analysis in biological imaging Genome BIology
顕微鏡の画像解析関連。
2005-05-07 [長年日記]
♭ [OS] gonzui/langscan/R.rb
gonzui が R 言語に対応したらいいね、っていう電波を受信しました。
GonzuiHacks や LangScanner (これは gonzui/langscan/elisp.rb が利用している gonzui/langscan/_easyscanner.rb かな) あたりを参考にしてやると作れるかもしれません。
できたあかつきには、CRAN と Bioconductor と Omegahat 全部を import してやりたいです。
2005-05-08 [長年日記]
♭ [Res] CiteULike
文献ライブラリ。 文献にはタグ付けができ、EndNote と BibTex 形式でエクスポートできる。 文献エントリには permlink があるので、参照するのに便利かも。
♭ [Mac] Powerbook G4 のバッテリーが残り 97%なのに時間 0:05 になる件
PMUのリセットが必要になりそう。
コンピュータに電源が入っている場合は、電源を切ります。
キーボードの「Shift」、「Control」、「Option」、パワーの各キーを同時に押し、パワーマネージャをリセットします。このとき「fn（ファンクション）」キーは押さないでください。
5 秒間ほど待ちます。
パワーボタンを押してコンピュータを再起動します。
[アップル - サポート - TIL: PowerBook および iBook のパワーマネージャ (PMU) のリセットより引用]
♭ [Mac] Powerbook G4 の Macintosh HD の空きが 163.5MB
HDD の空きがたりないと swap ファイルの作成に支障がでてきているので80GB から 100GB のものに交換したいものである。
- TOSHIBA 2.5inch 100GB [MK8025GAS] は PLUS YU にて購入（29,300円）、交換（工賃6,000円）できる。
- TOSHIBA MK1032GAS 5400rpm 25k円
- TOSHIBA MK1032GAX 5400rpm 26k円
- TOSHIBA MK1031GAS 124 Mbit/mm2 179-373Mb/s 4200rpm 8M/cache は 秋葉館 にて購入（19,990円）できる。
- Fujitsu MHV2100AT 4200rpm 19k円
- Fujitsu MHV2100AH 5400rpm 24k円
- Seagate Momentus 5400.2 ST9100822A 386Mb/s 4200rpm 8M/cache 流体軸受け 23k円
- Seagate Momentus 5400.2 ST9100823A 5400rpm 流体軸受け 23k円
- HGST Travelstar 5K100 HTS541010G9AT00 133.3Mbit/mm2 493Mb/s 5400rpm 8M/cache 流体軸受け。22k円
- I/O DATA HDN-100D 4200rpm 25k円
- Logitec LHD-NL100K 4200rpm 流体軸受け 24k円
- Logitec LHD-NL100HK 5400rpm 流体軸受け 29k円
参考サイト
- Datail of 2.5inch HardDisk : medical macintosh
- 内蔵ハードディスク ノート用 商品一覧 - coneco.net
- ITmedia PCUPdate：富士通、120Gバイト2.5インチHDD発表 - 今月から出荷されているらしい。こっちを待つという選択肢もある。
2005-05-11 [長年日記]
2005-05-12 [長年日記]
♭ [Bio] UniProt Release 5.0 Note
UniRef XSD の公開
UniParc のクラスター名フォーマットの変更
UniRef XML ファイルの "UniProt ID/accession" が "UniProtKB ID/accession" に変
♭ [Bio] UniProt What's New? - UniProt release 5.0 of 10-May-2005
DR 行のフォーマットの変更
EMBL へのクロスリファレンス・フォーマットの変更
DR 行に PANTHER が追加
FT行のキーに追加
♭ [Bio] RSS Feeds Available from PubMed
PubMed のクエリ結果を RSS feed するサービスがはじまった。
2005-05-13 [長年日記]
2005-05-14 [長年日記]
♭ [Bio] RefSeq Release 11
RefSeq Release 11 が公開された。
- ウシの3Xゲノム配列の追加
- HRPD が dbxref に追加
- Human Protein Reference Database web site: <URL:http://www.hprd.org/>
- タンパク質特徴アノテーション (Protein feature annotations)
- HPRD に含まれるアノテーション、タンパク質相互作用情報の追加
- 核酸 STS 特徴アノテーション (Nucleotide STS feature annotations)
2005-05-15 [長年日記]
♭ [Hoge] 水だしコーヒー試作
昨年まで水で直接ペーパードリップしていたが、生産性向上を目指して、いわゆるお茶パックにコーヒーを詰めて水だしを試してみた。
方法と試料： 1リットルの容器に深入りコーヒー豆をやや粗挽きし、お茶パックに詰める。 金曜日の夕方に仕込む。 はじめにお湯で蒸らし、水で埋める。 すぐに冷蔵庫に投入。 日曜日の昼下がりに飲む。
結果： 味が薄くコクがない。 コーヒーのさまざまな成分が抽出されすぎて、薬草というか植物の味がした。 ペーパードリップで二回いれたときの様な味。
考察： コーヒーの量が水量に比べて少なかったことと、抽出時間が長過ぎたと考えられる。
謝辞： 同僚の h 氏が飲みたがっていたのでこの実験はじまたので、きっかけを与えたくれて感謝いたします。 でも今回は飲める代物はできませんでした。
♭ [Bio] A Python binding for the Zerg BLAST Parser
Flex をつかった高速な BLAST レポートパーザライブラリ Zerg が Perl からだけでなくPython からも利用できるようになった。
libzerg/zerg.h の以下の関数のバインディングをつくってレポートを zerg_get_token で解析するだけなので、どなたか Ruby からも使えるようにしませんか？
45: void zerg_open_file(char* filename); 46: void zerg_ignore(int code); 47: void zerg_ignore_all(); 48: void zerg_unignore(int code); 49: void zerg_unignore_all(); 50: int zerg_get_token(int* code, char **value); 51: int zerg_get_token_offset();
2005-05-16 [長年日記]
♭ [L] BiL 1/2
EMBOSS と KNOB は引きがつよい。 情報過多になりそうで、BioRuby は準備したけどスルー。
と聞かれる。Mac OS X 使ってるんですが、KNOB じゃないと EMBOSS つかえないのですか？
♭ [Bio][Bi] the PLoS Computational Biology Late Breaking Poster
Session. May 23, 2005 〆切。
ISMB 本体のポスターセッションはすでに〆切済み。 ISMB 参加登録は 16 日までディスカウント。 $100 おとく。
- PLoS Comp. Biol. <URL:http://www.ploscompbiol.org/>
2005-05-17 [長年日記]
2005-05-18 [長年日記]
♭ [Mac] minimate
午前中に配送された。 思ったよりはやく納品された。 ここまでは良かった。
早速、ファイルをコピーするが、途中でとまってしまうことがなんどもおこる。 コンソールをみるとあやしげなログが２分ごとに残っていた。
kernel[0]: FireWire (OHCI) Apple ID 31 built-in: handleARxReqInt - ARx Request packet error, status = 0xe00002c7
その後、一旦リセットして再度接続するも、FireWire から USB2.0 にインターフェイスを変更するも、まったく認識されなくなる。
初期不良と断定してサポートに送ることに。
その後、発送準備中に、認識されないことを PBG4 で再確認してみると、認識できてしまった。 初期不良ではなく熱暴走なのかも。 もうすこし様子をみることに。
2005-05-20 [長年日記]
♭ [Bio] go_200504-seqdb-data.gz にアップデート。
GO Database を 4 月版に更新する。 今月からファイルの置き場所がかわったり、サーバの管理が変更されている。
- GO Database アーカイブ<URL:http://archive.godatabase.org/>
ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=latin1 がつかわれていて、 MySQL 3 系ではエラーになった。 とりあえず、TYPE=MyISAM に置換してインストールを進める。
zcat go_200504-seqdb-data.gz| perl -pne "s/ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=latin1/TYPE=MyISAM/g;" |mysql -uroot -p go
問題を先送にする。
いくつかの問い合わせを試したところ、go-db-ruby 的には運用に支障はないようだ。
2005-05-24 [長年日記]
♭ [Ruby] Ruby on Rails を試してみた
RubyGems 経由で rails をインストールしてから、Rubyist Magazine - 0005-RubyOnRails に沿って一通りためして、View をいくつかつくってみた。 http://localhost:3000/debate/ でリストが出たときは感動的。
全体像がつかめてくると、良さが見えてきた。 覚えることが多めだけど、生産性は高まりそう。
できれば GO Database を ActiveRecord にのっけてみようと思う。
♭ [Res] May 30
May 20 の〆切ものが May 20 当日に May 30 まで延期されていた、のを発見。 最初は May 15 だったので２度目の延期。 集まりがわるいのかな？
2005-05-25 [長年日記]
♭ [P]
(07:00) 起きた
(08:16) 起きあがった
(12:30) E4 ってのがでたらしい、っていうか買われたらしい／金メッキ／カーボンナノチューブ／東海村／五円玉／チェレンコフ光／リンゴ／ヨード
♭ [Bio] go-dev の cvs コミットのメーリングリストの開始
Gene Ontology CVS レポジトリ の go-perl、go-db-perl、doc、sql、xml ディレクトリのなかのコミットについて自動的に送られる。 (from Gmod-ontol-sw-dev)
2005-05-26 [長年日記]
2005-05-28 [長年日記]
2005-05-30 [長年日記]
♭ [Bio] DBTBS Rel. 4
枯草菌の転写制御因子とその結合サイトからオペロンやレギュロンのデータベース DBTBS のウェブサイトが更新されていた。
- DBTBS Rel. 4 <URL:http://dbtbs.hgc.jp>
- DBTBS Rel 3.4 <URL:http://dbtbs.hgc.jp/ver3/>
転写ターミネータの情報も表示されるようになっている。
SO 準拠の用語ではなくなったのだろうか。
2005-05-31 [長年日記]
♭ [Bio] The Scientist :: What's Next for Bioinformatics?, May 23, 2005 By Lincoln Stein
はじめに GenBank、PDBによるデータの電子的な収集があり。 つぎにモデル生物データベース（MODs）によるデータの統合。 いま MODs は比較ゲノム解析データベース（クレードデータベース）へ移行しつつある。 その次にくるのはパスウェイデータベース。 ここでのパスウェイは分子生物学的なモデルやポンチ絵やダイアグラムである。 次の１０年で、論文にのせるモデルの図は Reactome に登録することにしたい、という。
- <URL:http://www.the-scientist.com/2005/5/23/31/1> （閲覧には要登録）
- Reactome <URL:http://www.reactome.org/>
Ω hub@bloglinesユーザー [/public以下に置いてくれると嬉しいなあ＞bloglines]
Ω なかお [変更してみました＞/public]
Ω hub@bloglinesユーザー [journalだけpublicでもいいですよ。なんかblogrollすべて見えて申し訳ないような。 でもhatena..]