ヽ(´ー｀)ノ
2004-11-01 [長年日記]
♭ [Bio] BGI-PLANT AS DATABASE
アラビドーシスにおける選択的スプライスバリアントのデータベース。 データのダウンロードができる。
2004-11-02 [長年日記]
2004-11-03 [長年日記]
♭ [Bio] International Workshop on Encoding Information in DNA Sequences, 2005 Feb 21-25, Okinawa
沖縄の２月はそれなりに寒いです。
2004-11-04 [長年日記]
♭ [P] ytn、池袋ミーティング
(08:40) ytn。
(09:17) このときは自転車で移動中だった。まったく気がつかなかった。
(10:41) Cancer Res. がとれないよ。
(12:30) 家賃／自炊
(14:54) バックアップ
(16:53) また設定間違えているし。
♭ [Hoge] Makefile
clean : find . -type f | xargs rm *~ *.bak
として、make clean したら、ファイルが全部消えました。 あたりまえです。 やりたかったことはわかってください。
2004-11-05 [長年日記]
♭ [P] cvs init、セミナー、年末調整開始、 Rfam
(08:05) 明方に、へんてこな設定の夢をみていた。
(12:30) 教習時間／サイドカー／ジムカーナ／ラリー／首都高／バックできるバイク／水平対向／おごり／バス／アウェイ
(22:17) Rfam を勧めた。
♭ [Bio][eTOCs] BioMed Central
- SS-Wrapper: a package of wrapper applications for similarity searches on Linux clusters
- Chunlin Wang, Elliot J Lefkowitz
- PhyME: A probabilistic algorithm for finding motifs in sets of orthologous sequences
- Saurabh Sinha, Mathieu Blanchette, Martin Tompa
- Oligo kernels for datamining on biological sequences: A case study on prokaryotic translation initiation sites
- Peter Meinicke, Maike Tech, Burkhard Morgenstern, Rainer Merkl
- d-matrix - database exploration, visualization and analysis
- Dominik Seelow, Raffaello Galli, Siegrun Mebus, Hans-Peter Sperling, Hans Lehrach, Silke Sperling
- Improvement of alignment accuracy utilizing sequentially conserved motifs
- Saikat Chakrabarti, Nitin Bhardwaj, Prem Anand, Ramanathan Sowdhamini
- Consensus clustering and functional interpretation of gene-expression data
- Stephen Swift, Allan Tucker, Veronica Vinciotti, Nigel Martin, Christine Orengo, Xiaohui Liu, Paul Kellam
- Spatial patterns of transcriptional activity in the chromosome of Escherichia coli
- Kyeong Soo Jeong, Jaeyong Ahn, Arkady B Khodursky
♭ [Bio][eTOCs] Genome Res.
- Whole-genome analysis of Alu repeat elements reveals complex evolutionary history
- Alkes L. Price, Eleazar Eskin, and Pavel A. Pevzner
- The human L1 promoter: Variable transcription initiation sites and a major impact of upstream flanking sequence on promoter activity
- Laurence Lavie, Esther Maldener, Brook Brouha, Eckart U. Meese, and Jens Mayer
- Codon usage bias from tRNA's point of view: Redundancy, specialization, and efficient decoding for translation optimization
- Eduardo P.C. Rocha
- Gene prediction and verification in a compact genome with numerous small introns
- Aaron E. Tenney, Randall H. Brown, Charles Vaske, Jennifer K. Lodge, Tamara L. Doering, and Michael R. Brent
♭ [BioRuby] きょうの cvs ci
lib/bio/appl/genscan/report.rb - annotate
rdoc --ri が通るように alias_method から () をとりのぞいたり、rdoc 用のコメントを追加。
Genscan の出力は GFF と関係あるのだろうか？
lib/bio/db/go.rb - annotate
はるか昔にやったコード整理と、rdoc 用のコメントの追加。
go-db-ruby がこのあと控えているのであった。 go-db-ruby は go-db-perl の影響を強くうけている。 しかし、実際のところ、あちらは、stag など相当野心的なつくりを目指しているので、カウンターパートを作れる気がしなかった。 それで、さきほど go-db-ruby のありえる形が思いついた。 それは、でも、それを書くには TEXTAREA は狭すぎたので、以下省略。
2004-11-07 [長年日記]
♭ [Res] いまだ決まらず
投稿中の論文の査読ステイタスを確認したところ、まだレビューアが決まっていないことが明らかになった。ひとりも。
もう一週間たっているのに、あんなに往復したのに、のに。 カバーレターに一言二言書かなかったからだろうか。 ということで、エディターに一言メールすることに。
2004-11-08 [長年日記]
2004-11-09 [長年日記]
♭ [Mac] Mac OS X WorkShop と MacWiki
Macemacsjp-users に Mac OS X WorkShop -- apt-rpm system on Mac OS X -- の紹介があり、そこからたどって MacWikiに至る。
sayコマンドの説明をみて
$ say hogeh fuhga
なことをしてみたり。
Wiki には階層的にリンクせずに新規ページをどしどしつくって、検索中心っていうやりかたもあるのか。
2004-11-10 [長年日記]
♭ [P] ofo
(12:30) 喪服／六本木ヒルズ／ランドマークタワー／新紙幣
(13:37) ofo ってなんかいいですね。おふぉ
(19:20) 15,16の許諾確保。
(20:30) 軽く
(23:30) Mac OS X Server ってえらいですね。えらい。
♭ [Ruby] RLikeArgParser
R というか S言語のように関数やメソッドの引数に順序があるけれど、名前付きであたえられるようなことを Ruby で実現するクラスをつくってみた。
R の正規分布の疑似乱数の関数 rnorm(base) の場合、乱数の個数、平均値 mean と標準偏差 sd と対数にするフラグ log の 4 つの引数をもつ。
rnorm(10, 0, 1) rnorm(10, mean = 0, sd = 1) rnorm(10, sd = 1, mean = 0) rnorm(10) # 既定値は mean = 0, sd = 1, log = FALSE
これらはすべて同一の意味である。
このような機能には引数の順番、名前、既定値をきめないとならないので、それを実現するクラスにしてみた。
# R like argument parsing (or S Language like argument parsing)
#
class RLikeArgParser
# RLikeArgParser.parse(*arg, ary, ary)
#
# argi := ary
# arg_keys := ary
# arg_defaults := ary
#
def self.parse(argi, arg_keys, arg_defaults = [])
arg = self.new(arg_keys, arg_defaults)
arg.parse(argi)
return arg
end
attr_reader :arg_keys
# RLikeArgParser.new(ary, ary)
#
# arg_keys := ary
# arg_defaults := ary
#
def initialize(arg_keys, arg_defaults = [])
@arg_keys = check_keys( arg_keys )
@arg_defaults = arg_defaults
@args = init_args
set_accessor_methods
end
private
def check_keys(keys)
keys.map { |key|
if key.class == String
key.gsub(/?s/, '_')
else
key
end
}
end
def set_accessor_methods
@arg_keys.each do |key|
(class << self; self; end ).class_eval do
define_method( key ) { @args[key] }
end
end
end
def init_args
@args = {}
@arg_keys.each_with_index do |key, i|
if value = @arg_defaults[i]
else
value = nil
end
@args[key] = value
end
@args
end
public
# RLikeArgParser#parse(*arg)
def parse(argi)
argi.each_with_index do |arg, i|
case arg
when Hash
@arg_keys.each do |key|
@args[key] = arg[key] if arg.keys.include?(key)
end
else
@args[ @arg_keys[i] ] = arg
end
end
end
# RLikeArgParser#[key] #=> value
def [](key)
return @args[key]
end
end # class RLikeArgParser
if __FILE__ == $0
def fun(*argi)
arg = RLikeArgParser.new([:hoge, :fuga],
[0, 0])
arg.parse(argi)
arg
end
p fun(:hoge => 0, :fuga => 10) # named arguments
p fun(:fuga => 10) # named argumet and default value
p fun(0, :fuga => 10) # position specific argument and named value
p fun(0, 10) # position specific arguments
p fun(0) # position specific arguments
p fun() # default values
# set accessor method to named arguments
a = fun(1, 10)
p a
p a.hoge #=> 1
p a[:hoge] #=> 1
p a.fuga #=> 10
p a[:fuga] #=> 10
# default values := nil
def fun(*argi)
arg = RLikeArgParser.parse(argi, ["ho ge", "fuga"])
arg
end
p fun("ho ge" => 0, "fuga" => 10) # named values
p fun("fuga" => 10) # named value
p fun(0, "fuga" => 10) # position specific argument and named value
p fun(0, 10) # position specific arguments
p fun(0) # position specific arguments
p fun() # default values
# set accessor method to named arguments
a = fun(1, 10)
p a
p a.methods
p a.ho_ge #=> 1
p a["ho ge"] #=> nil
p a["ho_ge"] #=> 1
p a.fuga #=> 10
p a["fuga"] #=> 10
end
使い方
def fun(*argi) arg = RLikeArgParser.parse(argi, ["hoge", "fuga"], [0, 10]) arg end
関数 fun を定義。 引数には hoge と fuga、既定値はそれぞれ 0 と 10 を設定。
fun("hoge" => 0, "fuga" => 10)
fun("fuga" => 10)
fun(0, "fuga" => 10)
fun(0, 10)
fun(0)
fun()
すべて同じ。
引数へのアクセスは
a = fun(1, 10) a.hoge #=> 0 a["hoge"] #=> 0 a.fuga #=> 10 a["fuga"] #=> 10
引数の名前のメソッドと [] メソッドの二つ。
2004-11-11 [長年日記]
♭ [P] ？、HDD、雨、ふ、あわわわゎゎ
(01:15) なにやら誘われた。
(01:38) 猫がきた。自転車のカウベルの音を聞きつけてくる。
(12:30) グチグチ
(15:24) メール送った。
(16:38) 予想的中。
(19:36) 腑に落ちた。
(21:32) i のち、あたふた。
♭ [Ruby] 二項演算子 %
% uname -a
Darwin meta.local 7.6.0 Darwin Kernel Version 7.6.0: Sun Oct 10 12:05:27 PDT 2004; root:xnu/xnu-517.9.4.obj~1/RELEASE_PPC Power Macintosh powerpc
% ruby -e 'p [] % 0'
-e:1-e:1: [BUG] Segmentation fault
ruby 1.8.1 (2003-12-25) [powerpc-darwin]
% ruby -e 'p 0 % 0'
-e:1:in `%': divided by 0 (ZeroDivisionError)
from -e:1
% ruby -e 'p 0 % nil'
-e:1:in `%': nil can't be coerced into Fixnum (TypeError)
from -e:1
% ruby -e 'p [] % nil'
-e:1-e:1: [BUG] Segmentation fault
ruby 1.8.1 (2003-12-25) [powerpc-darwin]
Ruby の落とし方 には無いような。 っていうか、Array#% って定義されているのだろうか？
2004-11-12 [長年日記]
2004-11-16 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] PLoS Biol.
- Textpresso: An Ontology-Based Information Retrieval and Extraction System for Biological Literature
-
Hans-Michael Muller, Eimear E. Kenny, Paul W. Sternberg
With the increasing availability of full-text scientific papers online, new tools, such as Textpresso, will help to extract information and knowledge from research literature.
+ Full-text: http://dx.doi.org/10.1371/journal.pbio.0020309
♭ [OS][Bio] 分子生物学者のためのBiBTeX Bibliography スタイルと LaTeX スタイル
Tom Schneider による BiBTeX Bibliography and LaTeX Style Formats for Molecular Biologists
よーく読むとおもしろい。出版社に圧力かけているようだ。 The Consensus Sequence Hall of Fame (コンセンサス配列 栄誉の殿堂)なんてページがあったり、作者のページもおもろい。 Sequence LogoやSequence Walkerの中の人らしい。
2004-11-17 [長年日記]
♭ [P] 返信
(09:51) 返信きた。
(10:00) デスクには、なぞのノベルティグッズが。
(12:30) 薬局／不動産の証券化／六ヶ所村／椎間板ヘルニア／再生医療
(13:30) 水曜日は休みだった。
(14:33) 200文字って短いな。
♭ [Hoge] 書類書き
平成17年分 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書
年度じゃなく年単位だから、４月以前の職の源泉徴収票が必要。 そういえばなんか送られてきていた。
平成16年分 給与所得者の保険料控除申告 兼 給与所得者の配偶者特別控除申告書
生命保険、損害保険や社会保険の証明書類を裏に貼付ける必要がある。
2004-11-18 [長年日記]
2004-11-19 [長年日記]
♭ [P] 投稿、
(01:04) 02464
(01:40) コンビニで試飲してみた。レジでワイングラス傾けているのはどうだろうか。
(09:09) 戸を開くと、いつもと違う猫が雨宿りをしていた。
(10:55) 書類２部提出
♭ [Res] 再投稿
海より深いわけあって再投稿。 夜な夜な 11 ステップを進める。 02464-2004。 この雑誌は、昨年 1500 ほどの投稿があり、採択率が42%だったらしい。
なにかがよかったらしい。
♭ [Bio] GOtcha
英字郎によると、
■gotcha {間投} : 分かった！◆【語源】I got youの省略形
■Gotcha! {1} : 捕まえた、やっつけた、もう逃げられないぞ
■Gotcha! {2} : 分かった、了解
■Gotcha! {映画} : ガッチャ◆米1985
へー。
タンパク質配列を問い合わせとして、BLAST のホモロジーをつかって GO を自動的に割り当てる。 DHTML で巨大なDAGのサムネイルとその部分拡大と記載を容易にブラウズできるようになっている。
(from gofriends ML)
JavaScript を読んでみる。
HEAD タグで gotocha.js を読み込む。クエリごとに生成。必要な関数とGOの情報の配列が定義されている。
<SCRIPT Language=javascript SRC=/gotcha/results/1100837956-23719/gotcha.js ></SCRIPT>
全体画像のクリッカブルマップ
<h2><a name=C>Cellular Compartment<a></h2>
<MAP name=gotchamap_C>
<AREA ID="GO0005654" ALT="GO:0005654 nucleoplasm; Score: 0" COORDS="45,190,2,171"
onMouseOver="displayGOinfo('GO:0005654','C')" HREF=#GO:0005654 shape=rect>
displayGOinfo(goid, ont) は gotcha.js に定義されている。 TEXTAREA にタームの記載を表示する。
拡大画像のフロートの実装は、html の最後の方に書かれている。
<script>
window.captureEvents(Event.MOUSEMOVE);
document.getElementById("gotcha_small_C").onmousemove = followC;
document.getElementById("gotcha_small_F").onmousemove = followF;
document.getElementById("gotcha_small_P").onmousemove = followP;
document.getElementById("GO0005654").onmousemove = followC;
GO:0005654 の ID を持つエレメントにマウスがのったら followC を実行する、ということだろうか。 follow[CPF] は gotcha.js に定義されている。 マウスの位置から拡大画像の切り取りの位置を計算して、画像の位置を変更する。
document.getElementById("gotcha_zoom_C").style.backgroundPosition = posstr;
おもしろい。
♭ [Bio] Promotion of the open-source bioinformatics in Japan
GIW 2004 で BoF します。 先ほど応募メール発送。 日本のバイオインフォマティクスにおけるオープンソースの開発者とユーザの集まりができればという感じ。
つぎは、来てほしいひとに招待メールを送ること。 いまのところ話題になったヒトを列挙してみる。
- BioPython はチュートリアルを和訳した人
- BioJava は BioJava in Anger を和訳した人
- Bioperl だれかいませんか。
- BioRuby の中の人
- PRRN, ALN （世界の）後藤さん
- SOKOS 金さん
- PSORT 中井さん
- DDBJ XML/SOAP はだれかいないかな。
- KNOB は二階堂さん
- PDBj-XML, XPath はだれかいないかな。
- BioMOBY はいないかな。
- Bioconductor は品川方面の方
- Chado, Sequence Ontology は鶴見方面の方
- Gene Ontology はだれか？
- GBrowse + DAS の片山さん
- BioCaml の中の人。bgrep もか。
- EMBOSS, JAMBO の中の人
- G-language の荒川さん
- LOMS の鈴木さん
- Ensembl は三島方向の Y さん
- (随時追加予定)
っていうか、こんなときこそ Wiki 欲しい。
♭ [Mac] webkit2png でウェブページキャプチャ
GOtcha のキャプチャはMacでやりました。 というか Python から Cocoa の ウェブブラウザのコンポーネント WebKit をつかう webkit2png をつかいました。 だから Safari での見た目と同じ画像が得られます。 アンチエイリアスのかかったきれいな画像なので、プレゼンテーションつくるときにも重宝しております。
open かダブルクリックで Preview.app でひらいて、カーソルで「領域選択」、「コピー」ののち「クリップボードから新規作成」して、 Jpeg で「書き出し」たのが、うえの画像作成フロー。
2004-11-20 [長年日記]
2004-11-21 [長年日記]
♭ [Bike] 2004東京国際自転車
のこり時間僅かのところにいってみた。 GoBike は見つけられず。 Bike Friday のカタログをもらったり。 サイクル渋谷のブースで 150% 強化フロントスプリング（赤）を確保。 2,500円。
BD-1Speed-Drive と Frog にカプレオ外装＋スピードドライブをつけたものがあった。 スピードドライブ化で異様に小さいギアの Frog だった。 Frog にカプレオ外装するとフロントタイヤをのハブをクイックリリースにして取り外すと畳めるそうだ。 たたんだときにチェーンがどうなるかが気になるところ。 カプレオの外装はとくにフレームを削ったりする必要がないとか。 そういえば、写真撮り忘れた。
2004-11-22 [長年日記]
♭ [R-pkgs][R] new package gsl, a wrapper for the Gnu Scientific Library
GNU Scientific Library (GSL) のなかの特殊関数へのラッパーがリリース。
♭ [Bio][eTOCs] BIOINFORMATICS
- Transmembrane proteins in the Protein Data Bank: identification and classification
- Gabor E. Tusnady, Zsuzsanna Dosztanyi, and Istvan Simon
- EST clustering error evaluation and correction
- Ji-Ping Z. Wang, Bruce G. Lindsay, James Leebens-Mack, Liying Cui, Kerr Wall, Webb C. Miller, and Claude W. dePamphilis
- Taverna: a tool for the composition and enactment of bioinformatics workflows
- Tom Oinn, Matthew Addis, Justin Ferris, Darren Marvin, Martin Senger, Mark Greenwood, Tim Carver, Kevin Glover, Matthew R. Pocock, Anil Wipat, and Peter Li
- A comparative method for identification of gene structures and alternatively spliced variants
-
Trees-Juen Chuang, Feng-Chi Chen, and Meng-Yuan Chou
PESP。 アブストラクトのページには ttp:// でURLらしきものが表示されている。謎。
- BioRAT: extracting biological information from full-length papers
-
David P. A. Corney, Bernard F. Buxton, William B. Langdon, and David T. Jones
文献系。
- Computational prediction of RNA editing sites
- R. Bundschuh
APPLICATIONS NOTE
- UniProt archive
- Rasko Leinonen, Federico Garcia Diez, David Binns, Wolfgang Fleischmann, Rodrigo Lopez, and Rolf Apweiler
- Bio-Mirror project for public bio-data distribution
- Don Gilbert, Yoshihiro Ugawa, Markus Buchhorn, Tan Tin Wee, Akira Mizushima, Hyunchul Kim, Kilnam Chon, Seyeon Weon, Juncai Ma, Yoshihiro Ichiyanagi, Der-Ming Liou, Somnuk Keretho, and Suhaimi Napis
- Java Treeview--extensible visualization of microarray data
- Alok J. Saldanha
2004-11-24 [長年日記]
2004-11-25 [長年日記]
♭ [Res] 第三回タンパク質3000プロジェクト公開シンポジウム 千里ライフサイエンスセンター
10 時から。
午前中は押していた。 昼過ぎのポスターセッションには３人に説明を行う。 これは忘れて次のを頼むといわれる。
バイオインフォマティクスってどんなものですか？とケミカル系企業の方に聞かれたので、分子進化とか配列データベースの歴史の話をはじめたら、逃げられた。
午後のポスターセッションで名刺を交換した方は、以前著作を拝見した方で、ポスターの内容から転じて最近書いた論文の別釣りを送りますと名刺を要求された。 このとき感じたものが、最近忘れていた、ポスターセッションの楽しみや醍醐味の一つだろう。
♭ [T] 大阪から東京
21:00 ラピートβでなんばから関空へ。 関空の地図 をみながらJALのカウンターまでの経路を確認する。 21:40 にチケット購入。 22:15 羽田行き搭乗。 23:30 羽田着。 23:46 モノレール。 前回、京急で乗り換えまちがって川崎にいってしまったのがトラウマになっている。 モノレールが思っていたのと逆方向に走り出してちょっと驚きをかくせなかった。 天王洲アイルでりんかい線に乗り換えるときは、羽田側のほうがのりかえに便利なので、そのつもりで乗車したら、先頭車両になってしまった。 りんかい線がその24:00くらいにはしっているのか不安になり、浜松町でJRに乗り換える方向に変更。 じつはりんかい線でも乗り換え可能である。 浜松町から山手線大崎行き。 大崎で乗り換え。
♭ [Hoge] クレープリー・アルション
ガレットを初めて食べた。
2004-11-26 [長年日記]
♭ [Res] S-PLUSユーザカンファレンス2004、六本木ヒルズ
Visual Mining Stadio つかってみたいけど、2.3M は権限外だな。
慶応の柴田さんの講演では、 Splus や R はできて 20 年たっているので、そろそろ賞味期限が切れかけているのではないだろうかという指摘。 DandD を開発中。
六本木ヒルズの49階でバンケット。 料理がよかった。 乾杯の言葉の中で、「数理システムの社員はみな研究員という特殊な会社」というような内容が印象に残った。
Ω hub [open bio* infoのURLをそのインタビューで紹介していたりしますが、一度飛ばされるのでわかりづらいかも。..]
Ω なかお [ごくろうさまです。 登録頻度が急上昇ですね。]