ヽ(´ー｀)ノ
2004-04-01 [長年日記]
♭ [Hoge] 採集
Ensembl がどう出るか？火星からみと予想があったが、いかに。
- 3/32 http://homepage3.nifty.com/iromono/diary/200404A.html#01
- やばい http://kishoi.jp/YABi/
- ロケット http://yoneyuta.txt-nifty.com/blog/2004/04/frog.html
- いい日記 http://namazu.org/~satoru/diary/20040401.html
- ついにキタ http://www.biojoin.org/
- Hatena::Blog http://d.hatena.ne.jp/hatenadiary/20040401#1080779666
2004-04-02 [長年日記]
♭ [P] ノドカゼ
目黒駅での山の手線の人身事故の影響で、埼京線へひとはながれていた09:14。
忘れてしまった。
「やっちまった」系のあやまちを犯してしまった。 気がついたひとは、速攻気がつく。 気がつかない人は、一生気がつかない。 間違えた理由もよくわかる。 どうしてそうなっているのかは、機会があったら聞いてみよう。
♭ [Bio][eTOCs] J. Proteome Res.
The following ASAP articles were posted to the ACS Web Edition of Journal of Proteome Research on April 2, 2004.
Expanded Coverage of the Human Heart Mitochondrial Proteome Using Multidimensional Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry, Sara P. Gaucher, Steven W. Taylor, Eoin Fahy, Bing Zhang, # Soumitra S. Ghosh, and Bradford W. Gibson
2004-04-03 [長年日記]
♭ [Bike] 定期点検
新宿まで明治通りを一走り。 ついでに、サイクルコンピュータ CC-FR7CL と輪講カバー入れを装備。
リアキャリアが正規ルートで取り寄せられるか問い合わせをしてみる。 週明けに回答とのこと。
♭ [Bio] Medline Watch
リファラをたどって発見。 <URL:http://moult.carb.nist.gov/medlinewatch/?qkeylimit=Alternative%20Splicing> というようにキーワードから検索できるのか？ RSS フィードがあるのは今風。
♭ [Bio][eTOCs] peds
Prediction of protein-protein interaction sites using support vector machines, Asako Koike and Toshihisa Takagi, Protein Engineering, Design and Selection 2004 17: 165-173.
Distribution of proline-rich (PxxP) motifs in distinct proteomes: functional and therapeutic implications for malaria and tuberculosis, Beeram Ravi Chandra, Ramasamy Gowthaman, Reetesh Raj Akhouri, Dinesh Gupta, and Amit Sharma, Protein Engineering, Design and Selection 2004 17: 175-182.
2004-04-04 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] JB
Expression Islands Clustered on the Symbiosis Island of the Mesorhizobium loti Genome, Toshiki Uchiumi, Takuji Ohwada, Manabu Itakura, Hisayuki Mitsui, Noriyuki Nukui, Pramod Dawadi, Takakazu Kaneko, Satoshi Tabata, Tadashi Yokoyama, Kouhei Tejima, Kazuhiko Saeki, Hirofumi Omori, Makoto Hayashi, Takaki Maekawa, Rutchadaporn Sriprang, Yoshikatsu Murooka, Shigeyuki Tajima, Kenshiro Simomura, Mika Nomura, Akihiro Suzuki, Yoshikazu Shimoda, Kouki Sioya, Mikiko Abe, and Kiwamu Minamisawa, J. Bacteriol. 2004;186 2439-2448
Conserved Target for Group II Intron Insertion in Relaxase Genes of Conjugative Elements of Gram-Positive Bacteria, Jack H. Staddon, Edward M. Bryan, Dawn A. Manias, and Gary M. Dunny, J. Bacteriol. 2004;186 2393-2401
♭ [Bio] RefSeq Release 4
<URL:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/release/>
Accessions Basepairs/Residues Genomic: 59395 7814722784 RNA: 204589 360406103 Protein: 929473 318253841
変更点：新アクセッション接頭辞の追加。AP_ と YP_ はタンパク質レコードに使用。
2004-04-05 [長年日記]
2004-04-07 [長年日記]
♭ [Bio] UCSC Genome Browser: Mirror Instructions
kwg 氏におしえて頂いたページ。 MySQL のテーブルに 128Gb、/gbdb に 165Gb が最低限必要なディスクサイズなので、ミラーは断念せざるおえない。
♭ [OS] firefox からエディタを利用する方法
（Mew-dist より）
TEXTAREA の編集に外部エディタをつかいたいのであります。
Safari は Cocoa アプリだから Emacs ライクなキーバインディングがあるので、たいていなんとかなるような気がするけど、tDiary の更新フォームには accessKey が設定されているので、ちょっと不便。
2004-04-08 [長年日記]
♭ [RRb] ruby-rmathlib のベンチマークもどき
P4 3.0GHz のデスクトップでは
P4$ time ruby -rrmath -e 'p Rmath.rnorm(1000000)' > /dev/null real 0m5.901s user 0m4.950s sys 0m0.350s
G4 1GHz の Powerbook では
G4$ time ruby -rrmath -e 'p Rmath.rnorm(1000000)' > /dev/null real 0m20.348s user 0m17.470s sys 0m0.470s
およそ、2-3 倍の差がある。
ところが、Array の作成分をはぶくと差の比が減った。
P4 3.0GHz の場合
P4$ time ruby -rrmath -e 'Rmath.rnorm(1000000) {|x| }' > /dev/null
real 0m3.452s
user 0m2.610s
sys 0m0.570s
G4 1GHz の場合
G4$ time ruby -rrmath -e 'Rmath.rnorm(1000000) {|x| }' > /dev/null
real 0m5.699s
user 0m5.550s
sys 0m0.040s
ということは、Array.new のコストには大きく差があるが、rnorm の計算自体はそんなに差がないことがわかる。
ちなみに、install.rb と ext/extconf.rb は壊れ気味であるので、Mac OS X でインストールするのは、ちょっと修正がいる。Woody は問題なくインストール可。
2004-04-09 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology (SAGMB)
Katy L. Simonsen and Lauren M. McIntyre Using Alpha Wisely: Improving Power to Detect Multiple QTL.
Mark R. Segal, Jason D. Barbour, and Robert M. Grant Relating HIV-1 Sequence Variation to Replication Capacity via Trees and Forests.
Gordon K. Smyth Linear Models and Empirical Bayes Methods for Assessing Differential Expression in Microarray Experiments.
Mark J. van der Laan, Sandrine Dudoit, and Sunduz Keles Asymptotic Optimality of Likelihood-Based Cross-Validation.
♭ [R] R.oo package
r-help に R の OOP は Python と比べると貧弱である、というような投稿があって紹介されていた。 DSC-2003 Proceedings に Bengtsson et al. による R.oo Package の論文がある。R.oo documents
このパッケージは CRAN に登録されていないので、インストールには、
install.packages("R.classes", contriburl="http://www.maths.lth.se/help/R")
のように URL を指定する必要がある。
R.oo の DESCRIPTION に書かれている <URL:http://www.braju.com/R/> にいくと、パッケージの階層構造がかかれていて、一番上にある、aroma がかつての sma であったらしいのを知る。 思わぬところでバイオインフォマティクス。 また、この作者は java の sprintf() とかつくっているひとで、R.oo は Java 風味になっているようである。
2004-04-12 [長年日記]
♭ [P] TM
今日は25度までいくらしい。
ぅ、コアタイムを設定されてしまった。
テーマ Tile に変更。
歓迎会。 インドネシア料理。 その後、焼き肉にいきたいというひとを振り切って、ラーメンへ。 23:59 最終の大崎行きに飛び乗って、0:15 の山手線に乗り換えて帰宅。
♭ [Hoge] Millennium P650
Woody なマシンにインストール。 Linux 用のドライバーを Matrox からダウンロード。 RedHat 向けのパッケージしかない模様。 でも、なんとかなるらしい。
ドライバーは Makeself 2.1.1 で作成されて自己実行アーカイブ（？）形式であった。 shar みたいなものかな。
2004-04-13 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] Genome Res
A Medaka Gene Map: The Trace of Ancestral Vertebrate Proto-Chromosomes Revealed by Comparative Gene Mapping, Kiyoshi Naruse, Minoru Tanaka, Kazuei Mita, Akihiro Shima, John Postlethwait, and Hiroshi Mitani, Genome Res. published 12 April 2004, 10.1101/gr.2004004
メダカ。
♭ [Bio][eTOCs] MBE
False-Positive Selection Identified by ML-Based Methods: Examples from the Sig1 Gene of the Diatom Thalassiosira weissflogii and the tax Gene of a Human T-cell Lymphotropic Virus, Yoshiyuki Suzuki and Masatoshi Nei, Mol Biol Evol 2004 21: 914-921.
根井。
Human-Specific Amino Acid Changes Found in 103 Protein-Coding Genes, Takashi Kitano, Yu-Hua Liu, Shintaroh Ueda, and Naruya Saitou, Mol Biol Evol 2004 21: 936-944.
斉藤。
♭ [R] R 1.9.0 is release
変更点を列挙するよ。 下線 "_" が変数名に使えるようになった。 base パッケージが分割されて、baseとgraphicsとstatsとutilsに。 R の起動が 1.8.1 に比べて 2/3 に短縮された。
つづきは R 1.9.0 の新機能・変更点 - RjpWikiで。
♭ [Bike] ディレイら破損
東京テレポートでおりて unfolding していると、「チャリーン」という金属音とともにディレイラのギアが二枚とかが落ちているし。 よく見ると、どちらも車軸が折れている。
Frog には畳んだときにチェーンが外れないようにするために小さなリアディレイラがテンショナーとしてついている。 これが子供用マウンテンバイク向けのもので、そんなに丈夫ではないということであるが、まだ 100km くらいしかはしっていないので、それでこわれるのは、はずれをつかんでしまったような感じ。
新宿までもっていって預ける。 クレーム扱いでメーカーに問い合わせることに。
♭ [R] gregmisc 0.10.1
変更点。 textplot(gregmisc) の修正。 R 1.9.0 でしか動かない。 Open Officeスタイルのプロット関数 ooplot(gregmisc) の追加。 running(gregmisc) の修正。 estimateble(gregmisc) の拡張。 gees と gee オブジェクトでも動いたり。 なめらかでさまざまな色帯を生成する colorpanel(gregmisc) の追加。
♭ {Bio][eTOCs] J Proteome Res.
Clinical and Pharmacogenomic Data Mining: 2. A Simple Method for the Combination of Information from Associations and Multivariances to Facilitate Analysis, Decision, and Design in Clinical Research and Practice, Barry Robson and Richard Mushlin, http://dx.doi.org/10.1021/pr0340680
2004-04-14 [長年日記]
♭ [P] SA::SM
(08:28) 4 分遅れでりんかい線が来る。
(10:00) 未来館まえで ko 氏に遭遇。 臨海2Fにいるらしい。
(10:29) 21ページキター。 報道規制付き。
(18:27) libpam-runtime_0.76_18 にはめられる。
(21:18) 21:05 のバスが来なくて、21:13 のバスもまだ来なかった。 雨降って寒いし。
♭ [Bio][eTOCs] BIOINFORMATICS
Optimizing substitution matrices by separating score distributions,Yuichiro Hourai, Tatsuya Akutsu, and Yutaka Akiyama, Bioinformatics 2004 20: 863-873.
- この号はアラインメントとかスコアマトリックスとか多い感じ。
Mapping gene ontology to proteins based on protein-protein interaction data, Minghua Deng, Zhidong Tu, Fengzhu Sun, and Ting Chen, Bioinformatics 2004 20: 895-902.
- Gene Ontology をPPIからつける。
Modeling within-motif dependence for transcription factor binding site predictions, Qing Zhou and Jun S. Liu, Bioinformatics 2004 20: 909-916.
- モチーフ発見問題系。 PSSM の問題点は、モチーフ内部での位置の依存性の情報がないことであるが、それをMCMCでなんとかする方法を開発。 <URL:http://www.people.fas.harvard.edu/~junliu/>
mdclust--exploratory microarray analysis by multidimensional clustering, M. Dugas, S. Merk, S. Breit, and P. Dirschedl, Bioinformatics 2004 20: 931-936.
- 多次元クラスタリング。 R のコードあります。
The Hera database and its use in the characterization of endoplasmic reticulum proteins, M. Scott, G. Lu, M. Hallett, and D. Y. Thomas, Bioinformatics 2004 20: 937-944.
- 小胞体のタンパク質。
APPLICATION NOTES
Ontologizing gene-expression microarray data: characterizing clusters with Gene Ontology, Peter N. Robinson, Andreas Wollstein, Ulrike Bohme, and Brad Beattie, Bioinformatics 2004 20: 979-981.
- GO と発現データ
♭ [Bio][eTOCs] Nature Methods
TECHNOTOLGY FEATURE バイオインフォマティクス：成功のためのプログラム
♭ [Bio][eTOCs] J. Proteome Res.
Liquid Chromatography MALDI MS/MS for Membrane Proteome Analysis, Nan Zhang, Nan Li, and Liang Li
- 膜タンパク質プロテオーム解析のためのエキクロMALDI MS/MS（長っ。
2004-04-15 [長年日記]
♭ [Bio] Swiss-Flash bulletin of 14-Apr-2004
- <URL: http://www.expasy.org/swiss-flash/>
- UniPlot:
- UniProt のリリースにより、多くのExPASy のサービスを UniProt knowledgebase、UniRef、UniProt に対応した。具体的には、BLAST サービスでは、UniRef クラスタ（UniRef100、UniRef90、UniRef50）へ相同性検索がおこなえる。
- NiceProt に UniRef50とUniRef90へのリンクが追加された。
- FTP server structure:
- ExPASy の ftp サーバの構造が変更されました。
- Swiss-Prot/TrEMBL (UniProt knowledgebase):
- Swiss-Prot/TrEMBLは数ヶ月のうちにフォーマットの大きな変化が予定されている。
- NiceProt には3Dホモロジーモデルのレポジトリ Swiss-Modelへのリンクが追加された。
- Swiss-Prot の１エントリのすべてのアイソフォームのマルチプルアラインメント、配列の取得が可能になった。（しかし、ClustalW、T-COFFEEとPRATTしかない。）
- PROSITE:
- PSview
- ENZYME:
- Tools:
- 後翻訳修飾のN末端 Myristoylationタンパク質をニューラルネットワークで予測するツール Myristoylator
2004-04-16 [長年日記]
2004-04-17 [長年日記]
♭ [Bike] Frog テンショナー修理（２）修理が終わった連絡があったので引き取りにいく。
ものは Shimano の SORA に交換されていた。 こわれたディレイラーとくらべると、コンパクトなものである。 しかもかっこいい。
その一方、チェーンのクリアランスがなくなっている。 数ミリの隙間でチェーンが隣接している。 走行するぶんには問題はない。 ペダルを逆回転させると、若干擦るような気がする。 折り畳んだときに、リアスプロケットからチェーンが外れるようになった。 テンションの掛かり方が、以前より弱く、もしくは、稼働範囲が狭くなったのだろうか。 メーカーでも事例がなかったらしいので、しばらく様子をみるしかないな。
♭ [Bike] Drehgriff 3-speed or 7-speed
Frog の 2004 年モデルには 7 速モデルがあるようであり。 ギア比は、
Deconvolution 3,04 to 5,63 m (3-speed), 2,60 to 6,40 m (7-speed)
こんな感じで上下に広がっている。 交換パスを期待してみたい。
（追記）がーん。
2004-04-19 [長年日記]
♭ [P] 某締め切り、雨？、雨！
(00:26) 週末が終末
(14:50) ドラフト上がり。
(19:45) APあがり。 50 words と 1000 words の textarea を取り違えて、Error を連発。 あきれられつつ。
(23:52) ドメインとったり、とったり。
♭ [Res] 名前付け
名前をつけたほうが良いという流れになった。
よくある名前付けは大きく分けて、BLAST のような略称（１）、UCSC Genome Browser のようにそのまま（２）、GenBank のように短縮形（３）を結合の三つがあるとおもう。 さらに、略称には、一般名詞（１−１）になる（BLAST）もしくは発音が近い（１−２）もの（TIGR、Ensembl）とそうでない（１−３）ものがある。
NCBI の名前付けはごたまぜで、BLAST（←Basic Local Alignment Search Tool）から、RefSeq （← Reference Sequences）や GenBank （← Gene Bank）のように短縮して結合（３−１）するか、LocusL:ink のようにそのまま結合（３−２）するか、NCBI Gene のようにそのまま（２）というスペクトルである。
BLAT は BLAST にのっかかっているが、一音節で覚えやすい。
Ensembl は EMBL を含む単語 ensemble からつくったに違いない。
KEGG は Egg を含んでいるので、なんとなくなじみやすそうだし、Kegg オルガンってのがあったりする。 KEGG のなかのデータベースは、凝らずにそのまま（Pathway とか Ligand）という感じ。 名前空間の中は、凝らないという方針といえる。
SwissProt は Swiss ＋ Protein の一音節分だろうか。 UniProt は Universal + Protein だろう。 TrEMBL は Translated EMBL の語頭の子音から派生。 プログラミング言語でも、translation の操作は tr// だったりする。そういうセンスだろうか。 単語として発音を考えているのだろうと考えられる。
FANTOM は Fanctional Annotation が先立っていて、前方一致サーチで決めたのだろうか。 略称を一般名詞にする（１−１）やりかたですね。 とおもったら、TIGR とおなじ一般名詞に似た発音にする（１−２）だった。
一般名詞にしてしまうと、検索エンジンで不利になることがある。 たとえば、よく語られるのが R である。
EBI は尾張の国と関連があって、っていうのはありえない。 組織名は、自由がきかないようで、一般名詞を意識しているとこはTIGRくらいだろうか。 NCBI、EMBL、DDBJ、CBRC、SIB、KEK、NCSA、NASA はたんなる頭文字ふうである。 一つだけ日本語なのだけど。
なじみにくい例は示してないが、なじみにくい名前は、発音しにくく、一般名詞にも似ていない、そして、名前から内容が連想できないものだろうとおもわれる。
♭ [Bio][eTOCs] NAR
Identifying transcriptional regulatory sites in the human genome using an integrated system, Hsien-Da Huang, Jorng-Tzong Horng, Yi-Ming Sun, Ann-Ping Tsou, and Shir-Ly Huang, Nucl. Acids. Res. 2004 32: 1948-1956.
♭ [Bio][eTOCs] Genome Biol.
Software
Prolinks: a database of protein functional linkages derived from coevolution Peter M Bowers, Matteo Pellegrini, Mike J Thompson, Joe Fierro, Todd O Yeates, David Eisenberg
- アイゼンバーグ。
Genome2D: a visualization tool for the rapid analysis of bacterial transcriptome data Richard JS Baerends, Wiep Klaas Smits, Anne de Jong, Leendert W Hamoen, Jan Kok, Oscar P Kuipers http://genomebiology.com/mkt/11223/2004/5/5/R37
- 要登録、らしい。
2004-04-20 [長年日記]
♭ [P] 歓迎会、H論文
(01:12) fanction はないよね。(-_-; phanction もないよね。
(18:30) 歓迎会はじまる。
(20:30) perldoc GD のサンプルをもげっとデモする。
♭ [Mac] 新iBook G4 12inch
125,790-ナリ。 オンボードメモリーがいままでの2倍の256MBに。 最大メモリーがいままでのおよそ2倍の1.25GB に。
む、OmniOutlinerはバンドルされていないんだ。
♭ [RRb] ruby-rmathlib/ext/extconf.rb を整理
より一般的に動作するようにしてみたつもり。 なぞの埋め込み $LDFLAGS を消去。 Rmath.h の検索に R RHOME を活用。
♭ [Bio] Can sequence predict function?
Genome Biology | Research News より。
♭ [Bio] PNAS が「米国科学アカデミー紀要」ならば
PLoS は「科学公共ライブラリー」とか「科学公共蔵書」とかになるのだろうか。 では、PLoS Biology は「科学公共ライブラリー・生物学編」？
http://biology.plos.org はへんなところに飛ぶな。
♭ [Hoge] RD記法
RD でウェブページつくろうとおもいまして、google で css の関連をしらべていてたどり着く。 ななめ読みしていて、
とあり、なんかおなじこといっているヒトがいたな、とおもって、URLをみてその本人だったと気がつく。ドキュメントを書くだけなら，Rubyについての知識も必要ありません(ちなみに 私はまだ，Rubyのプログラムを書いたことはありませんし， よくわかっていません :-)． ただし，RDtoolはrubyで書かれているので，これをインストールする 知識(?)が必要かもしれませんが...
rd2html-ext 〜rd2html-lib.rbの拡張〜 も参照しつつ作成中。
2004-04-21 [長年日記]
♭ [Bio] 報道その２
- BBC: Scientists decipher 21,000 genes
- SCIENCE: One-Stop Shopping for cDNA
- The Scientist::Human genome database unveiled
♭ [Bio][eTOCs] BioMedNet Reviews
TiG
Genome information resources - developments at Ensembl, Martin P. Hammond and Ewan Birney, Trends in Genetics, (April 19, 2004), 10.1016/S0168-9525(04)00095-2
- Ensembl
Evidence against the selfish operon theory, Csaba Pal and Laurence D. Hurst, Trends in Genetics, (April 16, 2004), 10.1016/S0168-9525(04)00093-9
- 利己的オペロン理論。
2004-04-22 [長年日記]
♭ [Hoge] AH-K3001V
- ケータイ Watch - DDIポケット、待望の新型AirH”PHONE「AH-K3001V」
- 京セラ | ニュースリリース AirH”PHONE「AH-K3001V」新発売
♭ [Bio] 報道（３）
- GenomeWeb - Japan-Led Consortium Validates 21,037 Human Genes 要登録
2004-04-23 [長年日記]
♭ [Hoge] P650 で *WARNING* Fail to retrieve AGP GART driver. AGP transfers disabled
まだ P650 で DVI 出力とアクセラレーションがうまくいっていない。dmesg のこのへんによると AGP transfers disabled ってあるから、それで遅いのだろうとはおもわれ。
Linux agpgart interface v0.99 (c) Jeff Hartmann agpgart: Maximum main memory to use for agp memory: 816M agpgart: Unsupported Intel chipset (device id: 2570), you might want to try agp_try_unsupported=1. agpgart: no supported devices found. [mtx] *WARNING* Fail to retrieve AGP GART driver. AGP transfers disabled [mtx] 0x2537(sub:0xffffffff) board found at 01:00.0 [mtx] *WARNING* Fail to acquire control of AGP driver. AGP tranfers are therefore disabled mtrr: 0xf8000000,0x4000000 overlaps existing 0xf8000000,0x2000
エラーメッセージとおりに /etc/modules.conf に
options agpgart agp_try_unsupported=1
の追加で、AGP は enable になった。
その後、/proc/mtrr の値がおかしいかもしれないという啓示を k さんからうける。
2004-04-24 [長年日記]
♭ [RRb] ruby-rmathlib の RNG まわり
Version 0.5 にして cvs に入れるべく、いろいろ整理中、RNG まわりに不穏な兆候をみる。 というか、
- Rmath.set_seed(seed, aRNGkind) のあとの Rmath.unif_rand の値が R と一致しない。
- R> runif(n) と引数をとるが、Rmath.unif_rand は引数をとらない。
- Rmath#set_seed がちょとおかしい
あーあ。
♭ [Hoge] PostScriptの基礎知識 ◆科学書のスタイルファイル◆
共立出版のA5版の理工学書のスタイルファイル。
2004-04-25 [長年日記]
♭ [P] メール環境統合
(02:17) うぇぇ。 これはひどい間違いをみつけてしまった。 正直、すまん。
(03:38) メール環境を統合。 すべてが Mew になる。
(17:30) 靴を新調。 これのシルバー。
(22:52) フォルダが「種類：パッケージ」になっていた。 なぞだ。
♭ [Mac] $ open -a Emacs.app README
おぉ。 実行中の Emacs.app に新規バッファとして README があらわれる。 ステキだ。
$ open -a Emacs README
でもおっけーだ。
♭ [Bike] Pacific-18 を試乗してみた
とおりががったサイクルショップに試乗車があったのでのってみた。 ほかには Giant リバイブもあり、それものってみたかったが、基本的に冷やかしなので、きょうはぐっとこらえる。
剛性感もあるし、ふつーの自転車なんですね。 Frog とはぜんぜん別物だった。 ふつーのワンルームに住んでいたら、あっちにしただろうな。
♭ [Mac] LaunchBar
これも便利そう。 （from Too cheap! blog: LaunchBar）
Activation HotKeys は ctrl + tab にしてみた。 快適だ。 これはショートカット生活を加速するものだ。 たとえば、省エネルギー設定（Energy Saver Preference Pane）をよく変更する向きには、ctrl + tab, e, n のキーシーケンスでだいたいメニューに現れてくるので、あとはアローキーで指定してリターンをたたいて起動。 履歴をおぼえているので、よく使うものはよりはやく選択できるようになる。 すばらしい。
2004-04-26 [長年日記]
♭ [Bio] Generic Model Organism Database Meeting, April 26-28, 2004 Sheraton Commander Hotel, Cambridge, Massachusetts
kさんが実況してくれる予感。 26日 15:30 を刮目してまて（どこで？
♭ [Hoge] google_adsense の出力が Shift_JIS になっているぽい
(01:30) tdiary.net は euc なので、化けてるよ。 でも、よそ様のところでは化けてないね。おかしいね。
(01:50) む、直ってるし。 なぞ。
♭ [Hoge] 【?】幸福の木に花が咲きました。この先、実がなるものでしょうか？..
実がなるといいですね。 （from はてな）
♭ [Bike] デックスのモンベルで
携帯工具（<URL:http://www.crankbrothers.com> の muti-5）とグローブ（SP BG スポーツグローブ）とバーエンド（serfas の Dual Density Bar Ends(YL) ）を確保。 バーエンドはちょっと内側を削ってインストール。 これでつのかえる。
2004-04-27 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] NAR
Phosphorylation of rat mitochondrial transcription termination factor (mTERF) is required for transcription termination but not for binding to DNA, Ascension Prieto-Martin, Julio Montoya, and Francisco Martinez-Azorin, Nucl. Acids. Res. 2004 32: 2059-2068.
ラットミトコンドリアの転写終結
Thirteen-exon-motif signature for vertebrate nuclear and mitochondrial type IB topoisomerases, Hongliang Zhang, Ling-Hua Meng, Drazen B. Zimonjic, Nicholas C. Popescu, and Yves Pommier Nucl. Acids. Res. 2004 32: 2087-2092.
DSL関係。
Evidence that RNA editing modulates splice site selection in the 5-HT2C receptor gene, Rachel Flomen, Joanne Knight, Pak Sham, Robert Kerwin, and Andrew Makoff, Nucl. Acids. Res. 2004 32: 2113-2122.
RNA編集と選択的スプライシングウ
Operon prediction by comparative genomics: an application to the Synechococcus sp. WH8102 genome, X. Chen, Z. Su, P. Dam, B. Palenik, Y. Xu, and T. Jiang, Nucl. Acids. Res. 2004 32: 2147-2157.
シネココッカスのオペロン予測。
DNA base excision repair activities and pathway function in mitochondrial and cellular lysates from cells lacking mitochondrial DNA, J.A. Stuart, K. Hashiguchi, D.M. Wilson, III, W.C. Copeland, N.C. Souza-Pinto, and V.A. Bohr, Nucl. Acids. Res. 2004 32: 2181-2192.
BER 活性。
2004-04-29 みどりの日 [長年日記]
♭ [T] 羽田行き
<URL:http://www.ekitan.com> で調べてみた。
東京テレポート 16:54発 − 羽田空港 17:28着 乗り換え回数：1回 所要時間：34分 料金：600円 ●東京テレポート ｜ 16:54発 ｜ 東京臨海高速鉄道(通勤快速)4分 ｜ △16:58着 ○天王洲アイル ｜ 17:10発 ｜ 東京モノレール(普通)18分 ｜ △17:28着 ■羽田空港
ちょっとひよってみる。
テレコムセンター 16:38発 − 羽田空港 17:27着 乗り換え回数：4回 所要時間：49分 料金：980円 ●テレコムセンター ｜ 16:38発 ｜ ゆりかもめ(普通)6分 ｜ △16:44着 ○有明(東京) ｜ 16:44発 ｜ 徒歩6分 ｜ 16:50着 ○国際展示場 ｜ 16:51発 ｜ 東京臨海高速鉄道(通勤快速)7分 ｜ △16:58着 ○天王洲アイル ｜ 17:10発 ｜ 東京モノレール(普通)11分 ｜ △17:21着 ○天空橋 ｜ 17:24発 ｜ 京浜急行空港線(急行)3分 ｜ △17:27着 ■羽田空港
結局おんなじか。
Ω ichi [気を付けた方がいいっすよ＞咳。僕も何故か転職時に咳がひどくなって半年ほど後遺症に悩まされてまつ。まあ主にタバコ原因だ..]