ヽ(´ー｀)ノ
2004-10-01 [長年日記]
♭ [Res] ポスター発表
ホールでのトークのあとにポスターセッション。
三人ほどに説明。 ポスター発表は時間が少ないと、ポスター発表者同士の交流ができないのが不満。
BioRuby.org のトップページのプリントアウトを配りまくり。 なかのひとも意外と知らないし。
予想していなかったヒトから分野の現状を聞かれる。 これが大学院教育の難しさか。 （世界の○○のところに）在籍してそれはないよね、と。
2004-10-03 [長年日記]
♭ [P] 雨、EmacsCVS-Panther-20041002.dmg
(13:30) バス乗り過ごした。
(18:00) 水分が不足すると頭痛するのかな。
(19:10) コーヒー飲みながら進捗を伺う。 スタックの冗談に積まれたそうな。
♭ [Bike] ISBS に行ってきた
いろいろ試乗できるらしく、それにつられていってきた。
Louis Garneau の20インチの全自動自転車 LGS-MV8 を試乗してきた。 暗くなるとライトが点灯、速度がでてくるとギアがあがる。 おもしろい。 値段も 100k くらいなのでいままでの全自動自転車の半額くらい。
HKS F20-R はいい感じにははしりそうな感触だった。 小径車だけどフロントタイヤがちゃんと前の方にあるので直進してくれる。
♭ [R][R-pkgs] genetics 1.1.0 released
このリリースでは名前空間のサポートといくつかのちいさなバグ修正が含まれてます。
♭ [R][R-pkgs] gregmisc 2.0.0 release
このリリースから、gregmisc パッケージは gdata、gmodels、gplot gtools の４パッケージのバンドルになります。
R-2.0.0 の完全に準拠した名前空間をサポートしました。 名前空間は、ほかのパッケージの関数との干渉を容易に回避することができ、グローバル名前空間をローカルなユーティリティ関数でいっぱいにすることを予防します。
いままでの利用法は
> library(gregmisc)
ですが、これからはそれぞれのパッケージをロードする必要があります。
> library(gdata) > library(gmodels) > library(gplot) > library(gtools)
♭ [Bio][eTOCs] Genome Res
LETTERS
- Mitochondrial Genome Variation in Eastern Asia and the Peopling of Japan
- Masashi Tanaka, Vicente M. Cabrera, Ana M. Gonzalez, Jose M. Larruga, Takeshi Takeyasu, Noriyuki Fuku, Li-Jun Guo, Raita Hirose, Yasunori Fujita, Miyuki Kurata, Ken-ichi Shinoda, Kazuo Umetsu, Yoshiji Yamada, Yoshiharu Oshida, Yuzo Sato, Nobutaka Hattori, Yoshikuni Mizuno, Yasumichi Arai, Nobuyoshi Hirose, Shigeo Ohta, Osamu Ogawa, Yasushi Tanaka, Ryuzo Kawamori, Masayo Shamoto-Nagai, Wakako Maruyama, Hiroshi Shimokata, Ryota Suzuki, and Hidetoshi Shimodaira
- Human, Mouse, and Rat Genome Large-Scale Rearrangements: Stability Versus Speciation
- Shaying Zhao, Jyoti Shetty, Lihua Hou, Arthur Delcher, Baoli Zhu, Kazutoyo Osoegawa, Pieter de Jong, William C. Nierman, Robert L. Strausberg, and Claire M. Fraser
METHODS
- Predicting Subcellular Localization via Protein Motif Co-Occurrence
-
Michelle S. Scott, David Y. Thomas, and Michael T. Hallett
PSLT。 ベイズネットを利用。78 %の精度。9部位。多局在も考慮可能。
- Decoding Human Regulatory Circuits
- William Thompson, Michael J. Palumbo, Wyeth W. Wasserman, Jun S. Liu, and Charles E. Lawrence
♭ [Bio][eTOCs] RNA 2004 10 (11)
Reports
- Evidence against a direct role for the Upf proteins in frameshifting or nonsense codon readthrough
- Jason W. Harger and Jonathan D. Dinman
Articles
- Two distinct Staufen isoforms in Xenopus are vegetally localized during oogenesis
- Rachel Allison, Kevin Czaplinski, Anna Git, Elizabeth Adegbenro, Fiona Stennard, Evelyn Houliston, and Nancy Standart
- Stop codon-mediated suppression of splicing is a novel nuclear scanning mechanism not affected by elements of protein synthesis and NMD
- Chaim Wachtel, Binghui Li, Joseph Sperling, and Ruth Sperling
2004-10-04 [長年日記]
♭ [P] 霧雨、同意書準備
(01:38) そろそろ帰るか。
(02:54) サークルKサンクスで支払いにカードが使えるようになっていた。ローソンに続いて。
(09:28) 朝から毒白。
(15:19) わーい。有給が増えた。
(21:30) イベントフラグをたてる。
(22:20) あやしげな鉢合わせを練る。
♭ [Res][BioRuby] 準備
テンプレートをダウンロードして、リネームして、Makefile をつくる。こんなの、
hoge : latex $@ latex $@ dvipdfmx $@ open -a Preview.app $@.pdf
2004-10-05 [長年日記]
♭ [R] R-2.0.0 is released
- <URL:https://stat.ethz.ch/pipermail/r-announce/2004/000792.html>
- http://cran.r-project.org/src/base/R-2/R-2.0.0.tar.gz
ユーザからみえる変化
- stub パッケージがとりのぞかれた。
- R コードの「レイジーロード」が実装され、標準パッケージと推奨パッケージにつかわれている。Rオブジェクトをメモリーに維持せずに、ディスク上に維持し最初に利用するときにだけロードする。これは起動を高速化（R-1.9.xより40%速い）し、メモリーの使用量を節約する。後者はそれじしん多分重要でではないが、ガーベジコレクションにかける時間も相応に減少する。
続きは RjpWiki ということで。
♭ [Bio][Bi] GIW2004 Accepted Papers
でました。
♭ [R][Ruby] seq(base) と Array.seq
R の連続した数字列をつくる seq(base) メソッドがある。
R> seq(1,10) [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 R> seq(1,10,2) [1] 1 3 5 7 9
この機能を Array につけるとこんな感じになるだろうか。 とおもったけど、中身が Integer 限定なので Integer#seq にすることにしてみた。
class Integer
def self.seq(from, to, by = 1)
if (from > to and by > 0) or (from < to and by < 0)
raise ArgumentError,
"Wrong sign in 'by' argument",
":#{__LINE__}:in Integer.seq(#{from}, #{to}, #{by})"
end
ary = [from]
return ary if from == to
if from <= to
cond = "ary.last + by <= to"
else
cond = "ary.last + by >= to"
end
while eval(cond)
ary << ary.last + by
end
return ary
end
end
使い方
Integer.seq(1, 10) #=> [1,2,3,4,5,6,7,8,9,10] Integer.seq(1, 10, 2) #=> [1,3,5,7,9]
と、ここまで書いて Integer#step ってのを思い出した。
class Integer
def self.seq(from, to, by = 1)
ary = []
from.step(to, by) {|x| ary << x }
return ary
end
end
これで ArgumentError 以外は同じことができている。 これなら特異メソッドにするまでもないという樹もする。
2004-10-06 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] PEDS
- Evaluation of structural similarity based on reduced dimensionality representations of protein structure
-
Birgit Albrecht, Guy H. Grant1 and W.Graham Richards
3次元構造を2次元マップにおとした構造の類似性指標の評価。
2004-10-08 [長年日記]
♭ [P] 台風22号、gmail
(00:57) むむ。
(01:30) かきかけの メールばかりが たまっていく
(09:36) orz
(16:01) ゎ-ぃ
(19:59) 原稿の中心で話がちがうよとさけんでみるテスト。
♭ [Mac] EIJIRO mini
よさげ。
2004-10-10 [長年日記]
♭ [P] 〆切、投稿、
(03:53) 送った。
(05:15) 白んできた。
(17:30) あ、第二版だ。09/30 にでたんか。
(16:50) ともかく NAR って早いですね。
(23:58) C-cC-c
♭ [Bio][eTOCs] Genes To Cells
- Characterization of multiple transcripts and isoforms derived from the mouse protein tyrosine phosphatase gene Ptprr
-
Renato G. S. Chirivi, Gonul Dilaver, Rinske van de Vorstenbosch, Bas Wanschers, Jan Schepens, Huib Croes, Jack Fransen, Wiljan Hendriks
Genes to Cells; Volume 9, Issue 10, Page 919
♭ [Bio][eTOCs] Microbiol. Mol. Biol. Rev.
- Determination of the Core of a Minimal Bacterial Gene Set
-
Rosario Gil, Francisco J. Silva, Juli Pereto, and Andres Moya
Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2004;68 518-537
♭ [Res] HTML Tabbed Dialog Widget
すてき。
2004-10-11 [長年日記]
♭ [Ruby] Ruby/WebDialogs
XML で記述して、HTML と JavaScript の Web ブラウザでつかう GUI をつくるライブラリ。 via ひ日誌
おもしろそう。 タブもつくれる。
2004-10-12 [長年日記]
♭ [Bio] enzome.com
enzome.com というか Infarmatica の中のヒトのセミナー。
SCOP のフォールド分類と EC 番号分類の対応のデータベースSCOPEC とか酵素番号割り当て法 iCSA とか。
2004-10-13 [長年日記]
♭ [P] 許諾メール、通夜
(09:20) 三田駅の改札にはラッシュの余波が。
(10:32) 閲覧だけで、編集させる意図がないなら.doc でなくて .pdf でおくっていただきたいな、と。
(12:30) オープンジャーナル／発展途上国／正論／予算／科研費
♭ [Ruby][Mac] MacDevCenter.com に RubyCocoa の入門記事があった。
GNU tar の簡単な GUI ラッパーをつくってみる、らしい。 An Introduction to RubyCocoa, Part 1 では、インストールとコントローラークラスの説明。 つづく、An Introduction to RubyCocoa, Part 2 では、残りのコーディングの説明。
♭ [Bio][Bi] JRBUG
日本R＋Bioconductorユーザ会JRBUGは、フリーのゲノム解析ソフトBioconductorを使う方々の使用に際しての相互支援を目指して開設された有志によるボランティアコミュニティです。
また、JRBUGでは、同時にRやBioconductorの商用バージョンS-PLUS、Arrayanalyzerを使用する方々の相互支援も行います。さらに、BioPerlを含めたバイオインフォマティクス関連のフリーの解析ソフトのを使用する方々の相互支援も行います。
注；尚このコミュニティは、まったくの私的なもので、どこの公認とか、どこの代表とかそういうことはまったくありません。
[JRBUG（仮設ホームページ）より引用]
BioConductor の国内ミラーの予定もあり、と。
あれ、bioconductor.jp って空いているのね。
♭ [Bio] Yi Xing's Alternative Splicing Blog
すばらしい。 eTOCs つながりで Xingさんからコメントきたよ。
♭ [Bio][eTOCs] J. Proteome Res.
- Integration of Jacobson's Pellicle Method into Proteomic Strategies for Plasma Membrane Proteins
- Amir M. Rahbar and Catherine Fenselau
♭ [Hoge] もうだめだ
$ cat /proc/meminfo
total: used: free: shared: buffers: cached:
Mem: 527921152 524668928 3252224 0 466944 184197120
Swap: 501731328 250863616 250867712
MemTotal: 515548 kB
MemFree: 3176 kB
MemShared: 0 kB
Buffers: 456 kB
Cached: 4648 kB
SwapCached: 175232 kB
Active: 227428 kB
Inactive: 276988 kB
HighTotal: 0 kB
HighFree: 0 kB
LowTotal: 515548 kB
LowFree: 3176 kB
SwapTotal: 489972 kB
SwapFree: 244988 kB
2004-10-15 [長年日記]
♭ [P] 秋晴れ、セミナー、セミナー
(16:51) skip-networking をコメントアウトするのだった。
(19:09) ６個ついた。gmail アカウント欲しい方はご連絡を。
(20:30) さむい。
♭ [Res] ENSFs が付けかわっていた
2004-08-19 のときには ENSF00000000001 は ZINC FINGER だったのに、今日見るとCYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I EC_1.9.3.1. になっていた。 ZINC FINGER は ENSF00000000002になっていた。
計算元のデータが更新されると付けかわるのだろうか。 こまってしまった。
Helpdesk から返事がきたよ
ensembldb.ensembl.org からデータベースのバージョンを明示的にするととれるそうだ。 2004-08-19 はバージョン v23.34e.1 であることもSQLのサンプルきちんと示してくらた。 すばらしい。
2004-10-16 [長年日記]
♭ [P] 八角
(00:15) おもったよりうまく行った。
(00:20) あんなのは認められないよ。
(01:33) こんなにも弱いのは遺憾である。
(19:30) 旧知の t さんから便りがきてた。
♭ [Res] 夢を見た
こんな夢をみた。
SwissProt のエントリはおなじ遺伝子座に由来する遺伝子産物でも別のエントリにしたり、同じエントリの VARSPLIC にしたりしている。 それはつねづね問題だと思っていた。 歴史的な経緯にすぎないそのエントリ割り当てのせいでエントリ＝遺伝子という方法では、遺伝子数のカウントにわずかな誤りが生じてしまう。 それを補正するために、データセットから再構築して、アラインメントを再計算する、という。
寝ればさめるね。 orz
♭ [Res]（ぶっちゃけ）○○なんですよね。
建前じゃない本音に近い話を聞き出す（引き出す？／いわせる？）のは大変だな。 といってもそれが本音かどうかわかりませんが。 さらに本音があるかどうかもわからないし。
（行間）
なんとなくゲーム理論的なしっぺ返し戦術を思い出したり出さなかったり。 因果応報というかなんというか。
♭ [Bio] Reactome SBML export launched
Reactome が Systems Biology Markup Language (SBML) Level 2 で出力することができるようになったそうです。 （go-friend MLより）
2004-10-17 [長年日記]
♭ [BioRuby][Ruby] るびまvol2
DNA の塩基配列を解析するために Ruby (BioRuby) を 使用しているという事例がありました。 ライブラリのバージョンによって動作が変わってしまい、苦労したという話も出ま した。
[0002-OSSC2004 Ruby BoF レポートより引用]
ごめん。Bio::Blast か Bio::SwissProt か Bio::Sequence かなんだろか。
2004-10-18 [長年日記]
♭ [P] 眠れなかった月曜日
(02:46) ずれまくり。
(03:16)DNS変更するなら影響範囲を把握してからにしていただきたい。
(08:07) 到着。
(10:28) 黒塗り明細提出。ISMBの事務もこれでおわり。
(12:30) ゲーム脳／メール脳／すこしは疑ってください／注意するとき
♭ [OS] Linux Kernel Graphing Project: 2.4.0
リナックスのカーネルソースの構造をグラフで表現。 すてきだ。
2004-10-19 [長年日記]
♭ [P] 雨
(05:44) 目覚める。
(09:01) 目覚める。
(09:12) 台風がくるので Frog を部屋に取り込む。
(12:30) CASP／イタリア／採択率／評価基準
(21:38) iBook G4 と PowerMac G5 の新製品でた。
2004-10-20 [長年日記]
♭ [P] 台風 23 号
(09:40) エスカレータを駆け上がっていたら、こけた。
(12:30) 麹／菌とは／トレンチコート／ボーリング／カナダは広い／台湾の地図／ウランはウランバートルで発見された？説／真実／静電気
(17:25) カエレ命令きた。
(18:54) 風が強くなってまいりました。
(21:48) 雷きたら雨が激しくなった。
♭ [Mac] iPhoto の「書き出し...」では画像の幅か高さが 1 ピクセル小さくなったりする。
↑の画像は幅300高さ100で保存したのに、幅300高さ99になっていた。 プラットホームの画像は幅が239になっていたりしたり。
iPhoto 4.0.3 (4H3) にて。
♭ [Bi] ONJava.com: Java APIs for Bioinformatics
BioJava をつかった Example 1. Using BioJava to change from EMBL to GFF format。 遺伝子構造を可視化しています。
caBio をつかった Example 2. Using caBio to analyze the HD gene。
ENSJ をつかったExample 3. Counting the number of genes on the first million bases of chromosome 1 using ENSJ。
PAL をつかった Example 4. Using PAL to turn an alignment into a phylogenetic tree。 系統樹を描画しています。
2004-10-21 [長年日記]
♭ [Bio] サイエンスライター育成
サイエンスライター育成は、グラント申請書代書屋業界育成の布石かとおもたよ。 それはフリーターの受け皿にしようという思惑か。
- <URL:http://www.asahi.com/science/update/1020/003.html>
- MEXT 学術審議会 にはまだリソースが無い。
支援より最低限表示すべき内容などのガイドラインが必要かと。また、サイエンスライターの協力、支援を得て、研究成果を国内外に発信できるよう、国の研究費からライターへの経費支出を認める必要性も指摘した。さらに、研究成果の発表ができるホームページの開設や科学ジャーナルの刊行の支援も必要と盛り込んだ。これらの提言を年内に報告書にまとめる
2004-10-22 [長年日記]
21日付の2004-10-23 [長年日記]
♭ [P] 37.247N 138.819E M6超が連続発生
(00:24) 通して読むと 面白い気がしてきた 自信ないけど
(19:48) たびたび揺れています。
(21:36) 開けないページ。
(23:36) ながい横揺れがきてます。
♭ [Bio] ヒトの遺伝子数、最初の推測の4分の1と判明
Wired にて。
2004-10-24 [長年日記]
♭ [P] 微妙な夢をみた
(00:23) （すくなくとも）三人のひとから電話。
(01:06) 呪いか。呪いだ。
(03:03) 「スウィングガールズinNY」だって。
(20:50) gmail 経由のUTF-8の日本語がトーフになってしまう。
(22:39) さむくて暖房をつけた。
(23:55) 再起動したら、トーフが読めた。
♭ [Bio][eTOCs] J. Mol. Biol.
- Alternative Splice Variants Encoding Unstable Protein Domains Exist in the Human Brain
-
Keiichi Hommaa, b, Reiko F. Kikunoc, Takahiro Nagasec, Osamu Oharac, d and Ken Nishikawaa
データをかずさのHUGEに限定してる。
♭ [Bio][eTOCs] PEDS
- Weighted-support vector machines for predicting membrane protein types based on pseudo-amino acid composition
- Meng Wang, Jie Yang, Guo-Ping Liu, Zhi-Jie Xu, and Kuo-Chen Chou
- Analysis and prediction of leucine-rich nuclear export signals
-
Tanja la Cour, Lars Kiemer, Anne Molgaard, Ramneek Gupta, Karen Skriver, and Soren Brunak
ニューラルネットワークとHMMを利用して NES を予測。NetNES
2004-10-25 [長年日記]
♭ [P] 延期された所内〆切
(00:36) tsu と tus を間違えてた。MALIER-DAEMON さんが知らせてくれた。
(03:00) わからん。
(03:06) 同性同名でおなじ誕生日（年はちがうけど）ってこともあるのですね。
(04:21) ここ数日、屋根裏にネズミがいるような気がする。音がする。
(14:30) 腑に落ちた。
(14:48) またうかつなことを言われる。
2004-10-26 [長年日記]
♭ [P] 雨、全体会議
(11:00) Ω
(12:29) きょうは予備審査らしい。
(17:02) 話がわけのわからない方向に向かっていった。「方向に向かう」って「馬から落馬」っぽいですね。陸から離陸。下に落下。右に右折。
(17:47) GIW 2004 のソフトウェアデモの採択通知がきたさ。
(21:30) 無事におわったそうだ。おめでとさん。
♭ [Bio] Voice your support for the NIH Public Access Policy
というSubjectのメールがPLoSのほうからやってきた。
NIH が提案している Enhanced Public Access Plicy は NIH から資金をうけた研究のすべての成果論文は、出版から 6 ヶ月以内に NLM のPubMed Central 経由で無料で取得可能にすることを要求している。 これについては出版産業からは異論がある。 これについてコメントを募集しているから、よろしくという内容。 とくに海外からのコメントも重要とか。
MEXT もそういう方向にいってくれるといいな。
2004-10-27 [長年日記]
♭ [P] なにげに公開、地震
(03:34) シンクの下になにかいる。何かをかじっている音がする。
(10:46) ゆれた。震源地は震度6弱。
(12:30) 肩書き／拉致／飲酒運転／フリーター／藤原／名字／集団遺伝学
(18:12) 加筆の方向ですか。
(18:21) 相手の立場になって考えると、理解できました。
(23:46) 5 人確保。
♭ [Mac] iPod Photo
でた。 黒いのもでたし。
♭ [Bio][eTOCs] BIOINFORMATICS
APPLICATION NOTES
- YAdumper: extracting and translating large information volumes from relational databases to structured flat files
- Jose M. Fernandez and Alfonso Valencia
- POLYVIEW: a flexible visualization tool for structural and functional annotations of proteins
-
Aleksey A. Porollo, Rafal Adamczak, and Jaroslaw Meller
いろいろな可視化ができそう。
- Data mining in bioinformatics using Weka
-
Eibe Frank, Mark Hall, Len Trigg, Geoffrey Holmes, and Ian H. Witten
Weka だ。
- Sfixem--graphical sequence feature display in Java
-
Alistair M. Chalk, Martin Wennerberg, and Erik L. L. Sonnhammer
Sequence Feature Series (SFS) というファイルフォーマットで記述されたタンパク質配列上のアノテーションを可視化。XML版のDTDも定義されている。
- <URL:http://sfixem.cgb.ki.se/>
- The SFS data format
- スクリーンショット 1, 2, 3
- Sonnhammer グループ はいろいろなツールを開発している。
♭ [Bio][eTOCs] BioMed Central
BMC Bioinformatics
- Gapped alignment of protein sequence motifs through Monte Carlo optimization of a hidden Markov model
- Neuwald AF., Liu JS.
BMC Molecular Biology
- Real-time PCR quantitation of glucocorticoid receptor alpha isoform
- Melo MR, Faria CDC, Melo KC, Reboucas NA, Longui CA
♭ [Res] Authorship
An "author" is generally considered to be someone who has made substantive intellectual contributions to a published study. To qualify as an author one should 1) have made substantial contributions to conception and design, or acquisition of data, or analysis and interpretation of data; 2) have been involved in drafting the article or revising it critically for important intellectual content; and 3) have given final approval of the version to be published. Each author should have participated sufficiently in the work to take public responsibility for appropriate portions of the content. Acquisition of funding, collection of data, or general supervision of the research group, alone, does not justify authorship.
[Authors' contributionsより引用]
All contributors who do not meet the criteria for authorship should be listed in an acknowledgments section. Examples of those who might be acknowledged include a person who provided purely technical help, writing assistance, or a department chair who provided only general support.
[Authors' contributionsより引用]
2004-10-28 [長年日記]
♭ [Res] 真夜中の投稿
ウェブで投稿のすべてができるので、1時頃からスタート。 Cover letter を考えつつ、Suggested peer-reviewers を 5 人選んぶ。 Affiliation を調べるには、結局のところ PubMed で著作物のアブストラクトをみるのが確実というのがわかった。 $525.00 の掲載料の支払い方法の確認をして、 .tex と .bbl と図のファイルをアップロード。 ここらの CGI はとてもよくできている。 PDF ファイルをアップロードするとすぐに画像のサムネイルが表示されて確認できる。 .xlc の表ども、はよくわからないが、Addtional materials からアップロード。 これは不安材料ではある。 "Submit" ボタンを押すときにちょっとだけ感慨深いものがあった。
ひとまず、ここまできた。
♭ [Bio] blast/db/nr.tar.gz
% du -sh n* 13M ncbi.tar.gz 63M ncbi/ 533M nr.tar.gz % tar ztvf nr.tar.gz tar: Record size = 16 blocks -rw-r--r-- hsp/giprog 583696881 2004-10-24 14:29:50 nr.phr -rw-r--r-- hsp/giprog 16762432 2004-10-24 15:36:48 nr.pin -rw-r--r-- hsp/giprog 31695440 2004-10-24 14:31:33 nr.pnd -rw-r--r-- hsp/giprog 123860 2004-10-24 14:31:33 nr.pni -rw-r--r-- hsp/giprog 420988922 2004-10-24 15:21:26 nr.psd -rw-r--r-- hsp/giprog 9147426 2004-10-24 15:36:22 nr.psi -rw-r--r-- hsp/giprog 706021445 2004-10-24 15:36:48 nr.psq
でかっ。
♭ [Mac] Safari とアローキー
opt + 上アローキーが page up 相当で opt + 下アローキーが page down 相当だった。 ちなみに page (up|down) のキーコンビネーションは fn + (上|下) である。 cmd + 上でページ先頭、cmd + 下でページ末尾はよくつかっている。
♭ [BioRuby] なんでもいいから fasta format の塩基配列が欲しいとき
% ruby -rbio -e 'puts Bio::Sequence::NA.new("ACGT" * 100).randomize.to_fasta("hoge").gsub(/.{80}/) { $1 + "?n")'
>hoge
agaatagtcccagggagttgagttggtatcgagaagtgttaattcatccgctcacgacccacgtcggatgatgacagtac
ggactctacctgacaggtaagttggatactaccgtagactaattccggttcttagtcagtctcataccacactatgctgg
agacggtaatcttggtgcgcggggtctcgcggttggtaatacctagctcgagccaatccctcaacgcaatcgaataccct
ctataagctgtaaactttacgaccggtcacttgaggatgagatacgtcagggttacgacggctgcagggtgaacgtcctt
ataggcaaccccacccttttttgcatcgattaccggcgtgagatcaataacccgatctccgaggattctacgggcgtata
2004-10-29 [長年日記]
2004-10-31 [長年日記]
♭ [Bio] HPRD
インドの Institute of Bioinformatics が人力でアノテーションしているヒトプロテオームデータベース。 10,322 タンパク質に119,878個のPubMedへのリンクをつけている。 特徴としては、キュレイターの顔写真がみれることがあげられる。 XMLフォーマットの全データは非営利利用ならダウンロード可能。 システムはzopeでつくっているらしい。 ブラウザのナビゲーションがよくできている。
このシステムをつかっているのが Plasma Proteome Database。 オルガネラプロテオームを専門家集団でやるには良いツールなのだろう。 こっちにはIsoformsのエントリもある。
Ω Yi Xing [hey, i came across your website. although i can barely und..]
Ω Yi Xing [oops. the URL should be http://www.doe-mbi.ucla.edu/~yxing..]
Ω tahr [R BOOKとその隣の標高差が気になります]