ヽ(´ー｀)ノ
2005-03-01 [長年日記]
♭ [Res] DTD
- http://www.jbirc.aist.go.jp/hinv/download/dtd/locus.dtd
- http://www.jbirc.aist.go.jp/hinv/download/dtd/cdna.dtd
♭ [CS] Ajax: Web アプリケーション開発の新しいアプローチ
Gmail とかページ遷移のないアマゾン検索 とか作れちゃうらしい。
♭ [Bio] UniProt release 4.2 of 1-Mar-2005
KW 行に新しいキーワード Nickel transport が追加された。
2005-03-02 [長年日記]
♭ [P] 延期気味
(08:42) 接点 1 程度。G は接点 4 。
(12:30) カーネル関数／SVM／理解レイアの差異／波及効果／市場規模／二言目には／出口の無い、袋小路／直交／輸送と飛行機／blast／DP
(16:40) ねむ
(17:23) 電話はこわいこわい
(20:54) 超甘口 - 50ということで。
♭ [Bio] Double recognition of EBI scientists by the ISCB
ISCB のシニアサイエンティストの賞が Janet Thornton に、若手におくられるオバートン賞が Ewan Birney に送られたそうです。
The International Society for Computational Biology (ISCB) has named two EBI scientists as the winners of its awards for 2005. Janet Thornton wins the Senior Scientist Accomplishment Award while the Overton Prize goes to Ewan Birney...
[Feb 28th 2005 - About The EBI: Newsより引用]
Evan Birney は 2005 Benjamin Frankin Award もとったそうで。 おめでとうございます。
2005-03-03 [長年日記]
♭ [P] 床、風邪？、無理ぽ
(08:22) はじめ 1 から 3 をへて 2。G は 3
(10:10) 英数記号なキーが効かなくなった。しかたないので再起動。
(12:30) 棚卸／予算案
(14:07) BKBKR
(20:10) 石やきいも 500 円 ふりそうな空模様 ふってきた
(21:15) まちぼうけ けふもせつせと
(21:40) 乗り損ねたからくる、と受信
♭ [Bio][eTOCs] Genome Biol.
Research - Open access
- Transcriptional slippage in bacteria: distribution in sequenced genomes and utilization in IS element gene expression
-
Pavel V Baranov, Andrew W Hammer, Jiadong Zhou, Raymond F Gesteland, John F Atkins
Thermus thermophilus dnaX では、ゲノミックな AAAAAAAAA で転写がスリップして下流でフレームが変化し、複数のタンパク質アイソフォーム（tau や gamma）が生成される（Figure 1）。108 バクテリアゲノムの解析をおこない、9As と 9Ts の配列でスリップがおこりやすい傾向が明らかになった。
Method - Open access
- Comparative context analysis of codon pairs on an ORFeome scale
-
Gabriela Moura, Miguel Pinheiro, Raquel Silva, Isabel Miranda, Vera Afreixo, Gaspar Dias, Adelaide Freitas, JosÅ? L Oliveira, Manuel AS Santos
コドン同士の共起性を二次元マップ。発現データのように2-wayクラスタリング。 実装 は Windows 専用。
2005-03-05 [長年日記]
2005-03-06 [長年日記]
♭ [Hoge] 「1001個以上のエラーがありました。このHTMLは -633点です。」
某管理下のサイトを Another HTML-lint gateway に通してみた。 orz
2005-03-07 [長年日記]
♭ [P] 収束しつつ、収束
(08:15) 2点、3点。G 線の車体は逃げ場が少ない。
(09:30) 校正依頼。速攻戻ってきた。ありがたい。
(13:40) バイク確認。
(15:58) サプリメントの更新依頼。
(23:27) 最近のマイブームはコメント欄に書き込んで、そのままタブを閉じるのだ。そのうち水コメント供養が必要になるかもしれずならないかもしれず。
2005-03-08 [長年日記]
2005-03-09 [長年日記]
♭ [Bio] Gunner von Heijne セミナ
SRP/Sec61 系によるタンパク質の ER 膜への膜タンパク質輸送において、いかにしてアミノ酸配列中の疎水性領域が膜貫通領域になるか、という話。 in vitro と in vivo 系における、合成したさまざまな疎水性領域をもつアミノ酸配列のトポロジーを調べた結果、アミノ酸の位置特異的な寄与が定量的に明らかになった。 近々論文になるそうだ。
By carefully designing the model protein constructs, we have derived the first true “biological” hydrophobicity scale and have been able to get a first idea of how the position of a given kind of residue within a transmembrane segment affects its ability to promote membrane insertion. These results give us a first glimpse into the “molecular code” used by the ER translocon to recognize transmembrane helices in a nascent polypeptide chain.
[セミナーのアブストラクトより引用]
かっこいい。
2005-03-10 [長年日記]
♭ [Bio] loopome
昨日の von Heijne 氏のセミナで、ER 膜の膜貫通ヘリックス型の膜タンパク質はヘリックスの配列によっては膜貫通したりしなかったりすることが示された。 いいかえると、おなじアミノ酸配列でも、膜貫通ヘリックスの数がことなりトポロジーの違う膜タンパク質が混在することがあるということである。 とすると、自然な細胞中でもそのようにトポロジーが混合した膜タンパク質があるのかもしれない、と考えられる。
そこで、トポロジーの混合していることを前提とした膜タンパク質の網羅的トポロジー決定を指向する実験というのはありえるのではなかろうかと考えた。 von Heijne 氏の実験は、糖鎖修飾部位が複数箇所あるように設計されたアミノ酸配列をもちいている。 トポロジーに依存してその部位がER膜の細胞質側にある数が変化する。 細胞質側のループを酵素によって切り出して、電気泳動をすることによって、バンドの数からループの種類がわかり、そのバンドからどちらのトポロジーが存在するかが定量的に測定できる。
トポロジーの種類は、ループのバンドで測定することができる。 ならば、ループのバンドのミクスチャーから、あるタンパク質についてどのようなトポロジーになっているかを復元する方法を確立すればいいことになる。 質量分析とゲノム配列をつかえば現実的にあつかえるとおもわれる。
糖鎖研究の基礎として、または薬剤ターゲットとしてしての膜タンパク質このような方向の研究はありではなかろうか。 ヒトプロテオームのなかでは実際にどのくらいの割合があるのだろうか、組織特異性などがあるのだろうかと興味はある。
2005-03-14 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] J. Proteome Res.
- Quantitative Proteomic Analysis of the Secretory Proteins from Rat Adipose Cells Using a 2D Liquid Chromatography-MS/MS Approach
-
Xiaoli Chen, Samuel W. Cushman, Lewis K. Pannell, and Sonja Hess
ラットの adipose （脂肪細胞）の分泌タンパク質のプロテオーム解析。二次元エキクロMS/MSを使用。
2005-03-15 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] PLoS Biol.
- Functional Evolution of a cis-Regulatory Module
-
Michael Z. Ludwig, Arnar Palsson, Elena Alekseeva, Casey M. Bergman, Janaki Nathan, Martin Kreitman
Analysis of the even-skipped stripe 2 enhancer from four Drosophila species revealed that functional divergence is attributable to differences in activation levels rather than spatiotemporal control of gene expression.
Full-text: http://dx.doi.org/10.1371/journal.pbio.0030093
- Light Controls Growth and Development via a Conserved Pathway in the Fungal Kingdom
-
Alexander Idnurm, Joseph Heitman
Two genes controlling light responses - BWC1 and BWC2 - were identified and shown to regulate development and virulence of the fungal pathogen Cryptococcus neoformans.
Full-text: http://dx.doi.org/10.1371/journal.pbio.0030095
♭ [Hoge] phishing
X-MIME-Autoconverted: from 8bit to base64 by pfdsun.kuicr.kyoto-u.ac.jp id PAA09127 X-OriginalArrivalTime: 15 Mar 2005 06:03:06.0171 (UTC) FILETIME=[A7DC20B0: 01C52924] Content-Type: text/html; charset=Shift_JIS Content-Transfer-Encoding: base64 Subject: UFJ From: "Verify" <admin@ufjbank.co.jp> To: <xxxxx@xxxxx.xxxxxx.xx.xx> Date: Tue, 15 Mar 2005 06:20:58 +0000
200.81.64.137 と 80.55.101.22、61.38.30.55 を通報しますた。
♭ [Ruby] SAJAX に ruby バックエンド
Ruby backend contributed by anonymous and put into public domain.
[SAJAX - Simple Ajax Toolkit by ModernMethod - XMLHTTPRequest Toolkit for PHPより引用]
2005-03-16 [長年日記]
♭ [Ruby] Ruby Syntax Highlighter
ハイライトというか、font-lock というか。
♭ [Mac][AQ] Q: ログインパスワード忘れてしまった iBook の OS を入れ直したい。
A: インストール CD で起動すればできます。「インストーラーメニュー」／「パスワードをリセットする」を選択。
♭ [Bio] UniProt release 4.3 of 15-Mar-2005
KW にあたらしいキーワードInterferon antiviral system evasion が追加された。
2005-03-17 [長年日記]
2005-03-18 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] Nature
X 染色体関係
- Genome biology: She moves in mysterious ways
- Chris Gunter
- The DNA sequence of the human X chromosome
- Mark T. Ross et al.
- Human genomics: Disclosure of variation
- Rasmus Nielsen
- X-inactivation profile reveals extensive variability in X-linked gene expression in females
- Laura Carrel and Huntington F. Willard
ほ乳動物でのヒトプロモータと3'UTRの制御モチーフ
- Systematic discovery of regulatory motifs in human promoters and 3'UTRs by comparison of several mammals
- Xiaohui Xie, Jun Lu, E. J. Kulbokas, Todd R. Golub, Vamsi Mootha, Kerstin Lindblad-Toh, Eric S. Lander & Manolis Kellis
RNA 編集
言語
- Language: Syntax for free?
- Ricard Sol
♭ [Bio] Model of Entrez Databases
データベース間のリンク数をインタラクティブに表示。 地下鉄の路線図のような配置。 Flash 使用。
2005-03-19 [長年日記]
♭ [Hoge] ケータイ用ヘッドセットを PC でつかう変換コネクタ
2.5mm を 3.5mm に変換する。 Exchange Cable #01 と Exchange Cable #01 Simple Edition
これで Skype にDR-EX150S3 が使えるようになる。 http://www.selection-echigoya.com/pd/exc01se/exc01se.html
♭ [Bio][eTOCs] J. Proteome Res.
- Human Plasma Proteome Analysis by Multidimensional Chromatography Prefractionation and Linear Ion Trap Mass Spectrometry Identification
- Wen-Hai Jin, Jie Dai, Su-Jun Li, Qi-Chang Xia, Han-Fa Zou, and Rong Zeng
- High Resolution "Ultra Performance" Liquid Chromatography Coupled to oa-TOF Mass Spectrometry as a Tool for Differential Metabolic Pathway Profiling in Functional Genomic Studies
- Ian D. Wilson, Jeremy K. Nicholson, Jose Castro-Perez, Jennifer H. Granger, Kelly A. Johnson, Brian W. Smith, and Robert S. Plumb
- Clinical and Pharmacogenomic Data Mining: 3. Zeta Theory As a General Tactic for Clinical Bioinformatics
- Barry Robson
2005-03-20 [長年日記]
♭ [P] 2->3
(10:53) 福岡県西方沖 ごく浅い M7
♭ [Hoge] 過去７日間のグラフ -環境省花粉観測システム-
18 日はつらかった。
2005-03-22 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] Genome Res.
- Disclosing hidden transcripts: Mouse natural sense-antisense transcripts tend to be poly(A) negative and nuclear localized
-
Hidenori Kiyosawa, Nathan Mise, Shigeru Iwase, Yoshihide Hayashizaki, and Kuniya Abe
Genome Res. published 21 March 2005, 10.1101/gr.3155905
RIKEN プレスリリース：mRNAと相補性を持つRNAの知られざる側面が明らかに - アンチセンスRNAの多くは複数の転写産物を持ち、核に局在 -
2005-03-23 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] J. Proteome Res.
- Metabolic Labeling of Human Primary Retinal Pigment Epithelial Cells for Accurate Comparative Proteomics
- Yetrib Hathout, Jessica Flippin, Chenguang Fan, Pinghu Liu, and Karl Csaky
2005-03-24 [長年日記]
♭ [R] Σ
Σ_{k=1}^10 k + 1 のような式を R の関数でどのように書くものなのだろうか。
再帰をつかうと以下のようになる。
f <- function(k, m, s = 0) {
if (m < k) return(s)
else f(k + 1, m, s + k)
}
たしかに計算できるが、
R> f(1, 10) [1] 55 R> f(1,100) Error in f(k + 1, m, s + k) : evaluation nested too deeply: infinite recursion / options(expression=)?
1 から 100 までの計算ですら再帰が深過ぎらしい。
R>options(expressions=100000) R> f(1, 100) [1] 5050 R> f(1,1000) Error: protect(): stack overflow
options("expressions") を増やすと 1 から 100 までの和が計算できるようになったが、やはり限界がある。
つぎに再帰をつかわない方法を考える。
R> sum(1:10) [1] 55
orz
単なる和なら sum(base) だが、k + 1 以外の計算の場合、特に内部でそれ自身を再帰的に利用しているような式のを考えたい。 とりあえず、R のリサイクル規則をつかう。
# k ** 2 R> sum( (1:10) ** 2 ) 110 # k ** k R> sum( (1:10) ** (1:10) ) 385
2005-03-26 [長年日記]
♭ [Ruby] RRA に ゴンズイ
例えば to_fasta。
すばらしい。
bioruby のソースツリーは <URL:http://raa.ruby-lang.org/gonzui/markup/bioruby> のようなリンクになる。
♭ [Bio][eTOCs] BIOINFORMATICS 21(7)
GENOME ANALYSIS
Alex V. Kochetov AUG codons at the beginning of protein coding sequences are frequent in eukaryotic mRNAs with a suboptimal start codon context Bioinformatics 2005 21: 837-840.
開始コドン
B. P. Westover, J. D. Buhler, J. L. Sonnenburg, and J. I. Gordon Operon prediction without a training set Bioinformatics 2005 21: 880-888.
オペロン予測。
Gideon Dror, Rotem Sorek, and Ron Shamir Accurate identification of alternatively spliced exons using support vector machine Bioinformatics 2005 21: 897-901.
AS エキソン同定に SVM。
Michael D. Gadberry, Simon T. Malcomber, Andrew N. Doust, and Elizabeth A. Kellogg Primaclade--a flexible tool to find conserved PCR primers across multiple species Bioinformatics 2005 21: 1263-1264.
PCR プライマー。
SEQUENCE ANALYSIS
Matthieu Legendre, Andre Lambert, and Daniel Gautheret Profile-based detection of microRNA precursors in animal genomes Bioinformatics 2005 21: 841-845.
マイクロ RNA
Masumi Itoh, Susumu Goto, Tatsuya Akutsu, and Minoru Kanehisa Fast and accurate database homology search using upper bounds of local alignment scores Bioinformatics 2005 21: 912-921.
イトー氏の論文。おめでとうさん。
Chiara Sabatti, Lars Rohlin, Kenneth Lange, and James C. Liao Vocabulon: a dictionary model approach for reconstruction and localization of transcription factor binding sites Bioinformatics 2005 21: 922-931.
辞書モデルってなんだ？
Wei-Mou Zheng Relation between weight matrix and substitution matrix: motif search by similarity Bioinformatics 2005 21: 938-943.
重み行列
Kuo-Chen Chou and Yu-Dong Cai Predicting protein localization in budding Yeast Bioinformatics 2005 21: 944-950.
局在
M. Michael Gromiha and Makiko Suwa A simple statistical method for discriminating outer membrane proteins with better accuracy Bioinformatics 2005 21: 961-968.
おめでとさん。
Lars Kiemer, Jannick Dyrlov Bendtsen, and Nikolaj Blom NetAcet: prediction of N-terminal acetylation sites Bioinformatics 2005 21: 1269-1270.
N-アセチル化サイト予測。
Burkhard Morgenstern, Nadine Werner, Sonja J. Prohaska, Rasmus Steinkamp, Isabelle Schneider, Amarendran R. Subramanian, Peter F. Stadler, and Jan Weyer-Menkhoff Multiple sequence alignment with user-defined constraints at GOBICS Bioinformatics 2005 21: 1271-1273.
多重配列整列
PHYLOGENETICS
Gavin E. Crooks and Steven E. Brenner An alternative model of amino acid replacement Bioinformatics 2005 21: 975-980.
D. Paraskevis, K. Deforche, P. Lemey, G. Magiorkinis, A. Hatzakis, and A.-M. Vandamme SlidingBayes: exploring recombination using a sliding window approach based on Bayesian phylogenetic inference Bioinformatics 2005 21: 1274-1275.
STRUCTURAL BIOINFORMATICS
John Westbrook, Nobutoshi Ito, Haruki Nakamura, Kim Henrick, and Helen M. Berman PDBML: the representation of archival macromolecular structure data in XML Bioinformatics 2005 21: 988-992.
蛋白研はいっている。
Erik Sandelin Extracting multiple structural alignments from pairwise alignments: a comparison of a rigorous and a heuristic approach Bioinformatics 2005 21: 1002-1009.
Gabor E. Tusnady, Zsuzsanna Dosztanyi, and Istvan Simon TMDET: web server for detecting transmembrane regions of proteins by using their 3D coordinates Bioinformatics 2005 21: 1276-1277.
膜貫通部位予測。
GENE EXPRESSION
Hisanori Kiryu, Taku Oshima, and Kiyoshi Asai Extracting relations between promoter sequences and their strengths from microarray data Bioinformatics 2005 21: 1062-1068.
おめでとさん。
Victor E. Gerth and Peter D. Vize A Java tool for dynamic web-based 3D visualization of anatomy and overlapping gene or protein expression patterns Bioinformatics 2005 21: 1278-1279.
Gilles Caraux and Sylvie Pinloche PermutMatrix: a graphical environment to arrange gene expression profiles in optimal linear order Bioinformatics 2005 21: 1280-1281.
GENETICS AND POPULATION ANALYSIS
Bernhard Hiller, Jutta Bradtke, Harald Balz, and Harald Rieder CyDAS: a cytogenetic data analysis system Bioinformatics 2005 21: 1282-1283.
SYSTEMS BIOLOGY
Ulrik de Lichtenberg, Lars Juhl Jensen, Anders Fausboll, Thomas S. Jensen, Peer Bork, and Soren Brunak Comparison of computational methods for the identification of cell cycle-regulated genes Bioinformatics 2005 21: 1164-1171.
細胞周期関連遺伝子の計算機的同定法の比較。
S. A. Rahman, P. Advani, R. Schunk, R. Schrader, and Dietmar Schomburg Metabolic pathway analysis web service (Pathway Hunter Tool at CUBIC) Bioinformatics 2005 21: 1189-1193.
DATA AND TEXT MINING
Asako Koike, Yoshiki Niwa, and Toshihisa Takagi Automatic extraction of gene/protein biological functions from biomedical text Bioinformatics 2005 21: 1227-1236.
さすがです。
DATABASES AND ONTOLOGIES
Yingyao Zhou, Jason A. Young, Andrey Santrosyan, Kaisheng Chen, S. Frank Yan, and Elizabeth A. Winzeler In silico gene function prediction using ontology-based pattern identification Bioinformatics 2005 21: 1237-1245.
Georgios V. Gkoutos, Eain C.J. Green, Simon Greenaway, Andrew Blake, Ann-Marie Mallon, and John M. Hancock CRAVE: a database, middleware and visualization system for phenotype ontologies Bioinformatics 2005 21: 1257-1262.
2005-03-27 [長年日記]
♭ [Hoge] ご一緒にポテトはいかがですか? おせっかいであわてん坊な検索サイト
Ajax つかってる。 サイトサムネイルは <URL:http://alexa.com/> から取得している模様。
bioruby を検索すると <URL:http://nazo.yi.org/suggest/#%23bioruby>
2005-03-28 [長年日記]
2005-03-29 [長年日記]
♭ [P] M8.5、白金台
(00:41) our
(10:19) なぜか白金台にいたりする
(10:30) 意外なひとに遭遇
(10:40) skype でストリーミング。見方を変えるとかなり脅威かも。
(12:30) 却下／驚愕の事実／柳田先生／ぼす／ココログ／二郎境界／○の▲といわれると怒る／帰ってこないのが不気味
(15:40) 再び遭遇
♭ [R][Ruby] R for Ruby Library
R is a statistical language quite but not like S. This project aims at enabling full access to R functions from Ruby, including all statistical libraries written in R.
[R for Ruby Libraryより引用]
♭ [Bio][eTOCs] MBE
Saurabh Sinha and Eric D. Siggia Sequence Turnover and Tandem Repeats in cis-Regulatory Modules in Drosophila, Mol Biol Evol 2005 22: 874-885.
Xiaohui Shan, Zhenlan Liu, Zhenying Dong, Yongming Wang, Yu Chen, Xiuyun Lin, Likun Long, Fangpu Han, Yingshan Dong, and Bao Liu Mobilization of the Active MITE Transposons mPing and Pong in Rice by Introgression from Wild Rice (Zizania latifolia Griseb.), Mol Biol Evol 2005 22: 976-990.
Michael Lynch, Douglas G. Scofield, and Xin Hong The Evolution of Transcription-Initiation Sites, Mol Biol Evol 2005 22: 1137-1146.
2005-03-31 [長年日記]
♭ [Bio] Ajax なゲノムブラウザ
<URL:http://das.hgc.jp/> でゲノムの決まった生物種名をインクリメンタルサーチできる。
♭ [L] 某セミナーの件について
t氏のお目にかかった模様。
状況としては、InterProScan のバージョンアップでピンチ。 GNU Make はもうつかわれてない、Pure Perl になっちまった。
Ω y2 [縦軸のオーダーが違います… http://kafun.nies.go.jp/GraphWeek.aspx?MstCo..]
Ω なかお [あわわわ]