ヽ(´ー｀)ノ
2004-12-01 [長年日記]
♭ [P] 羽田第二ターミナル
(05:00) 起きた
(06:50) こんなところにいたり
(08:36) 今日は「ノー残業デー」だそうです。 でも、もともと残業は無いことになってますから。 残念。
(10:35) 悩ましい。 うむむ。 飛び込むのも一興。
(15:20) 不信ですね。
(20:41) 交渉成功。
(22:19) おもろかった。
(23:36) 京都南部で地震。M4.1
♭ [Bio][eTOCs] Nucleic Acids Res.
- Identification of a novel human nuclear-encoded mitochondrial poly(A) polymerase
- Rafal Tomecki, Aleksandra Dmochowska, Kamil Gewartowski, Andrzej Dziembowski, and Piotr P. Stepien
- The relative flexibility of B-DNA and A-RNA duplexes: database analysis
- Alberto Perez, Agnes Noy, Filip Lankas, F. Javier Luque, and Modesto Orozco
Methods Online
- Combinatorial codon-based amino acid substitutions
- Jorge Yanez, Martha Arguello, Joel Osuna, Xavier Soberon, and Paul Gaytan
- Mining SAGE data allows large-scale, sensitive screening of antisense transcript expression
- Ronan Quere, Laurent Manchon, Mireille Lejeune, Oliver Clement, Fabien Pierrat, Beatrice Bonafoux, Therese Commes, David Piquemal, and Jacques Marti
♭ [Bio][eTOCs] PLoS Biol.
- Patterns of Intron Gain and Loss in Fungi
-
Cydney B. Nielsen, Brad Friedman, Bruce Birren, Christopher B. Burge, James E. Galagan
A comparative study of four fungal genomes reveals the patterns of intron gain and loss over several hundred million years of evolution.
Synopsis: <URL:http://dx.doi.org/10.1371/journal.pbio.0020447>
Full-text: <URL:http://dx.doi.org/10.1371/journal.pbio.0020422>
♭ [Bio] NAGNAG
- Widespread occurrence of alternative splicing at NAGNAG acceptors contributes to proteome plasticity
- Hiller M et al., Narute Genet., 36(12)1255
スプライシングのアクセプターサイト（5'側）周辺にNAGNAG もチーフがある場合、エクソン境界が１残基分（NAG分）ずれたりしたりするはなし。 RefSeq のヒト遺伝子の 30% に存在、すくなくとも 5 % は機能的。
. . . N A G N A G . . . (Genome) . . . n a g|N A G . . . (E acceptor) . . . n a g n a g|. . . (I acceptor)
小文字はイントロン。 | はエクソン境界。 タンデムに並んだ AG のどちらかがアクセプターサイトに選択される。
こんなものがあるから、アラインメントしてモチーフ探索してもみつからないのかもね。
2004-12-02 [長年日記]
♭ [Bio] gmod-ontol-sw-dev メーリングリスト
go-perl や go-db-perl 等の go-dev のなかのツールの開発者向けのメーリングリストが新設された。 さっそく入会。
♭ [Bio][eTOCs] Genome Res.
- The mouse genome: Experimental examination of gene predictions and transcriptional start sites
-
Sujit Dike, Vivekanand S. Balija, Lidia U. Nascimento, Zhenyu Xuan, Jacqueline Ou, Theresa Zutavern, Lance E. Palmer, Greg Hannon, Michael Q. Zhang, and W. Richard McCombie
マウスの TSS と遺伝子の予測と実験。
♭ [Bio][eTOCs] Genome Biol.
- Hidden localization motifs: naturally occurring peroxisomal targeting signals in non-peroxisomal proteins
-
Georg Neuberger, Markus Kunze, Frank Eisenhaber, Johannes Berger, Andreas Hartig, Cecile Brocard
ペルオキシゾーム
Software
- GOToolBox: functional analysis of gene datasets based on Gene Ontology
- David Martin, Christine Brun, Elisabeth Remy, Pierre Mouren, Denis Thieffry, Bernard Jacq
- The ASRG database: identification and survey of Arabidopsis thaliana genes involved in pre-mRNA splicing
- Bing-Bing Wang, Volker Brendel
2004-12-06 [長年日記]
♭ [P] タイヤ交換、釧路で震度５強
(04:30) 起きてしまった。
(06:50) さみー。
(08:09) 富士山にほとんど雲がかかっていない晴れ渡った朝。
(17:48) 発見ものの原稿をかいていると、プロジェクトXっぽい口調にしたくなってくる。
(18:20) tb 送ったつもりが送れてなかったの巻
(23:22) 釧路で震度５強。M7.0
2004-12-07 [長年日記]
♭ [Bio] DEDB
ハエの選択的スプライシングのデータベース。
- DEDB: a database of Drosophila melanogaster exons in splicing graph form
-
Bernett T.K. Lee , Tin Wee Tan and Shoba Ranganathan
BMC Bioinformatics 2004, 5:189 doi:10.1186/1471-2105-5-189
♭ [Bio] 分子生物学会の会費振込用紙
学会事務センターの倒産後の学会事務は株式会社 メディ・イシュにうつったようで、そこから会費振込用紙と Genes to Cells の購読のお誘いが来た。 でも、振込用紙の氏名が別人だった。 倒産のつぎは個人情報漏洩ですか。 大丈夫か。
♭ [Bio] Subject: Nature Chemical Biologyへの論文提出のお誘い
という表題のメールが来た。
中国には「化学生物学」といいう表現はある。 chemical biologists の訳っぽい。両研究者の意見交換の場として、また化学生物学の研究者のリソースとして
掲載の対象となるのは、生物有機化学、生物無機化学、生物物理化学の各分野に
生物物理化学は無くはない。 bioorganic, bioinorganic and biophysical chemistsの訳っぽいですが。
おける化学メカニズム、化学をふまえた発展的生物学に関するものとなります。
発生生物学かとおもったら、expanding biology through chemistry の訳っぽい。
ネイチャー・パブリッシング・グループがんばれ。
2004-12-08 [長年日記]
♭ [P] 8,246
(12:30) フジテレビのスタジオ／７階建／忘年会／オフィスをヒルズに／汐留もいい／新年会／IEとFireFox／OS X で無線LANつかいたい／VPNとDHCP
(18:01) 8,247文字。きょうで仕上げよう。
(18:59) 8,246文字。おわる。
♭ [Bi] Xpriori を Woody にインストールしてみた
先日の SIG-BMK で講演のあった NeoCore XMS の機能限定フリー版の Xpriori を試してみたくなった。 <URL:http://xmldb.jp> から RedHat Linux バージョンをダウンロード。とりあえず、インストール、サーバの起動、http://localhost:7701 のコンソールへのアクセスがうまくいった模様。
ReadMe.txt で不足していたこと。
<config-dir> が <install directory>/NeoCore/neoxml/config であることが明示されていない。 なんとなく推定してあたってた。
XMSAdminn の引数がたりない。
./XMSAdmin ConsolePassword
ではなく、
./XMSAdmin ConsolePassword <install directory>/NeoCore
とインストール先を指定する必要がある。 無指定だと、/opt/NeoCore になる。 strings で XMSAdmin をみると、なかに /opt/NeoCore がハードコートされていたので、vi で書き換えてみたら、セグフォした。 あたりまえです。 引数無しの起動でかんたんなヘルプメッセージが出力されたので解決。
♭ [Bio][eTOCs] MBE
- Evolution of Vitamin B6 (Pyridoxine) Metabolism by Gain and Loss of Genes
- Tsuyoshi Tanaka, Yoshio Tateno, and Takashi Gojobori
♭ [Bio][eTOCs] Genome Biol.
- Hidden localization motifs: naturally occurring peroxisomal targeting signals in non-peroxisomal proteins
- Georg Neuberger, Markus Kunze, Frank Eisenhaber, Johannes Berger, Andreas Hartig, Cecile Brocard
2004-12-09 [長年日記]
♭ [P] 改訂版
(11:59) 分生にいっているひとが多いね。
(12:30) 豚天が二枚／汐留／築地／白金／東雲はねぇ／フリーソフトのようなもの／対偶
(16:47) 8,400 文字。送付。
(23:00) ぎゃー。雨だ。
♭ [Bio][eTOCs] Genome Res
CHICKEN SPECIAL/RESOURCES
- Mulan: Multiple-sequence local alignment and visualization for studying function and evolution
- Ivan Ovcharenko, Gabriela G. Loots, Belinda M. Giardine, Minmei Hou, Jian Ma, Ross C. Hardison, Lisa Stubbs, and Webb Miller
LETTERS
- Transcriptome analysis for the chicken based on 19,626 finished cDNA sequences and 485,337 expressed sequence tags
- Simon J. Hubbard, Darren V. Grafham, Kevin J. Beattie, Ian M. Overton, Stuart R. McLaren, Michael D.R. Croning, Paul E. Boardman, James K. Bonfield, Joan Burnside, Robert M. Davies, Elizabeth R. Farrell, Matthew D. Francis, Sam Griffiths-Jones, Sean J. Humphray, Christopher Hyland, Carol E. Scott, Haizhou Tang, Ruth G. Taylor, Cheryll Tickle, William R.A. Brown, Ewan Birney, Jane Rogers, and Stuart A. Wilson
- Comparison of splice sites in mammals and chicken
- Josep F. Abril, Robert Castelo, and Roderic Guigo
♭ [Bio][eTOCs] NAR
- Complete set of orthogonal 21st aminoacyl-tRNA synthetase-amber, ochre and opal suppressor tRNA pairs: concomitant suppression of three different termination codons in an mRNA in mammalian cells
- Caroline Kohrer, Eric L. Sullivan, and Uttam L. RajBhandary
- Computational method for discovery of estrogen responsive genes
- Suisheng Tang, Sin Lam Tan, Suresh Kumar Ramadoss, Arun Prashanth Kumar, Man-Hung Eric Tang, and Vladimir B. Bajic
- EFICAz: a comprehensive approach for accurate genome-scale enzyme function inference
- Weidong Tian, Adrian K. Arakaki, and Jeffrey Skolnick
- Analysis of transcription asymmetries along the tRNAE-COB operon: evidence for transcription attenuation and rapid RNA degradation between coding sequences
- Kirsten Krause and Carol L. Dieckmann
- PreSPI: a domain combination based prediction system for protein-protein interaction
- Dong-Soo Han, Hong-Soog Kim, Woo-Hyuk Jang, Sung-Doke Lee, and Jung-Keun Suh
- Functional clues for hypothetical proteins based on genomic context analysis in prokaryotes
- Tobias Doerks, Christian von Mering, and Peer Bork
- Global protein function annotation through mining genome-scale data in yeast Saccharomyces cerevisiae
- Yu Chen and Dong Xu
- Predicting functional family of novel enzymes irrespective of sequence similarity: a statistical learning approach
- L. Y. Han, C. Z. Cai, Z. L. Ji, Z. W. Cao, J. Cui, and Y. Z. Chen
2004-12-13 [長年日記]
♭ [T] みなとみらい行き
朝一のセッションは興味あるので間に合うように 駅探 で調べてみた。
恵比寿 7:59発 − みなとみらい 8:34着 乗り換え回数：1回 所要時間：35分 料金：560円 ●恵比寿 ｜ 7:59発 ｜ ＪＲ湘南新宿ライン(普通)23分 ｜ 8:22着 ○横浜 ｜ 8:31発 ｜ みなとみらい線(普通)3分 ｜ △8:34着 ■みなとみらい
湘南新宿ラインか。
渋谷 8:45発 − みなとみらい 9:21着 乗り換え回数：0回 所要時間：36分 料金：440円 ●渋谷 ｜ 8:45発 ｜ 東急東横線(急行)33分 ↓横浜 ｜ みなとみらい線(急行)3分 ｜ △9:21着 ■みなとみらい
どっちかにしよう。
2004-12-15 [長年日記]
♭ [R] データ解析環境「R」の国際化
2004年度 下期オープンソフトウエア活用基盤整備事業で採択。 日本語化Rのなかまさんのお仕事。
2004-12-16 [長年日記]
♭ [P] 送別会
(09:10) 返却
(12:30) コンビニもなんにもない／別荘地／１２時になると明かりが消える／あやしい書き込み／容疑者は二人／PPPoE／固定IPとレンタルサーバ
(14:17) 見学者が数人
♭ [T] トヨタレンタリース三田店
週末のレンタカーを確保。 来る日曜日１９日に都内で引越します。 そのために助手（たすけて）を一名を募集します。 たすけてー。
♭ [Hoge] ＳＨＥＮＧ 麻布十番
住 所 〒106-0045 東京都港区麻布十番4-3-1 ア ク セ ス 地下鉄都営大江戸線麻布十番駅2番出口 徒歩1分 地下鉄南北線麻布十番駅2番出口 徒歩1分 地下鉄日比谷線六本木駅 徒歩10分 Ｔ Ｅ Ｌ 03-5730-2373
2004-12-17 [長年日記]
♭ [Mac] 10.3.7 にしたら .htaccess で Files ~ が使えなくなった。
アパッチの仕様が何か変更になったのだろうか。
<Files ~ "*.conf"> Deny from all </Files>
の部分で error_log に
[Fri Dec 17 13:41:51 2004] [alert] [client 127.0.0.1] /Users/***/Sites/*/.htaccess: Regex could not be compiled
とでる。
む、しかも charset が uft-8 でないのに半角のバックスラッシュが Safari から POST できるようになっているぞ。
2004-12-18 [長年日記]
♭ [P] 契約
(00:52) なんだかおもしろい状況になってきました。
(11:00) えらく丁寧だった。
(18:18) 発車
(19:18) 往路１。17 号を目指すがなぜか銀座にいた。203号で17号へ。
(19:50) 到着。Uターンできないとこばかり。パトカーが多い予感。
(20:45) 復路１。ウマい具合に理想経路で。
2004-12-19 [長年日記]
2004-12-20 [長年日記]
2004-12-21 [長年日記]
2004-12-22 [長年日記]
♭ [P] FAX、予約、友人Tが次女を出産
(09:10) 内幸町経由。50分。
(12:30) 営業／ほぼテスト販売／健康のためなら死んでもいい系／入出力関係／出口イメージ／第一種基礎研究
(23:40) またしてもイベントが重なりつつ。
2004-12-23 [長年日記]
♭ [OS] 文字を赤くしたとき
color パッケージを利用する。
?usepackage{color}
...
?textcolor{red}{Hoge}
LaTeX-InDEX 文字色の変更を参考にしました。
2004-12-24 [長年日記]
♭ [Mac] Powerbook G4 起動できず
ターゲットモードにして Mac OS 9 のマックからファイルを 1.5 GB ほどコピーしたら、起動できなくなった。 起動ディスクがみつからないという状況。 それでも、ターゲットモードにするとファイルは読めるので、ディスクが壊れたわけではなくて、Mac OS 9 のマックがマウントするときに Mac OS X としての起動ディスクとして必要な何かを損なってしまったような感じ。 おなじ Panther があればいろいろなコマンド（blessなど）でレスキューできそうなきがするけど、不幸なことにいまは 10.2.8 しか身近にない。
出先で起動できなくなったので、最悪である。 さいていだ。 もうおしまいだ。 もうだめだー。
2004-12-27 [長年日記]
♭ [P] 転出
(08:50) 転出届けを取得す。印鑑証明抹消されり。
(12:30) 放火／発見／白い巨塔／アーカイブス／地震
(14:30) 某センターのメールサーバ恒例の大遅延大会熱烈開催中。で、直電話がきた。
(18:55) なにやら平衡感覚が壊れかけてきた。シニソウ。
♭ [Bio] オープンバイオBOF@GIW2004 議事
いろいろ整備されつつある。
♭ [OS] M-x ispell-buffer が Carbon Emacs がハングする
逝ってしまわれる。で、ハングした emacs をActivity Moniter.app から「プロセスを終了」をすると、ispell だけ落とせる。emacs は落ちないまま。
♭ [Hoge] 申し訳ございます。
先日、元上司とのメールを読み返していると、「重複して受信された場合は申し訳ございます。」とあった。じぶんがそう書いていた。
言い訳するつもりだったのだろうか。っていうか、送信するまえにTo:とCc:と本文と添付ファイルを確認しないと。添付し忘れはありがち。Cc: 消し忘れはあまりない。Cc: 付け忘れはありがち。
♭ [R] ESS-5.2.3 をつかってみたさ
i氏 がつかい始めたらしいので、見てみたらおもしかった。
普段は、Carbon Emacs を M-x 5 2 で複数のウインドウをLCD上につくっている。だいたい Mew の +inbox がどこかに常にあるような感じ。そこで左側にあるウインドウを iESS [R]: run にして、右側のウインドウを ESS[S] [R} にして、C-c C-j で一行実行とかすると作業効率あがりそう。
設定
M-x R で R が起動できなかったので、
4. Edit the file `ESSDIR/ess-VERSION/lisp/ess-site.el' as explained
in the comments section of that file.
[ess-5.2.3/READMEより引用]
と How to get R, Emacs, ESS and X11 working together in Mac OS X を参考にして、
(setq-default inferior-R-program-name "/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R") ; Mac OS X
にした。
ESS -- RjpWiki を参考にして、user-ess.el を設定。 あとはフォントをboldにしたいところ。 set-default-font のいい設定を詰められなかった。
2004-12-28 [長年日記]
♭ [P] 転入、仕事納め、R1
(08:30) 昨日の経路が思い出せない。
(13:30) 工事開始。
(14:30) ADSL 解約。
(17:30) やっと完了。
(18:40) 某ウェブサイトにblogツールをつかうといいのでは？といってみると、頻繁に更新しないといけなくなるかねぇ〜といわれる。
(19:20) khrさんを囲んで。
(20:40) 中座する。
♭ [OS] KNOPPIX クラスタ情報交換会
ってのが同志社であったらしい。
Ω ichi [おっ、もうできとる＞ペーパークラフト。ほんとはGray codeになっていることをちゃんと証明していなかったりします..]