ヽ(´ー｀)ノ
2005-01-04 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] Photochem Photobiol.
- A Phytochrome-like Protein AphC Triggers the cAMP Signaling Induced by Far-red Light in the Cyanobacterium Anabaena sp. Strain PCC7120
-
Okamoto, Shinobu, Kasahara, Masahiro, Kamiya, Asako, Nakahira, Yuka, Ohmori, Masayuki
Photochemistry and Photobiology 2004 80: 429-433
2005-01-06 [長年日記]
♭ [P]
(09:48) ね某
(10:40) カードキーを忘れる。三日目。
(12:30) ダブルクオート／サニタイズ／引っ越し／クリスマス／マッチョ／ダンプ／４倍／64ビット
(22:30) 受教簿発見
♭ [OS] printf の書式
書式について質問されたのですが、最近めっきりつかわなくなったので不明。 つかうとしても、10進数を16 進数に変換するときに sprintf をつかうなどで、出力用のフォーマットにはつかっていない。
Effective Perl に printf のための Appendix があったはずなので、共用本棚を探したけどみつからず。 総合研究塔の本棚にはあるのだが。 そんななか、となりのブースの A さんが「あれはたまにこまる」というような表情でこちらをみていた。
♭ [Ruby] ReFe
とおりすがりさんのつっこみで思い出して 0.8 をインストール。
$ refe printf $ refe IO printf $ refe man.sprint
としていけば、だいたい把握できる。
質問者は、ちなみに、perl もしくは C の printf について知りたいようで、Ruby とかあたらしくプログラム言語を取得したくないようである。 printf の書式は基本的に同じかもしれないけど、これを教えても見ないだろうな。
♭ [Res] z-Score -- from MathWorld
MathWorld はステキすぎ。
Correlation Coefficient -- from MathWorld はあるけど、MCC はない。
♭ [Bio] PLoS Computational Biology
でた。 ISMB のプロシーディングスは BIOINFORMATICS からこっちになるのかな。
2005-01-07 [長年日記]
♭ [BioRuby] EMBL の OS 行パージングの問題
BioRuby-ja にて EMBL の OS 行の処理で embl.rb が RuntimeError ることが報告された。
RuntimeErrorになったのは以下の行である。
OS Haplochromis sp. 'muzu, rukwa'
[EMBL:AB090716より引用]
これを処理しているのは bio/db/embl/common.rb の
93 def os(num = nil)
94 unless @data['OS']
95 os = Array.new
96 fetch('OS').split(/, and|, /).each do |tmp|
97 if tmp =~ /([A-Z][a-z]* *[?w?d ?:?'?+?-]+[?w?d])/
98 org = $1
99 tmp =~ /(?(.+?))/
100 os.push({'name' => $1, 'os' => org})
101 else
102 raise "Error: OS Line. #{$!}?n#{fetch('OS')}?n"
103 end
104 end
105 @data['OS'] = os
106 end
107 if num
108 # EX. "Trifolium repens (white clover)"
109 "#{@data['OS'][num]['os']} {#data['OS'][num]['name']"
110 end
111 @data['OS']
112 end
である。 bio/db/embl/common.rb でシングルクオートで囲まれた文字列を想定していなことがこのRuntimeErrorの原因である。
OS 行は
OS Genus species (name)
の形であると EMBL Nucleotide Sequence Database User Manual Release 81 に記載されている。
bio/db/embl/common.rb は UniProt/SwissProt でも利用されているので、SwissProt の OS 行の記載 もみると、EMBLの定義と基本的にかわらない。違いは、SwissProt では複数の生物種が許されることと、行の終わりにピリオドがあることである。
どちらにもシングルクオートについて特別な記載がないので、これはどうしたものだろうか。
とりあえずは、Bio::EMBL#fetch('OS') としてもらおうか。
% ruby -rbio -e 'a=Bio::EMBL.new($<.read); p a.fetch("OS")' ../../EMBL/AB090716.embl
"Haplochromis sp. 'muzu, rukwa'"
とはいえ、bio/db/embl/common.rb の109行あたりに別（というかまさにそれ）の不備を発見してしまったので、改訂するのは決定といことで。
ちなみに、Haplochromis sp. はシグリットの一種で、rukwa は湖の名前らしい。
♭ [Bio] EMBL と SwissProt の OS 行と悲しき機械
EMBL:AB090716 の翻訳もの UniProt TrEMBL:Q8AUS6 を IRC 経由で教えてもらった。 OS行をみると、正常っぽいが、行末にピリオドがないので SwissProt の OS 行表記ルールとちょっと違うように見える。 そこからリンクされている NiceProt View とか SRS View を確認してみる。 どちらもピリオドでスプリットして二つの生物種であると解釈されていた。 うらではどちらも SwissKnif をつかっているからであると思われる。
このエントリとおなじ OS 行らしいものはほかにも複数ある。 OS 行に Haplochromis（シグリッド）が含まれるものを検索してみると、産地をシングルクオートで囲むのがフツーらしい。
シグリッドのDNA配列に興味があるひとはその多様性に興味があるわけで、産地が重要であるのはよくわかる。 しかしながら、EMBL は分子のデータベースだから、個体から採取した分子のデータを登録するはずである。ひとつの個体が複数の湖に同時にいるわけはないはずであり、muzu が湖かどうか確認できていませんが、もし湖なら、こういった産地を併記する記載には疑問を感じるしだいである。 と書いているうちに、Muzu は河であるらしいと IRC 経由で教えて頂いた。しかも、論文中では Muzu ではなくMuze River になっていた。
♭ [Bio][eTOCs] BMC Bioinformatics
- Clustering under the line graph transformation: Application to reaction network
- Jose C. Nacher, Nobuhisa Ueda, Takuji Yamada, Minoru Kanehisa, Tatsuya Akutsu
- A database for G proteins and their interaction with GPCRs
- Antigoni L Elefsinioti, Pantelis G Bagos, Ioannis C Spyropoulos, Stavros J Hamodrakas
2005-01-12 [長年日記]
♭ [P] 36.5℃
(10:01) マフラーは偉大だ。
(15:00) T と遭遇。
(16:35) 発注。一月中に来るらしい。
(17:59) 左下半身に若干麻痺っぽい感覚が。寒いと座骨神経が囁くのか（違う。
(22:10) ADSL 開通。AirMac Express で PPPoE もらくらく。
♭ [Mac] Mac mini と iPod shuffle
Mac mini はファイルサーバにぜひつかいたい。 電源がACアダプタっぽいのがちょっと気になるが、1.3 kg と最軽量のMacであるのは確実。（電源はACアダプタらしい。） 名付けルールを推測すると、つぎは、Mac photo か Mac U2 かもしれず。
iPod shuffle は、起動ディスクに使えるか興味がある。 iPod shuffle に対応した iTunes 4.7.1 が出ていたので早速アップデート。
♭ [Bio] GFF3/SO representation of gene
Sequence Ontology の song-devel ML でいわゆる CDS の定義のスレッドがつづいています。
全国の CDS と ORF の定義コンシャスな各方面の方々も <URL:http://sourceforge.net/mailarchive/message.php?msg_id=10525070> あたりからゼヒ。
♭ [Bio][eTOCs] BIOINFORMATICS
- RALEE--RNA ALignment Editor in Emacs
- Sam Griffiths-Jones
- OntologyTraverser: an R package for GO analysis
- A. Young, N. Whitehouse, J. Cho, and C. Shaw
2005-01-13 [長年日記]
♭ [Res] 改行コード
992 文字毎に改行コードが入ったりするものなのでしょうか。 '?n' が '?r?n' にされてしまうのでしょうか。
SMTPの仕様で1行1024バイト未満にするために、991バイトごとに ?r?n が入るそうです。 そうですか。 そうですが。 これからは base64 エンコードします。 B (shift + b) を押します。
♭ [Bio] January 11 2005: GOA releases.
タクソンID毎の GOA UniProt Proteome sets がリリースされた。
- EBI FTP: <URL:ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/>
- EBI SRS: <URL:http://srs.ebi.ac.uk>. Search GOA data library
- GO FTP: <URL:ftp://ftp.geneontology.org/pub/go/gene-associations/>
- GO CVS: <URL:http://www.geneontology.org/GO.CVS.help.html>
2005-01-14 [長年日記]
2005-01-17 [長年日記]
♭ [Hoge] Word v.X で図付きの書類をつくったら、送り返された
Microsoft Office v.X の Word で画像付きの書類を作成するときは、Windows でもただしく閲覧出来るように気をつけるべきことがあった。
- 画像が表示されない
- 吹き出しの中の文字が化ける
PowerPoint から Word へオブジェクト（画像）をコピー＆ペーストすると、QuickTime が介在しているようで、表示にも QuickTime が要求されるらしい。ふつーの Windows には QuickTime はインストールされていない。
回避法：PowerPoint のページを PDF に保存して、Word から「挿入」→「図」→「ファイルから...」 で読み込む。
文字コードについては深追い禁止。
閲覧目的なら PDF で提出したかったです。
♭ [Bio] 科学と信仰
【8位】▼平成16年度科学技術信仰調整費人材養成プログラム、2月10-18日実施
http://biotech.nikkeibp.co.jp/news/detail.jsp?newsid=SPC2005010630725
[Subject: BTJ /HEADLINE/NEWS 2005/01/17 RANIKIG MAIL 第 634 号より引用]
♭ [Bio][eTOCs] Genome Biol.
Methods
- An ontology for cell types
-
Jonathan Bard, Seung Y Rhee and Michael Ashburner
We describe an ontology for cell types that covers the prokaryotic, fungal, animal and plant worlds. It includes over 680 cell types. These cell types are classified under several generic categories and are organized as a directed acyclic graph. The ontology is available in the formats adopted by the Open Biological Ontologies umbrella and is designed to be used in the context of model organism genome and other biological databases. The ontology is freely available at <URL:http://obo.sourceforge.net/> and can be viewed using standard ontology visualization tools such as OBO-Edit and COBrA.
2005-01-18 [長年日記]
♭ [P]
(11:30) 時期雇用計画についての説明会。
(12:30) SCore／qsub／MPI／アイリス／千手／n-cube／ブルーなジーン／POSIX 準拠じゃない
(14:06) ヒアリングの希望日程を連絡
(18:03) 肩がコる。
(19:40) 田燕居で夕食。
2005-01-19 [長年日記]
♭ [P] tDiary.net に移行して一年
(11:08) 〆切が重なっている予感。
(11:27) 290ポンド支払う。
(11:53) 敷金精算。
(12:30) 柵が撤去されはじめた／NAIST原研方面関係のかたがたがぞろぞろと／スキー／ストックの役割
(13:44) 辞令がきた。
(18:49) ext とか書いて逃避してしまいまつた。
♭ [Bio] ゲノム敗北の書評が Nature に
- Science lessons YOSHIAKI ITO
- Japan must learn from its mistakes in the human genome project.
Genomu Haiboku (A Defeat in the Genome Project)
by Nobuhito Kishi
Diamond: 2004. 374 pp. ?2,100. In Japanese.
Nature 433, 107 - 108 (13 January 2005); doi:10.1038/433107a
♭ [Bio] GenProC2005 にいってきた
15:00 頃から参加。 出てくる数人とすれ違う。 この時間帯の一人目は岡田先生＠東工大。 シグリッドの進化研究と関連した選択的スプライシングアイソフォームについての紹介。 多様化は、（１）住む場所、（２）食性、（３）性選択によって固定化していくことを紹介。 体表の模様に関するタンパク質について、アイソフォームの組成がグループで固定されているというのが興味深い。 しかも、イントロン・リテンション型で、すべてのイントロンにインフレームに終止コドンが存在するそうで、イントロンのなかにはほとんどコード領域にならないそうである。 アイソフォームの組成の変化が、タンパク質そていの分子機能発現において、量的に競合して、模様のくりかえしの長さや色の濃さに影響しているのかもしれない。
次に由良さん＠原研。 H-Inv の AS unique isoforms を PDB にマッピングしたいつものお話。 "so far so good" と繰り返された。
2005-01-20 [長年日記]
♭ [P]
(09:30) 溜池山王で一緒になった。
(11:20) 名刺の校正
(12:30) きょうもワークショップやっていた／いっそポスドクになりたい／年齢制限でむりでは／じゃテクニカルスタッフに／国研／取り合い／役人／名前がつかわれている／駆け込み発注／見積書プロキシ
(15:03) M-| をそろそろ覚えてもいいのではないだろうか。
(18:07) 220 文字。
(21:17) <URL:http://www.i879.com> は 17時までじゃないと翌日お届けができなかった。
♭ [Hoge] 助教
http://www.asahi.com/national/update/0120/009.html
大学の教員組織の在り方に関する検討委員会（第９回）議事録・配布資料 から助手制度について動き出したようで、大学の教員組織の在り方に関する検討委員会（第１１回）議事録・配布資料 （←リンク先つけまちがっているようです。<URL:http://university.main.jp/blog2/archives/2005/01/post_367.html> にリンクあり。）で助教が提案されたらしい。
2005-01-21 [長年日記]
♭ [Bio] BOSC 2005, June 23-24, Detroit in Michigan, USA
ISMB 2005 において SIG として開催。
はなしをしたいひとは Apr 26 までに。 5分のライトニングトークもあり。
2005-01-22 [長年日記]
♭ [Mac] Mew on Carbon Emacs に Cmd + ` がとられる
Carbon Emacs 一月版に更新してから、Aqua におけるアプリケーション内のウインドウ循環のショートカット Cmd + ` が効かなくなった。（このショートカットは US キーボードではいい位置に配置されてい使いやすくて重宝している。）
A - ` is undefined
と Mini buffer にでる。といっても、つねにそうなるわけではなくて、Mew のバッファにカーソルがあるときだけ再現する。 その一方で、Aqua におけるアプリケーションの循環のショートカット Cmd + tab は Mew のバッファにカーソルがあっても効いている。
2005-01-24 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] BMC
- Non-linear mapping for exploratory data analysis in functional genomics
- Francisco Azuaje, Haiying Wang, Alban Chesneau BMC Bioinformatics 2005, 6:13 (20□January□2005)
- Modelling the correlation between the activities of adjacent genes in drosophila
- Helene H Thygesen, Aeilko H Zwinderman BMC Bioinformatics 2005, 6:10 (19□January□2005)
- cAMP response element binding protein (CREB) activates transcription via two distinct genetic elements of the human glucose-6-phosphatase gene
- Gerald Thiel, Jude Al Sarraj, Luisa Stefano BMC Molecular Biology 2005, 6:2 (19□January□2005)
♭ [Ruby] Array#include? と Hash#[]
集合のなかの値の存在の判定につかうなら Hash#[] の方が断然高速。
tc = 1000
p ary = []
t = Time.now
tc.times { |c| ary << c.to_s }
puts "[#{tc}] Construction: #{Time.now - t}"
t = Time.now
tc.times { |c| if ary.include?(c.to_s); end }
puts "[#{tc}] Array#include?: #{Time.now - t}"
p hsh = Hash.new
t = Time.now
tc.times { |c| hsh[c.to_s] = true }
puts "[#{tc}] Construction: #{Time.now - t}"
t = Time.now
tc.times { |c| if hsh[c.to_s]; end }
puts "[#{tc}] Hash#[]: #{Time.now - t}"
実行する。
% ruby -v
ruby 1.8.1 (2003-12-25) [powerpc-darwin]
% ruby ary-hsh.rb
[]
[1000] Construction: 0.004433
[1000] Array#include?: 0.421158
{}
[1000] Construction: 0.036475
[1000] Hash#[]: 0.006071
OptimizingRubyProgram の「探索： Array と Hash」を ngoto 氏におしえてもらったのでもひとつ試してみた。
p hsh2 = Hash.new
t = Time.now
tc.times { |c| hsh[c.to_s] = 0 }
puts "[#{tc}] Construction: #{Time.now - t}"
t = Time.now
tc.times { |c| if hsh[c.to_s]; end }
puts "[#{tc}] Hash#[]: #{Time.now - t}"
すると
{}
[1000] Construction: 0.018886
[1000] Hash#[]: 0.02981
Integer の方が速いとおもってのに、true を代入するより遅くなった。
♭ [Bio][Ruby] simple-goslim.rb
GO Database から GOslim を計算する ad-hoc なスクリプト。
% time zcat gene_association.goa_mouse.gz |cut -f5 | \
ruby simple-goslim.rb goslim_Mouse_Riken.0201
{"GO:0003750"=>0, "GO:0003673"=>0, "GO:0003674"=>40483, "GO:0003774"=>258, "GO:0005198"=>1480,
"GO:0003676"=>5365, "GO:0003754"=>4, "GO:0005488"=>17795, "GO:0004857"=>305, "GO:0030234"=>661,
"GO:0005215"=>2525, "GO:0003824"=>12163, "GO:0004871"=>6674}
zcat 0.11s user 0.04s system 15% cpu 0.940 total
cut -f5 0.44s user 0.07s system 54% cpu 0.928 total
ruby simple-goslim.rb 4.97s user 0.27s system 35% cpu 14.729 total
こんなかんじ。あっているのだろうか？
class GoSlim
def self.goslim(goslim)
goslim.scan(/^([\$ ][ <\%]*)(\w[\w ]+) ; (GO:\d{7})/m).flatten
end
def self.goslim_acc(goslim)
goslim.scan(/^[\$ ][ <\%]*\w[\w ]+ ; (GO:\d{7})/m).flatten
end
attr_accessor :goslim, :goids
def initialize(host = 'localhost', user = 'go', pass = 'go', dbname = 'go')
require 'mysql'
@con = Mysql.new(host, user, pass, dbname)
@goslim = []
@goids = []
end
def calc(goids = nil)
@goids = goids if goids
otmp = {}
@goslim.each { |s_goid| otmp[s_goid] = count(s_goid, @goids) }
return otmp
end
private
def count(s_goid, goids)
res = @con.query(sql(s_goid))
rchilds = {}
res.each_hash { |h| rchilds[h['acc']] = true }
count = 0
goids.each do |goid|
count += 1 if rchilds[goid]
end
return count
end
def sql(goid)
["SELECT", "rchild.acc AS acc",
"FROM", "term AS rchild, term AS ancestor, graph_path",
"WHERE", "graph_path.term2_id = rchild.id",
"and", "graph_path.term1_id = ancestor.id",
"and", "ancestor.acc = '#{goid}';"].join(' ')
end
end # class GoSlim
if __FILE__ == $0
help = "simple-goslim.rb - A front end for constructing GO Slim from GO Database.
$ ruby simple-goslim.rb goslim_* gene_association_*
$ cat gene_association.* | cut -f 5 | ruby simple-goslim.rb goslim_*
- GO Database <http://godatabase.org/dev/database/>
"
gs = GoSlim.new('localhost', 'go', '', 'go')
case ARGV.size
when 2
gs.goslim = GoSlim.goslim_acc(File.open(ARGV[0], 'r').read)
gs.goids = File.open(ARGV[1], 'r').read.split("\n").map {|x| x.split("\t")[4] }
when 1
gs.goslim = GoSlim.goslim_acc(File.open(ARGV[0], 'r').read)
gs.goids = $stdin.read.split("\n")
else
puts help
exit
end
p gs.calc
end
2005-01-25 [長年日記]
♭ [Q] 知っておきたかったこと --- What You'll Wish You'd Known
今、ぼくは素晴らしい仕事をした人を何人も知っているけれど、 みんな同じなんだ。自分を律するということをほとんどしない。 延ばせることはぐずぐず先に延ばすし、興味のないことをやらせようと しても全くの無駄だ。そのうちの一人ときたら、自分の結婚式に 出席してくれた人へのお礼の手紙を出してない。 結婚して4年経つのに。もう一人は、メールボックスに26000通のメールをため込んでる。
♭ [Bio] 細胞内のタンパク質輸送過程を人工的に再現、タンパク質を正確に運ぶメカニズムを解明
理研プレスリリース。 in vitro で小胞輸送を再現。
♭ [Bio] 山之内製薬と理化学研究所システムバイオロジーで体内時計の遺伝子ネットワークの心臓部を解明 - Nature Geneticsに発表 -
理研プレスリリース。 CDB の上田さん。
♭ [Bio] bioperl-1.5.0 released
Bioperl 1.5.0 Developer's release is available for download. =============================================== http://bioperl.org/DIST/bioperl-1.5.0.tar.bz2 425ac55ecbb4339b7b532ba6d429bb40 http://bioperl.org/DIST/bioperl-1.5.0.tar.gz 172472f0675de9a583432e21c9b1b5fc http://bioperl.org/DIST/bioperl-1.5.0.zip 3febcd2445a7393c65981a6f9f13a9ed
ライブラリだけでなくそれをつかったツールやアプリケーションが充実してきている。
♭ [Mac] Delicious Library
iTunes 風に書籍やDVDのライブラリ管理アプリ。 iSight でバーコードを読み込んでライブラリに追加できる。
2005-01-26 [長年日記]
♭ [Mac][Bio] /usr/local/biotools
BioTeam.Net - MacOS X for Life Science Informatics のなかの物件は /usr/local/biotools 以下にはいるのだった。
♭ [Hexe] zsh で % < hoge.txt
<URL:http://sodium.dnsalias.com/sodium/diary/20050125.html#p07> をみていろいろためしてみる。
hoge.txt がターミナルに収まるくらい短いと、
% cat hoge.txt
相当で、長い場合は、
% less hoge.txt
相当であるようだ。h で SUMMARY OF LESS COMMANDS がでてきた。
ちなみに、
% echo $0 /bin/zsh % zsh --version zsh --version zsh 4.1.1 (powerpc-apple-darwin7.0)
でした。
2005-01-27 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] BIOINFORMATICS 21(3)
- Detecting overlapping coding sequences with pairwise alignments
- Andrew E. Firth and Chris M. Brown
- Tracker: continuous HMMER and BLAST searching
- Madelaine Marchin, Paul T. Kelly, and Jianwen Fang
- Similarity of position frequency matrices for transcription factor binding sites
-
Dustin E. Schones, Pavel Sumazin, and Michael Q. Zhang
PSSM 関係。
- Discovery of stable and significant binding motif pairs from PDB complexes and protein interaction datasets
- Haiquan Li and Jinyan Li
- easyLINKAGE: a PERL script for easy and automated two-/multi-point linkage analyses
- Tom H. Lindner and K. Hoffmann
- Human-Mouse Gene Searcher: a tool to assist discovery of malformation-associated genes by using phenotype databases
- Ian Bradford, Robin Winter, Carl Evans, and Jonathan Bard
- Iterative Cluster Analysis of Protein Interaction Data
- Vicente Arnau, Sergio Mars, and Ignacio Mar?n
- iPfam: visualization of protein-protein interactions in PDB at domain and amino acid resolutions
- Robert D. Finn, Mhairi Marshall, and Alex Bateman
- PhenomicDB: a multi-species genotype/phenotype database for comparative phenomics
-
Abdullah Kahraman, Andrey Avramov, Lyubomir G. Nashev, Dimitar Popov, Rainer Ternes, Hans-Dieter Pohlenz, and Bertram Weiss
比較表現学（comparative phenomics）ですか。
- VizRank: finding informative data projections in functional genomics by machine learning
- Gregor Leban, Ivan Bratko, Uros Petrovic, Tomaz Curk, and Blaz Zupan
♭ [Bio][eTOCs] Genome Res.
- Genome-wide regulatory complexity in yeast promoters: Separation of functionally conserved and neutral sequence
-
Chen-Shan Chin, Jeffrey H. Chuang, and Hao Li
Genome Res. published 14 January 2005, <URL:http://dx.doi.org/10.1101/gr.3243305>
酵母のプロモータの制御の複雑性など。
- Making connections between novel transcription factors and their DNA motifs
-
Kai Tan, Lee Ann McCue, and Gary D. Stormo
Genome Res. published 14 January 2005, <URL:http://dx.doi.org/10.1101/gr.3069205>
♭ [Bio] BIRD成果報告会
午後から参加。
- <URL:http://www-bird.jst.go.jp/sympo/program.html>（← そのうち消えそうなかんじ）
いくつか興味深いあたらしい測定系の発表があった。 さらっと話していたけど、その背後どれだけの実験量があるのかをかんがえるとくらくらしそうだった。
東大新領域の伊藤先生の発表では絶対定量PCRの GATC-PCR を紹介。 大規模データからの順位付き遺伝子リストからの知識発見について、共通性と差異を効果的に浮き上がらせるあたらしい方法の紹介など。
東大新領域の森下先生の発表では SCMD を紹介。 SGD との協力体制や、形態記述のためのオントロジーの整備などが今後の展開にある。
東大農学部の岸野先生の発表では、遺伝子重複後に染色体上での位置の違いから選択圧に違いが生じてその後の進化に影響しているという話があった。
2005-01-28 [長年日記]
♭ [Res] Javascript によるコンテンツの html への差し込み
hoge.html に以下のように書いておく
<script type="text/javascript" src="fuga.js"></script>
fuga.js に差し込みたいコンテンツを Javascript で書いておく。 たとえば、
document.write("fuga fuga")
とすると、hoge.html を開いたときに fuga.js が参照される。
こうすることによって、hoge.html には手をつけずに hoge.html をブラウザで開いたときに見えるコンテンツを fuga.js に依存させることができる。 いいかえると、fuga.js だけを書き換えることによって、hoge.html をブラウザで開いたときに見えるコンテンツを変更することができる。
技術的には Ads by Google などでやっていることそのままなのですが、個人的なニーズにちょうどはまりました。
2005-01-31 [長年日記]
♭ [P] 中刷りが刷新されていたような
(09:36) orz
(12:30) グラント／助教授相当／３０００万円／やくざ／DVDレコーダー／z3／マツダ
(14:30) IM キター。Call 返し。
(18:30) 某案件を譲渡。結局未開封のまま。
(20:00) 帰路にたつ。この時間帯は切続が悪い。
♭ [Hoge] *.tdiary.net のいくつかがはてなアンテナでとれてない
いつからだったのだろうか？
HEAD への応答の変更 をみて、 はてなアンテナ - 手動更新チェッカー を確認してみた。
HEAD リクエストにより Not Modified が返されました。
がーん。 この影響があるところはとれていないような予感。
最近はてな経由がないのはこれが理由なんですね。
♭ [Bio] 財団法人 大川情報通信基金
3-31 〆切。年間 1,000 千円。8 月ごろに発表。
情報・通信に関する調査・研究 ... 5. バイオ分野 バイオインフォマティクス（生命情報工学）、ゲノム解析、プロテオーム解析等、バイオ分野のうち、情報・通信に関連する研究
昨年の大川出版賞には「タンパク質機能解析のためのバイオインフォマティクス」があったり。
♭ [CS] 2005年度（上期分）ソフトウェア開発支援事業の公募開始について
公募説明会は 2/14 に文京グリーンコートにて。
このうち、オープンソースソフトウェア活用基盤整備事業 はほとんど企業向けのようです。 どなたか一緒に企画しますか？
♭ [Res] Note: No experimental confirmation available.
NiceProt:SIL7_HUMAN で遭遇。 SwissProt なのに、信じていたのに。 とか思った。
Ω 通りすがり [man 3 printf ではだめですか？]
Ω なかお [man 3 printf は抽象的で満足できなかったんでしょうね。多分、自分の目的にすぐ使える実例が欲しかったので賞..]
Ω 通りすがり [なるほど。ならば refe man.sprintf とか。]
Ω itoshi [sprintf です > Effective Perl の Appendix ま、一緒ですけど。]