ヽ(´ー｀)ノ
2005-02-01 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] PLoS Biol.
- The Genomes of Oryza sativa: A History of Duplications
-
Jun Yu, Jun Wang, Wei Lin, Songgang Li, Heng Li, Jun Zhou, Peixiang Ni, Wei Dong, Songnian Hu, Changqing Zeng, Jianguo Zhang, Yong Zhang, Ruiqiang Li, Zuyuan Xu, Shengting Li, Xianran Li, Hongkun Zheng, Lijuan Cong, Liang Lin, Jianning Yin, Jianing Geng, Guangyuan Li, Jianping Shi, Juan Liu, Hong Lv, Jun Li, Jing Wang, Yajun Deng, Longhua Ran, Xiaoli Shi, Xiyin Wang, Qingfa Wu, Changfeng Li, Xiaoyu Ren, Jingqiang Wang, Xiaoling Wang, Dawei Li, Dongyuan Liu, Xiaowei Zhang, Zhendong Ji, Wenming Zhao, Yongqiao Sun, Zhenpeng Zhang, Jingyue Bao, Yujun Han, Lingli Dong, Jia Ji, Peng Chen, Shuming Wu, Jinsong Liu, Ying Xiao, Dongbo Bu, Jianlong Tan, Li Yang, Chen Ye, Jingfen Zhang, Jingyi Xu, Yan Zhou, Yingpu Yu, Bing Zhang, Shulin Zhuang, Haibin Wei, Bin Liu, Meng Lei, Hong Yu, Yuanzhe Li, Hao Xu, Shulin Wei, Ximiao He, Lijun Fang, Zengjin Zhang, Yunze Zhang, Xiangang Huang, Zhixi Su, Wei Tong, Jinhong Li, Zongzhong Tong, Shuangli Li, Jia Ye, Lishun Wang, Lin Fang, Tingting Lei, Chen Chen, Huan Chen, Zhao Xu, Haihong Li, Haiyan Huang, Feng Zhang, Huayong Xu, Na Li, Caifeng Zhao, Shuting Li, Lijun Dong, Yanqing Huang, Long Li, Yan Xi, Qiuhui Qi, Wenjie Li, Bo Zhang, Wei Hu, Yanling Zhang, Xiangjun Tian, Yongzhi Jiao, Xiaohu Liang, Jiao Jin, Lei Gao, Weimou Zheng, Bailin Hao, Siqi Liu, Wen Wang, Longping Yuan, Mengliang Cao, Jason McDermott, Ram Samudrala, Jian Wang, Gane Ka-Shu Wong, Huanming Yang
Comparative genome sequencing of indica and japonica rice reveals that duplication of genes and genomic regions has played a major part in the evolution of grass genomes.
Synopsis: <URL:http://dx.doi.org/10.1371/journal.pbio.0030047>
Full-text: <URL:http://dx.doi.org/10.1371/journal.pbio.0030038>
2005-02-02 [長年日記]
♭ [Mac] Skype 1.0.0.0
beta がとれた。
- <URL:http://www.skype.com/products/skype/macosx/>
- <URL:http://www.skype.com/products/skype/macosx/changelog.html>
2005-02-03 [長年日記]
♭ [Hoge] はてなアンテナでとれていなかった件について
第五tDiaryのmoriqさんに対応していただいて、とれるようになりました。 ありがとうございます。
♭ [Bio] My NCBI
My NCBI
February 1 - My NCBI has replaced the Cubby. It includes automatic e-mailing of search updates and filters to group your retrieval by areas of interest.
[PubMed New/Noteworthyより引用]
NLM Technical Bulletin, January-February 2004, My NCBI Replaces the Cubby: Includes Automatic E-mailing of Search Updates and Filters （タイトルの2004は2005のまちがいぽい。）にあるとおりで、PubMed の検索のフィルターを設定し、電子メールによるアラートの発行、検索の履歴の管理など。
♭ [R-pkgs] fortunes 1.1-0
r-help やユーザカンファレンスなどから集められた100個の R についてのフォーチュン集。
> library(fortunes)
> fortune()
I want a budget.
-- Peter Dalgaard (in a talk about Tcl/Tk, meaning to say `I want a button
widget')
gR 2003, Aalborg (September 2003)
> fortune()
I believe functions should do what they say on the box (and the help page), and
not what some user hopes they might do by mind-reading.
-- Brian D. Ripley
R-help (November 2004)
こんなかんじ。実行するたびにかわります。
インストールの方法
% sudo R
R> install.packages("fortunes")
2005-02-04 [長年日記]
♭ [P] 新棟見学
(09:36) orz
(12:30) PERI／BERI／ICOT／部長室／ワイヤーフレーム模型／666ってなに？／階段のしきりのイメージ図がださい／赤い受付／科学捜査隊／ダミアン
(13:00) 新棟に潜入
- :10) 50 円なり
♭ [R] R-2.0.1 にしてみた
いまさらながら更新。<URL:http://cran.r-project.org/bin/macosx/> から R-2.0.1.dmg をダウンロードして、展開される R-2.0.1/R for Mac OS X 10.3.mpkg からインストール。 一度に X11 版と Carbon 版のどちらもインストールされる。
その後にこうするのはどうかと思った。
% sudo R R> install.packages(CRAN.packages()[,"Package"])
♭ [Bio] UniProt Release 4.0 Note
2005-02-01 に２週間毎にある定期リリースがあった。
エントリ数
3. CURRENT RELEASE CONTENTS ------------------------------------------------------------- UniProt Release 4.0 ------------------------------------------------------------- Database -- Entries ------------------------------------------------------------- UniProt -- 1,757,967 (UniProt/Swiss-Prot: 168,297; UniProt/TrEMBL: 1,589,670) UniRef100 -- 2,114,535 UniRef90 -- 1,355,683 UniRef50 -- 729,983 UniParc -- 4,939,542 -------------------------------------------------------------
リリースノートなど
リリースノート <URL:http://expasy.org/sprot/relnotes/>
最近の変更点 <URL:http://expasy.org/sprot/relnotes/sp_news.html>
ftp サーバのファイルシステムの変更、SwissProt のエントリ名の変更（これには影響をうけてしまいました）、CC 行に INTERACTION の追加、KW行のフォーマットの変更。
今後の変更点 <URL:http://expasy.org/sprot/relnotes/sp_soon.html>
アクセッション番号のフォーマットの拡張、DT、OG、DR行のフォーマット変更、CC 行に PATHWAY と COFACTOR の追加。
UniProt へのリンクの貼り方
http://www.uniprot.org/entry/<id or ac number>
♭ [Bio] 繰り返し配列
FGFR2 の遺伝子座にアミノ酸配列として同じ配列だけど、エクソンがことなる例があった。
10q26.13あたり の -1 ストランドに二つの Ensembl Known trans のエクソンがあるが、どちらも 5' 端から EYLDLSQPLE のアミノ酸配列をコードしている。 マッピングの情報からは、これらのエクソンは選択的スプライシングによって相互排他的に利用されている。 だが、それらを由来とするそれぞれのタンパク質アイソフォームは、部分的には同じアミノ酸配列をもつことになる。
このような事例から、選択的スプライスによる遺伝子産物ノ多様性は genome → transcripts → proteins の関係を有向グラフで表現するならば、単なる tree ではなく DAG になることがうかがえる。
2005-02-06 [長年日記]
♭ [Hoge] National Geographic Channel 見たいな
コウテイペンギンなどの背中につけたカメラの映像の Crittercam とか面白そう。
ケーブルまたはスカパー、スカパー110 でみれるのか。
2005-02-07 [長年日記]
♭ [P] PHS、まだこない、
(09:30) 飯田橋でやや足止め
(10:18) まだ来てなかった
(12:30) ベンチャー成功のカギ／社長／やくざ／（株）ネットワーク委員会／人月
(14:02) イントラのスケジュールをみて、旧知の審査を知る
(19:10) がーん。出張中なのですか。
♭ [R] library() のレスポンス
いま、400 個以上のパッケージを CRAN からインストールしてある。
% time echo 'library()' | R --vanilla > /dev/null echo 'library()' 0.00s user 0.01s system 53% cpu 0.019 total R --vanilla > /dev/null 7.63s user 1.64s system 83% cpu 11.120 total
CRAN 全部入れなんかすると、いいことばかりではないということ。
♭ [Hoge] まとめ検索 <URL:http://www.matome.jp>
いろいろためしてみた。
<URL:http://www.matome.jp/keyword/KEGG> の先で BioRuby 〜 解析した遺伝子は、代謝経路のどの程度をカバーしているか？ にたどり着く。 KEGG API をつかって PATHWAY に遺伝子をマッピングして、その大量の画像を zphoto で俯瞰的にブラウズ。
あと、意外なひとの blog がみつかったり。
おもしろい。
2005-02-08 [長年日記]
♭ [P] 雨、地震
(02:31) なまあたたかく見守っていきたいとおもいました
(10:41) Mac mini キター
(11:30) 揺れた
(18:07) 申し込んでみた
(21:50) 某P値の計算でまよってしまう。歪な賽子なのかそれとも多項分布なのかどっちだ？
♭ [Mac] Mac mini がきた
- 「システム設定」／「共有」の各種設定
- 「システム設定」／「アカウント」で自動ログインの解除、起動項目、ファストユーザスイッチ
- /Applications/Installers/Xcode Tools/XcodeTools.mpkg をインストール
- /usr/bin/rsync -azP --delete-after でバックアップ開始。最高 3.78MB って遅いな。
♭ [Bio] Alternative Splicing SIG meeting at ISMB 2005
PSB 2004 で開催された選択的スプライシングのワークショップの第２弾が ISMB 2005 の SIG として開催されることに。
2005-02-09 [長年日記]
2005-02-10 [長年日記]
♭ [P] 引越前日
(12:30) vi／vi という名の何か／edで／cat と sed で／コメントとコメントされるもの／コスト／M3 問題／面接／秘匿される学位論文
(13:51) 作業終了。とおもったら、いまはいているサンダルとコーヒーを飲んでいるマグがあったさ。
(15:49) 今日は静電気がはげしい。
(17:29) 50 個に増えていた。
♭ [Bio][eTOCs] NAR 33(3)
- A novel method for accurate operon predictions in all sequenced prokaryotes
-
Morgan N. Price, Katherine H. Huang, Eric J. Alm, and Adam P. Arkin
オペロン予測。 ゲノム配列の決定された 100 種以上のバクテリアをあつかっている。 隣り合う ORF において (1) distance, (2) comparative features, (3) functional similarity, (4) similarity of CAI をベイズルールで統合して予測している。
2005-02-12 [長年日記]
♭ [BioRuby] EMBL と UniProt/SwissProt の DE 行と OS 行と
Bio::SPTR#os と Bio::SPTR#gn へのパッチの提案が来ていたので、その対応を考えてみた。
UniProt/SwissProt になってからフォーマットの構造化の速度が加速しているような感じがするわけで、GN 行については全くついていっていない。 いっそのこと XML フォーマットだけ相手にしたくなる気がする。
OS 行については、EMBL の OS 行とともに処理する lib/bio/embl/common.rb に処理をまとめているが、SwissProt と EMBL の微妙な違いを吸収できていないので、分離の方向へ。
2005-02-14 [長年日記]
♭ [P] 今日から職場の住所がかわるらしい
(00:23) 兵庫南東部で M3.9 深さ13km の地震。
(01:00) なぞの保守
(14:00) 古い住所の名刺を消費
(17:20) 下水が逆流
(23:47) 荒れとる
♭ [OS] 公募説明会
未踏ソフトウェア創造事業の公募説明会にいってきた。 未踏以外の事業は法人向けのものばかりなので、企業の方々ばかり。 そのなかにどっちかに5%外れ値のようなひとが、点々と。
未踏については、昨年は 558 件の応募があって、そのうち 85 件採択されたそうで。 配分された予算額は例年 100 万円位〜数千万円と幅があるとか。
♭ [Bio] 選択的スプライシングバリアントの情報を遺伝子予測問題に統合
- Integrating alternative splicing detection into gene prediction
-
Sylvain Foissac and Thomas Schiex
BMC Bioinformatics 2005, 6:25 doi:10.1186/1471-2105-6-25
あまり関係無いが Figure が面白い。
2005-02-15 [長年日記]
♭ [P] 18:00 集合
(00:40) さむい
(09:10) ここ数日の傾向として、やや空いている。
(12:30) 分断／ls／最適な解／金で解決／NFS／.cshrc／引越業者の質の低下／虚業
2005-02-16 [長年日記]
♭ [P] succ、京都議定書発効
(00:01) ローソクおおすぎ
(04:46) P 波がくるまえに何故か飛び起きる。なにかを受信したのか？。S波との時差から震源が近くないとおもっていたら、茨城県南西部で M5.0 40km 。
(12:30) 垂直方向／クラスター／遺伝子数／保証付き証明
(16:32) 飛行機確保
2005-02-17 [長年日記]
♭ [P] セミナー準備
(05:30) 起床
(09:00) 起床
(12:30) 対等な立場での共同研究／JST／1030／さきがけ／慰労／強制／講習会／SCore
(16:00) ケーキと紅茶、あとコーヒーとか紅茶にみえる液体と。
(17:30) 込み入ってきた
♭ [Mac] 2finger_scroll.dmg
最新の Powerbook G4 で導入されたトラックパッドでのスクロール機能を、それ以前の Powerbook G4 もしくは iBook で実現する kext のインストーラー。 1G の Powerbook G4 12" でスクロールできるようになった。
インストール作業中にトラックパッドに触るとカーネルパニックるという注意書きどおりの動作を二度ほど確認。 なにかダイアログでたら、とっさにポインターをそっちに持っていこうとするのは性です。
2005-02-18 [長年日記]
♭ [P] セミナー
(08:10) コンタクト数がゼロなくらい混んでない。意外。
(16:00) ねむー
(16:30) ブリの照焼。釣った魚に餌をあたえない話
(17:19) 某所の絵馬ですれ違いトランザクション
(20:20) 日曜日の停電対策に shutdown now
(22:24) 理解不能
2005-02-20 [長年日記]
Ω nt [なるほど。失礼しました。調べたのは ruby 1.8.0 (2003-08-04) [ia64-linux] rub..]
Ω なかお [% ruby -e 'f=lambda {|x| p x.call(x) }; p f.call(f) ' zsh:..]
Ω nt [あれー！！落ちてしまいました。 % ruby --version ruby 1.8.1 (2003-12-25) [..]
Ω nt [上記の問題が修正されているはずの % ruby --version ruby 1.8.2 (2004-12-25) ..]
Ω nt [gdbでcall stackを読んでみました。 rb_yield_0 関数のはじめのほうで stack_check(..]
2005-02-21 [長年日記]
♭ [Res] データの配布
ちかくのブースでデータベースを開発しているひとに、データベースの中のデータの配布方法についての相談を受けた。 配列だけを配ろうとしていたので、mysqldump -a の出力で配ることをつよくを勧めた。
♭ [BioRuby][Bio] DNA to MIDI
さすが、インターフェイスがさっぱりときれい。 scale を okinawa にすると沖縄っぽい。そのときはさらに tempo を 100 くらいとゆっくりめにするとさらにそれっぽい。
2005-02-22 [長年日記]
♭ [Res] UniProt の UID のフォーマットが更新された件
AC ではなく ID を配列取得の URL に埋め込んでいたところ、トレース出来なくなりました。
ここで逆切れするとすれば、Ensembl のようにリリースのバージョン込みでリクエストさせれ！というものがありえます。 えぇ、反省しております。えぇ。
2005-02-23 [長年日記]
♭ [P] 某ヒアリング、春一番
(08:10) 混んでる。始発駅が複数あるのかな？
(08:40) 日差しが暑苦しい。
(12:30) 大声ダイエット／発声生物学／禁煙／携帯／PHS／靴下を／ボタンをかける？／（生命）保険のリスク的には喫煙者のほうが好ましい説／キャシャーン／メディアとしてのマスク／ケータイメール
(18:12) 出荷メール受信
(21:59) 有感地震。茨城南西部、M4.6、58km
♭ [R] R のグラフを印刷するにはどうすればいいのですか？
きょうの質問から。
R のグラフィックスにはデバイスという概念があります。 help(Devices) を参照してください。 たとえば、PostScript ファイルにグラフィックスを保存したいときには、postscript デバイスを使用します。
R> postscript() R> plot(...) R> dev.off()
そのときに忘れてはいけないのが、def.off() で使用しているデバイスを終了することです。 ファイルに書き出す（postscriptなどの）デバイスには、書き込みバッファが設定されているので、デバイスを終了しないと、書き込みバッファの定数倍バイト分しかファイルに書き込まれません。
2005-02-24 [長年日記]
♭ [P] 花粉？
(08:30) 住民票取得。待ち時間0秒。
(09:30) すでにブースに配送されていた。
(11:40) 全館放送 ウイルス警報
(12:30) 小型スピーカ／粗大ゴミ／引越／手当縮小／刺激と応答
♭ [R][AQ] （テーブル状の）データ（データフレーム）を（CSV フォーマットの）ファイルとして書き出すには？
今日の質問。
write.table(base) が data.frame をファイルに書き出す関数。 セパレータとデリミタを指定でき、タブきりや CSV フォーマットに対応。
write.table(x, file= "", sep = " ", eol = "?n", ...)
- sep = " "
- セパレータを指定。"," なら CSV、"?t" ならタブきりになる。
- eol = "?n"
- end of line。改行コード。
ちなみに、write(base) ではデータフレームやリストを直感的なかんじには保存できない。
2005-02-25 [長年日記]
♭ [P] 雨、羊
(01:16) 夜半過ぎから雪になり
(09:01) 空いている
(11:35) 羊をかぶった山羊
(13:30) スケールフリーについてのセミナー。対数正規分布とベキ分布の相違点と類似点など。
(21:00) いろいろ聞いてしまいました。
2005-02-26 [長年日記]
♭ [P] 晴、東北で地震、満月？
(14:48) 到着
(16:40) 内密っぽい話をきいたりしたりしなかったりきかなかったり／シンガポールでは Skype が大流行り／三人は微妙な関係／あのウェブメーラーは使い物にならない／風邪の伝播経路についての考察と予測
(22:00) YTN
(23:24) 眼が痒い。まさか
♭ [Hoge] グリル満天星 麻布十番
●所在地… 東京都港区麻布十番1-3-1 B1F
●アクセス… 地下鉄大江戸線・麻布十番駅7番出口から徒歩2分。ジョナサン方向右側B1F。
（南北線からなら、4番出口を出て、豆源の角を曲って行く方が便利）
●電話… 03-3582-4324
●営業時間… 11:30〜15:30、17:30〜22:00
●定休日… 月休
[麻布十番のオムライスより引用]
また行きたい。
2005-02-28 [長年日記]
♭ [Bio] DNA
<URL:http://www.tbi.univie.ac.at/~wash/> を教えていだだいて、考えてみた。
% ruby -e "def dp(i,j,b,r); ' '*i.to_i+b[r]+'-'*j.to_i+b[r+1];end; m='54321001'.split('').zip('02344320'.split('')); loop{(m + m.reverse).each{|i,j|puts dp(i,j,'attagccg'.split(''),rand(4).to_i*2)}} "
ta
g--c
g---c
c----g
a----t
a---t
g--c
ta
at
c--g
t---a
c----g
a----t
Before...
Ω sonny [fQp9MV dbjs6Esl0U2fV]
Ω bobby [Cindy McCain's battle against prescription drug addiction ..]
Ω lisa [Northern Virginia Voters Chime In washingtonpost.com/wp-d..]
Ω lola [Has Obama Underestimated McCain? voices.washingtonpost.co..]
Ω britney [Sarah Palin: Who Do We Think She Is? washingtonpost.com/w..]