ヽ(´ー｀)ノ
2004-08-04 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] Genome BIol.
- Research Identifying combinatorial regulation of transcription factors and binding motifs
- Mamoru Kato, Naoya Hata, Nilanjana Banerjee, Bruce Futcher, Michael Q Zhang
♭ [Bio][eTOCs] NAR
- Discovery of sequence motifs related to coexpression of genes using evolutionary computation
-
Gary B. Fogel, Dana G. Weekes, Gabor Varga, Ernst R. Dow, Harry B. Harlow, Jude E. Onyia, and Chen Su
Nucl. Acids. Res. 2004 32: 3826-3835.
- siRNA-mediated gene silencing: a global genome view
- Dimitri Semizarov, Paul Kroeger, and Stephen Fesik Nucl. Acids. Res. 2004 32: 3836-3845.
2004-08-06 [長年日記]
♭ [T] バゲッジクレーム
ベルトコンベアのうえを回るJAL印のパネルに名前を発見。 JALの人をつかまえて、カウンターでその後の手続き。
担当の人が新人らしく、となりの上司にいろいろ指示されている。 しかし、形式上謝罪する相手にきこえるように、「謝罪して」と指示するのはどうかと思う。
スーツケースはヒースロー空港の乗り換えに間に合わなかったようで、明日の便で日本につくらしい。 スーツケースはぼくがいない状態で税関を通す必要があるので、鍵をあずける必要があること、翌日の９時から１０時に届けることなどを説明を受ける。 スーツケースを確認するために、メーカー、形状、色、などをきかえれるが、メーカーは忘れたり、黒いトローリー型という没個性なものなので、やや不安になる。 判別の印にした赤いキーホルダーとネームプレートがあれば一目でわかるのだが。
2004-08-08 [長年日記]
♭ [SC] 5=========6=======
あまり変動なし。 もっと増えたかと思った。
海外旅行仕様の財布のままいったら、会員証が入っていなかった。 会員証を持ってきていない場合は、氏名性別電話番号住所を記載のうえ口頭で生年月日を確認すると認証されるらしい。 生年月日は西暦でも可。
♭ [Bio][eTOCs] NAR
- Mathematical algorithm for discovering states of expression from direct genetic comparison by microarrays
-
Hassan M. Fathallah-Shaykh, Bin He, Li-Juan Zhao, and Aamir Badruddin
Nucl. Acids. Res. 2004 32: 3807-3814.
- siRNA-mediated gene silencing: a global genome view
-
Dimitri Semizarov, Paul Kroeger, and Stephen Fesik
Nucl. Acids. Res. 2004 32: 3836-3845.
- Identification of important chemical groups of the hut mRNA for HutP interactions that regulate the hut operon in Bacillus subtilis
-
T. S. Kumarevel, S. C. B. Gopinath, S. Nishikawa, H. Mizuno, and P. K. R. Kumar
Nucl. Acids. Res. 2004 32: 3904-3912.
- The Alternative Splicing Gallery (ASG): bridging the gap between genome and transcriptome
-
Jeremy Leipzig, Pavel Pevzner, and Steffen Heber
Nucl. Acids. Res. 2004 32: 3977-3983.
選択的スプライシング産物をDAGで表現する Splicing Graphs の応用ぶつ。<URL:http://statgen.ncsu.edu/asg/>。ヒト遺伝子データ（(Ensembl, RefSeq, STACK, TIGR と UniGene）からグラフを作成。その結果、65%の遺伝子に選択的スプライシングがありそうだった。そのうち5%の遺伝子には100以上のバリアントがありそうだった。方法論の次はデータベースというかんじ。ゲノム・トランスクリプトームときたら、次はプロテオームだろう。
Splicing Graphs のアイデアだと、＜グラフ＞と＜存在するパス＞の二つのデータがないと元データの実体を表現できないのがちょっといけてないと思うのだった。
2004-08-09 [長年日記]
♭ [P] 時差もげ、釘、提出
(02:18) まったく眠くない。
(02:37) 某アブスト執筆中。 1000文字程度。目下、392文字。
(05:18) 眠くないけど、肩がこる。 1700文字突破。 かきスギ。
(06:18) 1238文字。 まえのアブストは腐っていた。 orz
(06:34) 1485文字であがり。 ちょい長い。
(09:02) 同時多発的釘さされ。 あいたたた。
(10:02) 1418文字で提出。
(21:30) やっぱり持っていった。
(22:00) 某マシンの DNS、IP等の変更。
♭ [Bio] UniProt DAS services at the EBI
DAS V.1 で UniProt/SwissProt のアノテーションがとれると。
♭ [Bio] Alternate Transcript Diversity Symposium
Wellcome Trust Genome Campusで Nov 22-23 に開催。 レジストは Sep 30 まで。
The realisation that alternative splicing is an important way of controlling gene expression has spawned several large-scale efforts to create bioinformatics resources on alternate transcripts and protein isoforms. These include: computational methods and tools to delineate and characterise alternate transcript structures; databases of alternate transcripts and protein isoforms; and annotations that describe the physiology, pathology and evolution of alternate transcript generation. These efforts require community-based collaborations involving bioinformaticians,computational & experimental biologists, and pharmaceutical researchers. This symposium aims to bring together this community to discuss these resources
[http://www.ebi.ac.uk/Information/events/atd-sympo/index.htmlより引用]
いかにも EBI 的な文面。 先取りというかなんというか。 これは、いってみたいな。 なんとかならんかな〜。 それには、あれしてこうなってないといかんな。
♭ [BioRuby] 今日の cvs ci
lib/bio/db/embl/sptr.rb
bioruby-ja ででていた FT 行の VARSPLIC のなかの 「->」 のあいだに改行がある場合を考慮していなかったというバグ修正。
ruby sptr.rb 088927
とかすると、メソッドデモがみれておもしろい、というか動作確認。
行末のピリオドやスペースの処理を考えないといけないと思った。
CC -!- SIMILARITY: SOME, TO NEURONAL OLFACTOMEDIN-RELATED ER LOCALIZED CC PROTEINS. CC -!- SIMILARITY: BELONGS TO FAMILY 2 OF G-PROTEIN COUPLED RECEPTORS.
を
{ "SIMILARITY"=>
["SOME, TO NEURONAL OLFACTOMEDIN-RELATED ER LOCALIZED PROTEINS. ",
"BELONGS TO FAMILY 2 OF G-PROTEIN COUPLED RECEPTORS."], }
このようにパーズしている。はじめのほうの文字列のピリオドのあとにスペースがある。
274 if /(^[A-Z ]+[A-Z]): (.+)/ =~ tmp 275 key = $1 276 body = $2.gsub(/- (?!AND)/,'-') 277 unless cc[key] 278 cc[key] = [body] 279 else 280 cc[key].push(body) 281 end 282 else
ここらでbody.strip! でもすればいいだろう。 あとは、ほかの該当箇所を探してつぶせばいい。
2004-08-11 [長年日記]
♭ [Ruby] Ruby/GSL 1.5.0
GSL の Ruby インターフェイス Ruby/GSL がGSL1.5の全機能を網羅してリリース。
Vectors, Matrices, Sroting, Leaner algebra, Eigen System, Random numbers, Monte Carlo Integration, Statistics, 1d-Histgrams, 2d-Histgrams あたりを簡単につかえるのはうれしい。
(from [ruby-list:39950] )
2004-08-13 [長年日記]
♭ [P] プレ移動日、〆切、提出
(07:30) 日曜日は降水確率 60 % ってのは、いかんな。
(08:36) 今日のりんかい線は客層がちがう。 あやしげなトートバックと台車にのせた何かとか。
(17:02) いろいろあるらしい。
(21:20) 移動開始。
2004-08-16 [長年日記]
♭ [T] のぞみ 114 号
08:34 京都発、品川 10:45 着。 やんごとなき理由で４本送らせる。
今回はFrogをもっているので、一番後ろの座席のうしろのスペースを確保するために座席を指定し、6号車の1Cを確保。 このスペースはわりと広くて、Frogを横に倒してもおけるくらいだった。
♭ [Ruby] [RAA:ruby-sqlite] をつかってみた
ruby-sqlite からソースコードをコピペして、extconf.rb と sqlite.c を作成。で、ruby extconf.rb、make、make install でインストール終了。これでいいのかよくわからん配布のしかた。
% ruby -rsqlite -e 'sq = SQLite.new("ippide"); p sq.exec("select count(*) from ippide;")'
[["count(*)"], ["2624"]]
2004-08-17 [長年日記]
♭ [Res] タンパク質ファミリー@Ensembl
FamilyView つーものがあったのか。 ファミリー関係は MCL で自動生成しているのか。
MartView でゲノム上位置をみてみると、同一位置で違うSwissProtアクセッションがいっぱいでてきた。 それはタンパク質ファミリーちゃうって。
2004-08-18 [長年日記]
♭ [P] 予稿校正
(08:40) ノギス（品番 19894）を購入。
(18:22) 事典だねぇ。
(23:04) いまどき公開されるデータベースは、NAR DBIに投稿したものに違いない。間違いない。
♭ [Bio][eTOCs] Nature Genet.
- Nonsense-mediated dicay approaches the clinic
- NMD のレビュー。
- Periodic gene expression program of the fission yeast cell cycle
- 出芽酵母の細胞周期の網羅的な解析。分裂酵母の細胞周期ネットワークと比較している。
2004-08-19 [長年日記]
♭ [Bio] ensembldb.ensembl.org をつかってみる。
anonymous で接続。
Ensembl schema description をよんだり、Show fields from ... をしてスキーマの理解を試みるみる。 が、ensembl_compare.family から homo_sapiens_core_23_34e.xref への関係が途中までしかトレースできなかかった。いいかえると、だれかおしえて、である。
ensembl_compara.family.family_id （スタート） ↓ ensembl_compara.family_member.family_id ensembl_compara.family_member.member_id ↓ ensembl_cmpara.member.member_id ensembl_cmpara.member.stable_id ↓ homo_sapiens_core_23_34e.gene_archive.translation_stable_id ↓ （ここで遭難） ↓ homo_sapiens_core_23_34e.xref.xref_id homo_sapiens_core_23_34e.xref.display_label （ゴール）
それで、 EnsMart でやってみたら、数回のクリックで簡単に必要なデータが手に入った。 感動した。
2004-08-24 [長年日記]
♭ [P] 東京、涼しい
(06:00) 起動
(11:01) シンポ予稿校正。 本日中。
(12:30) SNP／機会均等／保護／次の特定／年齢差
(13:43) 今日はネットがスカスカ
(22:35) 衝撃の予測外れと衝撃の事実（Confidential）。
♭ [T] 京都→東京
なぜか、座席が 13/13/B という三人がけの真ん中だった。 通路側の席はうまっているが、窓側の席は品川まで空席。 なぞ。
旅程
バス停 06:33 →（市バス５番系統）→ 京都駅 07:16 →（のぞみ 202 号）→ 09:27 品川駅 →（京浜東北線）→大井町駅 09:43 →（りんかい線）→東京テレポート→（循環バス）→ 09:58 ゴール
♭ [Bio] PLoS Biol. の記事が asahi.com の記事に
- Synopsis: Gene Targeting Turns Mice into Long-Distance Runners
- Regulation of Muscle Fiber Type and Running Endurance by PPARδ
- Video S1 ではランニングマシンで走るマラソンマウス（手前）と走れなくなりつつあるふつーのマウス（奥）がみれます。
2004-08-25 [長年日記]
♭ [P] 地震、Eclipse
(01:50) がたっときたよ。<URL:http://www.tenki.jp/data/quake/image/00950154.gif>
(11:31) Carbon Emacs のウインドウがフォーカスを受け付けなくなる。Cmd+Tab でウインドウが出てこない。クリックしてもフォーカスが移らない。メニューも出てこない。いまのところ強制終了しか思いつかない。
(12:30) 寺ドライブのキーボード／ヘドフォン／電波／反証可能性／公理系／不在の証明
(15:11) Preview.app はトリミングできるんだ。
(19:40) 50x70x30 か。 72x60x39 らしいので、どうなることやら。
♭ [Mac] webkit2png
ウェブページのサムネイルを作るコマンドラインツール。 GPL で配布。 中では PyObjC をつかって WebKit をたたいている。 なるほど。
PyObjC の絵はぐろいです。Python の顔をしているけど体はCocoa(webkit) というか犬みたいな、オライリー本表紙のコラージュ。
♭ [BioRuby] 雑談というかリリースノートの左隣
白金台某所でドーナツと紅茶で k さんと雑談。 隣にいたkさんは0.6.1のアナウンスメールを書いていたと思われるが、こっちは最近 bioperl-l でみたBioGraphicsのグリフがおもしろかったとかいうと、それは某所のグリフ職人がつくっているといわれる。 そんなことをGMODのユーザミーティングのあとくらいに聞いたような記憶がよみがえったり。 じゃつぎは国旗のグリフがあるといいですね、とか。 枯草菌ゲノムのイメージで。 そのさきは、国旗というかむしろ千葉県のロゴが必要。
GNN はベンター関連だったり、TIGRの資金はいったいどこから？とか、UniProt DAS とか、OmniDAS とかなんとか。 BioPythonの中の人がProteinDASでグラント獲得したとか。 未踏をとって人ををやとってUnitTestとかドキュメントとか、むしろ、あっちのあれをこうしたらとかなんとか。
Eclipse が ruby のコードを扱えるらしく、さらにCVSレポジトリから直接チェックアウトできるとか、Emacs風のキーバインドの設定ができるとか、もうこれは使うしか無いということになり。 速攻 3.0 をインストール。 これは、いいですね。 モダンというかニュータイプというか、そんな感じ。
クマムシ進捗が一番きになる情報だったりしたり。
2004-08-26 [長年日記]
♭ [Bio] LOMS
infobiologist に流れたLOMSを早速 Mac OS X かつ MySQL 環境にインストールしてみるが、まだ動かない。
まず、pear が、System.php がないようで正常にうごかない。
% curl http://go-pear.org | sudo php % sudo pear install Auth Auth_HTTP
でまるごと更新。
% ./loms-manage.php lomsinstall Do you want to install LOMS? (Yes or No):Yes File 'NONEXISTENT/charsets/?.conf' not found (Errcode: 2) Character set '#12' is not a compiled character set and is not specified in the 'NONEXISTENT/charsets/Index' file Database 'loms' was found Creating tables. Installing system files. File 'NONEXISTENT/charsets/?.conf' not found (Errcode: 2) Character set '#12' is not a compiled character set and is not specified in the 'NONEXISTENT/charsets/Index' file Fatal error: Call to undefined function: numrows() in /Users/hogefuga/Sites/LOMS/libexec/loms-manage.php on line 71 Installation was finished. Please read HOWTOUSE.
エラーは DB.php のなかからきているとおもわれる。ひとつはPHP_MYSQL_LIBS の設定によってでたりするエラーらしい。 numrows() がみつからないという Fatal error は、該当行では numRows() となっているにもかかわらず、小文字でエラーになっているのか、phpはそういうものなのかよくわからない。
% echo "show tables;" | mysql -uloms -p loms Enter password: Tables_in_loms article comment
なぜか、テーブルがすくない。 MySQLへの接続周りがうまくいっていいないとおもう。
♭ [Bio] Vienna RNA Package 1.5 beta
Vienna RNA Package に 1.5 beta がでていた。早速コンパイル。
curl -O http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/ViennaRNA-1.5beta.tar.gz tar ztvf ViennaRNA-1.5beta.tar.gz cd ViennaRNA-1.5 ./configure make make check make install -n sudo make install
1.4 とくらべて、autoconf, automake をつかってポータビリティの向上がみられた、RNAalifold というマルチプルアラインメントからコンセンサス構造を予測するツールが追加された。
Perl モジュール RNA.pm もある。SWIG つかってるのか。
use RNA; $seq = "CGCAGGGAUACCCGCG"; ($struct, $mfe) = RNA::fold($seq); RNA::PS_rna_plot($seq, $struct, "rna.ps"); $F = RNA::pf_fold($seq); RNA::PS_dot_plot($seq, "dot.ps");
と×。モジュール的ですな。
2004-08-27 [長年日記]
♭ [P] P450、MPIとか
(09:21) orz
(11:21) 成果ヒアリング書類送付。 ビジネスモデルがねえ。
(12:30) 論文とつりのアナロジー／トロール
(18:46) おもいついてdをとってみた。
(20:20) ドイツに短期留学？するひとの壮行会に目黒駅前あたりに出没。
♭ [Bio] P450
P450 はおもしろいですね。 遺伝子構造の進化についてのモデル系になるとおもった。 P450の分子生物学をよんでみよう。
2004-08-30 [長年日記]
♭ [P] MBSJ演題〆切、
(09:12) 自転車で出ようとしたら雨降ってきた。 PHSの時計が2分遅れていたので、修正しながらバスをまつ。
(09:20) 新宿あたりで踏切事故があったらしく、埼京線のダイヤが乱れていた。
(12:30) ギネス／特区／格差／アフリカ／インド／カースト／面接
(14:00) 隣のビルの人にみつかったような。
(17:10) やっぱり銀座に在庫があった。 帰りによってこう。
♭ [R] 任意の要素の属する hclust(stats) クラスタのメンバを調べたい
identify.hclust(stats) と rect.hclust(stats) を利用するとできる。
R> example(hclust)
R> plot(hc)
R> x <- rect.hclust(hc, k = 5)
R> x[2]
[[1]]
Florida North Carolina
9 33
R> names(x[[2]])
[1] "Florida" "North Carolina"
> for (i in 1:length(x)) { print(names(x[[i]]) == 'Florida') }
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[1] TRUE FALSE
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
> for (i in 1:length(x)) {
t <- table(names(x[[i]]) == 'Florida');
if (length(t) > 1) { print(names(x[[i]])); };
}
[1] "Florida" "North Carolina"
関数化
> xcm <- function(qname, rc) {
for (i in 1:length(rc)) {
t <- table(names(rc[[i]]) == qname)
if (length(t) > 1) {
return(names(rc[[i]]))
}
}
}
R> xcm("Florida", x)
[1] "Florida" "North Carolina"
こう使う。
R> xcm("Florida", rect.hclust(hc, k=3))
[1] "Alabama" "Alaska" "Arizona" "California"
[5] "Delaware" "Florida" "Illinois" "Louisiana"
[9] "Maryland" "Michigan" "Mississippi" "Nevada"
[13] "New Mexico" "New York" "North Carolina" "South Carolina"
なんか不細工だ。
♭ [Mac] Apple AirMac Express購入
箱からだして、上流のネットワークケーブルを刺して、コンセントに刺す。 それだけでとりあえず使えた。 未確認だった、イーサネット側のマシンからの AirTunes の利用は、出荷状態では切られているが、設定するとつかえた。 設定は、「AirMac 管理ユーティリティ」の「AirMac」タブ→「ベースステーションオプション...」→「WAN ポート設定」→「Ethernet で AirTunes を使用」チェックボックスをチェック。
Ω T井(アニオタ） [ん？何だこのブログは。誰もおらんぞ？？うー!]