ヽ(´ー｀)ノ
2004-07-01 [長年日記]
♭ [Mac][Bi] The Apple Workgroup Cluster for Bioinformatics Award Programの受賞者が発表。
Lee C. がはいっている。 Honoable mention に JQ 発見。佳作。
♭ [Hoge] MEGASTAR-II cosmos
500万個の恒星数のプラネタリウム。 07-11 から科学未来館で常設展示。 今日の24:00からNHKは必見ということで。
今日も未来科学館の食堂でとっていたら、ご本人がいらっしゃった。 毛利館長はまだみていない。
2004-07-02 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] J. Bacteriol
- Dynamic Patterns of Subcellular Protein Localization during Spore Coat Morphogenesis in Bacillus subtilis
- Christiaan van Ooij, Patrick Eichenberger, and Richard Losick
♭ [Bio][eTOCs] Genome Biol.
Minireviews
- Analysis of alternative splicing with microarrays: successes and challenges
- Christopher Lee, Meenakshi Roy
- Cross-species comparison of genome-wide expression patterns
- Xianghong Jasmine Zhou, Greg Gibson
♭ [Bio][eTOCs] BIOINFORMATICS
Impact Factor of 6.701だそうです。
- Recognition of multiple patterns in unaligned sets of sequences: comparison of kernel clustering method with other methods
- A. Kel, Y. Tikunov, N. Voss, and E. Wingender
- New methods for joint analysis of biological networks and expression data
- Florian Sohler, Daniel Hanisch, and Ralf Zimmer
- Combining partial order alignment and progressive multiple sequence alignment increases alignment speed and scalability to very large alignment problems
-
Catherine Grasso and Christopher Lee
手広いな。
- BioOptimizer: a Bayesian scoring function approach to motif discovery
- Shane T. Jensen and Jun S. Liu
- A graph theoretical approach for predicting common RNA secondary structure motifs including pseudoknots in unaligned sequences
- Yongmei Ji, Xing Xu, and Gary D. Stormo
- Protein secondary structure: entropy, correlations and prediction
- Gavin E. Crooks and Steven E. Brenner
APPLICATION NOTES
- SeqExpress: desktop analysis and visualization tool for gene expression experiments
- John Boyle
- matchprobes: a Bioconductor package for the sequence-matching of microarray probe elements
- Wolfgang Huber and Robert Gentleman
2004-07-03 [長年日記]
♭ [Bike] Milano に交換
革命的に良くなった。
VELO GelTech のように表面がすべったりしないので、踏み込みにロスがないような感じ。
もっとはやくサドル交換すればよかった。
Frog 付属のテールライト付きのサドル（子供サイズ）と VELO GelTech があまったので興味ある方はご一報を。
knog Dual Color Bar end lights は、こんなのないですかときいたら恵比寿野ショップにあるらしいととのことなので、そちらで確保。 右にだけつける予定。 一押しで点灯、二押しで点滅と良くある動作パターン。 もう片方のは西方へと引き取られていくことに。
ついでに、ワックス系チェーンオイル KryTech も確保。 チェーンがはずれることがたまにあり、そのときに手が汚れていやだったので、ワックス系は欲しかったのだった。
♭ [Bio] 理研：ゲノム上のタンパクの動きを捉えることに成功
やるなー、加藤さん。
2004-07-04 [長年日記]
♭ [P] THEREMIN T
(01:17) パールの人はファイルを分け過ぎていると思います。
(02:12) ありえないようなspamが２通きた。 From: 偽装にReturn-Path: 偽造か。
(13:30) コーヒーとベーグルと
(18:40) アーモンド発見。 一匹みたら十匹いるかも。
♭ [Mac][Ruby] mysql-ruby-2.4.2a を Darwin 7.4 でつかう
dyld: ruby Undefined symbols: _Raise _TypeError Trace/BPT trap
といういときは mysql.c に #define str2cstr を足すといいらしい。
そのまえに、otool -L mysql.o の具合をみて、 Makefile の LIBS に -lruby を追加したり。
LIBS = -lmysqlclient -ldl -lobjc -lruby
とかなんとかしているうちに、[RAA:mysql-ruby] は 2.4.5 が最新であることに気がつく。 こっちは、難なくインストールできる。 orz
♭ [Hoge] IBM USB トラベルキーボード ウルトラナビ付き
これも十分魅力的であるが、ノートPCを外付けキーボードにできるようにしてください。
2004-07-05 [長年日記]
2004-07-06 [長年日記]
♭ [Bike] Odo 516.0 Dst 6.48 Tm 0.27.38 Av 14.1 Mx 25.7
スタート→HGC→天王洲アイル 10:03 東京テレポート→到着。
2速で20km/hくらいを維持すると適度な負荷運動になり、汗が盛大にでてくるのであった。
♭ [BioRuby] Bio::GO::Database とか
昨日、www.godatabase.org/dev が Not Found でしたが、一時的にサーバが落ちていたそうです。
godb = Bio::GO::Database.new(host, user, pass, db)
terms = godb.get_terms({'acc' => ['GO:0003677']})
terms.each do |term|
term.name
end
とか
names = {'name' => ['endoplasmic reticulum']}
evidence = {'with' => ['TAS']}
db = ['FB']
assocs = godb.get_associations(names, evidence, db)
assocs.each do |assoc|
assoc.gene_product.symbol
assoc.evidence.code
assoc.evidence.xref.xref_key
end
とかなんとか。
graph = godb.get_graph({'acc' => 'GO:0003677', 'depth' => 3})
graph.get_all_nodes.each do |term|
puts "GO term: name=#{term.name}, GO ID=#{term.public_acc}"
end
ということもできるようになったかも。
♭ [Bio] godatabase にて
mysql> select * from term where term_type = 'relationship'; +----+---------+--------------+------------+-------------+---------+ | id | name | term_type | acc | is_obsolete | is_root | +----+---------+--------------+------------+-------------+---------+ | 3 | part_of | relationship | GO:part_of | 0 | 0 | | 5 | is_a | relationship | GO:is_a | 0 | 0 | +----+---------+--------------+------------+-------------+---------+ 2 rows in set (0.37 sec)
びっくりした。 is_a は term の中だったのか。
2004-07-07 [長年日記]
♭ [OS] mysqlshow
$ mysqlshow -ugo go term Database: go Table: term Rows: 17554 +-------------+--------------+------+-----+---------+----------------+---------------------------------+ | Field | Type | Null | Key | Default | Extra | Privileges | +-------------+--------------+------+-----+---------+----------------+---------------------------------+ | id | int(11) | | PRI | | auto_increment | select,insert,update,references | | name | varchar(255) | | MUL | | | select,insert,update,references | | term_type | varchar(55) | | MUL | | | select,insert,update,references | | acc | varchar(255) | | UNI | | | select,insert,update,references | | is_obsolete | int(11) | | | 0 | | select,insert,update,references | | is_root | int(11) | | | 0 | | select,insert,update,references | +-------------+--------------+------+-----+---------+----------------+---------------------------------+
便利だ。
♭ [Bio] Reactome - a knowledgebase of biological processes
CSHL、EBI と GO Consortium の共同プロジェクト。 Genome Knowledgebase の発展型ということか。
2004-07-08 [長年日記]
♭ [P]
(07:12) ちょとはやいな。
(09:21) ちょとおそいな。
(10:10) 昨日から東京テレポート駅前に移動交番が数台とまっているし、警官がそこらを徘徊巡回している。なにかあるのかな。
(20:00) 銀座一丁目駅１０番出口で待ち合わせ。 大学のときのサークルのひとと会う。
♭ [Bio][eTOCs] NAR
- Variable and conserved elements of human ribosomes surrounding the mRNA at the decoding and upstream sites
- Dmitri Graifer, Maxim Molotkov, Valentina Styazhkina, Natalia Demeshkina, Konstantin Bulygin, Anna Eremina, Anton Ivanov, Elena Laletina, Aliya Ven'yaminova, and Galina Karpova
- Efficient downregulation of immunoglobulin {micro} mRNA with premature translation-termination codons requires the 5'-half of the VDJ exon
-
Marc Buhler, Alexandra Paillusson, and Oliver Muhlemann
PTC もの。
- Comparative genomics of the methionine metabolism in Gram-positive bacteria: a variety of regulatory systems
-
Dmitry A. Rodionov, Alexey G. Vitreschak, Andrey A. Mironov, and Mikhail S. Gelfand
アミノ酸代謝、核酸代謝の比較ゲノム、比較パスウェイ、比較システム解析はこれから盛んになるとおもわれます。
- A probabilistic model of 3' end formation in Caenorhabditis elegans
- Ashwin Hajarnavis, Ian Korf, and Richard Durbin
- Extending the classification of bacterial transcription factors beyond the helix-turn-helix motif as an alternative approach to discover new cis/trans relationships
- Sebastien Rigali, Maximilian Schlicht, Paul Hoskisson, Harald Nothaft, Matthias Merzbacher, Bernard Joris, and Fritz Titgemeyer
- One recognition sequence, seven restriction enzymes, five reaction mechanisms
-
Darren M. Gowers, Stuart R.W. Bellamy, and Stephen E. Halford
おもしろタイトル。
- Regulation of the large (~1000 kb) imprinted murine Ube3a antisense transcript by alternative exons upstream of Snurf/Snrpn
- Miguel Landers, Daria L. Bancescu, Elodie Le Meur, Claire Rougeulle, Heather Glatt-Deeley, Camilynn Brannan, Francoise Muscatelli, and Marc Lalande
Methods Online
- RNAPol-ChIP: a novel application of chromatin immunoprecipitation to the analysis of real-time gene transcription
- Juan Sandoval, Jose L. Rodriguez, Gema Tur, Gaetano Serviddio, Javier Pereda, Abdelhalim Boukaba, Juan Sastre, Luis Torres, Luis Franco, and Gerardo Lopez-Rodas
- A GFP-based assay for rapid screening of compounds affecting ARE-dependent mRNA turnover
- Don Benjamin, Marco Colombi, and Christoph Moroni
♭ [BioRuby] wiki.bioruby.org に Wikiスパム
Wikiスパムという言葉が適切かわかりませんが、07/02 に FrontPage にあやしげなURL文字列が多数書き込まれていました。 でも、書いたひとは RD の書式がわからなかったようで、リンクにはならず、たんなる文字列にとどまったいました。 それじゃ そのサイトの PageRank に影響しないんだよね。 残念でした。
2004-07-12 [長年日記]
♭ [P] NAR
(14:38) 時間がない雰囲気
(16:03) 腰がイタイ
(17:25) いまなら、いくつかの検索語で１ページ目にでてしまう、のが発覚。 ２ページ目でじゅうぶんですよ。 勘弁してくださいよ。
♭ [Bio] NAR moves to Open Access in 2005
DB Issue や Web Server Issue のビジネスモデルがうまくいったから、オープンアクセスに移行するようである。
投稿のコストはNARメンバーシップのある研究所からは$500-、そうでない場合は$1,500-となる。発展途上国からの投稿はほぼ $0 にディスカウントされる。 NARメンバーシップは１サイトで$2,459- 也。
♭ [Hoge] 京都銀行黄檗支店
今日から小幡支店に吸収されたようで、新生銀行のネット振込の事前登録振込先の銀行支店名が「小幡」になっていたが、口座番号が黄檗支店のときのままだったので、気がつかず振込をしたら、振戻された。 小幡支店でおなじ口座番号がつかわれていたら、しらない誰かに振り込むところでした。 そんなことはないだろうけど。
♭ [Bio] EMBnet がおもしろい
EMBnet.QuickGuide とか EMBnet.news は必見かもさ。
2004-07-13 [長年日記]
♭ [P] 梅雨明け、足がもげた
(11:30) A* とか MIT のとことかのひとに 3 秒ほどプレゼン。
(19:30) うつりそうになる。
(23:17) 3/29 の記憶をなんとかとりもどす。200403.html とかで。
(23:35) PowerBook G4 のゴム足が、右手前のゴム足が、無い。 がーん。
♭ [Mac] KL-E11をMac OS X でつかうユーティリティ
KL-E11 がつかえるようになる。 $15 のシェアウェア。
2004-07-14 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] PLoS Biology
- Talking Science, Ludmila Pollock
-
The Cold Spring Harbor Laboratory Oral History Collection presents interviews with over 80 leading scientists, drawn from the fields of molecular biology and genetics.
[PDF]
- Correction: Integrative Annotation of 21,037 Human Genes Validated by Full-Length cDNA Clones
-
ありゃ。
[PDF]
- Subcellular Localization of Frizzled Receptors, Mediated by Their Cytoplasmic Tails, Regulates Signaling Pathway Specificity
-
Jun Wu, Thomas J. Klein, Marek Mlodzik
Differential subcellular localization of Fz1 and Fz2 receptors contributes to signaling specificity within the Wnt/Fz signaling pathways. [Full-text|PDF]
♭ [Bio] godatabase 200407 に更新
6月15日あたりを参考に更新する。 とりあえずログ。
$ curl -O http://www.godatabase.org/dev/database/archive/latest/go_200407-seqdb-tables.tar.gz $ curl -O http://www.godatabase.org/dev/database/archive/latest/DATESTAMP $ curl -O http://www.godatabase.org/dev/database/archive/latest/README $ tar zxvf go_200407-seqdb-tables.tar.gz $ cd go_200407-seqdb-tables $ echo "DROP DATABASE go;" |mysql -uroot -p $ echo "CREATE DATABASE go;" | mysql -uroot -p $ cat *.sql | mysql -uroot -p go $ mysqlimport -uroot -p -L go *.txt
数時間で終了。
2004-07-15 [長年日記]
2004-07-16 [長年日記]
♭ [Bio] needle と stretcher
ホモロジーを調べるのに、グローバルアライメントする必要があり、EMBOSS のドキュメントをよんでいた。 おもしろい。
EMBOSSのドキュメントでセミナーをするのもいいなとおもった。 きちんとリファレンスもひいているし、なにより実装がある。 Bioinformatics の歴史もどんな問題があるのかも、ちょっとわかる。
いままでつかっていなかったのだが、そのわけは、オプションがわかりにくいと感じていたことにある。 単にGNU風の -h,--help のようなオプション記法を期待していただけだけど。 ただ、needle -help -verbose が needle -h -v でもでるのはいいのだけど、なぜに標準エラー出力なのだろうか。
出力をパーズする EMBOSS::Stretcher::Report とかつくってみた。
rep = EMBOSS::Stretcher::Report.parser(ent) p rep.aligned_sequences #=> ["F262_HUMAN", "F263_HUMAN"] p rep.percent_similarity #=> 77.7 puts rep.alignment
2004-07-20 [長年日記]
♭ [T] のぞみ 108 号 07:34
06:00 起床。
06:10 出発。
浄土寺バス停まで徒歩。
17 系統京都駅行きは 06:20, 50 だった。
06:20 のはすでにいったあとだったので、反対車線側から 5 系統京都駅行きにすることに。
こちらから 06:33 にのる。
07:10 ごろ京都駅到着。17系統よりやや時間がかかるようである。
二本早い 07:16 ののぞみに間に合いそうだったけど、席がなかった。残念。
一つ早い 07:26 のも良い席はなかったので、変更しなかった。
07:34 乗車。
指定席は東京側最前列 12 号車 20A。
「電源コンセントのある席」というリクエストで席をとったのに、業務用のしかなかった。
田町のみどりの窓口の中の人、ゆるすまじ。
しかも、A という席は 3 人がけの窓側なので、荷物が多いとちょとのりにくい。
09:50 に品川駅に到着。 京浜東北線で大井町へ移動。 大井町で 09:56 新木場行きのりんかい線にのりかえ。 東京テレポートでおりて、10:20 のバスを炎天下のなか待つ。
2004-07-21 [長年日記]
♭ [BioRuby] cvs ci lib/bio/db/embl.rb lib/bio/db/embl/sptr.rb lib/bio/appl/psort.rb
lib/bio/db/embl.rb
bioruby-ja で報告のあった RG 行対応。 <URL:http://kr.expasy.org/sprot/relnotes/sp_news.html> 参照。
lib/bio/db/embl/sptr.rb
同じく、RG 行対応。 GN 行とか、CC 行とかたぶん、うまくいっていないとこ満載の予感。 GGBB。
テストスクリプトを若干変更。 RuntimeError がおこってとまらないようにした。
ruby stpr.rb uniprot_sprot.dat |egrep '^RuntimeError'
で、例外の発生するエントリが拾えるようになる。 現リリースの uniprot_sprot.dat では real 337m user 226m sys 24m @Pen4 3.00GHz でした。
lib/bio/appl/psort.rb
CGI の引数をつくる arg_join に key=value の組を結合する文字を引数で指定できるようにした。 いままではメソッドのなかで決めうちしていたものを、デフォルト値で設定して、そとから変更できるようにした。 現行の psort.cgi は '&' で決めうちなので、 ';' をつかうとうまく動かない。 きっとCGI.pmとかつかわないでがんばっているのでしょう。
2004-07-22 [長年日記]
♭ [Bio] COE
- 平成１６年度「２１世紀ＣＯＥプログラム」審査結果について (MEXT)
- 学術振興会：世界トップ級の研究拠点 新たに２８件を支援 (毎日新聞)
♭ [Bike] キャリアが届いた
イギリスにいったドイツの人にたのんだFrogのリアキャリアが届いていた。 ６月中順にはつくはずだったのだが、なかなか届かないので事故がおこったのか、船便になったのか、トレースしようとしていたのだった。
届いた箱には「税関検査のため開披され 再度梱包されました。Opened and packed for customs clearance」とな。 開けるとアルミ製のリアキャリア一式とお土産ものが二つ。お土産物は200mlくらいのサイズの瓶。きっとX線で透過したときにあやしげだったのだろう、と想像にがたくない。
早速、リアキャリアを取り付けてみる。 ドイツ語のマニュアルがついているが、写真以外はドイツ語が使われていることしか読み取れなかった。 写真をみればなんとなくわかったような気がしたので、組み立てる。 どう考えても一部のパーツの裏表が逆なものがあり困ったが、力技でまげて押し込んだ。 荷台面が水平になるように組んでみた。
畳んだときにどうなるか見てみる。 水平に組むと、後ろはしだけが接地するのがわかった。 やや据わりが悪い。 この事実から推測するに、マニュアルのTipps zur Gepaecktraegernutzungのことろは、そのことにふれているようである。 荷台の後ろを下げて組む写真があり、それだと、おそらく、折り畳んだときに荷台全体で接地できるのであろう。 後ろはしには例によって車軸目的っぽいパイプが設定されているので、ローラーブレードの車輪をつけていきたいとおもったり。
2004-07-23 [長年日記]
♭ [P] うなぎ
(11:57) 画像を10kにするのは難しい。
(18:49) 結局、Adobe ImageReady 2.0 でやってしまった。
(19:02) 移動。 ゆりかもめでテレコムセンターから新橋、銀座線で日本橋、東西線で茅場町。
♭ [Mac] Apple Store Mac、iPod 下取りサービス
5000円未満を5000円に切り上げとか。
2004-07-24 [長年日記]
♭ [P] iPod mini 発売
(07:10) 頭痛い。
(12:30) アイスコーヒーを仕込む。
(14:00) 恵比寿駅前のモンベルで旅行用の物品を購入。 レンズケースなどなど。
(14:30) 高輪郵便局へ、不在郵便物を回収。
♭ [Mac] Apple - Call for Applications
Mac OS X に移植してほしい科学工学系アプリケーションのアンケート。 たとえば、SpotFire とかかな。
♭ [Bio][eTOCs] J. Proteome Res
- Characterization of Low Abundant Membrane Proteins Using the Protein Sequence Tag Technology
- Thorsten Prinz, Jörg Müller, Karsten Kuhn, Jürgen Schäfer, Josef Schwarz, and Christian Hamon
2004-07-25 [長年日記]
♭ [P] 散髪
(07:10) ねもい。
(07:50) アイスコーヒーは上出来。
(12:10) ベーグル買い出し。
(12:30) 新星堂で試聴盤に二枚トラップされる。
(15:00) 白金台のドーナツ屋は今日も盛況
(15:31) Powerbook G4 のオーディオ出力から音が出なくなった。 CD聞けないじゃん。orz
♭ [Mac] 再起動したらなおりました。
幾重もの screen をたたんでちょうど再起動中につっこみメールがPHSに。 再起動後は通常とおりにおとがでました。
音がでなくなったのは今回がはじめてです。 そのまえにあったイベントとしては、はじめてClassic環境を起動したことが。 それが関連あるかなー、とおもっていたり。
♭ [Hoge] 今日のCD
なんとなく村治佳織の新譜を試聴して、ポップスっぽい曲がおおくてなんかいいや、とおもって、ほかの試聴盤を聞き出した。
声がききたくなったというか、そんなかんじ。
2004-07-26 [長年日記]
♭ [P] TM
(02:44) 煮詰まらない。
(03:20) そとから投げれる smtp サーバがないことに気がついた。 かつてはスカスカだった某所ももうつかえない。 ん、localhostにいれればいいのか？
(04:30) 視覚野がおかしくなりつつ。 ウェブブラウザのうえの文字がたまに隠れたり逃げたり。
(10:50) むむむ。
(14:40) リムジンバス予約。 予約番号 3184。 2,700円なり。 06:50 までにつくこと。
(16:40) 「バランスシート」みせてみ。
(19:10) なゼか渋谷にいるし。 0.8 コンバータを手にとったり戻したり。 気がついたら NC11 と電波時計を確保。 肝心の GBK 用コンセント変換は忘却の彼方へ。
♭ [T] 成田行きのリムジンバス
品川・恵比寿地区のホテルだと、ウエスティンが最寄りだな。 06:00 と 06:30 のどちらかにしよう。 所要時間 110 分。 大人片道 3,000 円。 ちょっと高め。
駅探によると、京成で行くと、
白金高輪 6:06発 − 成田空港(空港第２ビル) 7:56着 乗り換え回数：2回 所要時間：1時間50分 料金：1210円 ●白金高輪 ｜ 6:06発 ｜ 都営三田線(普通)3分 ｜ △6:09着 ○三田(東京) ｜ 6:16発 ｜ 都営浅草線(普通)20分 ↓押上 ｜ 京成押上線(普通)8分 ｜ △6:45着 ○青砥 ｜ 6:59発 ｜ 京成本線(特急)57分 ｜ △7:56着 ■成田空港(空港第２ビル)
安いな。 乗り換えでスーツケースを持ったり持ち上げたりするのでもいいならこっちか。
前日から準備してお台場にとまっていくなら、メリディアンからバスってのが定番らしい。
♭ [R] チャーノフの顔グラフ
ちょっと一部で話題になったりならなかったり。 論文で使ったら神だよな。 「このクラスターは笑っている。クラスター（わらい）」とか。
2004-07-27 [長年日記]
♭ [P] 準備
(04:00) 起床。準備をはじめる。ごそごそ。
(08:50) 生ゴミ処分し忘れた。orz
(09:30) 音が割れる音源発見。E2c だとわれなかった。さすが。
(10:10) 機能から見つからなかったFZ2の電池の充電器のありかを突然思い出す。
(11:54) だれか、履歴書交換用のXMLでのフォーマットをつくってくれ。
(20:20) がーん。 帰ってしまわれた。
♭ [BioRuby] PSORTb へのアクセス
ワシントン大のなかのひとから、lib/bio/appl/psort.rb を見た上での問い合わせメールがきた。 PSORTb にスクリプトでアクセスしたいけど、なんか情報ある？みたいな。
PSORTb のクライアントはそのうち作るつもりだったので、ちょっと見てみた。
Form をおいかければ難なくつくれそうだけど、なぜか Net::HTTP でうまく結果がかえってこない。 400 Bad Request がかえってくる。 元ソースを改変して、GET でとれることは確認したので、先はみえたところで時間切れ。
♭ [Bio][Bi] CD-HI/CD-HIT
類似配列をクラスタリングして、タンパク質配列のデータセットサイズを小さくするツール。 いわゆるnon-redundant化をするもの。 2004-02 から Bioinformatics.org でオープンソース化してホスティングされていた。
♭ [BioRuby] クラス名の列挙
bioruby/lib に cd してから、
$ find . -name "*.rb" |xargs egrep '^ *(module|class)' | ruby -e 'fl=[];fh={}; $<.read.split(/\n/).each do |x| a = x.split(/:/);fl << a[0];fl=fl.uniq; begin; fh[a[0]] << a[1]; rescue NameError; fh[a[0]] = [a[1]];end; end; fl.each do |x| puts "\n\n#{x}"; puts fh[x].join("\n") ; end' |less
./bio/alignment.rb
module Bio
class Alignment
module GAP
module_function
module_function
./bio/appl/alignfactory.rb
module Bio
class AlignFactory
./bio/appl/blast/format0.rb
module Bio
class Blast
module Default
class Report #< DB
class Report_TBlast < Report
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