ヽ(´ー｀)ノ
2004-09-01 [長年日記]
♭ [P] AirMac Extreme Card、地震？
(08:01) む
(09:45) orz
(12:30) ボトムズ／オークション／リダイレクト／ロードバランサー
(20:30) ゴンパチは20分待ちです。
(23:30) なんでそんなにベンチャー作りたいのかわかりません。
2004-09-02 [長年日記]
♭ [P] CD-Rを焼く、
(09:20) 「これ軽いの？」といって、目の前の男は勝手に持ち上げた。
(12:30) 専用計算機／512MB／共有メモリーマシン／トーラス／１０日
(13:10) DE の日だって。で。
(17:29) 添付ファイル送付。.
♭ [Bio][eTOCs] Genome Res
- Sequence Comparison of Human and Mouse Genes Reveals a Homologous Block Structure in the Promoter Regions
- Yutaka Suzuki, Riu Yamashita, Matsuyuki Shirota, Yuta Sakakibara, Joe Chiba, Junko Mizushima-Sugano, Kenta Nakai, and Sumio Sugano
- EGPred: Prediction of Eukaryotic Genes Using Ab Initio Methods After Combining With Sequence Similarity Approaches
- Biju Issac and Gajendra Pal Singh Raghava
♭ [Bike] あたらしいたたみかたを開発
恵比寿駅でFrogをカバーをかけずにホームまでもっていって、電車をまっていると、ハンドルの出っ張りが気になった。 ブレーキレバーが外側を向くようになるので、それが飛び出る形になっている。 この出っ張りが、持ち運ぶときに邪魔になる。
おれたたまった状態を眺めていると、この出っ張りを消すことができそうなことがわかった。 ハンドルは高さ調節ができるようになっているので、抜いたり、まわしたりすることができる。 だから、180度まわせば、出っ張りは内側になるので消えるはずである。 ハンドルを抜ける寸前まで伸ばすと、ちょうど内側にブレーキレバーが収まるデッドスペースに収まった。 ただし、リアキャリアを付けているので、自立の仕方が、ふつーのとちがうので、そこにデッドスペースがあるわけで、ノーマルだとそこは接地面側になり余地は無い。
♭ [Bio][eTOCs] Genome Biol.
- Computational identification of developmental enhancers: conservation and function of transcription factor binding-site clusters in Drosophila melanogaster and Drosophila pseudoobscura
- Benjamin P Berman, Barret D Pfeiffer, Todd R Laverty, Steven L Salzberg, Gerald M Rubin, Michael B Eisen, Susan E Celniker
- Comprehensive analysis of pseudogenes in prokaryotes: widespread gene decay and failure of putative horizontally transferred genes
- Yang Liu, Paul M Harrison, Victor Kunin, Mark Gerstein
- Prediction and identification of Arabidopsis thaliana microRNAs and their mRNA targets
- Xiu-Jie Wang, Jose L Reyes, Nam-Hai Chua, Terry Gaasterland
- Microarray analysis of microRNA expression in the developing mammalian brain
- Eric A Miska, Ezequiel Alvarez-Saavedra, Matthew Townsend, Akira Yoshii, Nenad Sestan, Pasko Rakic, Martha Constantine-Paton, H Robert Horvitz
- Function-informed transcriptome analysis of Drosophila renal tubule
- Jing Wang, Laura Kean, Jingli Yang, Adrian K Allan, Shireen A Davies, Pawel Herzyk, Julian AT Dow
♭ [R] デ−タ解析で出会う統計的問題 -- 多重検定と多重比較をめぐって
粕谷英一、久保拓弥による第51回日本生態学会大会 (釧路) の自由集会の資料。
だが、 多重検定や多重比較の効果の補正は、不適切な手法を選びやすく、目的に合わない使い方の巣窟であると言えるだろう。
[Computational Ecology 2004 - 企画の趣旨より引用]
スクツ。2004-09-03 [長年日記]
♭ [P] 壊れた、直した
(00:01) 電子メールにおいては、本当に読んでもらいたい内容は、スクロールしなくても表示されていないといけない、らしい。 ていうか、スクロールしてください。
(00:10) 真夜中の新規遺伝子構造予測法の着想（比較ゲノムパワード）。
(12:30) お見合い／鞄持ち／×の消し方／学会事務センター破産
(15:17) いつのまにか壊れていた。
(17:23) CD-R 回収される。
♭ [Bio] 選択的スプライシングバリアントをホモロジーモデリング
スプライスバリアントが疾患の原因になっている場合は、アルツハイマー病などいくつも知られている。 これはそんな疾患関連タンパク質 BACE, Interleukin-4, Frataxin, Hereditary hemochromatosis protein のスプライスバリアントの立体構造情報をホモロジーモデリングからアプローチした研究。
- Splice Variants: A Homology Modeling Approach
-
Nicholas Furnham, Stuart Ruffle, and Christopher Southan
Proteins: Structure, Funcition, and Bioinformatics 54:596-608 (2004)
♭ [Bio][Bi][Mac] Apple Bioinformatics Award Winners
お宝より。 クリストファー・リーの写真があったよ。
2004-09-04 [長年日記]
♭ [P] 雨、前夜祭
(02:19) 週末は雨ですな。 Frog が雨に濡れてしまった。
(13:35) コーヒーうまい。
(16:48) ブログの類は PageRank が高すぎるね。
(22:30) いじられる。
♭ [Mac] AirTunes
AirTunes で AIrMac Express からワイアレスヘッドフォンへ光接続していて、四畳半にしてはオーバースペックギミですが、一つ不満が。 それは iTunes からしか AirTunes で音をだせないこと。 DVD を見るときにも iBook をつかうので、その音も当然ワイアレスヘッドフォンで聞きたい。 できれば、接続を切り替えずに、AirTunes 経由で聞きたいと。 でも、それは、できないようです。
2004-09-06 [長年日記]
♭ [P] 地震はつづくよ、
(10:25) 震源地が微妙に動いているのが気になる。
(11:26) 消えた。落ちた。
(12:30) すばる天文台／ハワイ／アラスカ／みそ汁
(15:43) ゎ-揺れた。地震かも。 床がゆれたよ。 →ブースの横を人が駆け抜けただけだった。
(19:30) あれ、売っていない。売り切れ？マジですか。
(23:54) スタックの先頭に入ったらしい。
♭ [Mac] Safari で半角バックスラッシュをフォームに入れる方法
textarea とかフォームにつかっちゃうと、内部処理の文字コード変換の都合で半角バックスラッシュが半角はてなになっちゃうことがありますが、文字コードを utf-8にすればいいらしい。 もちろん、ブラウザ側でなくてコンテンツ側ですが。
2004-09-07 [長年日記]
♭ [P] 天気雨、文法
(10:25) また Wiki が荒らされてたよ。orz
(12:30) 学位／おたく／ロシア／アキバの中心でなにかを叫ぶ？
(22:30) そうか、言語だから文法なのか？そうなのか？
(23:59) 22.8TFLOPS の記事がでてたね。
♭ [Bio] ゲノムネットワークプロジェクトの公募課題の選定について
MEXTのサイトにでてました。 上田さんすごいなー。
♭ [Mac] Skype for Mac OS X を試してみる。
P2P なインターネット電話 Skype の Mac OS X 版がでたので試してみた。
まず、某 8F のとなりの部屋のヒトと接続実験。 うまくいかなかった。 わりと固めのファイアウォールなので、この建物では接続がうまくいかないのかもしれない。
部屋に帰ってきて、Powerbook と iBook で接続実験。 うまく行った。 どちらも、IEEE802.11g の無線LANでつながっているので、そのなかを通っている。 数ミリセカンドの遅延があるが、音質はよさそう。 内蔵スピーカの音を聞く限りはケータイよりはいいかんじ。
2004-09-08 [長年日記]
♭ [P] 打ち合わせ、強風、
(00:26) 風がすごいことになっている。
(10:14) また電話がきてしまつた。
(12:30) 半分にクレーム／スト／景観／金持ち
(13:25) まだ風がつよいですね。
(15:16) 振込完了。
(22:30) あり得ないヒトにあり得ないところで会う。 ありえないよ。
♭ [Hoge] CSSをいじって影を落とす
↑の見出しは↓のCSSで実現。
h3 { text-shadow: 2px 2px 2px #999999 }
くどいかな？
- アップル - eNews Web - CSSでテキストにドロップシャドウをかける
2004-09-09 [長年日記]
♭ [P] セミナー準備、北大が大変なことに、雨
(01:30) miniDVI-VGA忘れてた。
(12:59) 到着。 疲れた、いろいろ。
(15:09) また Emacs が戻ってこなくなった。
(18:08) また、Emacs が…
(20:45) あれ？
♭ [Hoge][Mac] ビジネスモデル
昨日、iPod をつかったビジネスを思いつきました。 それは、楽曲のレンタルです。 店頭で、数曲選択します。 PV もコピーしてもいいかもしれません。 さらに、選んだ曲を聞いたヒトが聞きそうなオススメもインストールします。 でiPodごと貸し出します。 一週間で10Gまで入れ放題で1,000円くらいでしょうか。 聞ききれませんね。
CDレンタルのメディアをiPodにおきかえて、オンデマンドにライブラリをインストールするわけです。
曲は選べないけど、ライブラリのなかから選択というのはどうでしょうか。 「80年代歌謡曲」とか「坂本龍一全仕事」とか「指揮者別ブラームス交響曲第一番」とかそんなかんじです。
iPod の買い換えキャンペーンでどこかには古い機種が山ほどあるはずです。 それをつかえば初期投資も抑えられそうだし、基本的に iPod から曲をコピーできない（ことになっている）ので、コピー規制的にも大丈夫だとおもいます。
2004-09-10 [長年日記]
♭ [P] ytn、セミナー終わり、確定したらしい、
(01:22) 眠い。
(09:04) 栗羊羹と太平漬
(17:36) 30 Sep か。
(22:45) こっちが通れば、あちらが通らず。 とかくこの世は以下省略。 あれ、なにかちがうな。 こういうときは、おめでとうって言うんでしたか。
♭ [Ruby] Rubyist Magazine - 0001-Nora チュートリアル
連載がはじまりました。
この方法に至るのに数日前に数時間費やしたのだった。text フィールドの値を配列として取得するには req["text",nil] と記述します。
♭ [Ruby] Hiki でページを消す方法
＜中身を空にする＞だけでなく、＜「ページの凍結」をチェック＞する必要がある。
♭ [Bio][eTOCs] TRENDS in Genetics 20(9)
Science Direct へはリンクが張りにくいな。
- Protein domains correlate strongly with exons in multiple eukaryotic genomes - evidence of exon shuffling?
-
Liu M and Grigoriev A [PMID: 15313546]
エクソンボーダーとドメインボーダー
のフレーム（イントロンフェイズ）に強い相関があることをゲノムスケールで示した。多細胞で非脊椎動物より脊椎動物のほうがより相関が強い。転じて、これはエキソンシャッフィリングの証拠かも？！くらいの勢いです。イントロンフェイズは、イントロン-エクソン境界がコドンのトリプレットのどこになるかで定義さる。フェイズ０はコドン境界に対応し、フェイズ１は１番目と２番目の塩基のあいだに対応し、フェイズ２は２、３番目の塩基のあいだに対応する。ドメインに関連したエクソンはイントロンフェイズが揃うスプライスフレームルールが知られている。
読み間違ってました。著者らが調べたのは、HmmPfam （閾値 P値 0.05 以下）のドメインの両端の周辺６残基（内側１残基、外側５残基）の範囲にエキソン境界があるか、それはランダムモデルではどのくらいの確率になるのか、をしらべた。その結果、多細胞真核生物（ヒト、マウス、ラット、ふぐ、ゼブラフィッシュ、ハエ、カ、Cエレガンス、C. briggsae ←読めません）では非常に小さな確率であった。とくに脊椎動物では-100乗よりひくい確率である。 確率値は、ランダムモデルによる期待値と観測値からχ二乗分布によって計算。ランダムモデルの詳細は不明。
- Metabolic enzymes and coenzymes in transcription - a direct link between metabolism and transcription ?
- Shi Y and Shi Y [PMID: 15313554]
2004-09-11 [長年日記]
♭ [Bike] リアキャリアに車輪をつけた
リアキャリア輸入計画から幾月もすぎましたが、ようやく思惑のものを作った。
三田のケーヨー D2 でつかえそうな部品を物色。 リアキャリアの後端にパイプがあるので、そこに車軸を通し車輪をつける計画。 車輪は、ローラーブレードやラジコンのタイヤなどありえるが、ここはふつーの台車の車輪をばらして使うことにする。
- 口径5mm の長ねじ
- 38mmの固定台車車輪二個セット
- 5mm のナット（ステンレス）
長ねじを切断する必要があるので、金ノコも購入。 長ねじはステンレスでないから錆びるかもしれない。
台車の車輪を金ノコとペンチをつかって取りはずすのにやや手間取る。 金ノコをつかうのは高校以来か。
畳んでたてたときに重心が偏るので、右側の車輪をすこしオフセットした。 重心が偏るのは、フロントタイヤが右側にくるから。 車輪はこれよりちいさいとリアキャリアのゴムバンドが地面と干渉してしまいそう。 いまですれすれ。
♭ [Hoge] CSSをいじって画像に枠をかく
google 経由で36ph engine: 画像に枠をつけるを参考にした。
img.border {
border-width: 1px;
border-style: solid;
border-color: #333333;
padding: 0px;
}
<img class="border"> のときだけ枠がつく。
2004-09-12 [長年日記]
♭ [P] 非常事態宣言
(00:05} 非常事態宣言が発令されました。 非常識事態宣言でも、非常勤宣言でもありません。
(16:10) さおうか、けふは目黒のさんま祭りであつたか。
(16:30) TRIBUTE TO YMO があった。 高野寛がQUEをカバーしてた。 それはよかった。 Completely Recordedも引きがあった。 paris match の新譜も岡村靖幸の新譜も初回限定DVD付きがあって手に取ってみた。 岡村のはふさふさしていて、あれなかんじの限定プレスCD。 もったまま店を一回りして、そっと元に戻した。 試聴してみた。 それだけ。
(19:21) 今日も荒らされてた。
(20:36) 白金高輪でピザ食ってきた。 いぜんは輸入スクーターを売っていた場所だ。
2004-09-13 [長年日記]
♭ [P] 慣性、１０巻
(00:26) http://boukun.jp/ ってのがある。
(00:45) 橘 比奈乃さんからメールがきました。
(09:17) がーん。目覚まし2時間ずれてると。
(12:30) 衛星写真／沖縄／ロッカー／キュー
(16:49) また荒らされてた。
(17:10) 面接、振込、忘れてた。orz
(17:40) Woody なひとが落ちた。
(23:23) サムネイルをとったら、200x4318ピクセルになった。でかっ。
♭ [Hoge][OS] 「どの辺が未踏ですか?」に対する大人の対応
『それのどこが「○○」なのですか？』という問いかけは、どこぞの公聴会でよく問われる「あなたの研究における○○への貢献はなんですか？」に似ている。 ということは、質問されるまえにいっとけばそんな質問はでてこないのか。
（via www.textfile.org）
2004-09-14 [長年日記]
♭ [P] 振込、コメント
(01:46) なんか忘れてしまったことを思い出した。
(08:09) つかれたな。
(13:21) 振込。 フローがおかしくなっていた。 間に合うか？
(15:31) ありえない雑誌から査読依頼が。 戯れが過ぎます。 手に負えないので、そこのあなたに送ってもいいですか？
(19:07) どなたか BITS2004 のホテルシェアしませんか？
(20:20) 今日から潜伏モード。
♭ [OS] 今日の Woody とぼく
$ sudo apt-get upgrade Reading Package Lists... Error! E: Dynamic MMap ran out of room E: Error occured while processing pia (NewVersion1) E: Problem with MergeList /var/lib/apt/lists/http.us.debian.org_debian_dists_unstable_main_binary-i386_Packages E: The package lists or status file could not be parsed or opened.
む
$ apt-cache search rd セグメンテーション違反です
orz
解決編
google で検索した結果より、 /etc/apt/apt.conf.d/70debconf に以下の行を追加。
APT::Cache-Limit "25165824";
apt-get update がエラーなく終了するようになった。
♭ [Bike] 車軸が曲がりはじめ
二日目にして車輪がハの字になりつつあります。
バランスを考えると、左側をオフセットする意味はないのがわかりました。 倒れる方向は、真横でなくて斜め方向です。 車輪の位置でいくら支点を横方向にもっていっても、ほとんど効果はありません。
♭ [Bio][eTOCs] DNA res. 11(4)
- Estimation of the Number of Authentic Orphan Genes in Bacterial Genomes
- S. Fukuchi and K. Nishikawa
- A Comprehensive Approach for Establishment of the Platform to Analyze Functions of KIAA Proteins II: Public Release of Inaugural Version of InGaP Database Containing Gene/Protein Expression Profiles for 127 Mouse KIAA Genes/Proteins
- H. Koga, S. Yuasa, T. Nagase, K. Shimada, M. Nagano, K. Imai, R. Ohara, D. Nakajima, M. Murakami, M. Kawai, F. Miki, J. Magae, S. Inamoto, N. Okazaki, and O. Ohara
2004-09-15 [長年日記]
♭ [P] 返信
(09:30) 埼京線で事故。ダイヤが乱れていた。
(10:20) うわ。
(11:26) 返信した。
(12:30) 路線価／国際免許証／パワーバランス／給与
(18:06) ホテル確保。
♭ [Mac] DVD Player の音を AirTunes 経由で鳴らすさえない方法
ネットラジオデバイスを作って、DVD Player の音をそこに流す。iTunes でそのネットラジオを受信して、AirTunes へ送る。
DVD は単なるステレオ以上のフォーマットを含んでいるから、AirTunes経由で鳴らすのは、そもそもカテゴリ外のような気がしてきた。
♭ [BioRuby] ファスタフォーマットのファイルの中の配列の長さの分布を調べる
$ ruby -rbio -e 'Bio::FlatFile.auto($<).each {|x| p x.seq.size }' seq.faa |sort -n |uniq -c |less
1 4
1 5
1 9
3 10
10 11
14 12
25 13
21 14
17 15
21 16
24 17
22 18
35 19
15 20
54 21
60 22
(以下略)
♭ [Bio][eTOCs] Genome Biol
- Complete genome sequence of the industrial bacterium Bacillus licheniformis and comparisons with closely related Bacillus species
-
Rey MW, Ramaiya P, Nelson BA, Brody-Karpin SD, Zaretsky EJ, Tang M, de Leon A, Xiang H, Gusti V, Clausen IG, et al.
Bacillus licheniformis ATCC 14580 ゲノム配列決定。4,208 の予測タンパク質コード遺伝子、 7 rRNA オペロンと 72 tRNA 遺伝子。
- Variation in alternative splicing across human tissues
-
Gene Yeo, Dirk Holste, Gabriel Kreiman and Christopher B Burge
- Additional data 1 - <URL:http://genes.mit.edu/burgelab/Supplementary/yeo_holste04/Add_Datadir_1/>
- Additional data 2 - <URL:http://genes.mit.edu/burgelab/Supplementary/yeo_holste04/Add_Datadir_2/>
トランススプライスファクターの組織特異性とからめている（Figure 3）。
♭ [Bio] Genome Biology のアーティクルのライセンスは CreativeCommons BY:2.0
（帰属:2.0）
上記の論文を読んでいて気がつきました。
This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/2.0), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited
♭ [Bi][Bio] GIW2004 の KEYNOTE SPEAKERS
- Kunihiko Kaneko (The University of Tokyo, Japan)
- 意外です。物理のひとなのでOHPで発表するかも。
- Alessandro Sette (La Jolla Institute for Allergy and Immunology, USA)
- 免疫システムのひとらしい。
- Ron Shamir (Tel Aviv University, ISRAEL)
- Pevzner らと本を書いているひと。アルゴリズム系でその実装ソフトウェアを多数公開しています。
2004-09-16 [長年日記]
♭ [P] アブスト
(00:18) 最後まで読まないとわからないものだ。
(11:31) 意味不明。
(13:51) 一ヶ月間違えていた。
(15:56) アブスト書いた。
(17:53) 投稿した。一日遅れ。
(18:50) 降って湧いた。
(19:39) <URL:http://a9.com/BioRuby> 興味深い。
(23:30) あれは本人だったらしい。
♭ [R][R-pkgs] RODBC 1.1-1
2003-01 以降のはじめてのメンテナンスでないアップデート。CRAN からとれる。
- Sys.localeconv からデシマルポイントを選択
- 外部リファレンスとファイナライザーの追加
- 16 チャンネル制限の撤廃
- 名前空間の追加
- odbcConnect{Access, Dbase, Excel} のみつからないファイル名の許容（ファイルを探すためのダイアログがでる）
- odbcGetInfo が 8要素の文字ベクターによりおおくの情報を返すようになった（Matthew Dowle のアイデアに基づく）
- C コードは SQLExecute でなく SQLExecuteDirect を呼び、Matthew Dowle からのMS SQLServer使用時の問題レポートに基づき SQLCloseCursor を呼ばない。sqlGetResults の繰り返し呼び出しは働く。
- 新しい関数 sqlFetchMore
- Access のスペースを埋め込んだテーブル名はAccessの要求する [name space] にマップされる。
- テーブル作成はカラム名から _ をとりのぞかない。
- 新しい関数、get/setSqlTypeInfo とsqlSave の typeinfo 引数、はRタイプからDBMSデータタイプへの写像を特定することができる。sqlSave はDBMSデータタイプの仕様をカラム名で許容する。
- sqlSave と sqlUpate でフィールド名に255文字より長く書くことが可能になった。
- 日付とタイムスタンプは （そのカラムに as.is = TRUE でないとき）sqlGetResults で 'Date' と 'POSIXct' カラムとして読まれる。
- <URL:http://cran.r-project.org/src/contrib/Descriptions/RODBC.html>
♭ [R][R-pkgs] Announcing snowFT 0.1
並列計算 snow パッケージに fault tolerance （計算ノードにハードウェア／ソフトウェア障害が生じたときに再計算するための）を追加したもの。
♭ [Bio][eTOCs] Nature Genet 36(9)
表紙が喪中。
CORRESPONDENCE
- Estimating rates of alternative splicing in mammals and invertebrates
-
E D Harrington, S Boue, Juan Valcarcel, Jens G Reich & Peer Bork doi:10.1038/ng0904-916
選択的スプライシングによるバリアント数の推定についての論争。
LETTERS
- Nonsense-mediated decay microarray analysis identifies mutations of EPHB2 in human prostate cancer
-
Pia Huusko, Damaris Ponciano-Jackson, Maija Wolf, Jeff A Kiefer, David O Azorsa, Sukru Tuzmen, Don Weaver, Christiane Robbins, Tracy Moses, Minna Allinen, Sampsa Hautaniemi, Yidong Chen, Abdel Elkahloun, Mark Basik, G Steven Bova, Lukas Bubendorf, Alessandro Lugli, Guido Sauter, Johanna Schleutker, Hilmi Ozcelik, Sabine Elowe, Tony Pawson, Jeffrey M Trent, John D Carpten, Olli-P Kallioniemi & Spyro Mousses doi:10.1038/ng1408
NMD
♭ [Bio][eTOCs] Genome Biol
Method
- Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics
- Robert C Gentleman , Vincent J Carey , Douglas M Bates , Ben Bolstad , Marcel Dettling , Sandrine Dudoit , Byron Ellis , Laurent Gautier , Yongchao Ge , Jeff Gentry, Kurt Hornik, Torsten Hothorn, Wolfgang Huber, Stefano Iacus, Rafael Irizarry, Friedrich Leisch, Cheng Li, Martin Maechler, Anthony J Rossini, Gunther Sawitzki, Colin Smith, Gordon Smyth, Luke Tierney, Jean YH Yang and Jianhua Zhang
2004-09-17 [長年日記]
♭ [P] krb
(02:51) なんでこんな時間なんだ。
(10:30) メモリ発注。
(12:30) レバレッジ／陰謀説
(15:27) 今日閉め切りだったらしい。うげげ。
(15:42) メモリ在庫あり。即のう。
(18:17) メールで送った。月曜日か。
(20:30) パンクした。
♭ [Hoge] 査読のインパクトファクター
投稿論文のインパクト★ファクターだけでなく、査読のインパクト・ファクターも評価につかわれだしたりして、そのうち。 Nature の査読を依頼されるひとは、Genome Research の査読を依頼されるひとより評価が高くなる、という塩梅。 出版社に査読した証明を発行してもらう時代になるのだろうか。 アカデミックサークルへの貢献という観点では無視できないわけで、いまのインパクト★ファクターだけの評価よりはいいと思う。
♭ [Bio][eTOCs] J. Proteome Res
- Comprehensive Proteomic Analysis of Human Pancreatic Juice
-
Mads Gr nborg, Jakob Bunkenborg, Troels Zakarias Kristiansen, Charles J. Yeo, Ralph H. Hruban, Anirban Maitra, Akhilesh Pandey
ヒト膵液のプロテオーム解析。
- High-Throughput, Fluorescence-Based Screening for Soluble Protein Expression
- M. A. Coleman, V. H. Lao, B. W. Segelke, and P. T. Beernink
♭ [Hoge] つっこみSPAMがやってきた
ハードディスクレコーダーからのコメントスパム攻撃 を読んだ10分くらいあとにキタ。 間がいいな。
第一波
Date: 17 Sep 2004 03:39:45 -0700 から Date: 17 Sep 2004 03:41:27 -0700 のあいだに 64 個。 ここで気がついたのでつっこみメールを止める。 その後、ログを取る意味でつっこみメールを再開。
第二波
Date: 17 Sep 2004 05:15:21 -0700 から Date: 17 Sep 2004 05:17:27 -0700 にかけて 56 通。
2004-09-18 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] Journal of Negative Results in BioMedicine 2004, 3:2
Brief report
- Fusion of green fluorescent protein to the C-terminus of granulysin alters its intracellular localization in comparison to the native molecule
-
Dennis A. Hanson and Steven F. Ziegler
GFP 融合タンパク質は、タンパク質の局在化部位を調べる典型的な方法だけど、融合タンパク質とネイティブタンパク質の局在部位がちがっちゃうことがある。
♭ [Bike] パンクして、パンクしてた
後輪がお台場でパンクした。
職場から東京テレポートまでのあいだ、普段は駐車場で、たまにイベントをやっているあたりで発生。 後輪あたりでがりがりと異音がして、またなにか放置された弁当空箱でも引っ掛けたのか、とおもったら、ふらつき始めて、空気の抜ける音が聞こえてきた。 停車して確認すると、後輪から漏れている。 スポークが折れて刺さったのか、とおもったけど、暗くて確認できず。 東京テレポートまで押していったとさ。 その日は恵比寿からバスで帰宅。
次の日というか今日、近くの自転車店に修理依頼をする。 1,680円。 修理してもらって 3km くらいはしって止めていたら後輪から空気が抜けていたのが中目黒あたり。
パンク、ふたたび。
こういうときに限ってポンプを携帯していなくて、通りがかりの自転車店でポンプを借りるも、コネクタが大きすぎて使えない、12インチのタイヤ小さすぎ。 恵比寿まで押す、それから、またバスでかえる。
午前中修理してもらったところにもっていってもいちど修理してもらう。 パッチの縁から空気が漏れていたようで、張り直していた。 なんど張り直してもパッチの縁から空気が漏れるらしい。 違う種類の溶剤とパッチを取り出していた。 「湿度とかそんなんで着きにくいチューブがあるんだよね」とか言われる。 「これは整備性考えていないから…ぶつぶつ…」といわれてもね。
♭ [Bio][eTOCs] J Proteome Res.
- DBParser: Web-Based Software for Shotgun Proteomic Data Analyses
- Xiaoyu Yang, Vijay Dondeti, Rebecca Dezube, Dawn M. Maynard, Jonathan Epstein, Xiongfong Chen, Sanford P. Markey, and Jeffrey A. Kowalak
♭ [Hoge][Res] 平均期間調査
Genome Res. の場合
NAR の場合
- Jun 15 で Aug 17
- May 13 で Aug 21
- May 20 で Aug 17
- May 13 で Aug 17
- Feb 20 で Aug 19
2,3,3,3,6 で平均 3.4、sd 1.5。 resubmission が多いような気がした。
Genome Biol. の場合
- May 20 で Aug 3
- Jul 14 で Aug 6
- Apr 19 で Jul 27
- Mar 24 で Aug 2
- May 16 で Aug 2
3, 1, 3, 5, 3 で平均 3、sd 1.4。
Proteome Sci. の場合
- Mar 2 で Sep 1
- Mar 9 で Jun 21
- Feb 16 で Jun 11
- Sep 22 で Dec 14
- Sep 11 で Jan 30
6, 3, 4, 2, 4 で平均 3.8、sd 1.4。
JPR の場合
- Sep 10 で Feb 17
- Sep 29 で Feb 17
- Jan 17 で Mar 4
- Jan 17 で Mar 17
- Feb 24 で May 20
5、5、2、2、3 で平均 3.4、sd 1.5。
♭ [R][R-pkgs] Announcing Rpad, a web-based workbook-style interface for R
Rpad はインタラクティブなウェブベースの解析ツール
- WYSIWYG エディティング - ブラウザでページを編集できる。コードや入力データにコメントがつけられる。
- GUI's - R や Rpad インターフェイスにGUI要素を作成できる。
- Fast - ブラウザをリフレッシュしなくてもいい。
- HTML アウトプット - Eric LecouterのR2HTMLをつかった見栄えのいいHTMLを生成。
- 簡単にプロット - ウェブ用にプロットを便利にする関数をもっている。
- フレキシブル - javascript と R をつかって機能を追加できる。
- クロスプラットフォーム - Rpad のページは IE 5.5 もしくはそれ以上とMozlla (FireFox も)でつかえる。サーバは Linux と Windows での Apache で動く。
- オープンソース - Rpad はオープンソースの物からなる：R, Mozilla, HTMLArea, Statistics-R-0.0.2, JSCookMenu, Apache と RHTML
- <URL:https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-gui/2004-September/000377.html>
- <URL:http://www.Rpad.org/Rpad/>
2004-09-21 [長年日記]
♭ [P] +1G
(09:01) 向かい風。
(10:20) 開腹、切除、設置、復帰
(11:30) そうですか、金曜日でいいです。 そのペースだと、バッファオーバーフローの危険が。
(12:30) ロッカー／需要と技術と供給と／にんじん
(18:44) やっとエラーが全部なくなった。
(19:30) またつまらないことを。
♭ [Res] .bib 変換
ひたすら変換。 PLoS Biol. とか Genome Biol. のページってなんだ？
目下の問題
ていうかですね、
@Article{GO,
author = {The Gene Ontolgy Consortium},
...
}
が、
Consortium TGO
になっているをなんとかしたいです。
解決編
@Article{GO,
author = {{The Gene Ontolgy Consortium}},
...
}
bibtex の author で省略を抑制するには、中カッコ{}でで囲む、と言う方向で。
どのように解決したのか
google で「bibtex author consortium」で検索した結果を眺めながら試行錯誤つづけた。 直球勝負を避けた解決したもの勝ち戦略。
2004-09-22 [長年日記]
2004-09-23 秋分の日 [長年日記]
♭ [P] 半年
(00:47) ひさしぶりにMIDIテルミンであそぶ。
(01:30) 猫登場。 動くので写真はとれずじまい。
(02:09) また荒らされていた。
(18:00) 電話
(18:31) 部品が足りない。orz
(19:33) 部品調達へいくも既に閉店。19:00 で閉店でしたか。
♭ [Bio][eTOCs] J. Proteome Res.
- Phylomat: An Automated Protein Motif Analysis Tool for Phylogenomics
- W. Vallen Graham, David K. Tcheng, Andrew L. Shirk, Michael E. Welge, and H. Rex Gaskins
2004-09-24 [長年日記]
♭ [P] 考えてみた
(03:08) 雨が降ってきた。
(06:10) 出勤
(06:45) 乗車
(11:40) ま た 忘 れ ら れ て る よ
(12:30) ポスドクはフリーター／時給／二分割
(14:31) EMアルゴリズムって面白いな。
(20:36) 某センター到着。
♭ [Bio] DNA as Data
Harverd Magazine による George Church の記事。 知り合いの名前で Google して発見。
これもそうだけど、あっちの大学の広報はおもしろい。
♭ [Bio][eTOCs] Protein Sci
- EDITORIALS - The Open Access Debate
- Mark Hermodson
- The C terminus of the nuclear protein NuMA: Phylogenetic distribution and structure
- Patricia C. Abad, I. Saira Mian, Cedric Plachot, Aniysha Nelpurackal, Carol Bator-Kelly, and Sophie A. Lelievre
♭ [Bio] ATD-Symposium registration deadline extended
Nov 22-23 2004 の開催の Symposium on Alternate Transcript Diversity ですが、登録〆切が 30 Sep から 22 Oct にのびた。
ずいぶん延長したものだ。集まっていないようである。
進捗次第でいけないものか。
2004-09-27 [長年日記]
♭ [P] 雨、進める、SG
(01:50) 今日も忘れられていたら、あんまりだな、と思うと眠れない。
(10:30) NIH ImageJ は面白い、といことで。
(13:42) あんまりだ。あんまりだ。
(14:14) 粛々と手続きを進める。
(19:20) SWING GIRLS 観てきた。メディアージュはカードを提示すると300円引き。
(23:20) きょうも荒らされていて。
♭ [Hoge] DMW-BM7-AC
FZ2の充電器が行方不明になってはや２ヶ月。 そろそろなんとかしないと。
台湾製のこれは純正品の半額以下、本体への電源供給ができない反面、車のシガーソケットから充電ができたり二長一短。
2004-09-28 [長年日記]
♭ [P] 全体会議
(11:01) 荒らされていた。
(12:30) 酵母培養／滅菌操作
(17:50) ただより高いものは無い。
(20:30) （行数として）20%すすんだ。
(23:30) すれ違い。
♭ [Bio][eTOCs] BMC Bioinformatics
- PATTERNFINDER: combined analysis of DNA regulatory sequences and double-helix stability
- Yanlin Huang, David Kowalski
♭ [Bio][eTOCs] Genome Biol.
- A comprehensive transcript index of the human genome generated using microarrays and computational approaches
-
Eric E Schadt, Stephen W Edwards, Debraj GuhaThakurta, Dan Holder, Lisa Ying, Vladimir Svetnik, Amy Leonardson, Kyle W Hart, Archie Russell, Guoya Li, Guy Cavet, John Castle, Paul McDonagh, Zhengyan Kan, Ronghua Chen, Andrew Kasarskis, Mihai Margarint, Ramon M Caceres, Jason M Johnson, Christopher D Armour, Philip W Garrett-Engele, Nicholas F Tsinoremas, Daniel D Shoemaker
オリゴインクジェットマイクロアレイをつかって、ヒトの60組織から28,456トランスクリプトの発現を確認した。
2004-09-29 [長年日記]
♭ [P] 雨？、BA問い合わせ。
(10:45) 昨日、エンバグしてた。
(12:30) 放流／バーチャルホスト／DNS／八丈島／IT系／コンサル
(15:25) BAの問い合わせを送った。 通常 48 時間以内に回答があるらしい。
(16:15) また荒らされていた。
♭ [OS] SWIG
イントロダクション - 1.2.3 ショートカット はちょっと衝撃的。 インターフェイスを定義しなくても定義されている定数と関数のモジュールができてしまう。
2004-09-30 [長年日記]
♭ [P] 台風一過。
(00:30) ちょっとした方針転換。
(01:27) 猫登場。顔の横とか頭の後ろのあたりが痒そうだ。
(02:38) ADSL のリンクが切れた。台風の影響か？
(14:02) メールに添付。
(17:00) 〆切。２月へ。
(17:47) 返事が来た、その１。
(19:10) ポスター準備完了。
♭ [Bio] 窒素代謝
昨日の昼にビール酵母の代謝系で窒素分子へのパスがあるか？という話があった。 KEGG/CONMPOUND の窒素分子 をみると、PATH: map00910 Nitrogen Metabolismと、そのものがあった。
Ω ichi the killer [こっちはもうおさまった風 (0:32)]