ヽ(´ー｀)ノ
2005-04-01 [長年日記]
♭ [P] 再雇用
(10:55) orz
(12:00) Ruby 使いの新人さんが１人。
(12:30) プリオン／BBB／コク／脊髄／ニュートリジェノミックス／マックミニ
(15:41) 静電気がひどい
♭ [Bio][eTOCs] Nature
Matthew R. Goddard, H. Charles J. Godfray & Austin Burt Sex increases the efficacy of natural selection in experimental yeast populations 進化：酵母の実験個体群では性によって自然選択の実効性が高まる
James S. Parker, S. Mark Roe & David Barford Structural insights into mRNA recognition from a PIWI domain-siRNA guide complex 生化学：PIWIドメイン-siRNAガイド複合体から得られるmRNA認識についての構造的な考察
Daniel A. Koster, Vincent Croquette, Cees Dekker, Stewart Shuman & Nynke H. Dekker Friction and torque govern the relaxation of DNA supercoils by eukaryotic topoisomerase IB 細胞：真核生物のトポイソメラーゼIBによるDNA超らせんの弛緩を左右する摩擦とトルク
2005-04-03 [長年日記]
♭ [OS] gonzui-1.0
Doarwin 7.8.0 にインストールした。
まず、依存している ruby-1.8.2、Berkeley DB 4.2 をインストールする必要が。 make の最後に失敗するところは <URL:http://d.hatena.ne.jp/pingoo/20050401#p1> を参考にして回避。
お気軽に試せるようにできているところもいい。早速、./gonzui-import ncbi.tar.gz とかしまくる。
2005-04-04 [長年日記]
2005-04-05 [長年日記]
2005-04-07 [長年日記]
♭ [P] ネット不調
(08:30) 微妙に空いている。
(12:30) 菜の花の香り／内部審査／常識とルール／ブリッジ／専用線／MAC アドレス／SMP／適した計算／kaizen／レベルの低い論文／引用回数／IF／外部評価／論文のレベル？／トラック２
♭ [Bio] open-bio.jp がみえたりみえなかったり
昨日から確認されている。<URL:http://open-bio.sourceforge.jp/> は見える。 sourceforge.jp のバーチャルホストの問題かな。
2005-04-08 [長年日記]
♭ [Q][Res] The authors wish it to be known that, in their opinion, the first two authors should be regarded as joint First Authors
はじめて見た表現。
"contributed equally" の新型か。
<URL:http://nar.oupjournals.org/cgi/content/full/33/6/1913#FN> にて。
2005-04-09 [長年日記]
♭ [Bio][Bi] Frontiers in Bioinformatics: Unsolved Problems and Challenges, CA, October 16-17, 2004
NAS のワークショップ。
その筋の研究者のプレゼンテーションが公開されている。
これをつかってひととおりセミナーするといいかも。
2005-04-10 [長年日記]
♭ [Res] abstract のページをアンテナに登録するのが効果的
ジャーナルのサイトの論文アブストラクトのページには、その論文を引用した論文が出版されるとリンクがつくようになっている。 論文において引用するということは、引用論文の議論に言及するということで、ブログでいうところのトラックバックのようなものである（逆）。
いくつかの興味ある論文の引用数を調べるためにその論文のアブストラクトのページをみていたら、その論文を引用している論文のなかにまだ知らなかった興味深い論文が発見された。 ある論文でなされた議論を追うという意味では、その論文を引用している論文をたどるのは自然なことである。
それで、アンテナには TOCs のページよりアブストラクトのページを登録するのが効果的と思ったのだった。
♭ [Bio][eTOCs] J. Proteome Res.
Ka wan Li, Martin P. Hornshaw, Jan van Minnen, Karl-Heinz Smalla, Eckart D. Gundelfinger, and August B. Smit (2005) Organelle Proteomics of Rat Synaptic Proteins: Correlation-Profiling by Isotope-Coded Affinity Tagging in Conjunction with Liquid Chromatography-Tandem Mass Spectrometry to Reveal Post-synaptic Density Specific Proteins
オルガネラプロテオーム。
Hsien-Da Huang, Tzong-Yi Lee, Li-Cheng Wu, Feng-Mao Lin, Hsueh-Fen Juan, Jorng-Tzong Horng, and Ann-Ping Tsou (2005) MultiProtIdent: Identifying Proteins Using Database Search and Protein-Protein Interactions
Yu-Dong Cai and Kuo-Chen Chou (2005) Predicting Enzyme Subclass by Functional Domain Composition and Pseudo Amino Acid Composition
酵素サブクラスの予測。
2005-04-11 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] PLoS Biol.
Paul Miller, Anatol M. Zhabotinsky, John E. Lisman, Xiao-Jing Wang (2005) The Stability of a Stochastic CaMKII Switch: Dependence on the Number of Enzyme Molecules and Protein Turnover
2005-04-12 [長年日記]
♭ [Bio] BioModels
The BioModels Database is a new effort to develop a data resource that will allow biologists to store, search and retrieve published mathematical models of biological interests. The models in the BioModels Database are annotated and linked to relevant data resources, such as publications, databases of coumpounds and pathways, controlled vocabularies, etc.
The BioModels Database is part of the BioModels.net initiative, a collaboration amongst the SBML Team (USA), the EMBL-EBI (United-Kingdom), the Systems Biology Group of the Keck Graduate Institute (USA), the Systems Biology Institute (Japan), and JWS Online at the Stellenbosch University (South Africa).
♭ [Bio][eTOCs] J. Proteome Res.
Bon-Suk Koo , Do-Yeon Lee , Hyo-Shin Ha, Jae-Chan Kim, and Chan-Wha Kim (2005) Comparative Analysis of the Tear Protein Expression in Blepharitis Patients Using Two-Dimensional Electrophoresis
涙のプロテオーム。Blepharitis は眼瞼炎。
2005-04-13 [長年日記]
2005-04-14 [長年日記]
♭ [Bio] Protein DAS サーバとクライアント
eFamily Project の Protein DAS サーバのリスト と Protein DAS クライアント ProView(Perl) と Spice(Java) が公開されている。 クライアントのソースはいまのところ公開されていない。
♭ [Bio] WTI DAS service
dsn のポータルってあるのかと <URL:http://biodas.org> を見ると <URL:http://www.tigr.org/tdb/DAS/das_server_list.html> にたどり着く。
♭ [Res][D] Thesis
Thesis を書いていいことになったので、伝統に従ってカテゴリを作成してみるテスト。 まずは 3 年前に教室事務から頂いた出願手続きのはいっている封筒を開封して提出書類を確認する。
♭ [Res] プロポーザル
二つ作成。 A4一ページなので短い。 jsarticle.cls と jspf.cls でつくってみた。上の余白が光っている。
画像は PowerPoint で作成して、PDF で印刷保存、pdf2ps で Postscript 化。 それを includegraphics で読み込むが、 trim でややはまる。
includegraphics[trim = 115 263 378 110,scale=0.50,clip]{hoge.ps}
は
trim = 左 下 右 上
反時計周りである。 trim の設定をつめるときは、fbox で囲ってやると枠線がみえて便利だったり。
2005-04-18 [長年日記]
♭ [Res] SAS
とある筋からちょっとしたシンクロニシティの様相を呈した共同研究の話がやってきた。話をききにいくことに。
ばらばらにみつかってきた点のような観察が、線になっている空間があるかもしれない。
こんな機会に素早く振る舞えるように身軽でいたい。 あたまの中では 「nice と renice 可能なプロセスを探す」を nice -20。
♭ [R] R-2.1.0 リリース
- <URL:https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2005-April/068262.html>
- <URL:http://cran.r-project.org/src/base/R-2/R-2.1.0.tar.gz>
> INTERNATIONALIZATION > o Unix-alike versions of R can now be used in UTF-8 and other > multi-byte locales on suitably equipped OSes if configured > with option --enable-mbcs (which is the default). [The > changes to font handling in the X11 module are based on the > Japanization patches of Eiji Nakama.]
2005-04-21 [長年日記]
2005-04-22 [長年日記]
♭ [P]
(10:30) ポスター着
(12:30) 分布／スケーリング／99／算術／会議／感想をもとめられて言葉に詰まる／想定外？／無戦略／データの先にあるもの／ビーログ／海豚と烏賊／言語と文明／「なにをいっているのかわけわかりません。」
(18:40) 無性に毟り取る
♭ [Mac] Mxdvi
open hoge.dvi
で更新したバージョンを開ける。 いままでは、platex、platex、dvipdfmx、開いているウィンドウを閉じて、open *.pdf で更新した書類を開いていた。それと比べ、platex、platex、open *.dvi で編集→目視確認のサイクルがすすめれることになる。
2005-04-24 [長年日記]
♭ [R] parcoord(MASS) をつかった多次元データ可視化
<URL:http://addictedtor.free.fr/graphiques/RGraphGallery.php?graph=37&com=com&res=1&w=1024h=768> をみて前から考えていたグラフを書くスクリプトを作成。
こんなグラフを書く。
nrm <- function(x) { (x - min(x))/(max(x) - min(x)) }
data(iris3)
ir <- rbind(iris3[,,1], iris3[,,2], iris3[,,3])
cols.order = c(3,4,2,1)
cols = colnames(ir)[cols.order]
for (j in cols) {
for (i in cols) {
parcoord(log(ir)[, cols.order],
col = rgb(nrm(ir[,i]), 0, nrm(ir[,j])),
main=paste("r:", i," g:", 0, " b:", j) )
}
}
多変量データを二次元に落として可視化するときに、データから色を生成すれば可視できる情報を増やせるのではないだろうかという発想。 発現の時系列データを扱ったときに作っていたウェブアプリで実装していた。 「色がZ軸になる」という当時常駐していたプログラマ兼SEのひとの言葉を思い出す。
この可視化のキモは col の生成方法。 この部分でいろいろ試すことができる。 ある意味カーネル関数。 上のスクリプトでは、特徴量の分布を最大値=1と最小値=0に変換しているだけ。 この部分で使えそうなデータから色をつくる関数をつくってパッケージにするというのは数年来の懸案事項の一つだったりなかったり。
2005-04-27 [長年日記]
♭ [BioRuby] fastacmd
ncbi/build/fastacmd のラッパーが bioruby-ja に投稿された。
ncbi/demo/fastacmd.c のなかで実際に検索をしているのは Fastacmd_Search_ex という関数である。
247 rv = Fastacmd_Search_ex (searchstr, database, is_prot, batchfile, dupl, 248 linelen, outfp, target, use_ctrlAs, dump_all, seqlocstr, strand, 249 taxonomy_info, dbinfo_only, pig);
これは ncbi/include/readdb.h と ncbi/lib/libncbitools.a に定義されている。
1778 /* Fastacmd_Search and Fastacmd_Search_ex return non-zero on failure */
1779 Int2 Fastacmd_Search (CharPtr searchstr, CharPtr database,
1780 CharPtr batchfile, Boolean dupl, Int4 linelen, FILE *out);
1781 Int2 Fastacmd_Search_ex (CharPtr searchstr, CharPtr database, Uint1 is_prot,
1782 CharPtr batchfile, Boolean dupl, Int4 linelen, FILE *out,
1783 Boolean use_target, Boolean use_ctrlAs, Boolean dump_db,
1784 CharPtr seqlocstr, Uint1 strand, Boolean taxonomy_info_only,
1785 Boolean dbinfo_only, Int4 pig);
11544 Int2 Fastacmd_Search_ex (CharPtr searchstr, CharPtr database, Uint1 is_prot,
11545 CharPtr batchfile, Boolean dupl, Int4 linelen, FILE *out,
11546 Boolean use_target, Boolean use_ctrlAs, Boolean dump_db,
11547 CharPtr seqlocstr, Uint1 strand,
11548 Boolean taxonomy_info_only, Boolean dbinfo_only, Int4 pig)
11549 {
...
これらを Ruby から直接つかいたいと思うひとはいるかもしれないしいないかもしれない。
2005-04-28 [長年日記]
♭ [Mac] Chickin of the VNC
Google://VNC Mac OS X → <URL:http://www.fan.gr.jp/~sakai/vnc.php> → <URL:http://sourceforge.net/projects/cotvnc/>
♭ [BioRuby] go-db-ruby/scripts/GOshell.rb
% ruby scripts/GOshell.rb --dbname go --user go
Welcome to the Gene Ontology shell interface!
by Mitsuteru C. Nakao <n@xxxxxx.xxx>
(Based on GOshell.pl by Chris Mungall <cjm@xxxxxxxx.xxx>)
Type 'help' for instructions
Type 'demo' for demonstration
GO> /4555
===============================
NAME : alpha,alpha-trehalase activity
GO ID : GO:0004555
ASPECT: molecular_function
DESC : Catalysis of the reaction: alpha,alpha-trehalose + H2O = 2 D-glucose.
CMNTS :
DEFREFS:
SYNONYMS :
GO> :select count(*) from term;
18595
GO> res = qgo "endoplasmic ret*"
...
GO> p res.size
8
GO> res.map {|term| term.name }
["endoplasmic reticulum", "endoplasmic reticulum cisterna",
"endoplasmic reticulum inheritance", "endoplasmic reticulum lumen",
"endoplasmic reticulum membrane", "endoplasmic reticulum membrane fusion",
"endoplasmic reticulum receptor activity", "endoplasmic reticulum signal peptide binding"]
GO> q
exit
このあたりまで実装。 インタラクティブシェルがややブームということで。
2005-04-29 [長年日記]
♭ [Res] NAR (Published online 28 April 2005)
Mitsuteru Nakao, Roberto A. Barrero, Yuri Mukai, Chie Motono, Makiko Suwa and Kenta Nakai (2005) Large-scale analysis of human alternative protein isoforms: pattern classification and correlation with subcellular localization signals, Nucleic Acids Research 2005 33(8):2355-2363; doi:10.1093/nar/gki520
Ω hub [ついにこの日が来たな。僕のときのソースファイル御送りしませうか？]
Ω なかお [ありがとうございます。]