ヽ(´ー｀)ノ
2004-01-19 [長年日記]
♭ [P] 雨、tDiary.net に移行、ひとつの完済
酷い夢を見た気がする。
今日から受け付けていたのでさくっと登録してみたり。返信キター。というわけで、今日からこちらということで。いままでの tDiary 1.5.6 のデータディレクトリをこちらにコピれるのかな？コピれ無い場合は一日づつ update.rb からいれてもいいけど、2 年分くらいだし。ぁ、update.rb から入れると、ツッコミが反映されないのか。
二つ完済。あとしらね。
不吉な話を聞く。もしそれを通知無しでやってしまったら、金輪際関わりたくありません。
面接日確定。
♭ [Bio] http://www.pmbrowser.info/
PubMed の別入り口。TouchGraph とかへのリンク付き。（blog@tsukuba より）
♭ [Bio] biologging: a community website for biomedical researchers
そゆもの。（blog@tsukuba より）
♭ [Hoge] BioRuby の中の人です
おぉ、送ればマージしていただけるんだ。ありがたい。
♭ [Bio][Bi] ASG
Heber et al., Splicing Graphs and EST Assembly Problem. BIOINFORMATICS, 2002, 18 Suppl. 1:181S-188S のウェブサイト。Ensembl, RefSeq, STACK, TIGR と UniGene のデータを統合。Pevzner Lab のひとの仕事。UCSD にある Splicing Graphs の解説。
この方法は、EST などから潜在的な alternative isoforms を列挙し、発見することに重点をおいている。
2004-01-20 [長年日記]
♭ [P] 晴れ
もう20日か。
花キューピット依頼済。カード支払いしたら、電話番号も聞かれた。その後花屋をでてしばらくして、花キューピットではカードは使えない、と店員が駆け寄ってきた。
年度末なんとかがまた始まった。ぅざぃょ。
♭ [Bio][eTOCs] J. Bactrriol. 186(3)
- Minireviews The NifL-NifA System: a Multidomain Transcriptional Regulatory Complex That Integrates Environmental Signals
Isabel Martinez-Argudo, Richard Little, Neil Shearer, Philip Johnson, and Ray Dixon
J. Bacteriol. 2004;186 601-610
http://jb.asm.org/cgi/content/full/186/3/601?etoc - Regulation of the Tryptophan Biosynthetic Genes in Bacillus halodurans: Common Elements but Different Strategies than Those Used by Bacillus subtilis
Reka Szigeti, Mirela Milescu, and Paul Gollnick
J. Bacteriol. 2004;186 818-828
http://jb.asm.org/cgi/content/abstract/186/3/818?etoc
トリプトファン生合成系の制御システムの共通と差異。 - A Predicted ABC Transporter, FtsEX, Is Needed for Cell Division in Escherichia coli
Kari L. Schmidt, Nicholas D. Peterson, Ryan J. Kustusch, Mark C. Wissel, Becky Graham, Gregory J. Phillips, and David S. Weiss
J. Bacteriol. 2004;186 785-793
http://jb.asm.org/cgi/content/abstract/186/3/785?etoc
♭ [Ruby] RAA:ruby-graphviz
お。
♭ [Bio][Bi] JSBi 第二回システムスバイオロジー研究会 2/2-2/3、下関
アブストラクトでました。おっと、ウェブにはないみたい。
♭ [BioRuby] RefSeq/*/mRNA_Prot/*.faa をインデクス化
% time bioflat --create --location ../biodb --dbname np --format fasta --files refseq/*/mRNA_Prot/*.faa 190.83u 37.45s 3:50.80 98.9% % time bioflat --create --location ../biodb --dbname nm --format fasta --files refseq/*/mRNA_Prot/*.fna 211.87u 44.05s 4:18.72 98.9%
2004-01-21 [長年日記]
♭ [Bi] ウィキペディアのバイオインフォマティクス
よくいわれていそうな「 生命現象を情報の流れとして捉え」っていう表現は、安易だとおもう。だれが思いついたのだろうか。google で「生命現象を情報の流れ」を検索するとみつかる 10 件を系統解析すると面白いかも。
♭ [R] Rnews 2003/3 リリース
年超えちゃいましたね。
- Contents of this issue:
- Dimensional Reduction for Data Mapping
- PCA, ICA, SOM, MDS などの解説
- R as a Simulation Platform in Ecological Modelling
- R でミジンコの生態学的モデリング。アトラクターとか描けるんですね。
- Using R for Estimating Longitudinal Student Achievement Models
- lmeSplines
- Debugging Without (Too Many) Tears
- The R2HTML Package
- R Help Desk: Package Management
- Programmer's Niche: Regular Expressions
- Recent Events
- Upcoming Events
- Changes in R 1.8.1
- Changes on CRAN
- R Foundation News
- Dimensional Reduction for Data Mapping
（from r-help ML）
♭ [BioRuby] Open Bio* Info reloaded
q--p が tDiary で復活の予感。kさんおつです。
2004-01-22 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] BIOINFORMATICS 20(2)
- Prediction of locally stable RNA secondary structures for genome-wide surveys
I. L. Hofacker, B. Priwitzer, and P. F. Stadler
Bioinformatics 2004 20: 186-190.
<URL:http://bioinformatics.oupjournals.org/cgi/content/abstract/20/2/186?etoc> - Shared relationship analysis: ranking set cohesion and commonalities within a literature-derived relationship network
Jonathan D. Wren and Harold R. Garner
Bioinformatics 2004 20: 191-198.
<URL:http://bioinformatics.oupjournals.org/cgi/content/abstract/20/2/191?etoc> - Comparative evaluation of word composition distances for the recognition of SCOP relationships
Susana Vinga, Rodrigo Gouveia-Oliveira, and Jonas S. Almeida
Bioinformatics 2004 20: 206-215.
<URL:http://bioinformatics.oupjournals.org/cgi/content/abstract/20/2/206?etoc> - GAPSCORE: finding gene and protein names one word at a time
Jeffrey T. Chang, Hinrich Schutze, and Russ B. Altman
Bioinformatics 2004 20: 216-225.
<URL:http://bioinformatics.oupjournals.org/cgi/content/abstract/20/2/216?etoc> - Minimal cut sets in biochemical reaction networks
Steffen Klamt and Ernst Dieter Gilles
Bioinformatics 2004 20: 226-234.
<URL:http://bioinformatics.oupjournals.org/cgi/content/abstract/20/2/226?etoc> - An empirical bayes adjustment to increase the sensitivity of detecting differentially expressed genes in microarray experiments
Susmita Datta, Glen A. Satten, Dale J. Benos, Jiazeng Xia, Martin J. Heslin, and Somnath Datta
Bioinformatics 2004 20: 235-242.
<URL:http://bioinformatics.oupjournals.org/cgi/content/abstract/20/2/235?etoc> - Graph-based clustering for finding distant relationships in a large set of protein sequences
Hideya Kawaji, Yoichi Takenaka, and Hideo Matsuda
Bioinformatics 2004 20: 243-252.
<URL:http://bioinformatics.oupjournals.org/cgi/content/abstract/20/2/243?etoc>
APPLICATIONS NOTES
- The Helmholtz Network for Bioinformatics: an integrative web portal for bioinformatics resources
T. Crass, I. Antes, R. Basekow, P. Bork, C. Buning, M. Christensen, H. Claussen, C. Ebeling, P. Ernst, V. Gailus-Durner, K.-H. Glatting, R. Gohla, F. Gossling, K. Grote, K. Heidtke, A. Herrmann, S. O'Keeffe, O. Kiesslich, S. Kolibal, J. O. Korbel, T. Lengauer, I. Liebich, M. van der Linden, H. Luz, K. Meissner, C. von Mering, H.-T. Mevissen, H.-W. Mewes, H. Michael, M. Mokrejs, T. Muller, H. Pospisil, M. Rarey, J. G. Reich, R? . Schneider, D. Schomburg, S. Schulze-Kremer, K. Schwarzer, I. Sommer, S. Springstubbe, S. Suhai, G. Thoppae, M. Vingron, J. Warfsmann, T. Werner, D. Wetzler, E. Wingender, and R. Zimmer
Bioinformatics 2004 20: 268-270.
<URL:http://bioinformatics.oupjournals.org/cgi/content/abstract/20/2/268?etoc> - APE: Analyses of Phylogenetics and Evolution in R language
Emmanuel Paradis, Julien Claude, and Korbinian Strimmer
Bioinformatics 2004 20: 289-290.
<URL:http://bioinformatics.oupjournals.org/cgi/content/abstract/20/2/289?etoc>
♭ [Bio][eTOCs] TiG 20(2)
- How prevalent is functional alternative splicing in the human genome?
Rotem Sorek, Ron Shamir and Gil Ast
Pages 68-71
SummaryPlus - Driving change: the evolution of alternative genetic codes,
Manuel A. S. Santos, Gabriela Moura, Steven E. Massey and Mick F. Tuite
Pages 95-102
SummaryPlus
2004-01-23 [長年日記]
♭ [Bio][eTOCs] Protein Sci. 13(2)
特になし
♭ [OS] SourceForge.net がおかしいみたい
SO/song-devel ML アーカイブが 2003-11 までしかない。それで GFF3 spec. 1.00rc3 のリンクがはれない。cvs が巻き戻っているという報告もちらほら。
♭ [Bio][eTOCs] Science 303
- Siming et al., A Map of the Interactome Network of the Metazoan C. elegans, Science, Vol. 303, Issue 5657, 540-543
2004-01-24 [長年日記]
♭ [P] 頭痛
昨晩から頭痛。二日くらいコーヒーを飲まなかったのが原因かもしれず。
なにやら東大助教授がやらかしていたようで、震え上がっているひともいることでしょう。
あぁ、Safari からだと半角のバックスラッシュが送れない。
いま行き詰まって思い悩んでいることには、全く独創性が含まれないことに気がついてしまった。ばかだね。ばかばかばかばかぱかぱかぱかばか。
♭ [Ruby] gRuby
図形描画ライブラリ。Ruby/GD の高レベルインターフェイスの GRb モジュールとチャートを描画する GRb::Chart モジュールで構成される。（ruby-list MLより ）
♭ [OS] khtml2png
ウェブページをPNGでキャプチャするコマンドラインツール。GPL
khtml2png -display :1 --width 800 --height 1000 --scaled-width 80 ? --scaled-height 100 http://www.google.com/ google.png
♭ [Mac] PDF Browser Plugin 1.2.3 と Word Browser Plugin 1.0.1
アップデートとインストール。
♭ [Ruby] Rubyコーディング規則
最近はスクリーンいっぱいに広げたターミナルで emacs -nw とかしてコーディングしているので一行80桁でないとか、Array#map のように返り血があるときはメソッドチェインにかかわらず {} をつかっているとか、使い捨てのブロックローカルな変数は x をつかっているとか、ファイル名は _ で単語をつないでいるとか違いはありますが
♭ [Mac][OS] sl(1) Mac OS X version
キター。っていうかキてた。
2004-01-25 [長年日記]
♭ [P] NP.B
割れ窓割れ窓。
なにやら謎なシンポジウムの頼まれ系。あれこれほげればいいだろう。
ものの長さの分布をグラフ化するのに、ヒストグラムじゃなくて、分布関数的な累積度数にしてわかっていただけるのだろうか？最近は ROC とかカバレッジを片方の軸にもってくるグラフが増えてきたのだが。さて。
コーヒー飲んでいたらしんみりしてしまった。
♭ [OS] overLIB
JavaScript でポップアップをつくるためのライブラリ。DBTBS のあれはこれでつくりかえましょう。作例をみるともりもりつかってみたくなる。それには、いわゆる除霊しないといけないわけでして。
♭ [R] RODBC のセットアップ（Woody 編）
MySQL に格納しているデータをいじるために、Woody なマシンに RODBC (r-cran-odbc) のセットアップをした。usr/share/doc/r-cran-rodbc/README と man odbcinst と R Data Import/Export: 4.3.2 RODBC パッケージ を参考にした。
libmyodbc のインストール
sudo apt-get install libmyodbc
r-cran-rodbc のインストール
sudo apt-get install r-cran-rodbc
ドライバーの設定
% cat /etc/odbcinst.ini [MySQL] Description = MySQL driver Driver = /usr/lib/odbc/libmyodbc.so Setup = /usr/lib/odbc/libodbcmyS.so FileUsage = 2
DSN の設定
% cat ~/.odbc.ini [test] Description = myodbc Driver = MySQL Trace = No TraceFile = Server = localhost Port = 3306 Socket = Database = test
R で確認
% R
R> library(RODBC)
R> db <- dbConnect("test", "", "")
R> sqlQuery(db, "show databases;")
Database
1 test
OBDA の bioinformatics/sequencedatabase.ini がこれを参考にしているのがわかった。世の中そうなっているのか。
♭ [Bio][eTOCs] BioMedNet Reviews
- How prevalent is functional alternative splicing in the human genome?
Rotem Sorek, Ron Shamir and Gil Ast
Trends in Genetics, 2004, 20:268-71
<URL:http://reviews.bmn.com/browse/areas/record?tocname=Genetics&pii=S0168952503003433>
ESTなどから推定される選択的スプライシングのフォームは本当に機能しているのか？という問題への取り組み。ヒトとマウスで保存されているカセット型の選択的エクソンは機能しているであろう、という仮説のもとで、保存されているエクソンと保存されていないエクソンで長さなどの特徴がことなることを示し、保存されていないカセットエクソンの大きな部分が機能していないフォームであると推定している。Sorek R and Ast G (2003) Intronic Sequences Flanking Alternatively Spliced Exons Are Conserved Between Human and Mouse, Genome Res. 13:1631からのレビュー。
2004-01-26 [長年日記]
♭ [Bio] 文部科学省科学研究費特定領域研究「ゲノム」4領域成果公開シンポジウム ‐生命システムの理解をめざして‐ 品川コクヨホール
今日だよ。
♭ [R] GeneTS
時系列の遺伝子発現データ解析のための R パッケージ CRAN:GeneTS 。グラフィカルモデリングによるネットワーク推定、Bioconductor の graph を使って、推定した遺伝子ネットワークを可視化。Wichert, S., K. Fokianos, and K. Strimmer. 2004. Identifying periodically expressed transcripts in microarray time series data. Bioinformatics 20: 5-20. と Schaefer, J., and K. Strimmer. 2003. A practical approach to inferring large graphical models from sparse microarray data. Bioinformatics submitted の成果物。
♭ [R][Mac] RODBC をインストールする (Mao OS X 10.3 編)
まだうまく機能していません。(-_-;
Fink でインストールするする。 unixodbc2 と myodbc-unixodbc のインストール
% sudo fink install unixodbc2
myodbc-unixodbc 古いパッケージのようで、依存関係が更新されていないようでした。 myodbc-unixodbc-2.50.39-14.info を書き換えなければいけなかった。Depends: 行と BuildDepends: 行を s/unixodbc/unixodbc2/g して解決。
% sudo fink install myodbc-unixodbc
RODBC のインストール
% sudo R
R> install.packages('RODBC')
ドライバーの設定 /sw/etc/odbcinst.ini
% cat /sw/etc/odbcinst.ini [MySQL] Description = MySQL driver Driver = /sw/lib/libmyodbc.dylib Setup = /sw/lib/libodbcmyS.so CPTimeout = CPReuse = FileUsage = 2
DSN の設定 ~/.odbc.ini
2004-01-27 [長年日記]
♭ [P] 晴れ、某回答、某FAX送信
WORM_MIMAIL.R キター。トレンドマイクロ:WORM_MIMAIL.R
公聴会その１らしい。
Mozilla FireBird は Cmd+数字でタブの切り替えができてとってもキャッチー。（Safari はできない。
myodbc の設定がうまくいかなーい＠Panther
♭ [Bio][eTOCs] JBC 279(3)
- The Parathyroid Hormone mRNA 3'-Untranslated Region AU-rich Element Is an Unstructured Functional Element
Rachel Kilav, Osnat Bell, Shu-Yun Le, Justin Silver, and Tally Naveh-Many
J. Biol. Chem. 2004;279 2109-2116
http://www.jbc.org/cgi/content/abstract/279/3/2109?etoc - A Cryptic Targeting Signal Induces Isoform-specific Localization of p46Shc to Mitochondria
Andrea Ventura, Marco Maccarana, Veronica A. Raker, and Pier Giuseppe Pelicci
J. Biol. Chem. 2004;279 2299-2306
http://www.jbc.org/cgi/content/abstract/279/3/2299?etoc
♭ [Bio] GO-KDS, Gene Ontology Konwledge Discovery System
Medline を GO にそって分類したデータベース。（from gofriends ML）
2004-01-28 [長年日記]
♭ [P] AAP、うずまく
見学者一人。 いままででいちばん有望な雰囲気だった。
なにやらほぼ確定。 さまざまな点を考慮した結果、Win-Win な着地点があった模様。 ついでに、最大メモリを考えるとあっちだよな。
うずまく。
♭ [Bio] EPASTs, elementary patterns of alternative splicing and transcription
ながさきさん@CBRC のスプライシングの分類アルゴリズム。in preperation ですか。
♭ [Bio][BioRuby] CpG islands
わけあって、CpG アイランドを探すメソッドを作成する。 よくある CpG アイランドの定義は、
- P(CG) / P(C)P(G) >= 0.6
- P(C) + P(G) >= 0.5
- length >= 100 (or 200)
である。
このように使えるようにする予定。
seq = Bio::Sequence::NA.new(str)
seq.search_CpG_island #=> [{'position'=> 1234, 'lenght' => 321}]
と思ったけど、emboss/cpgreport でいいじゃないかと思ってしまったので、保留。
2004-01-29 [長年日記]
♭ [P] 棘メール、プログレス
i さんといつもの邂逅。 いろいろあるのさ。 っていうか誕生日だったとか。（夜明け前）
ありゃ。原点回帰ですか。 最後にとても合理的な回答が来た。 それは防衛線として重要だ。 多様性は重要であると。
あれくらいのほうがいいね。 本人が答えられないといけないのは承知でしょ。
♭ [Hexe] 夏に「冬眠」する動物がいる
15 へぇ〜。 やまねは夏眠するそうです。
補足：冬眠はペプチド methionin enkephalin (Tyr-Gly-Gly-Phe-Met) で誘導されるのか。
♭ [R] options(width=100) で一行の文字数を100にする
ターミナルを最大化しても、R は自動的に追従してくれず、長い表示を 80 文字で折り返してしまいます。そんなときは
R> options(width=139)
とすると、一行あたり 139 文字まで表示できるようになります。
♭ [Mac] iBook Logic Board Repair Extension Program
大当たり。 シリアル番号が UV220XXXXXX から UV318XXXXXX が対象。 これは年末にクイックガレージで見てもらった症状とおなじですね。
- iBookのロジックボードに欠陥--アップル、修理プログラムを開始 [CNET]
- iBookロジックボードリペアエクステンションプログラム [アップルジャパン]
2004-01-30 [長年日記]
♭ [Bio] 第６回ワークショップ「微生物ゲノム研究のフロンティア」ポスター受付開始
02-18 締め切り。 ワークショップは 03-05,06 にかずさアカデミアホール、千葉県
トピックス
- 新たな微生物の全ゲノム配列決定とその解析
- ゲノム配列情報に基づく遺伝子機能ネットワークの解析
- DNA アレーを用いたトランスクリプトーム解析
- プロテオーム解析と質量分析技術
- タンパク質の構造ゲノム科学
- ゲノムの構造、機能比較研究
- ゲノムと遺伝子の進化、多様化の解析
2004-01-31 [長年日記]
♭ [P] 隣人、自転車
隣の空き部屋に入居者がきたようだ。
もう一月もおわる、らしい、ということにしておく、とかいう、かも、みたいな、ようだ。まじ？
Panther で RODBC のセットアップがまだうまくいかない。(-_-;
♭ [Hoge] はてなアンテナの上限に接触
URL をアンテナに登録しようとすると、200 件が上限で、それ以上登録したい場合は有料ね、というメッセージがでた。有料だと 2,000 件まで登録できるらしいが、とりあえずはデッドな URL を消して対応。
♭ [Bi][Bio] Tood W. Harris, PhD による Mac OS X Packages
WormBase, AceDB, GBrowse, 必要な各種ライブラリとデータセットの Mac OS X 用パッケージ。線虫系のひとは要チェック。っていうか既知？
Ω hub [この種の論文のsupplementデータがpdfで配られるという悪習はなんとかなりませんかねぇ。非常に再利用しづらい..]
Ω Cortel [暗号化されて、テキスト選択できなくなっていると最低ですが、そうでもないです。Acrobat Reader 6.0 で..]