ヽ(´ー｀)ノ
2004-05-01 [長年日記]
♭ [Bio] 報道（４）
- BioNews from nature Japan - 遺伝学 ：膨大なヒト遺伝子情報データベースの公開 国立遺伝学研究所の五條堀孝たちが推進
♭ [Bio][eTOCs] BioMedNet
TiG
Genomic analysis of essentiality within protein networks Haiyuan Yu, Dov Greenbaum, Hao Xin Lu, Xiaowei Zhu and Mark Gerstein, Trends in Genetics, (April 23, 2004), 10.1016/S0168-9525(04)00101-5
- ガーシュタインのとこ。
♭ [Bio][eTOCs] BIOINFORMSTICS 20(7)
Effects of choice of DNA sequence model structure on gene identification accuracy, Rajeev K. Azad and Mark Borodovsky, Bioinformatics 2004 20: 993-1005.
-
Measuring the similarity of protein structures by means of the universal similarity metric, N. Krasnogor and D. A. Pelta, Bioinformatics 2004 20: 1015-1021.
-
Genes@Work: an efficient algorithm for pattern discovery and multivariate feature selection in gene expression data, Jorge Lepre, J. Jeremy Rice, Yuhai Tu, and Gustavo Stolovitzky, Bioinformatics 2004 20: 1033-1044.
-
Good spaced seeds for homology search, Kwok Pui Choi, Fanfan Zeng, and Louxin Zhang, Bioinformatics 2004 20: 1053-1059.
-
Statistically rigorous automated protein annotation, Werner G. Krebs and Philip E. Bourne, Bioinformatics 2004 20: 1066-1073.
- 厳格なアノテーション。
Large-scale assessment of the utility of low-resolution protein structures for biochemical function assignment", Adrian K. Arakaki, Yang Zhang, and Jeffrey Skolnick, Bioinformatics 2004 20: 1087-1096.
-
SPI: a tool for incorporating gene expression data into a four-dimensional database of Caenorhabditis elegans embryogenesis, Yohei Minakuchi, Masahiro Ito, and Yuji Kohara, Bioinformatics 2004 20: 1097-1109.
- 4次元データベース。
Confirmation of data mining based predictions of protein function, Ross D. King, Paul H. Wise, and Amanda Clare, Bioinformatics 2004 20: 1110-1118.
- データマイニング。
Predicting rules on organization of cis-regulatory elements, taking the order of elements into account, Goro Terai and Toshihisa Takagi, Bioinformatics 2004 20: 1119-1128.
- キター。 rules of organization ってかっこいいですね。
Predicting subcellular localization of proteins in a hybridization space, Yu-Dong Cai and Kuo-Chen Chou, Bioinformatics 2004 20: 1151-1156.
- 局在予測系。 GO のアノテーションと機能ドメイン組成、（疑似）アミノ酸組成からえられる情報を利用して、Nearest Neighbor 法でタンパク質の局在化部位を予測。 ジャックナイフテストにおいて、Plant データで 86%、Non-plant データで 91.2% の正答率。 著者にリクエストすると、ソフトウェアが入手できる。
Gene structure prediction from consensus spliced alignment of multiple ESTs matching the same genomic locus, Volker Brendel, Liqun Xing, and Wei Zhu, Bioinformatics 2004 20: 1157-1169.
- EST とゲノムから遺伝子構造予測。
2004-05-03 憲法記念日 [長年日記]
♭ [P] 京都
(12:30)ワールドコーヒーで Sitio Bom Destino という豆を 200g。
(13:20) hiroyuki でイチゴショートケーキと赤飯。
(14:33) ボチボチ始動。
(23:47) AirH"PHONE 経由では IRC がしばしば ping time-out します。
♭ [BioRuby][Bi] BARF: Bioinformatics aggregated RSS feeds
BioRuby と NCBI EUtils ウェブサービスをつかった新着論文のRSS feeds。 BIOINFORMATICS誌の最新エントリ はこんなかんじ。
2004-05-04 [長年日記]
♭ [Bi] Bioinformatics related Ads by Google
Google AdSense に Bioinformatics 関係がでていた。
Silicon Genetics Scalable bioinformatics tools Visualize, analyze, discover www.silicongenetics.com
シリコンジェネティクスの可視化ツール。
Bioinformatics Complete, optimal systems for rigorous sequence analysis. www.paracel.com
DPマシンのパラセル。
Genome Browser Training Online and onsite training on U.C.S.C. Genome Browser www.openhelix.com
UCSC ゲノムブラウザーのトレーニングなんてあるのですね。 しかもオンライン／オンサイトトレーニングですよ。
Hot bioinformatics jobs from top employers and useful career editorial free online www.naturejobs.com
ネイチャージョブスの広告。 これは、広告媒体としてネイチャー誌の広告という広告費用のサイクルが垣間みられます。
そのうち、論文を書いたひとが、論文をより多くの潜在的に関心をもつひとにみてもらうために、Google AdSense に自分の論文を広告としてのせるかも。 もうやっているかも。 むしろ、著者でなく、出版社がやるかも。 nature press とか Cell press とか。
2004-05-05 [長年日記]
♭ [P] 京都
(16:00) 出町ふたばでちまき、柏餅、豆餅を買って、賀茂川べりでたべる。 ふたばは、葵のふたばが由来だった。 下鴨神社にゆかりがあるのか。
(16:20) 賀茂川ぞいでバーベキューをしている集団のかたわらに BD-Frog を発見。 走っているの初めて見ましたよ。
(23:00) ふるい Library 消したら古い keychain がなくなった。 しまった。あちこちログインできなくなっちまった。
♭ [Bio][eTOCs] Genome Res 14(5)
Article
- The Functional Genomic Distribution of Protein Divergence in Two Animal Phyla: Coevolution, Genomic Conflict, and Constraint, Cristian I. Castillo-Davis, Fyodor A. Kondrashov, Daniel L. Hartl, and Rob J. Kulathinal, Genome Res. 2004;14 802-811
- タンパク質の発散性
♭ [Bio][eTOCs] J. Biol. 186(10)
- -1 Frameshifting at a CGA AAG Hexanucleotide Site Is Required for Transposition of Insertion Sequence IS1222, Nina Mejlhede, Patricia Licznar, Marie-Francoise Prere, Norma M. Wills, Raymond F. Gesteland, John F. Atkins, and Olivier Fayet, J. Bacteriol. 2004;186 3274-3277
- フレームシフトとISのトランスポジション。
- Signal Transduction Cascade between EvgA/EvgS and PhoP/PhoQ Two-Component Systems of Escherichia coli, Yoko Eguchi, Tadashi Okada, Shu Minagawa, Taku Oshima, Hirotada Mori, Kaneyoshi Yamamoto, Akira Ishihama, and Ryutaro Utsumi, J. Bacteriol. 2004;186 3006-3014
- 大腸菌の二成分系のシグナル伝達系カスケード。
♭ [T] 駅前探険倶楽部 検索条件 2004年05月06日8:00 到着 出町柳駅→大阪空港駅
乗り換え案内結果 出町柳 6:34発 − 大阪空港 7:56着 乗り換え回数：4回 所要時間：1時間22分 料金：940円 ●出町柳 ｜ 6:34発 ｜ 京阪本線(急行)6分 ｜ △6:40着 ○四条(京阪) ｜ 6:40発 ｜ 徒歩6分 ｜ 6:46着 ○河原町(京都) ｜ 6:53発 ｜ 阪急京都本線(通勤特急)21分 ｜ △7:14着 ○高槻市 ｜ 7:20発 ｜ 阪急京都本線(急行)8分 ｜ △7:28着 ○南茨木 ｜ 7:32発 ｜ 大阪モノレール(普通)24分 ｜ △7:56着 ■大阪空港
四条河原町まではバスでいく予感。
2004-05-06 [長年日記]
♭ [P]
(10:41) 着。ちょと遅い。
(18:10) ま じ で す か い。
(21:20) あと 48 時間がんばれ。
(22:07) 某アカウントは五月末にロックされるらしい。 ホームは年度末に消えるらしい。 合掌。
♭ [Bio] The Scientist :: Open-access journals rank well
The 58 open-access medical journals that receive impact factors fell, on average, at the 40th percentile of all medical journals, with all but 11 ranking higher than the 10th percentile. For life sciences journals, the 37 open-access journals were ranked, on average, at the 39th percentile.
ISI による過去２年のインパクトファクターが公表され、オープン・ジャーナルといままでのジャーナルで差はないという結果。
2004-05-07 [長年日記]
♭ [Bio] NucPred - Predicting Nuclear Localisation of Proteins
5/13 に NucPred の Dr. Bob MacCallum (Stockholm Bioinformatics Center) がセミナーにきます。 このかたは、ソントンのところで学位をとられたそうです。 PerlGP とかオープンソースなものもつくっています。
♭ [Bio] KEGG/DAS Server
だす。 PATHWAY とかの情報が こんなふうに GBrowse でみれる。 GMOD Meeting Agenda に片山さんのプレゼン資料ありマス。
2004-05-08 [長年日記]
♭ [P]
(18:10) 髪を切る。 ドリンクサービスとかハンドマッサージとか、リピーター率をあげるための経営努力に目頭が熱くなる。
(19:34) 郵便受けのものが消えている。
(20:30) ぽかーん。
♭ [CS] The MMM Project - ツール調査
Meta-Model Management というプロジェクトの中のオントロジー関係のツールのページ。 DAG-Edit がある。
♭ [Mac] Carbon Emacs CVS 20040508版 --- インライン変換対応パッチ 適用済み
にアップデート。 APLE と ruby-mode がうれしい。
2004-05-09 [長年日記]
♭ [Mac] sudo fink install sqlite
思い立ってインストール。
$ fink apropos SQLite Information about 2941 packages read in 6 seconds. libdbi-drivers-sqlite 0.7.1-1 SQLite driver for libdbi sqlite 2.8.5-11 Embedded SQL database sqlite-dev 2.8.5-11 Embedded SQL database sqlite-shlibs 2.8.5-11 Embedded SQL database $ sudo fink install sqlite
2004-05-10 [長年日記]
♭ [Bio][Bi] Online Lectures on Bioinformatics
所用で Affine gaps について調べていたら発見。 ドイツ製。 練習問題付き。
♭ [OS] Emacs で word count
google://word count emacs をみると、わりとよくある疑問らしい。なぜないのかと。
- shell-command-on-region で済ます。
- M-x shell-command-on-region で wc -w
- word-count-mode
- モードラインに CC/WW/LL と表示するマイナーモード。 いいかも。
2004-05-11 [長年日記]
♭ [P]
(09:52) 朝はしばしば遅れるものなのですね。
(17:28) タイポすぎると思うんだな。
(18:53) 今日から ty 氏が隣のブースにやってきた。
(20:15) むむ、検索されてる。
♭ [Bio] BioMOBY - MOBY Releases
リファラにBioMOBYがあったので、cvs でとってみた。 open-bio.org なのね。 ありがとーリファラ。
♭ [R] #!/usr/bin/R は素直には不可
環境変数のからみです。 r-helpの投稿 によるとこうするといいそうである。
$ cat /tmp/test.R #!/bin/sh tail +3 "$0" | R --vanilla --args $@ ; exit $? x <- 2+2 x ls() print(x) commandArgs()
なるほど。
むりは承知でやってみると、
$ cat /tmp/hoge.R #!/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R.bin x = 1 + 2 x $ /tmp/hoge.R Fatal error: R home directory is not defined Bus error
こうなる。 ちなみに、 #!/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R でためすともっと惨いことになるけど以下略。
♭ [Bio] GeneOntology で検索の方へ
- 高井貴子 (2004) 生物学の機能概念オントロジー 人工知能学会誌 19(2):137-143
- GeneOntology の解説記事。
♭ [Bi] 私のブックマーク「バイオインフォマティクス」 人工知能学会誌 19(2)
佐藤賢二さんの。
2004-05-13 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] NAR 32(8)
- Predicting transmembrane beta-barrels in proteomes, Henry R. Bigelow, Donald S. Petrey, Jinfeng Liu, Dariusz Przybylski, and Burkhard Rost, Nucl. Acids. Res. 2004 32: 2566-2577.
- ロスト＠コロンビア大学。 βバレル型膜タンパク質のプロテオオーム解析。
♭ [Bio] 「近隣結合法の開発とその後の発展」斎藤成也（国立遺伝学研究所）
これは面白そうです。
＜日時＞ ５月21日（金）14：45〜15：45
＜場所＞ 横浜市立大学・木原生物学研究所 ３階ホール 木原記念横浜生命科学振興財団 （http://www.city.yokohama.jp/me/kihara/index.html） ＪＲ戸塚駅から，横浜市営地下鉄で１駅の「舞岡」下車後，徒歩１０分。 あるいは， ＪＲ横浜駅から，横浜市営地下鉄で２５分間ほど乗って「舞岡」下車後，徒歩１０分。
「近隣結合法の開発とその後の発展」 斎藤成也（国立遺伝学研究所） 講演要旨 生物進化の根本は，遺伝子の自己複製とそこに蓄積する突然変異である。この 両者があいまって，遺伝子の系統樹が生まれる。このため，遺伝子系統樹の復 元は，生物進化の研究で重要な一要素である。従来は遺伝子の進化を専門に扱 う分子進化学の領域で多くの遺伝子系統樹が作成されてきたが，現在では分子 生物学全体やゲノムの研究でも，膨大な数の遺伝子系統樹が生成されている。 これらの生成には様々な種類の系統樹作成法が使われているが，近隣結合法は そのひとつである。テキサス大学ヒューストン校在学中に開発し，Ph.D.論文 （Saitou, 1986）の一章を形成したものであるが，学術雑誌に発表して以来 （Saitou and Nei, 1987）16年以上経過した現在でも，さいわい世界中で多数 の研究者がこの方法を利用している。今回の講演では，私がどのようにして近 隣結合法を「発見」したのかについて，歴史的な経緯を含めてお話しする。ま た，近隣結合法と他の方法を比較し，その長短を論じるほか，この方法を含む 関連手法のその後の発展を，私なりに概観してみたい。
(from evovle:11560)
♭ [Hoge] 京ポン予約できず
「さくらやは全店閉め切りました。次回入荷は未定です。」がーん。
気をとりなおして、他の店へサーベイを広げる。 「予約にはご来店の必要があります」に、うなった。 ついに、サンテレコムジャパン田町で予約確保。 なぜか量販店より安めの7800円＋消費税だった。
2004-05-14 [長年日記]
♭ [Hoge]京ぽんからこんにちは
開店10分前にバスで到着。 一番のりだったので、機種変は15分ですむ。 そのあいだに、５人やってきた。 そのうちの一人は予約無しだった。 あるところにはあるものだ。
♭ [Bio] SOFA is frozen.
Sequence Ontology Feature Annotation (SOFA) がリリースされました。
- Release 1 is avalable at <URL:http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=72703&package_id=118027>
(from SO-devel)
♭ [Hoge] 京ポン解析
USB Prober のBus Probeの結果。
横幅がありすぎるので、ちょっと編集して縮めました。
Full Speed device @ 2 (0x1B100000): .................. Vendor-specific device: "Modem driver for Kyocera PS"
Device Descriptor
Descriptor Version Number: 0x0110
Device Class: 255 (Vendor-specific)
Device Subclass: 255 (Vendor-specific)
Device Protocol: 255
Device MaxPacketSize: 8
Device VendorID/ProductID: 0x0482/0x0203 (Kyocera Tech. Development, Inc.)
Device Version Number: 0x0100
Number of Configurations: 1
Manufacturer String: 1 "Kyocera Corporation"
Product String: 2 "Modem driver for Kyocera PS"
Serial Number String: 3 "350214000174923"
Configuration Descriptor
Total Length of Descriptor: 206
Number of Interfaces: 6
Configuration Value: 1
Attributes: 0xC0 (self-powered)
MaxPower: 0 ma
Interface #0 - Communications-Control
Alternate Setting 0
Number of Endpoints 1
Interface Class: 2 (Communications-Control)
Interface Subclass; 136
Interface Protocol 1
Comm Class Header Functional Descriptor
Raw Descriptor (hex) 0000: 05 24 00 10 01
Comm Class Call Management Functional Descriptor
Raw Descriptor (hex) 0000: 05 24 01 03 01
Comm Class Abstract Control Management Functional Descriptor
Raw Descriptor (hex) 0000: 04 24 02 06
Comm Class Union Functional Descriptor
Raw Descriptor (hex) 0000: 06 24 06 00 01 02
Comm Class Reserved Functional Descriptor (17)
Raw Descriptor (hex) 0000: 06 44 11 01 01 C0
Comm Class Reserved Functional Descriptor (18)
Raw Descriptor (hex) 0000: 06 44 12 01 90 91
Endpoint 0x81 - Interrupt Input
Attributes: 0x81 (IN)
Attributes: 0x03 (Interrupt)
Max Packet Size: 16
Polling Interval: 16 ms
Interface #1 - Communications-Data/Unknown Comm Class Model
Alternate Setting 0
Number of Endpoints 2
Interface Class: 10 (Communications-Data)
Interface Subclass; 0 (Unknown Comm Class Model)
Interface Protocol 0
Endpoint 0x82 - Bulk Input
Attributes: 0x82 (IN)
Attributes: 0x02 (Bulk)
Max Packet Size: 64
Polling Interval: 0 ms
Endpoint 0x03 - Bulk Output
Attributes: 0x03 (OUT)
Attributes: 0x02 (Bulk)
Max Packet Size: 64
Polling Interval: 0 ms
Interface #2 - Communications-Data/Unknown Comm Class Model
Alternate Setting 0
Number of Endpoints 0
Interface Class: 10 (Communications-Data)
Interface Subclass; 0 (Unknown Comm Class Model)
Interface Protocol 0
Interface #2 - Communications-Data/Unknown Comm Class Model (#1)
Alternate Setting 1
Number of Endpoints 2
Interface Class: 10 (Communications-Data)
Interface Subclass; 0 (Unknown Comm Class Model)
Interface Protocol 0
Endpoint 0x85 - Isochronous Input
Attributes: 0x85 (IN)
Attributes: 0x01 (Isochronous)
Max Packet Size: 64
Polling Interval: 1 ms
Endpoint 0x06 - Isochronous Output
Attributes: 0x06 (OUT)
Attributes: 0x01 (Isochronous)
Max Packet Size: 64
Polling Interval: 1 ms
Interface #3 - Communications-Control
Alternate Setting 0
Number of Endpoints 1
Interface Class: 2 (Communications-Control)
Interface Subclass; 136
Interface Protocol 1
Comm Class Header Functional Descriptor
Raw Descriptor (hex) 0000: 05 24 00 10 01
Comm Class Call Management Functional Descriptor
Raw Descriptor (hex) 0000: 05 24 01 03 04
Comm Class Abstract Control Management Functional Descriptor
Raw Descriptor (hex) 0000: 04 24 02 06
Comm Class Union Functional Descriptor
Raw Descriptor (hex) 0000: 05 24 06 03 04
Comm Class Reserved Functional Descriptor (17)
Raw Descriptor (hex) 0000: 06 44 11 02 60 C0
Endpoint 0x84 - Interrupt Input
Attributes: 0x84 (IN)
Attributes: 0x03 (Interrupt)
Max Packet Size: 16
Polling Interval: 16 ms
Interface #4 - Communications-Data/Unknown Comm Class Model
Alternate Setting 0
Number of Endpoints 2
Interface Class: 10 (Communications-Data)
Interface Subclass; 0 (Unknown Comm Class Model)
Interface Protocol 0
Endpoint 0x88 - Bulk Input
Attributes: 0x88 (IN)
Attributes: 0x02 (Bulk)
Max Packet Size: 64
Polling Interval: 0 ms
Endpoint 0x09 - Bulk Output
Attributes: 0x09 (OUT)
Attributes: 0x02 (Bulk)
Max Packet Size: 64
Polling Interval: 0 ms
Interface #5 - Communications-Control
Alternate Setting 0
Number of Endpoints 1
Interface Class: 2 (Communications-Control)
Interface Subclass; 136
Interface Protocol 1
Comm Class Header Functional Descriptor
Raw Descriptor (hex) 0000: 05 24 00 10 01
Comm Class Union Functional Descriptor
Raw Descriptor (hex) 0000: 04 24 06 05
Comm Class Reserved Functional Descriptor (17)
Raw Descriptor (hex) 0000: 05 44 11 05 02
Endpoint 0x87 - Interrupt Input
Attributes: 0x87 (IN)
Attributes: 0x03 (Interrupt)
Max Packet Size: 16
Polling Interval: 16 ms
2004-05-15 [長年日記]
♭ [Hoge] FreeBSDで京ポンをつかおう
'[bsd-usb:331] Re: USB to H" PHS Adapter' にあるような、決めうち作戦で、USBモデムとして認識できるそうです。 FreeBSD だけど。
♭ [Hoge] 京ポンをLinuxでつかう
http://hobby6.2ch.net/test/read.cgi/phs/1084609681/102
AH-K3001V 京セラH"/AirH"PHONE端末総合スレvol.121
102 ：非通知さん ：04/05/15 18:07 ID:et67rRq8
linuxからの PPP接続成功。(Vinelinux 2.6)
結局、usbserialでは、ATコマンドで遊ぶ程度なら問題ないが
PPP接続には、acmを使うしかないっぽい。
なので、acmドライバを改造。
/usr/src/linux/drivers/usb/acm.cの、
acm_probe関数の
524 if (cfacm->bNumInterfaces != 2 ||
を
524 if (cfacm->bNumInterfaces < 2 ||
に、
540 ifcom->bInterfaceSubClass != 2 ||
を
540 ( ifcom->bInterfaceSubClass != 2 && ifcom->bInterfaceSubClass != 0x88) ||
に、
最後に、acm_ids配列に、
654 { USB_DEVICE(0x0482, 0x0203) }, /* AH-K3001V */
を追加でいけました。
2004-05-16 [長年日記]
♭ [Hoge] 京ポン、Mac OS X で認識できた模様
http://hobby6.2ch.net/test/read.cgi/phs/1084643692/667
677 ：非通知さん ：04/05/16 11:51 ID:n2nEw+1A
昨日からMacOS Xのドライバ開発中のものです。
とりあえず、jermでAT@K10まで成功。
あと、コントロールパネルの“ネットワーク”での認識もOK。
ただ、まだデバッグ用のコードが残っているので、PPP接続自体は未成功。
ここまでくれば、あとちょっとで動きそうな感じ。
http://hobby6.2ch.net/test/read.cgi/phs/1084643692/806
806 ：677 ：04/05/16 12:19 ID:n2nEw+1A
デバッグコードを抜いて、PPP接続を試してみた。
一応、ISPへのダイアルまでは成功したけど、そのあとで接続失敗。
モデムスクリプトがないので、適当なので代用したのがいけなかったかな？
モデムスクリプトは自分で書いたことがないから、書き方わかんないなあ。
これから昼食作るので、とりあえず中断。
午後からモデムスクリプトの書き方調べて、再トライしてみます。
★Mac with AirH"Phone端末スレ★AH-J3001V/2V http://pc5.2ch.net/test/read.cgi/mac/1050247447/733
733 ：名称未設定 ：04/05/16 03:30 ID:/Kc+OU54
>>729
ネタか？
京ぽんのbInterfaceSubClassは0x88なんだから、0じゃ駄目だろ……
以下は、AppleUSBCDCDriverのバイナリを修正する手順。
条件は、
１、
$ md5 /System/Library/Extensions/IOUSBFamily.kext/Contents/PlugIns/AppleUSBCDCDriver.kext/Contents/MacOS/AppleUSBCDCDriver
が
MD5 (/System/Library/Extensions/IOUSBFamily.kext/Contents/PlugIns/AppleUSBCDCDriver.kext/Contents/MacOS/AppleUSBCDCDriver) = 11479ac7497e136a5de2d39ad729eb37
になるAppleCDCDriver(MacOSX 10.3.3)のみ可。
２、万が一Mac本体や京ぽんが壊れても文句言わない事
３、システムが起動できなくなっても自分で復旧できるスキルがある事
４、必ずバックアップを取る事。権限も忘れずに
５、bInterfaceSubClassがkUSBAbstractControlModelになってるところを
kIOUSBFindInterfaceDontCareにしてるだけなので、USB Communication
Device Classの他のデバイスが間違って引っかかる事に注意。(多分USB
EtherとかUSB Serialとか)
修正箇所は
0x12d1を0x41から0x01
0x14c5を0x41から0x01
0x162dを0x41から0x01
漏れは京ぽん持ってないので、人柱キボンヌ。
当たり前だが素人には絶対におすすめできない。
♭ [Bike] しばらく預ける
交換したテンショナーの調子が悪いので、店に預けた。 電話で不具合を説明したら、どうやら誤解されているようで、日本代理店に送ることになった。 車体自体に原因がある疑いがあるならそうなるのも理解できますが、今回の不具合の原因はテンショナーにSORAをつかったことだけに思えるので、無駄っぽい。
現物をみながらの説明はなかったので、状況説明は電話のみになる。 大丈夫かな。
♭ [Hoge] TIL: USB ベースの CDC モデムとの互換性を改善しました。
Mac OS X 10.2.3 Update にかのようなチェンジログがあったので、TellUs すれば Apple のほうでくみこんでくれるかもしれず。
ちなみに、CDC モデムとは USB Communications Device Class 仕様のモデムのこと。 CDC にはいくつかデバイスがあり、あれは ACM (Abstract Control Model) らしい。
さらに、USB接続のモデムのデバイスには、usbserial と ACM があるということか。 なんだか、SulipperX の存在理由がかいまみれたような気がしたのは気のせい？（意味不明）
2004-05-17 [長年日記]
♭ [P] 締め切り、krb、
(00:52) なんか反応わるいな。
(02:31) 5699w。32 refs。
(11:42) 今日はコーヒーがまずい。
(12:30) アキバによくいくのですか？ときかれた。いままで５回くらいしかいっていない人生です。
(19:32) 5675w。
♭ [Hoge] 夢をみた
どこかの住宅街を夜半すぎに、電動歯ブラシで歯を磨きながら歩いていた。 建物からひとがぞろぞろ出てきて、それが葬式かなにかの帰りらしいとおもった。 もう夜遅くなので、タクシーの乗り合い相手を探している人が何人もいた。 ひとの群れからにげるようにすすんでいくと、川にかかる橋についた。 そのとき口の中になにかはいっているような違和感があり、取り出してよくみると指だった。 右手をみると中指が根元からなくなっている。 冷えたら壊死してしまうとおもい、右手に中指を握りしめて、救急車を呼ぼうとするが、うまくボタンが押せない。
一家全員医者というひとにつれていかれる。 といっても、子供は子供で、父親がほかの医者（子供）の意見をはねのけてあやしい術を施した。 気がつくと、右手の中指はついていたが、金属のリングがふたつついていた。 「ダブルリング法です」といわれた。 神経がつながっていて、まがるが、全開と全閉しかできない。 リハビリが必要だとおもった。
そのあと、ハムスターを大きくしたようなよくわからない動物におわれつつ、yy氏に指をみせたら、中指がなくなっていた。 探しにいったときに、起きた。
♭ [Hoge]Mac OS Xドライバのベータテスト
http://hobby6.2ch.net/test/read.cgi/phs/1084762689/850
AH-K3001V 京セラH"/AirH"PHONE端末総合スレvol.127 850 ：655 ◆LHCLkmyEAo ：04/05/17 20:51 ID:cI3R7I0E MacOS X版のドライバの人です。すみません、戻ってきました。 それで、ドライバを公開する前に、まずは少数の限定配布でテストをしたいと思います。 というのは、カーネル機能拡張として組み込むことになるので、万一、クラッシュすると カーネルごと落ちてしまうからです。自分がテストしている分には、クラッシュする ことはなさそうですが、それでも一応、いろんな環境で動かしてみたほうがいいかと。 2〜3日間テストした上で、大きな問題がないことを確認してから一般公開とさせてください。 ベータテストに参加していただける方を募集します。メールお願いします。 捨てメアド公開します。 kyopon AT softhome DOT net 明日の昼12時で締め切ります。メールいただけた方の中から選考して、10名程度の方に お願いすることになると思います。 メールには、必ずテストに使用する予定のマシンやOSなどを記入ください。 期待いただいている方が多いようで、すみません。 もうちょっとだけお待ちください。
(メールアドレスを改変)
明日の昼まで受付だそうだ。その結果が良ければ23日でリリースとか。うひょー
2004-05-18 [長年日記]
♭ [P] ドラフト送り、ytn
(00:56) ぽちっ。485 + 50
(01:38) C-c C-c しました。ふう。
(13:22) 納期未定か…。
(17:07) ぽちっ。480 + 0
(16:43) ねがち部という活動を発見した。 セミナーでねたりねなかったりしたり。
(19:18) Safari.app が 178.23 MB も消費しています。
(20:10) 220 MB 超えました。
♭ [P] Bioconductor 1.4
proteomics と sequence analysis がおもしろそう。
SOME OF THE MAJOR UPGRADES FOR RELEASE 1.4: =========================================== -- Proteomics (PROcess, gpls, apComplex) -- Array CGH (DNAcopy, aCGH) -- Cell cycle analysis (GeneTS) -- Packages for lab assay analysis and management (prada) -- Agilent arrays handling in limma -- Annotation tools (Resourcer, GOstat, goTools, ontoTools) -- Improved interfaces (limmaGUI, affylmGUI, webbioc, -- MAGE file processing (RMAGEML) -- affymetrix processing: many improvements, gcrma, affypdnn (probe-dependent nearest neighbors), affyPLM (probe-level models). -- marray (next generation of the depreciated marrayClasses, marrayNorm, marrayPlots, marrayTools packages) -- General analysis tools (rama, qvalue, pickgene, EBarrays, impute, pamr, bim, ) -- QA/QC (arrayMagic, arrayQuality, LPE) -- sequence analysis (pairseqsim, Biostrings) -- interface to the GeneSpring data analysis program (GeneSpring) TOOLS: ====== The released packages include tools which facilitate: * annotation * data management and organization through the use of the S4 class structure * identification of differentially expressed genes and clustering * quality assurance and control * analysis of Affymetrix expression array data * diagnostic plots and normalization for cDNA array data * storage and retrieval of large datasets * user interaction widgets * sequence analysis * proteomics There are currently 81 packages, not including precomputed annotation data packages for Affymetrix GeneChips(tm) and prepackaged general annotation databases such as KEGG, GO, and LocusLink.
Annotation tools
- Resourcer
- TIGR リソーサラーからデータをとりだしたり、変換したりするパッケージ。
- GOstat
- GO アノテーションの解析パッケージ。 超幾何テストをするGOHyperG ってのがありました。 DAG の比較や操作が可能。 これはいいパッケージですね。
proteomics
- PROcess
- Ciphergen SELDI-TOF Processing。 質量分析処理パッケージ。
- gpls
- Classification using generalized partial least squares
- apComplex
sequence analysis
- pariseqsim
- Description: Pairwise sequence alignment and scoring algorithms for global,local and overlap alignement with affine gap penalty. アフィンギャップ付きグローバル、ローカル、オーバーラップのペアワイズアラインメントのパッケージ。
- Biostrings
- Description: Class definitions and generics for biological sequences along with pattern matching algorithms. パターンマッチアルゴリズム付き配列解析パッケージ。 DNASuffixArray というメソッドもある。
♭ [Bio] Bioconductor 1.4: Biostrings
example をちょっとみてみる。
$ cat biostrings.R library(Biostrings) example(DNASuffixArray)
こんなコードで DNASuffixArray の例をみる。
$ R --vanilla -s < biostrings.R
DNASfA> data("yeastSEQCHR1")
DNASfA> yeast1 <- DNAString(yeastSEQCHR1)
DNASfA> DNASuffixArray(substr(yeast1, 1, 30))
Object of class BioString with
Pattern alphabet: -TGCANBDHKMRSVWY
Values:
[1] C
[2] CCCACACACCCACACACCAC
[3] CCCACACACCAC
[4] CCAC
[5] CCACACCCACACACCCACACACCAC
[6] CCACACCACACCCACACACCCACACACCAC
[7] CCACACACCCACACACCAC
[8] CCACACACCAC
[9] CAC
[10] CACCCACACACCCACACACCAC
[11] CACCCACACACCAC
[12] CACCAC
[13] CACCACACCCACACACCCACACACCAC
[14] CACACCCACACACCCACACACCAC
[15] CACACCCACACACCAC
[16] CACACCAC
[17] CACACCACACCCACACACCCACACACCAC
[18] CACACACCCACACACCAC
[19] CACACACCAC
[20] AC
[21] ACCCACACACCCACACACCAC
[22] ACCCACACACCAC
[23] ACCAC
[24] ACCACACCCACACACCCACACACCAC
[25] ACACCCACACACCCACACACCAC
[26] ACACCCACACACCAC
[27] ACACCAC
[28] ACACCACACCCACACACCCACACACCAC
[29] ACACACCCACACACCAC
[30] ACACACCAC
DNASfA> x <- substring(yeast1, c(1, 16), c(15, 30))
DNASfA> x
Object of class BioString with
Pattern alphabet: -TGCANBDHKMRSVWY
Values:
[1] CCACACCACACCCAC
[2] ACACCCACACACCAC
DNASfA> DNASuffixArray(x)
Object of class BioString with
Pattern alphabet: -TGCANBDHKMRSVWY
Values:
[1] C
[2] C
[3] CCCAC
[4] CCCACACACCAC
[5] CCAC
[6] CCAC
[7] CCACACCCAC
[8] CCACACCACACCCAC
[9] CCACACACCAC
[10] CAC
[11] CAC
[12] CACCCAC
[13] CACCCACACACCAC
[14] CACCAC
[15] CACCACACCCAC
[16] CACACCCAC
[17] CACACCAC
[18] CACACCACACCCAC
[19] CACACACCAC
[20] AC
[21] AC
[22] ACCCAC
[23] ACCCACACACCAC
[24] ACCAC
[25] ACCACACCCAC
[26] ACACCCAC
[27] ACACCCACACACCAC
[28] ACACCAC
[29] ACACCACACCCAC
[30] ACACACCAC
Biostrings クラスからサフィックスアレーを作成している。
♭ [Bio] Bioconductor 1.4: pairseqsim
例をみてみる。
$ cat pairseqsim.R library(pairseqsim) example(salign)
こんなコードを動かすと、
$ R --vanilla -s < pairseqsim.R
Creating a new generic function for "levels" in "pairseqsim"
Creating a new generic function for "frequency" in "pairseqsim"
Creating a new generic function for "summary" in "pairseqsim"
salign> data(sequlist)
salign> data(EPAM110)
salign> res <- salign(sequlist[[1]], sequlist[[2]], EPAM110,
delta = -4, gapext = -1, alignment = "global")
salign> summary(res)
selfscore 1: 2389
selfscore 2: 738
alig lenght: 435
score : -37
FM(score) : -0.02786541
identity : 59 / 128
similarity : 97 / 128
At1g01010 M---EDQ-VGFGFRPNDEELVGHYLRNKIEGNTSRDVEVAISEVNICSYDPWNLRFQSKYK
| | : || ||| : | : | : | | |:|
At1g01020 MAASEHRCVGCGFRVK--SL---F----------------I-Q-----YSPGNIRL-----
At1g01010 KSRDAMWYFFSRRENNK-GNRQSRTTVSGKWKLTGESVEVKDQWGFCSEGFRGKIGHKRVL
| | || : | : | :| | | |::
At1g01020 -----M----------KCGN--CKE-V------ADEYIE-------C-E---------RMI
At1g01010 LVFLDGRYPDKTKSDWVIHEFHYDLLPEHQRTYVICRLEYKGDDADILSAY-AIDPTPAFV
::|: | :| | | | :: |: :| | ||:
At1g01020 IIFI----------D-LI-------L--H-RP----KV-YR----HVL--YNAIN------
At1g01010 VPNMTSSAGSVVNQSRQRNSGSYNTYSEYDSANHGQQFNENSNIMQQQPLQGSFNPLLEYD
| : : :
At1g01020 -P--------------------------------A------T-V-----------------
At1g01010 DFANHGGQWLSDYIDLQQQVPYLAPYENESEMIWKHVIEENFEFLVDERTSMQQHYSDHRP
| | |:: | || :: | :| : : | |
At1g01020 ---N---------I---QHL--L----------WK-LV---FAYL------LLDCY---R-
At1g01010 PKKPVSGVLPDDSSDTETGSMIFEDTSSSTDSVGSSDEPGHTRIDDIPSLNIIEPLHNYKA
:| :: : : || | |
At1g01020 ------SLLL---RKSD-------E-----E---SS-------FSD--S------------
At1g01010 AQEQPKQQSKEKVISSQKSECEWKMAEDSIKIPPSTNTVKQSWIVLENAQWNYLKNMIIGV
| |: : | | | | :::
At1g01020 ----P-------VL----------L---S--I-------K----V-----RSF--------
At1g01010 VLLFISVISWIILVG
|| |
At1g01020 --LF---NG---L-N
salign> res <- salign(sequlist[1:10], sequlist[[1]], EPAM110,
delta = -4, gapext = -1, alignment = "local", scoring = "score")
salign> hist(res)
salign> res <- salign(sequlist[1:10], NULL, EPAM110, delta = -10,
gapext = -1, alignment = "overlap", scoring = "pozitive")
salign> hist(as.numeric(res))
global なペアワイズアラインメントを PAM110 置換マトリクスで実行して、アラインメントを図示。 R のコンソールにアラインメントがでてくるのもなかなか趣きがある。 データベースサーチのようにしたアラインメントのスコア分布と総当たりのスコア分布を計算。
2004-05-19 [長年日記]
♭ [P]
(08:11) いつになくクラシック熱が高まり、10,000- 以上で 10% オフとかいってるのでしばし気を失ってしまいました。
(10:00) エアコン工事手配。 26 日に仮決定。
(11:01) ぎゃぽー。 超えているよ。
(12:30) 昼を未来科学館の社員食堂でとっていたら、大平さんがいた。 7月からのメガスターIIが楽しみである。
♭ [R] SciView R Console
Windows でうごく R の GUI。 HTML でのレポートエディタが付属していて、グラフや data.frame を自動的にその場で挿入できる。 Mathmatica の Note みたいな感じだったらいいな。 (from r-help )
2004-05-20 [長年日記]
♭ [P]
(00:05) とりあえずよんでいただけて、コメントが頂ける予感。
(02:10) 採択。予定の二倍ですか。
(17:07) みんな誤解していたよ。
(17:08) 1.5.7.20040514 になった。index.rdf まわりでエラーになりつつ。
♭ [Bio][eTOCs] Protein Sci 12(6)
- Scoring profile-to-profile sequence alignments
- Guoli Wang and Roland L. Dunbrack, Jr. Protein Sci 2004;13 1612-1626
- Database searching by flexible protein structure alignment
- Yuzhen Ye and Adam Godzik Protein Sci 2004 13 (7)
♭ [Bio][eTOCs] RNA 10(1)
- Regulation of splicing: The importance of being translatable
- ELANA MIRIAMI, RUTH SPERLING, JOSEPH SPERLING, and UZI MOTRO RNA 2004;10 1-4
- Latent splice sites and stop codons revisited
- XIANG H-F. ZHANG and LAWRENCE A. CHASIN RNA 2004;10 5-6
2004-05-21 [長年日記]
♭ [P] 嵐の予感。
(00:26) コメント。
(00:26) なおった。
(02:21) ファームアップ。
(11:46) カメラ側でスモールサイズ化して、Prevew.app で90度回転。 10000 バイトより大きい画像はアップロードできないのね。
(20:13) 蛙の修理が終わったと入電。
(21:30) 台風去って、別のがきた。
♭ [Hoge] AirH" Phone AH-K3001 USB Modem Driver
APSL 2.0 で配布開始されました。
♭ [Bio] mitochondrial inner membrane Graphical view on AmiGO 2.0
シンプルでいい。
♭ [Mac] sips で画像回転
90度時計周り
sips --rotate 90 file_name
sips -h にある --rotate degreesCW は clock wise ってことだ。
♭ [Bio] iprscan_v3.3 を iprscan/tmp/ 以下でつかうと merged.htm のリンクが不正になったり
css や画像のリンクが不正なので、ブラウザでみると真っ白（な灰）になっていて驚く。
画像は iprscan/www/images にあり、css は iprscan/www/ipa_style.css である。 merged.htm は cnk_*/Makefile によると、iprscan/bin/converter.pl が作っているので、みてみると、
my $http_image_path = "$CONFIG::Server_protocol:://$CONFIG::SERVER_NAME/iprs/images"; my $interpro_css = "$CONFIG::Server_protocol://$CONFIG::SERVER_NAME/iprs/ipa_styles.css"; ########### 07-10-03
となっているところを
my $http_image_path = "$CONFIG::IPRSCAN_DIR/www/images"; my $interpro_css = "$CONFIG::IPRSCAN_DIR/www/ipa_style.css";
とすると望みのとおりになった。
展開したディレクトリのなかで作業するのがあれなのかもしれない。
2004-05-23 [長年日記]
♭ [OS] 最適な日本語入力環境を発掘せよ
UNIX USER 2004 年 5 月号の特集のhtml版。 （from inside out）
♭ [Bio] 独立行政法人 理化学研究所 横浜研究所 ゲノム科学総合研究センター5周年記念講演会 "ゲノム科学の今後の展望"
2004-05-24 経団連ホールにて 09:30-18:00。
三田線大手町から徒歩かな。
2004-05-24 [長年日記]
♭ [Bio] EcoSal
1996 年刊行の Escherichia coli and Salmonella: Cellular and Molecular Biology. ASM Press のウェブ版。ウェブ版はまだまだ改訂中。すげぇ。
♭ [T] グラスゴー行き
安めの宿はもうない、らしい。
ISMBのhousing ではFULLであるが、同程度のは TravelWeb.com で探せばまだあるようである。 ということで、BOSC2004 からいくひとでルームメイト募集。
某旅行代理店に問い合わせる。
- JAL 217,000-
- カードで払える。予約後72時間以内に決済が必要。777 は最新型。
- 07-28
- 777: 10:20 (NRT) -- 18:40
- 744: 12:00 (NRT) -- 19:55
- 08-04
- 16:20 -- 15:30 (NRT)
- 777: 17:20 -- 16:30 (NRT)
- KLM 167,000-
- 安いところ。
- VA 195,000-
- 座席が広そう。
2004-05-25 [長年日記]
♭ [Bio] The Grid (General Repository for Interaction Datasets)
Yeast, Worm, Fly の相互作用ネットワークのデータベース。 蓄積されたネットワークは、Java でかかれたネットワークビューア Osprey で可視化。 GO や実験条件などによるフィルターが充実しているので、相互作用ネットワークを多角的に探索できる。 アカデミックフリー。 これはよくできているとおもった。
- The Grid: <URL:http://biodata.mshri.on.ca/grid/>
- Osprey screenshots: <URL:http://biodata.mshri.on.ca:80/osprey/servlet/Screenshots>
2004-05-26 [長年日記]
2004-05-27 [長年日記]
♭ [Bio] ISMB/ECCB 2004: Poster Abstracts
952 ポスターだって。 多過ぎるので、いろいろ心当たりのあるキーワードで検索してみるのが吉。 Win Hide のポスター探すつもりで Hide で検索したら、キーワードとしてはゆるすぎていろいろ想定外のものにマッチしたけど、それはそれであれだった。
♭ [Bio] KDRI の小原收氏のセミナー
キーワードを列挙するよ。 植物は大乗仏教、cDNAは小乗仏教／positional cloning された遺伝子は高頻度に multi domain proteins／HUGE／Rouge／Cell, subcellular localization／genome は空間性、時間性をすてている／Real-World Biological System／TF は 2D では検出できない。> 50 fmol/spot／暗黙知と形式知／スプライスバリアントみない／<URL:http://www.hprd.org/>／Gong, S. Nature 425:917
2004-05-28 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] NAR 32
- Gene mining: a novel and powerful ensemble decision approach to hunting for disease genes using microarray expression profiling
- Xia Li, Shaoqi Rao, Yadong Wang, and Binsheng Gong Nucl. Acids. Res. 2004 32: 2685-2694.
- Identification and functional validation of PNAs that inhibit murine CD40 expression by redirection of splicing
- Andrew M. Siwkowski, Leila Malik, Christine C. Esau, Martin A. Maier, Edward V. Wancewicz, Klaus Albertshofer, Brett P. Monia, C. Frank Bennett, and Anne B. Eldrup Nucl. Acids. Res. 2004 32: 2695-2706.
- Influence of structural variation on nuclear localization of DNA-binding polyamide-fluorophore conjugates
- Benjamin S. Edelson, Timothy P. Best, Bogdan Olenyuk, Nicholas G. Nickols, Raymond M. Doss, Shane Foister, Alexander Heckel, and Peter B. Dervan Nucl. Acids. Res. 2004 32: 2802-2818.
- Frequency of gaps observed in a structurally aligned protein pair database suggests a simple gap penalty function
- Nalin C. W. Goonesekere and Byungkook Lee Nucl. Acids. Res. 2004 32: 2838-2843.
- A protein-dependent riboswitch controlling ptsGHI operon expression in Bacillus subtilis: RNA structure rather than sequence provides interaction specificity
- Oliver Schilling, Ines Langbein, Michael Muller, Matthias H. Schmalisch, and Jorg Stulke Nucl. Acids. Res. 2004 32: 2853-2864. 最近はアテニュエーターなどのantiterminatorの制御関係をriboswitchというらしい。枯草菌のグルコースPTS輸送系オペロンは細胞内グルコース濃度によって発現を制御している。グルコースをリガンドとするRNA結合タンパク質が、5'側のterminatorあたりに結合したりしなかったりして、antiterminatorにしたりしなかったり。
- Identification of sparsely distributed clusters of cis-regulatory elements in sets of co-expressed genes
- Gabriel Kreiman Nucl. Acids. Res. 2004 32: 2889-2900.
- Activation of cryptic 3' splice sites within introns of cellular genes following gene entrapment
- Anna B. Osipovich, Erica K. White-Grindley, Geoffrey G. Hicks, Michael J. Roshon, Christian Shaffer, Jason H. Moore, and H. Earl Ruley Nucl. Acids. Res. 2004 32: 2912-2924.
- Quantitative analysis of highly parallel transfection in cell microarrays
- Sandrine Baghdoyan, Yoann Roupioz, Amandine Pitaval, David Castel, Elena Khomyakova, Alexandre Papine, Francoise Soussaline, and Xavier Gidrol Nucl. Acids. Res. 2004 32: e77.
2004-05-31 [長年日記]
♭ [P] 重量税納入期限
(02:14) 点と線。平成１６年度科学技術振興調整費の審査経緯および結果概要について。
(02:17) ねむれない。
(09:54) Odo 288.5, Sdt 5.34, Tm 0.26.43, Av 12.0, Mx 25.6。風が強い。
(12:54) 納入。
(13:48) Amazon からきた。
(17:57) きたー。
♭ [Hoge] お台場 BBQ 事情
- 潮風公園バーベキュー情報
- 潮風公園公式サイト #さっきまでみえなかったのは、OCN の障害の影響だったのだろうか？
Ω 坊農 [そーいえばGenome Res.の古い論文に右にGoogle Adsenseが入っておりました]
Ω hub [その例として、手前みそですが… http://www.genome.org/cgi/content/abstract..]
Ω なかお [アメリカだと、投稿論文って広告扱いでしたよね。 広告に広告つけているのか。]